AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248657
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2337	78	PAB2337
#1	PAB2334	39	PAB2334
#2	PAB2333	162	PAB2333
#3	PAB1899	200	PAB1899
#4	ugd	55	PAB0770
#5	PAB0773	78	PAB0773
#6	PAB1379	67	PAB1379
#7	PAB1378	115	PAB1378
#8	PAB1182	31	PAB1182
#9	PAB1179	87	hypothetical protein
#10	PAB1176	78	PAB1176

Motif 1
TGACAAGAACTAATGACTAATTTTTCATCTTTTCGTT	0	18	1
ATTAAGTCAATGAGGATACCTTTTTAATTACATTCAC	2	24	0
   ATTCAAATCACCACCGATTTTTTATGACTTAATT	2	138	0
ATATTCGAACCCAACCATTCGTTTTCAACATGAAGGG	3	92	0
TCTTTCATATATAGGAAAACCTTTTTAATGACAAGCG	3	149	1
          TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCT	4	0	1
    CAGCGTTTAACCTTGCCTTTTTACCTCTCTTTC	6	6	1
AAATGGTTTTATATCCAGCCATTTTTAGAAAATA   	7	91	1
ATCAAATCGTTGAGCATAAAGTTTTAATTTAATATCA	10	31	0
          * * **   * **** *
MAP Score: 10.1029

Motif 2
  TTAAGCATCCCTCCATAAACAAAAAAGAGAG	1	18	0
CTTTTTAATTACATTCACATCAACTATCTTAG 	2	9	0
CAATGAGGATACCTTTTTAATTACATTCACATC	2	21	0
GGTTTATGACCCATTCTTATAAATGTTTACCTT	3	57	1
TTTACCTTCGCCCTTCATGTTGAAAACGAATGG	3	82	1
ATGAAAGATAACTTTCATGGATATGCAGATATT	3	124	0
ATGAAAGTTATCTTTCATATATAGGAAAACCTT	3	139	1
ATATAGGAAAACCTTTTTAATGACAAGCGGAAA	3	157	1
  TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTCACG	4	8	1
GATGTCGATAACCTACATATGTACCTACATATG	7	24	1
CTACATATGTACCTACATATGTAGTTCAACTTT	7	36	1
ATGTAGTTCAACTTTTACAGGCACTTCCACACA	7	54	1
TTATATCCAGCCATTTTTAGAAAATA       	7	99	1
          *********   *
MAP Score: 8.88393

Motif 3
GTTTATCTACCTTTTCTGGATTGGTATTCTTCCAGT     	0	52	1
TAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATGGAGGGATGCTTAA    	1	12	1
TCTTTATTTGCTTTTCGATTTTTGCTATTATGAACTAGGCG	2	98	0
GTTTATGACCCATTCTTATAAATGTTTACCTTCGCCCTTCA	3	58	1
TGAAAGATAACTTTCATGGATATGCAGATATTCGAACCCAA	3	115	0
TGAAAGTTATCTTTCATATATAGGAAAACCTTTTTAATGAC	3	140	1
TACGTGAGGGCTTTAATAAAAAGGTGATGGTGA        	4	2	0
   TTTTATTCTTTTTTGATGTCGATAACCTACATATGTAC	7	7	1
         TATTTTCTAAAAATGGCTGGATATAAAACCAT	7	93	0
          ****  ** * * *      *
MAP Score: 7.8126

Motif 4
TAGATAAACGAAAAGATGAAAAATTAGTCATTA	0	28	0
CCAATCCAGAAAAGGTAGATAAACGAAAAGATG	0	43	0
AAACAAAAAAGAGAGGAATTAAA          	1	0	0
TTTGTTTATGGAGGGATGCTTAA          	1	26	1
TAGTTGATGTGAATGTAATTAAAAAGGTATCCT	2	16	1
GCAAAAATCGAAAAGCAAATAAAGAATTAAGTC	2	114	1
TCAACATGAAGGGCGAAGGTAAACATTTATAAG	3	72	0
AAAGTGAAGATGAGGGTGATAAA          	3	187	1
TATAAACACTGAACGGTGTTCAATT        	5	63	1
GTTAAAATCGAAAGAGAGGTAAAAAGGCAAGGT	6	19	0
ATGTACCTACATATGTAGTTCAACTTTTACAGG	7	42	1
ATTCAGGCATGAATGATATTAAATTAAAACTTT	10	18	1
TATAGCGTTTGGACGATAATCAAATCGTTGAGC	10	53	0
          *** * ** ****
MAP Score: 6.55979

Motif 5
AAACAAAAAAGAGAGGAATTAAA         	1	1	0
TAGTTGATGTGAATGTAATTAAAAAGGTATCC	2	16	1
TTCACTTTCCGCTTGTCATTAAAAAGGTTTTC	3	163	0
AAGTGAAGATGAGGGTGATAAA          	3	188	1
GATCCTAGAGGCATGTTTTAAAAAATTATAAA	5	20	1
ATAAAACCCCGAAGGGTATAAACACTGAACGG	5	47	1
TCTAAAAATGGCTGGATATAAAACCATTTTTT	7	88	0
CTCCCCCGATGATTGTGATATACGGGGACAGA	9	65	0
ATTCAGGCATGAATGATATTAAATTAAAACTT	10	18	1
          ** *** *****
MAP Score: 6.41088

Motif 6
TAGATAAACGAAAAGATGAAAAATTAGTCATTA	0	28	0
CCAATCCAGAAAAGGTAGATAAACGAAAAGATG	0	43	0
TAAACAAAAAAGAGAGGAATTAAA         	1	1	0
TTATATCGAAATTAGAACATTAACAAGTCTAAA	2	60	0
GCAAAAATCGAAAAGCAAATAAAGAATTAAGTC	2	114	1
CAAATAAAGAATTAAGTCATAAAAAATCGGTGG	2	129	1
CATTTATAAGAATGGGTCATAAACCAATGGTGG	3	49	0
AAAGTGAAGATGAGGGTGATAAA          	3	187	1
ACGTATAAGTACAAGGGGAGAAAGATA      	4	38	1
GGCATGTTTTAAAAAATTATAAAACCCCGAAGG	5	29	1
TATAAAACCCCGAAGGGTATAAACACTGAACGG	5	46	1
TAAAATCGAAAGAGAGGTAAAAAGGCAAGGTTA	6	17	0
GTATCACCCCTCAAAGAAATTAATGTTAAAATC	6	43	0
TATCGACATCAAAAAAGAATAAAA         	7	1	0
CCATTTCCTTAGGAGGACAGAAAA         	8	17	1
          * ****  *****
MAP Score: 5.55693

Motif 7
TACATTCACATCAACTATCTTAG       	2	3	0
ATATAAGGTTTCGCCTAGTTCATAATAGCA	2	87	1
ATTCAAATCACCACCGATTTTTTATGACTT	2	142	0
ATGGTTGGGTTCGAATATCTGCATATCCAT	3	111	1
    TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCC	4	6	1
CATATGTAGTTCAACTTTTACAGGCACTTC	7	51	1
GAACATCTATTCAACTATTTGAGAAAAAAT	9	15	1
TTAAGCGAATTCACATATCTGTCCCCGTAT	9	48	1
AACTTTATGCTCAACGATTTGATTATCGTC	10	45	1
          **********
MAP Score: 4.84248

Motif 8
TAATTTTTCATCTTTTCGTTTATCTACCTTTTCT	0	35	1
    TTTAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATGGAGG	1	6	1
         CTAAGATAGTTGATGTGAATGTAAT	2	1	1
TGACTTAATTTAGACTTGTTAATGTTCTAATTTC	2	52	1
ATATAAGGTTTCGCCTAGTTCATAATAGCAAAAA	2	87	1
TCAAATCACCACCGATTTTTTATGACTTAATTCT	2	136	0
AAGGAACACCACCATTGGTTTATGACCCATTCTT	3	41	1
ATATATAGGAAAACCTTTTTAATGACAAGCGGAA	3	155	1
    TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTCAC	4	6	1
  TATCTTTCTCCCCTTGTACTTATACGTGAGGG	4	33	0
ATTTTAACATTAATTTCTTTGAGGGGTGATACT 	6	44	1
CATATGTAGTTCAACTTTTACAGGCACTTCCACA	7	51	1
GAACATCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATATTT	9	15	1
TGGACGATAATCAAATCGTTGAGCATAAAGTTTT	10	43	0
          **  ** *** ***
MAP Score: 3.54657