AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions011_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248690
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB1855	121	hypothetical protein
#1	appA	138	PAB0627
#2	appB-2	38	PAB0628
#3	phoX	174	PAB2365
#4	PAB1344	40	PAB1344
#5	PAB1343	185	PAB1343
#6	PAB1195	22	PAB1195
#7	PAB1194	186	PAB1194

Motif 1
GGCAAACCTAATTTAAAGCTTTATGCGAGCTT	0	31	1
TCGGAACATTTTTTAAACATTTTGGAACAGTT	0	74	0
AATTTATTGTTTATAAAAATTTCTCAATTTTA	1	46	1
TTTCTCAATTTTATAAAAATTGGAGACTAAAT	1	65	1
GGAGACTAAATTATAAATCATGACAAAACTTA	1	86	1
CCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGATTTA	1	99	0
TTTCTTTTAATTTTAATTCTTTGGAGGGAGC 	2	17	1
TAGTTCGAACTTATAAACCTTTCGGTTATTTT	3	51	1
TTGAGTTTTAATATAAAGCTTGCCGAAATAGA	3	142	0
CTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGGGT	4	13	1
GGCAATTTATATATAAGGTTTTTGGTTTAAGT	5	120	0
TCGTTCAAATTTATAAAAGATGGCAATTTATA	5	141	0
CTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAAGACTTTCA	7	35	1
CCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATT	7	52	1
GAGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCATCGAG	7	107	0
          *******  ***
MAP Score: 20.6773

Motif 2
     GTTAACTCCCACCTATGATTTATAGAATAAC	5	5	1
  CTCTTACCCTCCCTACAAAATTTAAAAAAGAAGA	4	16	0
      GACTCTACCTCCGACTGTTTTCATGAACTA	1	4	1
     CTTCCCACCCAGCTAATTTTAGGCAAACCTA	0	5	1
          CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGT	4	0	1
         GCTCCCTCCAAAGAATTAAAATTAAAA	2	21	0
CATGGGTAGTCTCTTCGGAACATTTTTTAAACATTT	0	84	0
CTTAGTTTTTATACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTA	7	39	1
TCAGATAAGAATACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTT	7	57	0
CAATGATAGTCATCTAGGAACTTTTTTGAGCATCAA	7	147	0
      TTCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCAAT	3	4	1
TCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGA	7	22	1
    TCTCTGAACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTT	7	6	1
AATATATTCTATTTCGGCAAGCTTTATATTAAAACT	3	135	1
GTTGCTCTATATCCCAAGTATCTATATAGTTAAATA	3	84	1
ATTTTTTAAACATTTTGGAACAGTTTTGTGTAATTA	0	63	0
TCTAATTGGACAATTAACGAAAATTATGAGCAGCTA	5	78	0
AATTTTTATAAAATTGAGAAATTTTTATAAACAATA	1	50	0
   ATTTGTCCACCTCATTATAATTTCGTTCAAATT	5	162	0
CGAACTTATAAACCTTTCGGTTATTTTTGTTGCTCT	3	56	1
          *****  * *   ***
MAP Score: 7.72088

Motif 3
TACACAAAACTGTTCCAAAATGTTTAAAAAATGT	0	67	1
ACTAATTTATTGTTTATAAAAATTTCTCAATTTT	1	43	1
TAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAAATTTTT	1	60	0
CAACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGATTT	1	100	0
    TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTG	2	6	1
   TTCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCAATA	3	7	1
ATATAGTTCGAACTTATAAACCTTTCGGTTATTT	3	48	1
  CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAG	4	8	1
TAGAATAACATGTTCTTATAATTTATCACTTTAA	5	32	1
CTGCTCATAATTTTCGTTAATTGTCCAATTAGAA	5	81	1
ATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAAT	5	142	1
TTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGA	7	24	1
TACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATT	7	50	1
AAAATGTTGATGCTCAAAAAAGTTCCTAGATGAC	7	141	1
          * *** ****  **
MAP Score: 4.92805

Motif 4
AGGCAAACCTAATTTAAAGCTTTATGCGAGCT	0	30	1
CAGTTTTGTGTAATTAAAGCTCGCATAAAGCT	0	47	0
ATTATAAATCATGACAAAACTTATAAATAGAG	1	95	1
CAGCGTAATATAATCAACCCTCTCTATTTATA	1	116	0
TTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTGGAGGGAGC	2	16	1
ATATTTAACTATATAGATACTTGGGATATAGA	3	89	0
ATAGTTAAATATATCGATACTTATTAAATATA	3	109	1
GGCAAGCTTTATATTAAAACTCAAAAACTCGA	3	150	1
CCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGGG	4	12	1
ATGTTCTTATAATTTATCACTTTAATGGGCTT	5	41	1
AACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTT	7	16	1
TCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAAGACTTTC	7	34	1
ATCGAGAATCATCTTAATGCTCAGATAAGAAT	7	81	0
AACTCTGAAAATGTTGATGCTCAAAAAAGTTC	7	134	1
          ** ***** ***
MAP Score: 3.47609

Motif 5
TTTGGAACAGTTTTGTGTAATTAAAGCTCGCATAA	0	51	0
CGGAACATTTTTTAAACATTTTGGAACAGTTTTGT	0	70	0
GTTTATAAAAATTTCTCAATTTTATAAAAATTGGA	1	54	1
AACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGATTTAT	1	98	0
        TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCT	2	2	1
TTTCTTTTAATTTTAATTCTTTGGAGGGAGC    	2	17	1
  TATCGAGTTTTTGAGTTTTAATATAAAGCTTGC	3	151	0
TCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGGGTA	4	11	1
TGTTCTTATAATTTATCACTTTAATGGGCTTCTCC	5	42	1
AATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATTATA	5	145	1
TCTCTGAACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGT	7	10	1
TCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAAGACTTTCAAA	7	34	1
CCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATTCTT	7	52	1
ATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCTGAAAAT	7	111	1
          **** * * ***  *
MAP Score: 1.95216