AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions007_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248588
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB1936	49	PAB1936
#1	PAB0485	200	hypothetical protein
#2	PAB2415	284	hypothetical protein
#3	PAB1737	148	PAB1737
#4	PAB1389	300	PAB1389
#5	PAB1213	148	PAB1213

Motif 1
ATGACAAGCGGAAAGTGAAGATGAGGGTGATAAA 	1	9	0
TCCTATATATGAAAGATAACTTTCATGGATATGCA	1	55	1
CATGAAGGGCGAAGGTAAACATTTATAAGAATGGG	1	119	1
CCATTCCACTGATAGGATAGCTGAGATAACCATAA	2	46	0
TCGTCCTCTTGATCGCGAAGATGAACACGGCTCCG	2	203	0
GCCAACGATGGGTTGATAAAATGAAAAGGGTTTTG	3	89	1
TTTTGTAGTAGAATGTCAAATTTTAATTGGTGATG	3	119	1
ATGTTTGGAGGAATGCAAATCCTCAATTTTCTGGA	4	55	1
ATATCTTAAGGATTGAGAAAGTTAAGGTAAAATAA	4	123	1
ATACACCTAAGAATGAGAACTTGAAACTTAAATAC	4	240	0
          *** *  **  ****
MAP Score: 6.75823

Motif 2
ATTCGAACCCAACCATTCGTTTTCAACATGAAGGGCGAAGGTAA	1	93	1
ATGGGTCATAAACCAATGGTGGTGTTCCTTGAAGAAAAATCCAT	1	149	1
ACGAGATTTTAACAACTATTAGTTGCCAACGATGGGTTGATAAA	3	65	1
TGCAATATTTAACCTAAGGTGATAATCAAAATAGGGAAATGATG	4	192	0
ACTTATTGTGAACTATTTGTTATGCACAAATATGATCGTTAATG	5	53	0
TAATGCTCACAACTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAAAT	5	108	1
          ***     **  *   **   * *
MAP Score: 5.78715

Motif 3
AACCTTATTTGAGAAGTCGAG          	0	38	1
TATCCTATCAGTGGAATGGAAAGACCTCCTG	2	62	1
TCGCGATCAAGAGGACGAGAAGGTACGAGAC	2	220	1
CGAGACGGAGGAGGAAGAGAAGCCCGGTTGG	2	245	1
GTTGGTGGGTGAGGTGGTGAATC        	2	271	1
ACATTAAAATGAGGAGTTCCAAAACATTAAG	4	28	0
TTAATGTTTGGAGGAATGCAAATCCTCAATT	4	52	1
CTTAAGGATTGAGAAAGTTAAGGTAAAATAA	4	127	1
ACCTAAGAATGAGAACTTGAAACTTAAATAC	4	240	0
          ******* ***
MAP Score: 5.03655

Motif 4
AATATAAAAACCTTATTTGAGAAGTCGAG    	0	30	1
AAAAAGGTTTTCCTATATATGAAAGATAACTTT	1	45	1
TCGAATATCTGCATATCCATGAAAGTTATCTTT	1	66	0
 TTAAGACCCTCCCATGCATGGATTTTTCTTCA	1	178	0
ATCTCAGCTATCCTATCAGTGGAATGGAAAGAC	2	54	1
TTTTGAAAATTCTAATTAGTGAAACCCAACAAT	3	33	0
TATTGTTTTCCCGTATTGGTGAAATTACGCCTC	4	90	1
CAGTCATAACTCCAATGGGTGACCCAGG     	4	282	1
TCATTAACGATCATATTTGTGCATAACAAATAG	5	52	1
          ** ***  *****
MAP Score: 4.97278

Motif 5
          TTTATCACCCTCATCTTCACTTTCCGC	1	0	1
AGAGTACATAATAGTGTTCCTTATGGTTATCTCAGCT	2	26	1
GTTCGCATCGATACTCTTCTTCATGCTTCAAGCTCCA	2	125	1
        AATTCTATCCCCTTATACTTTCTATTGTT	3	2	1
ACTTAATGTTTTGGAACTCCTCATTTTAATGTTTGGA	4	27	1
GTTTGGAGGAATGCAAATCCTCAATTTTCTGGATATT	4	57	1
TACCTTAACTTTCTCAATCCTTAAGATATGAGGCGTA	4	115	0
ACGCTTTGAATTATTTTACCTTAACTTTCTCAATCCT	4	131	0
AGTATTTAAGTTTCAAGTTCTCATTCTTAGGTGTATG	4	239	1
          **     *******  *
MAP Score: 3.25177

Motif 6
CTTCTCAAATAAGGTTTTTATATTTCATCGAT	0	22	0
ATTTATAAGAATGGGTCATAAACCAATGGTGG	1	139	1
GTTGGCAACTAATAGTTGTTAAAATCTCGTTT	3	63	0
GTTGCCAACGATGGGTTGATAAAATGAAAAGG	3	86	1
ATAAAATGAAAAGGGTTTTGTAGTAGAATGTC	3	104	1
TGGGTAACTTAATGTTTTGGAACTCCTCATTT	4	21	1
CTCATATCTTAAGGATTGAGAAAGTTAAGGTA	4	120	1
GTTATGACCAAATGGTCATCAAATAACATCAT	4	166	1
GAATATTGCAAATGTTCTTAAACGGAAGGGAG	5	22	0
GAACATTTGCAATATTCATTAACGATCATATT	5	37	1
GTGCATAACAAATAGTTCACAATAAGTTTATA	5	70	1
AACTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAA	5	118	1
          ******* * **
MAP Score: 3.12651

Motif 7
GTCATTAAAAAGGTTTTCCTATATATGAAAGATAACT	1	39	1
ATGCAGATATTCGAACCCAACCATTCGTTTTCAACAT	1	85	1
TGAAGGGCGAAGGTAAACATTTATAAGAATGGGTCAT	1	121	1
TTTTTCTTCAAGGAACACCACCATTGGTTTATGACCC	1	151	0
GGCAGTTAGCTTGTTCGCATCGATACTCTTCTTCATG	2	113	1
TGTAGCTATGACGGAAGCAGCTATAGGTGCAGCCCTC	2	164	1
TTTCTATTGTTGGGTTTCACTAATTAGAATTTTCAAA	3	28	1
TCAAAACGAGATTTTAACAACTATTAGTTGCCAACGA	3	60	1
CCAAAACATTAAGTTACCCAAAATATTAATA      	4	4	0
TTTCTGGATATTGTTTTCCCGTATTGGTGAAATTACG	4	82	1
TTTAAGTTTCAAGTTCTCATTCTTAGGTGTATGACTG	4	243	1
GTGAACTATTTGTTATGCACAAATATGATCGTTAATG	5	53	0
          * ***  **   *** *
MAP Score: 2.85328

Motif 8
    TTTATCACCCTCATCTTCACTTTCCGC	1	6	1
TTTACCTTCGCCCTTCATGTTGAAAACGAAT	1	107	0
CTCGTACCTTCTCGTCCTCTTGATCGCGAAG	2	218	0
GCTTCTCTTCCTCCTCCGTCTCGTACCTTCT	2	237	0
  AATTCTATCCCCTTATACTTTCTATTGTT	3	8	1
TGTTTTGGAACTCCTCATTTTAATGTTTGGA	4	33	1
GGTGAAATTACGCCTCATATCTTAAGGATTG	4	107	1
CCAACGAACTCCCTTCCGTTTAAGAACATTT	5	14	1
          CCCCTAATTTCGTGAACATTT	5	137	0
          ******** **
MAP Score: 1.95626

Motif 9
GTCATTAAAAAGGTTTTCCTATATATGAAAGATAACTTTCA	1	39	1
TGAAGGGCGAAGGTAAACATTTATAAGAATGGGTCATAAAC	1	121	1
AAACCAATGGTGGTGTTCCTTGAAGAAAAATCCATGCATGG	1	158	1
TGGTTATCTCAGCTATCCTATCAGTGGAATGGAAAGACCTC	2	49	1
TTTCTATTGTTGGGTTTCACTAATTAGAATTTTCAAAACGA	3	28	1
TTGCCAACGATGGGTTGATAAAATGAAAAGGGTTTTGTAGT	3	87	1
ACTTAATGTTTTGGAACTCCTCATTTTAATGTTTGGAGGAA	4	27	1
TTAAATACTTTGTGCAATATTTAACCTAAGGTGATAATCAA	4	207	0
GGTGTATGACTGGTCAGTCATAACTCCAATGGGTGACCCAG	4	268	1
AAAAATATAATGCTCACAACTTAGCGTAATGTTCAAAAATG	5	101	1
          **** *    * *    ** *
MAP Score: 0.161989