AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_fusions006_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248535 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB2334 39 PAB2334 #1 PAB2333 162 PAB2333 #2 PAB0102 106 PAB0102 #3 amyA 35 PAB0118 #4 malE 100 PAB0119 #5 malC 21 PAB0120 #6 msmK 40 PAB0123 #7 PAB1872 130 PAB1872 #8 PAB1871 232 PAB1871 #9 PAB1867 78 PAB1867 #10 PAB1865 36 hypothetical protein #11 PAB1864 60 PAB1864 #12 PAB1696 26 PAB1696 #13 PAB1694 191 hypothetical protein #14 PAB1693 300 hypothetical protein #15 PAB1195 22 PAB1195 #16 PAB1194 186 PAB1194 #17 PAB1193 286 hypothetical protein Motif 1 ACAGGGAAATTGCAACTTAAACAAAGATTCCAA 14 112 1 TTCAGAGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCATC 16 110 0 CCTTAGTTTTTATACCTTGAAGACTTTCAAAAT 16 38 1 GCTTTTCATTTTGACCTTTAAAAGCTTCATCTA 2 24 1 ACCTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGTTCTTA 17 16 1 GCATGTCCCCTGGAAGTTTAAGAAAAAGATCTC 14 63 0 TCACCTAGGTTATACGTTGAAAAGAACCTATGA 14 32 1 ATATCGAAATTAGAACATTAACAAGTCTAAATT 1 58 0 TCAGGAAATATAAACCATAAATATTTGCTGGTG 17 122 0 CATCGGATGTGTTAACTTAAAAAAGTTCTGTTA 2 76 0 TATACCCCAATTAAGGTTCAATAATTAGAAAAA 8 91 1 ATGTTTCTAATGGAAGATAAAGAAAGGAGGAGG 13 91 0 AGGTTTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTC 17 59 1 TGAGAAGCTATTTACCTCTAACAATAAATTTCC 13 15 0 AGGAACTTTTTTGAGCATCAACATTTTCAGAGT 16 135 0 GAGTTCTTAAGAAAGCTTAAAAATCAACCTTCG 11 16 1 TTTAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAG 17 163 0 TGTTCTGACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGG 17 212 1 CTTGCTATAATTAAACACCAAAATTTTTATTTA 7 48 1 ** ***** ** * MAP Score: 13.0803 Motif 2 AATTAGAACATTAACAAGTCTAAATTAAGTCAATGAGGATACC 1 41 0 TACGAGCTTTTCATTTTGACCTTTAAAAGCTTCATCTAAACGA 2 19 1 GTGGAAACGCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACATCCGAT 2 65 1 ATCTCCTCCATTATTGATTCAATGGGAAGGTAATATAATTGGA 4 61 0 TTACTCCCTCCCTCCTAAAATAAATAAATTTAG 6 17 0 TATTTAGGCGTTTAGTATACCCTTAGACGATGATTTGATCCAA 7 75 1 AACTTTTTCATTATTATACCCCAATTAAGGTTCAATAATTAGA 8 77 1 ATAAGTTAATTTCCCGATTCCCTTTGAAGATTCTCCAATCCTA 9 23 1 GATCTTGAGTTCTTAAGAAAGCTTAAAAATCAACC 11 2 1 AGGCTATAAGATGATGTTTCTAATGGAAGATAAAGAAAGGAGG 13 94 0 TTATAGCCTTTTATGATTTTCATCAAAAGGTCAGCTTATTAAA 13 128 1 GTTTTCGCTCTTATTTTATCCTCACCTAGGTTATACGTTGAAA 14 11 1 GTGAGTCACTTCAGCATGTCCCCTGGAAGTTTAAGAAAAAGAT 14 66 0 TAACAGATTGTTTGGAATCTTTGTTTAAGTTGCAATTTCCCTG 14 113 0 AACTCTGAAAATGTTGATGCTCAAAAAAGTTCCTAGATGACTA 16 134 1 ATTTCCACCTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGTTC 17 3 1 TTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAAT 17 46 1 ACATCCCAAGATCTTTAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTAT 17 166 0 ** * ** *** * * MAP Score: 11.1609 Motif 3 AGTTCATAATAGCAAAAATCGAAAAGCAAATAA 1 103 1 CCTTTTAGGTAGCAAAATTGTTATATACCATCC 4 31 1 AATTATAGCAAGAAAAATTGGGAAAATGGTAAA 7 27 0 ATAATTAAACACCAAAATTTTTATTTAGGCGTT 7 54 1 TTCAATAATTAGAAAAAATGTCACGAGACGTTC 8 107 1 TTCAACCTGTAGAAAAAATGTAAAATAAACTGA 8 138 0 GAATACCAGAAACAAAAATGTTATATTTTATGA 14 249 1 AAGAATACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAA 16 54 0 ACAGAAACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTAT 17 36 0 AAGCCTTATCAGCAATATTTTCAGGAAATATAA 17 142 0 ** ****** * * MAP Score: 9.69641 Motif 4 GTATAATAATGAAAAAGTTAGATCATTGAT 8 66 0 GCGAAAAATTTATATAAGTTAA 9 2 1 TACCAGAAACAAAAATGTTATATTTTATGA 14 252 1 GTTGATGCTCAAAAAAGTTCCTAGATGACT 16 146 1 GTGTTAACTTAAAAAAGTTCTGTTAAGCGT 2 71 0 TGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTGT 17 66 1 CAACCTGTAGAAAAAATGTAAAATAAACTG 8 139 0 AGAAACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTA 17 37 0 AATAGACATCGAAAAACTTATTAGCACGAT 8 170 1 TGAATGTAATTAAAAAGGTATCCTCATTGA 1 25 1 TCTCGATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAA 16 106 1 GAAAAATTGGGAAAATGGTAAAGAAGGGTA 7 19 0 TTACAACTCTGAAAATGTTGATGCTCAAAA 16 130 1 TTTAGGTAGCAAAATTGTTATATACCATCC 4 34 1 ACGCCTAAATAAAAATTTTGGTGTTTAATT 7 56 0 CAATAATTAGAAAAAATGTCACGAGACGTT 8 109 1 ACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGTA 17 219 1 TGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATTC 16 55 1 TATGCACCAGCAAATATTTATGGTTTATAT 17 118 1 ********** MAP Score: 9.05472 Motif 5 ATAAAGAATTAAGTCATAAAAAATCGGTGGTGATTTGA 1 132 1 TTTTCATTTTGACCTTTAAAAGCTTCATCTAAACGATA 2 26 1 CGGATGTGTTAACTTAAAAAAGTTCTGTTAAGCGTTTC 2 68 0 TGCTACCTAAAAGGTTTAAAACGAGGCTGCAAAAA 4 7 0 GCTATAATTAAACACCAAAATTTTTATTTAGGCGTTTA 7 51 1 TGTCTATTTCAACCTGTAGAAAAAATGTAAAATAAACT 8 140 0 GGTTGAAATAGACATCGAAAAACTTATTAGCACGATAC 8 164 1 GTTCTTAAGAAAGCTTAAAAATCAACCTTCGAAACGCC 11 18 1 GAAAGTCTTCAAGGTATAAAAACTAAGGAAGAATTAAG 16 28 0 ATACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATTCTT 16 49 1 AACATTTTCAGAGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCAT 16 111 0 GAAAATGTTGATGCTCAAAAAAGTTCCTAGATGACTAT 16 140 1 ACCCCTATTTAACTTTCAGAAGATAGGTGGAAAT 17 6 0 TTTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTGTATTT 17 62 1 GTTCTGACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGTATA 17 213 1 *** * **** * * MAP Score: 8.5251 Motif 6 CAACGTAGCTTAAACGAAAAGGGCCACTATT 14 162 0 AAGCTTCATCTAAACGATAAGTGGAAACGCT 2 45 1 CATCCCTCCATAAACAAAAAAGAGAGGAATT 0 13 0 GTCAGCTTATTAAACCAAAAAGACTACACTT 13 157 1 AACAATCTGTTAATCTATAATAGTGGCCCTT 14 144 1 TTGAATACCAGAAACAAAAATGTTATATTTT 14 247 1 TCAGGAAATATAAACCATAAATATTTGCTGG 17 124 0 AATTGCAACTTAAACAAAGATTCCAAACAAT 14 119 1 ACTAAACGCCTAAATAAAAATTTTGGTGTTT 7 60 0 ACGTTGGAATTAAATTATAATCTCTACTGTT 14 187 1 GATGTGAATGTAATTAAAAAGGTATCCTCAT 1 21 1 ATAATAGCAAAAATCGAAAAGCAAATAAAGA 1 108 1 CCTTCCCATTGAATCAATAATGGAGGAGATG 4 74 1 TTATTTTGGATAATCAATGATCTAACTTTTT 8 54 1 TTTAAAGGTCAAAATGAAAAGCTCGTAGGTG 2 15 0 CCTTTTGATGAAAATCATAAAAGGCTATAAG 13 127 0 ***** ***** MAP Score: 7.94226 Motif 7 ATTAAGTCATAAAAAATCGGTGGTGATTTGAAT 1 139 1 GGTCAAAATGAAAAGCTCGTAGGTGGTTAA 2 6 0 GTGTTAACTTAAAAAAGTTCTGTTAAGCGTTTCC 2 67 0 CGCCTAAATAAAAATTTTGGTGTTTAATTATAGC 7 51 0 ATTCCTTTGGACAATTTCCCAGGTGATGCAGG 8 210 1 TCTGGTATTCAAAAGAGCCCAGATACCGATGAAG 14 225 0 AATACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAGGTA 16 50 0 TCTCGATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCT 16 106 1 TACAACTCTGAAAATGTTGATGCTCAAAAAAGTT 16 131 1 TGATGCTCAAAAAAGTTCCTAGATGACTATCATT 16 148 1 TATAAACCATAAATATTTGCTGGTGCATAATTCT 17 113 0 ATATTTCCTGAAAATATTGCTGATAAGGCTTTTA 17 144 1 **** *** ** * MAP Score: 7.5022 Motif 8 GACTTAATTCTTTATTTGCTTTTCGATTTTTGCTATTATGA 1 106 0 TTTCTTCCTCCTTTTATTATT 5 0 1 CCTCCTTTCTACCCTTCTTTACCATTTTCCCAATTTTT 7 7 1 TTCAGTTTATTTTACATTTTTTCTACAGGTTGAAATAGACA 8 137 1 TAAGTTAATTTCCCGATTCCCTTTGAAGATTCTCCAATCCT 9 24 1 GATCTTGAGTTCTTAAGAAAGCTTAAAAATCAA 11 2 1 GTTTCTATAATCCGGACTCCTTAGCACCTTTCTTGCTCATA 13 48 1 CTTGCTCATATCCCTCCTCCTTTCTTTATCTTCCATTAGAA 13 79 1 AGAAACATCATCTTATAGCCTTTTATGATTTTCATCAAAAG 13 116 1 TAACAGATTGTTTGGAATCTTTGTTTAAGTTGCAATTTCCC 14 115 0 TCTCTGAACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCT 16 0 1 TCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTA 16 34 1 AATATTTAAGTTTTACAACTCTGAAAATGTTGATGCTCAAA 16 118 1 ATGATAGTCATCTAGGAACTTTTTTGAGCATCAACATTTTC 16 140 0 ATTTCCACCTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGT 17 3 1 TAAATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCAA 17 33 1 ATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAATATTGCTGATAAGG 17 131 1 CATCCCAAGATCTTTAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTA 17 167 0 *** **** * ** MAP Score: 7.42204 Motif 9 TTTAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATGGA 0 2 1 AATTCTTTATTTGCTTTTCGATTTTTGCTATTATGA 1 106 0 TTTCTTCCTCCTTTTATTATT 5 1 1 TTCTCTTCTAAATTTATTTATTTTAGG 6 1 1 CCTCCTTTCTACCCTTCTTTACCATTTT 7 2 1 TTCTTTACCATTTTCCCAATTTTTCTTGCTATAATT 7 24 1 AGACGTTCAGTTTATTTTACATTTTTTCTACAGGTT 8 132 1 TAGAGGTAAATAGCTTCTCAGTTTCTATAATCCGGA 13 28 1 CTTGCTCATATCCCTCCTCCTTTCTTTATCTTCCAT 13 79 1 AGTTTTCGCTCTTATTTTATCCTCACCTAG 14 4 1 AATTAAATTATAATCTCTACTGTTCTCAAATCTTCA 14 194 1 TCTCTGAACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCC 16 4 1 CTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAA 16 23 1 GGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCAAGTT 17 41 1 * **** ***** MAP Score: 7.08106 Motif 10 TTTTTGTTTATGGAGGGATGCTTAA 0 24 1 AATGAAAAGCTCGTAGGTGGTTAA 2 4 0 AATAATAAAAGGAGGAAGAAA 5 6 0 TATTTATTTTAGGAGGGAGGGAGTAA 6 24 1 AAAGAAGGGTAGAAAGGAGG 7 0 0 TCCAATAATGTGCAAGGAGGGACAGAT 7 113 1 AATCCTATTCTGGAAAGTGGTCAGTAGGG 9 59 1 CATCGGCGTTTCGAAGGTTGATTTTTAAGC 11 30 0 GATATGAGCAAGAAAGGTGCTAAGGAGTCC 13 61 0 TGGAAGATAAAGAAAGGAGGAGGGATATGA 13 84 0 AATTAAGAAAAGAAAGGTTCAGAGA 16 5 0 AACTTTCAGAAGATAGGTGGAAAT 17 4 0 ********** MAP Score: 7.06988 Motif 11 CTAAGATAGTTGATGTGAATGTAATTAA 1 5 1 TTTTGCTATTATGAACTAGGCGAAACCTTATAT 1 87 0 CAAAATGAAAAGCTCGTAGGTGGTTAA 2 4 0 CATTGAATCAATAATGGAGGAGATGAGTGT 4 80 1 CTAAATTTATTTATTTTAGGAGGGAGGGAGTAA 6 17 1 TGATCCAATAATGTGCAAGGAGGGACAGAT 7 110 1 ACTTTCCAGAATAGGATTGGAGAATCTTCAAAG 9 44 0 TGGAAGATAAAGAAAGGAGGAGGGATATGAGCA 13 81 0 TTTTCAACGTATAACCTAGGTGAGGATAAAATA 14 22 0 TACGTTGAAAAGAACCTATGAGATCTTTTTCTT 14 44 1 CAAAAATGTTATATTTTATGAGAGTAATATAAT 14 261 1 AGGCGAGAGGTGGTGAAAGGAC 15 0 1 TTTAACTTTCAGAAGATAGGTGGAAAT 17 4 0 GGATCTAATAAGGACTTAGGTGCATCAAATTAT 17 248 0 TCCTTATTAGATCCTTAAGGTGGTACAAG 17 267 1 *** ******* MAP Score: 5.17592 Motif 12 TTGACTTAATTTAGACTTGTTAATGTTCTAATTTCGA 1 51 1 ATTTTTTATGACTTAATTCTTTATTTGCTTTTCGATT 1 119 0 TGTTAAGCGTTTCCACTTATCGTTTAGATGAAGCTTT 2 44 0 TTCTCTTCTAAATTTATTTATTTTAGGAGGGAGG 6 7 1 TTTACCATTTTCCCAATTTTTCTTGCTATAATTAAAC 7 27 1 TAATTAAACACCAAAATTTTTATTTAGGCGTTTAGTA 7 55 1 TAATCAATGATCTAACTTTTTCATTATTATACCCCAA 8 64 1 AAACGCTCTTAAATCTATTTCTTTTTAGTATGTAC 10 8 1 TCTCTACTGTTCTCAAATCTTCATCGGTATCTGGGCT 14 207 1 ACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACC 16 17 1 CTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATTCTTATC 16 53 1 TTTTACAACTCTGAAAATGTTGATGCTCAAAAAAGTT 16 128 1 AAATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGG 17 34 1 ATACAGGAAATTTAAATTTTTAACTTGCCACAGAAAC 17 61 0 GAAATATAAACCATAAATATTTGCTGGTGCATAATTC 17 114 0 TTTATATTTCCTGAAAATATTGCTGATAAGGCTTTTA 17 141 1 CTGACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGTATAAT 17 216 1 ** ** * ** ** * MAP Score: 4.84026 Motif 13 ATTTCCCGATTCCCTTTGAAGATTCTCCAATCCTA 9 31 1 TTCTCTTCTAAATTTATTTATTTTA 6 0 1 TTAGACTTGTTAATGTTCTAATTTCGATATAAGGT 1 61 1 ATTCTTTATTTGCTTTTCGATTTTTGCTATTATGA 1 106 0 AAATAGCTTCTCAGTTTCTATAATCCGGACTCCTT 13 35 1 GAATCTTTGTTTAAGTTGCAATTTCCCTGTTCTGT 14 107 0 CGCAAACTGCTTATTTTGGATAATCAATGATCTAA 8 44 1 CTAGGTTATATTCCTTTGGACAATTTCCCAGGTGA 8 201 1 ATACCCCAATTAAGGTTCAATAATTAGAAAAAATG 8 92 1 TTTAATTACATTCACATCAACTATCTTAG 1 4 0 CTCTGAACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTT 16 11 1 TTAAATTTCCTGTATTTCGATTTTCGCATGAGAAT 17 83 1 CTTTCTACCCTTCTTTACCATTTTCCCAATTTTTC 7 14 1 AGAGCCCAGATACCGATGAAGATTTGAGAACAGTA 14 211 0 GGAACTTTTTTGAGCATCAACATTTTCAGAGTTGT 16 132 0 CTTAAATATTTTTCCATCGAGAATCATCTTAATGC 16 93 0 * * *** * **** MAP Score: 3.46437 Motif 14 CCATAAACAAAAAAGAGAGGAATTAAA 0 7 0 TTTTTGTTTATGGAGGGATGCTTAA 0 24 1 AATAATAAAAGGAGGAAGAAA 5 2 0 TATTTATTTTAGGAGGGAGGGAGTAA 6 24 1 AAAGAAGGGTAGAAAGGAGG 7 0 0 ATAATGTGCAAGGAGGGACAGAT 7 117 1 TTCAATAATTAGAAAAAATGTCACGAGACG 8 107 1 TTCAACCTGTAGAAAAAATGTAAAATAAAC 8 141 0 TAAAGAAAGGAGGAGGGATATGAGCAAGAA 13 77 0 AGGCGAGAGGTGGTGAAAGG 15 0 1 AAGAATTAAGAAAAGAAAGGTTCAGAGA 16 8 0 TTTAACTTTCAGAAGATAGGTGGAAAT 17 7 0 ********** MAP Score: 3.26067