AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248427
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ndaD	206	PAB0090
#1	dppA-1	27	PAB0091
#2	PAB0247	53	hypothetical protein
#3	trkH	49	PAB0248
#4	PAB0432	133	hypothetical protein
#5	PAB1929	67	PAB1929
#6	PAB1872	130	PAB1872
#7	PAB1703	21	PAB1703
#8	PAB1702	300	PAB1702
#9	PAB2428	49	PAB2428
#10	PAB1533	300	hypothetical protein

Motif 1
TAATTAATAATCAGGGAATGAGGTGACTTAAGT	0	182	1
CACCATTTTTGGAGGTGAAGAACT         	1	13	1
          GTAGGGCAAAAATCTTTTATCTG	3	0	1
GAACCTCGAAGTAGGGGACGAGGCTT       	3	33	1
AAATGGTAAAGAAGGGTAGAAAGGAGG      	6	4	0
AACTACCCATGGAGGTGATAATGTATGGCAAAG	8	53	1
AAGGAGATCCTCAGAGTACAAGGGAACCAAAGA	8	103	1
GGGAAATGATGAAGCTAAGGAGGAATTAATATG	8	191	1
TGCGAAAAAAGAAGAGAAACAGGGAATACATCA	8	240	1
AGCTCAAACCGCAGGACAGCAAGCAAATGAGAC	10	78	0
ATTAAGTACTTGAGGGGATCAGCTCAAACCGCA	10	98	0
TTGAAGATGAGAAGGGCACAAGGAGCTATAGAA	10	176	0
TAAATAACTTGAAAAGAAAAAGGGGTGATTGAA	10	204	0
          * **** * ****
MAP Score: 13.784

Motif 2
TAAGCTTATTAAAGTTTCTTTTCCGGATGG	4	34	1
TTATAAATGTAAAGTTTCTTTTACGTAAAG	4	103	1
CCTTAATTTGAAAGTTTTTAAACCCTGAAA	2	20	1
  GTTTCAAAAAAGTTTTTATTATATTTTA	8	8	1
ATTACTTTCTCAAGTTTTTAATTTAACTGT	5	35	0
        GTAAAGTTTTCTTTACGTAAAA	4	121	0
ATGAAATTGGAAAGTATTTTTACAAAAAAG	0	17	0
TGTATAATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAA	0	70	1
GTTCCAGATAAAAGATTTTTGCCCTAC   	3	7	0
TTTTTCTTTTCAAGTTATTTACGTGCCAAA	10	216	1
TCCAAATGAAAAAGTTTCAATGAAATTGGA	0	36	0
ATTAAACACCAAAATTTTTATTTAGGCGTT	6	57	1
          **********
MAP Score: 12.4516

Motif 3
         ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAATT	0	1	1
TGTAAAAATACTTTCCAATTTCATTGAAACTTTTTCATTTGG	0	23	1
TGTATAATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAGAT	0	70	1
TTTGTTAATCAGGCACTATAATTTTTAAATTTATTAAAGATC	0	109	0
GTGCCTGATTAACAAAAATTAGTGTGAAAATTTAATATATTA	0	135	1
      GAGGAACCCCCCTTAATTTGAAAGTTTTTAAACCCT	2	4	1
       TTCAACACCTGTTAAAATTAGATTTAAGCTTATTA	4	3	1
AATCCTTGTGCAAAACAGTTAAATTAAAAACTTGAGAAAGTA	5	21	1
ATGGGTAGTTCATAAAATTCTATGTTAAAATATAATAAAAAC	8	21	0
       GGGCTGAGGTTTTTAAATTAAAGTAGACCTTCAAT	9	3	1
TCTCGGAGCTAATAGCACTCTGGATCAAATTTCCTGCTTGTG	10	31	1
CATCTTCAATCACCCCTTTTTCTTTTCAAGTTATTTACGTGC	10	200	1
CAAACCCTATATATACCTTTGCCCTCAAATTTGTAGGTAGTT	10	242	1
          *    *  **    * *** **
MAP Score: 8.85045

Motif 4
AGTATTTTTACAAAAAAGTAAAAGT        	0	2	0
TGACGCCAATTTTAAAAATAAAAGACTTGGCAT	0	76	0
CGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTATAGT	0	104	1
CAAAAATTAGTGTGAAAATTTAATATATTAGCA	0	147	1
 TTCAACACCTGTTAAAATTAGATTTAAGCTTA	4	9	1
TTCCGGATGGCGGTTAAGTTAAAGCGATTAATG	4	54	1
AACCAAAAACCTTATAAATGTAAAGTTTCTTTT	4	92	1
AAGTTTCTTTTACGTAAAGAAAACTTTAC    	4	114	1
TTGTGCAAAACAGTTAAATTAAAAACTTGAGAA	5	26	1
GTATACTAAACGCCTAAATAAAAATTTTGGTGT	6	62	0
  CTCAATATCACCTAAAGATAA          	7	0	0
TAAAATTCTATGTTAAAATATAATAAAAACTTT	8	18	0
AGAATATGTGCGAAAAAAGAAGAGAAACAGGGA	8	232	1
 GGGCTGAGGTTTTTAAATTAAAGTAGACCTTC	9	9	1
ACGTAAATAACTTGAAAAGAAAAAGGGGTGATT	10	207	0
          *   *********
MAP Score: 7.12547

Motif 5
TTCCAATTTCATTGAAACTTTTTCATTTGGACAAATGT	0	35	1
ATTTCCTGCTTGTGCAACTGTCTCATTTGCTTGCTGTC	10	59	1
TGTTGGATCCACTCAAGAAGTTCCATTTAA        	8	280	1
CAAGGGAACCAAAGAAGATGTCCCATTTGTATGTGCTG	8	121	1
ATTTGAAAGTTTTTAAACCCTGAAATTTCCTTTCAACC	2	25	1
TTCTTTACGTAAAAGAAACTTTACATTTATAAGGTTTT	4	97	0
TATTAATTCCTCCTTAGCTTCATCATTTCCCTCGTAGT	8	184	0
AATTTTAAAAATAAAAGACTTGGCATTATACATTTGTC	0	64	0
TTCTTGCTATAATTAAACACCAAAATTTTTATTTAGGC	6	46	1
TTAATCCTTGTGCAAAACAGTTAAATTAAAAACTTGAG	5	19	1
TTTTTAAATTAAAGTAGACCTTCAATTATTGGGAGGGC	9	19	1
CCCTATATATACCTTTGCCCTCAAATTTGTAGGTAGTT	10	246	1
ACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAATTTCATTGAAACT	0	16	1
TTAATCAGGCACTATAATTTTTAAATTTATTAAAGATC	0	109	0
GTTTTTATTATATTTTAACATAGAATTTTATGAACTAC	8	21	1
          *    ***  *  *****
MAP Score: 6.52258

Motif 6
   TACTTAAGTCACCTCATTCCCTGATTATTAAT	0	184	0
     AGTTCTTCACCTCCAAAAATGGTGCGC   	1	7	0
      GAGGAACCCCCCTTAATTTGAAAGTTTTT	2	4	1
       TTCAACACCTGTTAAAATTAGATTTAAG	4	3	1
GCCATACATTATCACCTCCATGGGTAGTTCATAAA	8	47	0
AGCTTCATCATTTCCCTCGTAGTATTGCTGATATG	8	172	0
TTGCCATATTAATTCCTCCTTAGCTTCATCATTTC	8	193	0
GGTTTGATGTATTCCCTGTTTCTCTTCTTTTTTCG	8	242	0
CTTATGTTGGATCCACTCAAGAAGTTCCATTTAA 	8	276	1
GTTTGAGCTGATCCCCTCAAGTACTTAATAACTAC	10	102	1
CTCATCTTCAATCACCCCTTTTTCTTTTCAAGTTA	10	198	1
          ******** *    *
MAP Score: 3.84929

Motif 7
GTATTCTATAGCTCCTTGTGCCCTTCTCATC	10	173	1
GATCAAATTTCCTGCTTGTGCAACTGTCTCA	10	53	1
   ATCTGTCCCTCCTTGCACATTATTGGAT	6	112	0
TACATTATCACCTCCATGGGTAGTTCATAAA	8	47	0
ATTTGTATGTGCTGCTTGTCTGATCTGCATA	8	145	1
GCTTGAATTTAATCCTTGTGCAAAACAGTTA	5	11	1
 TTAAATGGAACTTCTTGAGTGGATCCAACA	8	280	0
CATATTAATTCCTCCTTAGCTTCATCATTTC	8	193	0
TCCTTTCTACCCTTCTTTACCATTTTCCCAA	6	12	1
          ******** **
MAP Score: 3.78962

Motif 8
CAAATGAAAAAGTTTCAATGAAATTGGAAAGTATTTTTAC	0	24	0
TTTTCACACTAATTTTTGTTAATCAGGCACTATAATTTTT	0	125	0
TATATTAGCAATTAATTAATAATCAGGGAATGAGGTGACT	0	170	1
ATCTTTTATCTGGAACCTCGAAGTAGGGGACGAGGCTT  	3	21	1
TTATAGCAAGAAAAATTGGGAAAATGGTAAAGAAGGGTAG	6	18	0
GATTTGATCCAATAATGTGCAAGGAGGGACAGAT      	6	106	1
GCAAAGATTGAGTATGTTGTAAGAAGGAGATCCTCAGAGT	8	80	1
GATGAAGCTAAGGAGGAATTAATATGGCAAAAATAGAATA	8	198	1
TATGTGCGAAAAAAGAAGAGAAACAGGGAATACATCAAAC	8	236	1
AGCAAATGAGACAGTTGCACAAGCAGGAAATTTGATCCAG	10	50	0
GTGATTGAAGATGAGAAGGGCACAAGGAGCTATAGAATAC	10	173	0
CACGTAAATAACTTGAAAAGAAAAAGGGGTGATTGAAGAT	10	201	0
          *  *     ***  *** **
MAP Score: 3.47941

Motif 9
    TGCTTGAATTTAATCCTTGTGCAAAA	5	6	1
CTTAGACGATGATTTGATCCAATAATGTGC	6	96	1
ATGTTGTAAGAAGGAGATCCTCAGAGTACA	8	93	1
CATAAGGTTTGATGTATTCCCTGTTTCTCT	8	252	0
GGAACTTCTTGAGTGGATCCAACATAAGGT	8	274	0
ACAAGCAGGAAATTTGATCCAGAGTGCTAT	10	42	0
CCTGCGGTTTGAGCTGATCCCCTCAAGTAC	10	96	1
CTGCAATTATGATGAGAGCCGCTGCAATCA	10	136	1
          **********
MAP Score: 2.96137

Motif 10
TTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAATTTCAT	0	12	1
TTTGTCCAAATGAAAAAGTTTCAATGAAATTGGAA	0	35	0
AGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAGATCTTTA	0	82	1
CTTTAATAAATTTAAAAATTATAGTGCCTGATTAA	0	112	1
GTGCCTGATTAACAAAAATTAGTGTGAAAATTTAA	0	135	1
 TTCAACACCTGTTAAAATTAGATTTAAGCTTATT	4	9	1
GATTTAAGCTTATTAAAGTTTCTTTTCCGGATGGC	4	30	1
AACCTTATAAATGTAAAGTTTCTTTTACGTAAAGA	4	99	1
TAAACGCCTAAATAAAAATTTTGGTGTTTAATTAT	6	54	0
TGATAATGTATGGCAAAGATTGAGTATGTTGTAAG	8	68	1
GGAATTAATATGGCAAAAATAGAATATGTGCGAAA	8	212	1
          *   ****** * **
MAP Score: 1.94733