AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248671
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2337	78	PAB2337
#1	PAB2334	39	PAB2334
#2	PAB2333	162	PAB2333
#3	PAB1899	200	PAB1899
#4	ugd	55	PAB0770
#5	PAB0773	78	PAB0773
#6	PAB1379	67	PAB1379
#7	PAB1378	115	PAB1378
#8	PAB1376	141	hypothetical protein
#9	PAB1182	31	PAB1182
#10	PAB1179	87	hypothetical protein
#11	PAB1176	78	PAB1176

Motif 1
CAATGAGGATACCTTTTTAATTACATTCAC	2	24	0
ATATAGGAAAACCTTTTTAATGACAAGCGG	3	157	1
  TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTC	4	8	1
GTTTAACCTTGCCTTTTTACCTCTCTTTCG	6	14	1
TGGATATAAAACCATTTTTTGTGTGTGGAA	7	78	0
TTTATATCCAGCCATTTTTAGAAAATA   	7	98	1
TTTCAACGAAACCTTTATTAATTTTGCATG	8	79	1
TCACCTTTGGACCTTTTTTACCCCTATATA	8	115	0
          **********
MAP Score: 11.1926

Motif 2
ATGACTAATTTTTCATCTTTTCGTTTATCT	0	30	1
TCTTTTCGTTTATCTACCTTTTCTGGATTG	0	45	1
AAATGTTTACCTTCGCCCTTCATGTTGAAA	3	77	1
        TTTATCACCCTCATCTTCACTT	3	188	0
      TCACCATCACCTTTTTATTAAAGC	4	4	1
      TATCTTTCTCCCCTTGTACTTATA	4	41	0
CGTTCAGTGTTTATACCCTTCGGGGTTTTA	5	48	0
      CAGCGTTTAACCTTGCCTTTTTAC	6	4	1
AACCTTGCCTTTTTACCTCTCTTTCGATTT	6	18	1
        AGTATCACCCCTCAAAGAAATT	6	55	0
TACATATGTAGTTCAACTTTTACAGGCACT	7	49	1
       TCCGATCTCCCTTAAAAATTCAA	8	3	1
TTTGGACCTTTTTTACCCCTATATAATAAT	8	110	0
      TGGGCATCACCTTTGGACCTTTTT	8	127	0
          **********
MAP Score: 9.21346

Motif 3
TTTATCTACCTTTTCTGGATTGGTATTCTTCCA	0	53	1
AATGTTCTAATTTCGATATAAGGTTTCGCCTAG	2	72	1
AAGGTAAACATTTATAAGAATGGGTCATAAACC	3	57	0
AACCATTCGTTTTCAACATGAAGGGCGAAGGTA	3	84	0
GAAAGATAACTTTCATGGATATGCAGATATTCG	3	122	0
GAAAGTTATCTTTCATATATAGGAAAACCTTTT	3	141	1
AGGAAAACCTTTTTAATGACAAGCGGAAAGTGA	3	161	1
ACGTGAGGGCTTTAATAAAAAGGTGATGGTGA 	4	9	0
GTTTTATAATTTTTTAAAACATGCCTCTAGGAT	5	21	0
TTAACATTAATTTCTTTGAGGGGTGATACT   	6	47	1
       TATTTTCTAAAAATGGCTGGATATAA	7	99	0
GTATTTAAGGTTTCTTGAATTGGATATTTCCCA	8	43	1
TTAATAAAGGTTTCGTTGAAAGCTTGGGAAATA	8	67	0
TTCCTTTCCATTTCCTTAGGAGGACAGAAAA  	9	10	1
TTAAAATATTTTTTCTCAAATAGTTGAATAGAT	10	19	0
          **** * ** ***
MAP Score: 8.18629

Motif 4
TAATTTTTCATCTTTTCGTTTATCTACCTTT	0	35	1
TAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATGGAGGGAT	1	12	1
ATGAGGATACCTTTTTAATTACATTCACATC	2	21	0
TTAATTTAGACTTGTTAATGTTCTAATTTCG	2	56	1
TCTTTATTTGCTTTTCGATTTTTGCTATTAT	2	108	0
ATCACCACCGATTTTTTATGACTTAATTCTT	2	135	0
ATAGGAAAACCTTTTTAATGACAAGCGGAAA	3	159	1
 TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTCAC	4	9	1
TTTTTACCTCTCTTTCGATTTTAACATTAAT	6	27	1
  TTTTATTCTTTTTTGATGTCGATAACCTA	7	8	1
ATATAAAACCATTTTTTGTGTGTGGAAGTGC	7	74	0
        TTCCTTTCCATTTCCTTAGGAGG	9	2	1
          ****** ****
MAP Score: 7.19525

Motif 5
GACTAATTTTTCATCTTTTCGTTTATCTACCTTTTC	0	32	1
TAATTCTTTATTTGCTTTTCGATTTTTGCTATTATG	2	107	0
TTATAAATGTTTACCTTCGCCCTTCATGTTGAAAAC	3	73	1
CACCCTCATCTTCACTTTCCGCTTGTCATTAAAAAG	3	169	0
          TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCC	4	0	1
    CAGCGTTTAACCTTGCCTTTTTACCTCTCTTT	6	6	1
CCTTAAAAATTCAACTACGCCCATGTATTTAAGGTT	8	19	1
TCCCAAGCTTTCAACGAAACCTTTATTAATTTTGCA	8	71	1
AACTTTATGCTCAACGATTTGATTATCGTCCAAACG	11	45	1
          *** * *  ** ** *
MAP Score: 5.68336

Motif 6
ATCCAGAAAAGGTAGATAAACGAAAAGATGAAAAATTAGTC	0	32	0
AAAGAATTAAGTCATAAAAAATCGGTGGTGATTTGAAT   	2	134	1
ATAAGAATGGGTCATAAACCAATGGTGGTGTTCCTTGAAGA	3	36	0
AATGACAAGCGGAAAGTGAAGATGAGGGTGATAAA      	3	175	1
CTTATACGTGAGGGCTTTAATAAAAAGGTGATGGTGA    	4	6	0
AACCCCGAAGGGTATAAACACTGAACGGTGTTCAATT    	5	51	1
CGATTTTAACATTAATTTCTTTGAGGGGTGATACT      	6	42	1
TTTTGTGTGTGGAAGTGCCTGTAAAAGTTGAACTACATATG	7	51	0
TTATATAGGGGTAAAAAAGGTCCAAAGGTGATGCCCA    	8	114	1
          ** *         ** *****
MAP Score: 4.55403

Motif 7
TGACTAATTTTTCATCTTTTCGTTTATCTACCTTTTCTGGA	0	31	1
TCAATGAGGATACCTTTTTAATTACATTCACATCAACTATC	2	14	0
CTTGTTAATGTTCTAATTTCGATATAAGGTTTCGCCTAGTT	2	66	1
AATGTTTACCTTCGCCCTTCATGTTGAAAACGAATGGTTGG	3	78	1
AATGGTTGGGTTCGAATATCTGCATATCCATGAAAGTTATC	3	110	1
TAAAAAGGTTTTCCTATATATGAAAGATAACTTTCATGGAT	3	135	0
TTACCTCTCTTTCGATTTTAACATTAATTTCTTTGAGGGGT	6	30	1
     TTTTATTCTTTTTTGATGTCGATAACCTACATATGT	7	5	1
ACATATGTAGTTCAACTTTTACAGGCACTTCCACACACAAA	7	50	1
GGACCTTTTTTACCCCTATATAATAATGCATGCAAAATTAA	8	96	0
      TTCCTTTCCATTTCCTTAGGAGGACAGAAAA    	9	4	1
TGAACATCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATATTTTAAGCG	10	14	1
GAGCATAAAGTTTTAATTTAATATCATTCATGCCTGAATGA	11	16	0
          ***   ***      **  **
MAP Score: 1.52911