AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions015_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248741
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB1502	131	PAB1502
#1	PAB1501	178	PAB1501
#2	PAB1498	90	PAB1498
#3	pyrC	286	PAB1149

Motif 1
TAAAATATTAAAAAATTTCGAGAGATTATTTCC	0	16	0
CTATATATGCAAAGAACTCCTGGGAGGAAATTA	0	61	0
 TGGGATCACCAAGATTTTGATGTGTTTACTCA	1	9	1
ACTCATTTATCACTATTTCGATGGATATCTTAA	1	37	1
AACCTTAGTCCAACATTTGGAGGGGGAGATC  	1	157	1
ACACCAGAATAAATATTTAAGGGTTACGTCAGA	3	58	1
GGAAAGGGCTAAAGATCTTGGGATGTCTTTGTT	3	90	0
GCCTTATCAGCAATATTTTCAGGAAATATAAAC	3	133	1
TATAAACCATAAATATTTGCTGGTGCATAATTC	3	159	1
AGAAACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATTT	3	239	1
          *** **** * **
MAP Score: 8.77199

Motif 2
CCTTAGTCCAACATTTGGAGGGGGAGATC   	1	159	1
GGAGGAAATTAGAATTCGAGGGGTAAAATATT	0	40	0
AAATATTAAAAAATTTCGAGAGATTATTTCCA	0	15	0
TCATTTATCACTATTTCGATGGATATCTTAAT	1	39	1
GGGATCACCAAGATTTTGATGTGTTTACTCAT	1	11	1
ACACCAGAATAAATATTTAAGGGTTACGTCAG	3	58	1
ATGCACCAGCAAATATTTATGGTTTATATTTC	3	155	0
GCTTATGGTGATATAAGGAGGGATGATGAGGC	1	116	0
TAAGGCTTTTAAACTTGGAAAGGGCTAAAGAT	3	107	0
ATTCTGGTGTATAATTTGATGCACCTAAGTCC	3	36	0
GTTTTTATTTATATATCGAAATCCGATATCGG	2	18	0
CGTTTCTACTATATATGCAAAGAACTCCTGGG	0	70	0
          * ******* **
MAP Score: 6.28474

Motif 3
TAAAATATTAAAAAATTTCGAGAGATTATTTCCACTATT 	0	9	0
AGCAAGAATTAAAACCTTAGTCCAACATTTGGAGGGGGAG	1	145	1
TATATAAATAAAAACCTTTTCGTAAAGGTTTATATACCCA	2	35	1
TTGGGTATATAAACCTTTACGAAAAGGTTTTTATTTATAT	2	36	0
AGTCCTTATTAGATCCTTAAGGTGGTACAAG         	3	1	0
TGATGCACCTAAGTCCTTATTAGATCCTTAAGGTGGTACA	3	12	0
CGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGTATAATTTGATGC	3	46	0
TCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATATTTTCAGGAAAT	3	120	1
ATGCACCAGCAAATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAAT	3	147	0
GTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTGTATTTCGATTTT	3	199	0
GAAACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATTTAACTTTCA	3	240	1
          *** *****         **
MAP Score: 5.84253

Motif 4
CAAAGAACTCCTGGGAGGAAATTAGAATTCGAGGGG	0	49	0
GGTGAGCTGGCTGACATTTCATTAAGATATCCATCG	1	55	0
ATCATCCCTCCTTATATCACCATAAGCAAGAATTAA	1	121	1
          CTTGTACCACCTTAAGGATCTAATAA	3	0	1
CCTTAAGGATCTAATAAGGACTTAGGTGCATCAAAT	3	19	1
CCACAGAAACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATT	3	235	1
CACCTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGTTCTTAAG	3	255	0
          ** * *   ** ****
MAP Score: 5.37329

Motif 5
TCGAAATTTTTTAATATTTTACCCCTCGAAT	0	28	1
TAAGCAAGAATTAAAACCTTAGTCCAACATT	1	143	1
GATATATAAATAAAAACCTTTTCGTAAAGGT	2	33	1
GCTTGGGTATATAAACCTTTACGAAAAGGTT	2	47	0
TAAGTCCTTATTAGATCCTTAAGGTGGTACA	3	12	0
TTTGATGCACCTAAGTCCTTATTAGATCCTT	3	23	0
GACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGTA	3	57	0
AAAGACATCCCAAGATCTTTAGCCCTTTCCA	3	93	1
TTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATAT	3	118	1
TACAGGAAATTTAAATTTTTAACTTGCCACA	3	209	1
ATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCT	3	239	0
          ***** *****
MAP Score: 5.10973

Motif 6
GGGGTAAAATATTAAAAAATTTCGAGAGATTATTTC	0	17	0
GATCACCACTATAGGCTAAGCTTGAGTTTTAATAAC	0	102	0
CGATGGATATCTTAATGAAATGTCAGCCAGCTCACC	1	55	1
ATCATCCCTCCTTATATCACCATAAGCAAGAATTAA	1	121	1
GAATTAAAACCTTAGTCCAACATTTGGAGGGGGAGA	1	150	1
GCCCTTCCACACTGATGAAGCTTGGGTATATAAACC	2	61	0
          CTTGTACCACCTTAAGGATCTAATAA	3	0	1
ATTTGATGCACCTAAGTCCTTATTAGATCCTTAAGG	3	19	0
TTACGTCAGAACAAAGACATCCCAAGATCTTTAGCC	3	81	1
CCACAGAAACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATT	3	235	1
CTTAAGAACCCCTATTTAACTTTCAGAAGATAGGTG	3	255	1
          ****   ** * * **
MAP Score: 1.00955