AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions009_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248642
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ileS	250	PAB0616
#1	PAB1727	83	hypothetical protein
#2	PAB0660	116	hypothetical protein
#3	metS	73	PAB2364
#4	cysS	116	PAB0931

Motif 1
CCCTCAGCGCGGGGGGGTCCAAGGAAAAGT	0	40	0
CCCGCGCTGAGGGGCGAGGCTTTCAAAAGA	0	57	1
ATCCCAACTTTGGGCGATGCTAATGAGGGG	0	145	1
ATGCTAATGAGGGGGGATCTATTTATCATC	0	161	1
ATAAACGTCTGGAGGGTTCTGAA       	0	237	1
     AGTTGGGGGCTATCCTAACTTCCTT	2	5	1
TAAGACATGTGGGGGGAGGTAAA       	3	60	1
GTAAAATTTTTTGGTGATGTAAAA      	4	4	0
GATTTTAGCCAGGGGGAGGAC         	4	105	1
          **********
MAP Score: 9.94608

Motif 2
GAACTACAACTTCAATCAAGGTTCTATACTTAT	0	85	1
TCCTATGAGCTCAAATTAAGGTCTTCCTCTTCT	0	189	1
GGTTAGCTACTTCTATAAACGTCTGGAGGGTTC	0	223	1
AAAATTGGCGTTTAATAAAGGTTTGGTAAAATG	1	20	1
ATATATATGGTTTAATTTAAGTTAGAATCGGTG	1	53	1
ATGTTTAAATTTGCCTTCAGGTTAAGACATGTG	3	38	1
AAACGTTGCTTTCTCTTAAGGTTGCCAAAACCG	4	49	1
          **  ** ******
MAP Score: 4.99136

Motif 3
         TTTAGAATATTACTCCCTACATCTAT	0	1	1
CTACATCTATTAAGACTTTTCCTTGGACCCCCCCG	0	26	1
AGAACCTTGATTGAAGTTGTAGTTCTTTTGAAAGC	0	75	0
TAGAAAATCTTATAAGTTCTCATCCCAACTTTGGG	0	124	1
ATGAGGGGGGATCTATTTATCATCCTATGAGCTCA	0	167	1
TATGGTTTAATTTAAGTTAGAATCGGTGAATTAAG	1	58	1
ACTTCCTTTAAAATATTTGTCGTCGTTGGCTTTAA	2	27	1
CAAGTCCCTTTAAAATGTTTCATTCTTTGACATCT	2	71	0
CTTCGTAATGTTTAAATTTGCCTTCAGGTTAAGAC	3	31	1
TTTGGAGTATTTAAACGTTGCTTTCTCTTAAGGTT	4	37	1
          **  * ** ** ***
MAP Score: 3.6775