AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248571
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB1936	49	PAB1936
#1	PAB2415	284	hypothetical protein
#2	PAB1737	148	PAB1737
#3	PAB1389	300	PAB1389
#4	PAB1213	148	PAB1213

Motif 1
GAAATATAAAAACCTTATTTGAGAAGTCGAG      	0	28	1
TTATCTCAGCTATCCTATCAGTGGAATGGAAAGACCT	1	52	1
CGTTTTGAAAATTCTAATTAGTGAAACCCAACAATAG	2	31	0
        TATTAATATTTTGGGTAACTTAATGTTTT	3	2	1
ACTCCTCATTTTAATGTTTGGAGGAATGCAAATCCTC	3	42	1
GATATTGTTTTCCCGTATTGGTGAAATTACGCCTCAT	3	88	1
CTAAGGTGATAATCAAAATAGGGAAATGATGTTATTT	3	186	0
ACTTGAAACTTAAATACTTTGTGCAATATTTAACCTA	3	220	0
    CCTGGGTCACCCATTGGAGTTATGACTGACCAG	3	277	0
AATATAATGCTCACAACTTAGCGTAATGTTCAAAAAT	4	104	1
          *  *  *** * * ***
MAP Score: 6.28002

Motif 2
GAGGTCTTTCCATTCCACTGATAGGATAGCTGAGATA	1	53	0
CTGCTTCCGTCATAGCTACATCTGGAGCTTGAAGCAT	1	147	0
TCCCCTTATACTTTCTATTGTTGGGTTTCACTAATTA	2	17	1
ACAACTATTAGTTGCCAACGATGGGTTGATAAAATGA	2	76	1
TGGAACTCCTCATTTTAATGTTTGGAGGAATGCAAAT	3	38	1
TCTGGATATTGTTTTCCCGTATTGGTGAAATTACGCC	3	84	1
TCCCTATTTTGATTATCACCTTAGGTTAAATATTGCA	3	199	1
TAAGTTTCAAGTTCTCATTCTTAGGTGTATGACTGGT	3	245	1
ACTGGTCAGTCATAACTCCAATGGGTGACCCAGG   	3	276	1
GTTCAAAAATGTTCACGAAATTAGGGG          	4	131	1
          ***  *    ** ****
MAP Score: 5.01117

Motif 3
TCTCAGCTATCCTATCAGTGGAATGGAAAGA	1	55	1
GAAGAGAAGCCCGGTTGGTGGGTGAGGTGGT	1	258	1
CCTTATACTTTCTATTGTTGGGTTTCACTAA	2	20	1
TTTGAAAATTCTAATTAGTGAAACCCAACAA	2	34	0
ATTTTATCAACCCATCGTTGGCAACTAATAG	2	80	0
ATGTCAAATTTTAATTGGTGATGTATC    	2	131	1
ATTGTTTTCCCGTATTGGTGAAATTACGCCT	3	91	1
AGTCATAACTCCAATGGGTGACCCAGG    	3	283	1
          ** ********
MAP Score: 4.41787

Motif 4
CTCGTTTTGAAAATTCTAATTAGTGAAACCC	2	39	0
GTAGAATGTCAAATTTTAATTGGTGATGTAT	2	126	1
AATGTTTTGGAACTCCTCATTTTAATGTTTG	3	31	1
GGAGGAATGCAAATCCTCAATTTTCTGGATA	3	61	1
TTTTACCTTAACTTTCTCAATCCTTAAGATA	3	124	0
TTTAAGTTTCAAGTTCTCATTCTTAGGTGTA	3	243	1
          ** ********
MAP Score: 2.78223

Motif 5
AAGAGTATCGATGCGAACAAGCTAACTGCC	1	113	0
ACTAATTAGAATTTTCAAAACGAGATTTTA	2	46	1
TCAAAACGAGATTTTAACAACTATTAGTTG	2	60	1
AACCCTTTTCATTTTATCAACCCATCGTTG	2	91	0
TTTTACCTTAACTTTCTCAATCCTTAAGAT	3	125	0
TTAGGTTAAATATTGCACAAAGTATTTAAG	3	219	1
AATATTGCAAATGTTCTTAAACGGAAGGGA	4	23	0
ACGATCATATTTGTGCATAACAAATAGTTC	4	58	1
GCATAACAAATAGTTCACAATAAGTTTATA	4	72	1
TAAAAATATAATGCTCACAACTTAGCGTAA	4	100	1
ACTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGA	4	119	1
ATGTTCAAAAATGTTCACGAAATTAGGGG 	4	129	1
          **********
MAP Score: 2.61036

Motif 6
CATCGTTGGCAACTAATAGTTGTTAAAATCTCGTTTT	2	62	0
ATTAGTTGCCAACGATGGGTTGATAAAATGAAAAGGG	2	82	1
TATTTTGGGTAACTTAATGTTTTGGAACTCCTCATTT	3	16	1
TACGCCTCATATCTTAAGGATTGAGAAAGTTAAGGTA	3	115	1
AAGCGTTATGACCAAATGGTCATCAAATAACATCATT	3	162	1
ACCAACGAACTCCCTTCCGTTTAAGAACATTTGCAAT	4	13	1
ATTTGTGCATAACAAATAGTTCACAATAAGTTTATAA	4	66	1
CTCACAACTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAA	4	113	1
          * * **  ***   ***
MAP Score: 1.62485

Motif 7
GGAATGGAAAGACCTCCTGGCTGCAGCGGTTGGAATGGCG	1	74	1
TATAGGTGCAGCCCTCAGCGGAGCCGTGTTCATCTTCGCG	1	185	1
GTACCTTCTCGTCCTCTTGATCGCGAAGATGAACACGGCT	1	206	0
AGGAAGAGAAGCCCGGTTGGTGGGTGAGGTGGTGAATC  	1	256	1
GTTATTTGATGACCATTTGGTCATAACGCTTTGAATTATT	3	153	0
          * **   ***  *  * * *
MAP Score: 0.560039