AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions011_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248703
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB1855	121	hypothetical protein
#1	appA	138	PAB0627
#2	appB-2	38	PAB0628
#3	phoX	174	PAB2365
#4	PAB1344	40	PAB1344
#5	PAB1343	185	PAB1343
#6	PAB1195	22	PAB1195
#7	PAB1194	186	PAB1194
#8	PAB1193	286	hypothetical protein

Motif 1
AAGCTCGCATAAAGCTTTAAATTAGGTTTGC	0	32	0
AACTGTTCCAAAATGTTTAAAAAATGTTCCG	0	74	1
TAAAATTGAGAAATTTTTATAAACAATAAAT	1	47	0
ATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAA	1	66	0
AATCATGACAAAACTTATAAATAGAGAGGGT	1	101	1
 GCTCCCTCCAAAGAATTAAAATTAAAAGAA	2	18	0
AAAATAACCGAAAGGTTTATAAGTTCGAACT	3	52	0
TCTATTTCGGCAAGCTTTATATTAAAACTCA	3	142	1
CCTCCCTACAAAATTTAAAAAAGAAGAGAGG	4	12	0
TAAAAGATGGCAATTTATATATAAGGTTTTT	5	129	0
AATTTCGTTCAAATTTATAAAAGATGGCAAT	5	146	0
TGAAAGTCTTCAAGGTATAAAAACTAAGGAA	7	36	0
ATACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAGG	7	52	0
CTCGATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACT	7	107	1
ACAACTCTGAAAATGTTGATGCTCAAAAAAG	7	132	1
CTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGTTCTTA	8	18	1
CTTGCCACAGAAACCTAGAAAAAACTTAAGA	8	44	0
GTTTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTC	8	61	1
ATGCACCAGCAAATATTTATGGTTTATATTT	8	119	1
TAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAG	8	163	0
ACACCAGAATAAATATTTAAGGGTTACGTCA	8	217	0
          **** ******
MAP Score: 25.6155

Motif 2
ATAATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGA	1	67	0
TATAATCAACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTC	1	107	0
     TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTT	2	5	1
TCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCAATATGA	3	11	1
TGCTCTATATCCCAAGTATCTATATAGTTAAAT	3	86	1
        CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTG	4	2	1
AACCAAAAACCTTATATATAAATTGCCATCTTT	5	125	1
 ATTTGTCCACCTCATTATAATTTCGTTCAAAT	5	163	0
  TCTCTGAACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCT	7	8	1
CTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAAGA	7	28	1
AGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCATCGAGAA	7	105	0
ATTTAAATTTCCTGTATTTCGATTTTCGCATGA	8	81	1
TGACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGTAT	8	217	1
          *** * **** **
MAP Score: 8.77415

Motif 3
GCAAACCTAATTTAAAGCTTTATGCGAGCTTTAATTACAC	0	32	1
CACAAAACTGTTCCAAAATGTTTAAAAAATGTTCCGAAGA	0	69	1
GTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAAATTTTTATAAACAA	1	52	0
ACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGATTTATAATTTA	1	92	0
TTCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCAATATGAACTAAT	3	10	1
AACCGAAAGGTTTATAAGTTCGAACTATATTAGTTCATAT	3	38	0
AGTATCGATATATTTAACTATATAGATACTTGGGATATAG	3	90	0
CCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGGGTAAGAG  	4	12	1
GTTCTTATAATTTATCACTTTAATGGGCTTCTCCTTAGCT	5	43	1
ATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATTATAATGAGG	5	146	1
AACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTT	7	16	1
TAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAGGTATAAAAACTAAG	7	39	0
GATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCTGAAAATGTTG	7	110	1
TAAATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCA	8	33	1
TCTTTAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATA	8	158	0
          *** *** ***        *
MAP Score: 4.19082

Motif 4
CCGACTGTTTTCATGAACTATAAACTAATTTATTGTTTAT	1	20	1
TTATAAAAATTTCTCAATTTTATAAAAATTGGAGACTAAA	1	56	1
GGAGACTAAATTATAAATCATGACAAAACTTATAAATAGA	1	86	1
TAGTTCGAACTTATAAACCTTTCGGTTATTTTTGTTGCTC	3	51	1
ATATCGATACTTATTAAATATATTCTATTTCGGCAAGCTT	3	119	1
TTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATTATAATGAGGT	5	147	1
AACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTT	7	16	1
TAAATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCA	8	33	1
CGCATGAGAATTATGCACCAGCAAATATTTATGGTTTATA	8	107	1
CTGATAAGGCTTTTAAACTTGGAAAGGGCTAAAGATCTTG	8	163	1
GTGCATCAAATTATACACCAGAATAAATATTTAAGGGTTA	8	222	0
          **** ** * *     *  *
MAP Score: 1.86613

Motif 5
ACAATAAATTAGTTTATAGTTCATGAAAACA	1	25	0
GTTTTGTCATGATTTATAATTTAGTCTCCAA	1	84	0
AAATAGAGAGGGTTGATTATATTACGCTG  	1	119	1
ATAACCGAAAGGTTTATAAGTTCGAACTATA	3	49	0
TTATATATAAGGTTTTTGGTTTAAGTCGAGA	5	115	0
GTTAAATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGG	8	31	1
TTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCT	8	63	1
AATATTTGCTGGTGCATAATTCTCATGCGAA	8	105	0
AAATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAATA	8	129	1
TATTTATTCTGGTGTATAATTTGATGCACCT	8	233	1
          **** ******
MAP Score: 1.85997