AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248610
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ndaD	206	PAB0090
#1	dppA-1	27	PAB0091
#2	appA	138	PAB0627
#3	appB-2	38	PAB0628
#4	PAB1344	40	PAB1344
#5	PAB1343	185	PAB1343
#6	PAB1195	22	PAB1195
#7	PAB1194	186	PAB1194

Motif 1
GGCACTATAATTTTTAAATTTATTAAAGATC	0	109	0
ACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGATT	2	101	0
CCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGG	4	12	1
ATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATT	5	146	1
TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTGG	3	10	1
GATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCTG	7	110	1
GTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAAATTTT	2	61	0
AAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAGAT	0	81	1
TTTGTCATGATTTATAATTTAGTCTCCAATT	2	82	0
ATTGCTAATATATTAAATTTTCACACTAATT	0	151	0
ATTTATTGTTTATAAAAATTTCTCAATTTTA	2	47	1
ATAACATGTTCTTATAATTTATCACTTTAAT	5	36	1
CCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTAT	7	52	1
TGGCAATTTATATATAAGGTTTTTGGTTTAA	5	122	0
         ACTTTTACTTTTTTGTAAAAAT	0	1	1
TCCTTAGCTGCTCATAATTTTCGTTAATTGT	5	74	1
          ******* ***
MAP Score: 21.0831

Motif 2
ATCAGGGAATGAGGTGACTTAAGTA       	0	191	1
ACCATTTTTGGAGGTGAAGAACT         	1	14	1
AAATTATAATGAGGTGGACAAAT         	5	172	1
    AGGCGAGAGGTGGTGAAAGGAC      	6	6	1
AACATTTTCAGAGTTGTAAAACTTAAATATTT	7	117	0
CTATCATTGGGAGGTGTGATAA          	7	174	1
          *******  ***
MAP Score: 7.7506

Motif 3
      GACTCTACCTCCGACTGTTTTCAT	2	4	1
         GCTCCCTCCAAAGAATTAAAA	3	27	0
  CTCTTACCCTCCCTACAAAATTTAAAAA	4	22	0
     GTTAACTCCCACCTATGATTTATAG	5	5	1
 TTATCACACCTCCCAATGATAGTCATCTA	7	167	0
          **********
MAP Score: 5.15531