AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248623
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0088	300	hypothetical protein
#1	PAB0089	39	hypothetical protein
#2	ndaD	206	PAB0090
#3	dppA-1	27	PAB0091
#4	appA	138	PAB0627
#5	appB-2	38	PAB0628
#6	PAB1344	40	PAB1344
#7	PAB1343	185	PAB1343
#8	PAB1195	22	PAB1195
#9	PAB1194	186	PAB1194
#10	PAB1193	286	hypothetical protein

Motif 1
AATCATGACAAAACTTATAAATAGAGAGGGT	4	101	1
AATTTCGTTCAAATTTATAAAAGATGGCAAT	7	146	0
GATCTTTAATAAATTTAAAAATTATAGTGCC	2	109	1
CCTCCCTACAAAATTTAAAAAAGAAGAGAGG	6	12	0
GTTTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTC	10	61	1
TAAAAGATGGCAATTTATATATAAGGTTTTT	7	129	0
CTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGTTCTTA	10	18	1
CAGAGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCATC	9	110	0
GATCTGACGCCAATTTTAAAAATAAAAGACT	2	82	0
TAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAG	10	163	0
GAAGCCCATTAAAGTGATAAATTATAAGAAC	7	43	0
AACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATTTA	10	33	0
TACATTTGTCCAAATGAAAAAGTTTCAATGA	2	43	0
TAAAATTGAGAAATTTTTATAAACAATAAAT	4	47	0
ATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAA	4	66	0
AATTAGTGTGAAAATTTAATATATTAGCAAT	2	151	1
TTAGGTGCATCAAATTATACACCAGAATAAA	10	235	0
AATACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAG	9	53	0
AATTGGAGACTAAATTATAAATCATGACAAA	4	82	1
TGAAAGTCTTCAAGGTATAAAAACTAAGGAA	9	36	0
CCAAAGAATTAAAATTAAAAGAAAAGAAAAA	5	10	0
AAAAAATTACAAAATGATGAAAAGAAAAATC	0	14	0
TATACTTTCCCAAATAAAAAAATTACAAAAT	0	30	0
CCTCAGAAATAAAATAATATAACATCACCTA	0	63	0
ACAATTAACGAAAATTATGAGCAGCTAAGGA	7	74	0
CTCCTGCTCACAACTTTTGCA          	1	28	1
          *** *******
MAP Score: 30.5848

Motif 2
          TTTTGATTTTTCTTTTCATCATTTTGTAATTTTTT	0	0	1
TTGGGAAAGTATAAATAGGTGATGTTATATTATTTTATTTCTGAG	0	48	1
CAATTGCATAACATATTATTGCGGCGCTTATCTTTGCCGCCCAGC	0	187	0
AGACAGGACTTGCAAAGAGTGCTATAGTATCGTTTGCAATAGCTT	0	260	1
AAGGGAGCAGTAAATATTCTCCTGCTCACAACTTTTGCA      	1	10	1
TTTCATTTGGACAAATGTATAATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAA	2	55	1
TCACACTAATTTTTGTTAATCAGGCACTATAATTTTTAAATTTAT	2	117	0
CTGATTATTAATTAATTGCTAATATATTAAATTTTCACACTAATT	2	151	0
TCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGATTTATAATTTAGTCTCCAAT	4	83	0
TTCTTATAATTTATCACTTTAATGGGCTTCTCCTTAGCTGCTCAT	7	44	1
TGAACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAA	9	14	1
CTTAATGCTCAGATAAGAATACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTC	9	56	0
CAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTGTATTTCGATTTTCGCATGAGA	10	71	1
ATTATGCACCAGCAAATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAATAT	10	116	1
TTATATTTCCTGAAAATATTGCTGATAAGGCTTTTAAACTTGGAA	10	142	1
AGATCTTGGGATGTCTTTGTTCTGACGTAACCCTTAAATATTTAT	10	195	1
CGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGTATAATTTGATGCACCTA	10	220	1
          *    *   * ***   *    ***
MAP Score: 5.63151

Motif 3
AATATAACATCACCTATTTATACTTTCCCAA	0	48	0
CGCCCAGCTGTACCTCCTTGTTAACCAGAAA	0	164	0
 TACTTAAGTCACCTCATTCCCTGATTATTA	2	186	0
     GACTCTACCTCCGACTGTTTTCATGA	4	5	1
          CTCCTCTCTTCTTTTTTAAAT	6	0	1
 GTTAACTCCCACCTATGATTTATAGAATAA	7	9	1
   ATTTGTCCACCTCATTATAATTTCGTTC	7	167	0
GTCCTTTCACCACCTCTCGCCT         	8	1	0
    TTATCACACCTCCCAATGATAGTCATC	9	169	0
     ATTTCCACCTATCTTCTGAAAGTTAA	10	5	1
TAATTTGATGCACCTAAGTCCTTATTAGATC	10	249	1
          ********* *
MAP Score: 5.19281

Motif 4
TTGATTTTTCTTTTCATCATTTTGTAATTTTTTTATTTGG	0	12	1
TTCGTCAATATTATACCAATTGCATAACATATTATTGCGG	0	208	0
TTTGCAAGTCCTGTCTTAAATGTGCAAGTTCGTCAATATT	0	236	0
        ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAAT	2	2	1
CTTTCCAATTTCATTGAAACTTTTTCATTTGGACAAATGT	2	33	1
TATTAAAGATCTGACGCCAATTTTAAAAATAAAAGACTTG	2	80	0
GGCGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTATAGTGCCTG	2	102	1
ATTCCCTGATTATTAATTAATTGCTAATATATTAAATTTT	2	161	0
TGAGAAATTTTTATAAACAATAAATTAGTTTATAGTTCAT	4	32	0
AGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAAATTTTTATAAACA	4	53	0
ATATAATCAACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGATT	4	101	0
          TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTG	5	0	1
       CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGG	6	3	1
GAATAACATGTTCTTATAATTTATCACTTTAATGGGCTTC	7	34	1
CTGCTCATAATTTTCGTTAATTGTCCAATTAGAATCTCGA	7	81	1
TATATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATT	7	137	1
AACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTT	9	16	1
AGTTTTTATACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTA	9	42	1
TTAAGAACCCCTATTTAACTTTCAGAAGATAGGTGGAAAT	10	10	0
AAATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCAA	10	34	1
TTCTAGGTTTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTG	10	55	1
ATCCCAAGATCTTTAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTA	10	167	0
          ** *    * **   ** **
MAP Score: 3.12529

Motif 5
TGATTTTTCTTTTCATCATTTTGTAATTTTTTTATTTGG	0	13	1
       ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAAT	2	3	1
TAATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAGATC	2	74	1
AAAATTGGCGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTATA	2	96	1
TATAAACTAATTTATTGTTTATAAAAATTTCTCAATTTT	4	38	1
TATAAAAATTTCTCAATTTTATAAAAATTGGAGACTAAA	4	57	1
         TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTG	5	1	1
      CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGG	6	4	1
ATTTATAGAATAACATGTTCTTATAATTTATCACTTTAA	7	27	1
ATATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATT	7	138	1
CTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGA	9	19	1
TTTTATACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATT	9	45	1
TATTTAAGTTTTACAACTCTGAAAATGTTGATGCTCAAA	9	120	1
ATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCAAG	10	36	1
          *    * ***   *** **
MAP Score: 2.52157