AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions016_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248755
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0108	121	hypothetical protein
#1	PAB2083	90	hypothetical protein
#2	PAB1471	28	PAB1471
#3	PAB1470	226	PAB1470
#4	PAB1389	300	PAB1389

Motif 1
GGATATCCCTCCAAAAAGTTAAGAAGAA      	2	4	0
ATAGGTAATGCCAAAATTTGACAATTGTCGTAAC	3	111	1
GTAAAATAATTCAAAGCGTTATGACCAAATGGTC	4	149	1
GGTGCTAAGCTCAAAGCGTTACGACAATTGTCAA	3	128	0
AGCGTTATGACCAAATGGTCATCAAATAACATCA	4	163	1
TAAATCAAATTCAAAAATTCAAGATTGAACTCGG	3	172	1
ATGAGGAGTTCCAAAACATTAAGTTACCCAAAAT	4	17	0
TTGCATTCCTCCAAACATTAAAATGAGGAGTTCC	4	39	0
ATTAAGTTACCCAAAATATTAATA          	4	0	0
CAGTCATACACCTAAGAATGAGAACTTGAAACTT	4	246	0
TATCACCCCACTAAACGTTTATAATGGTCGTTAG	0	13	1
AAATTACGCCTCATATCTTAAGGATTGAGAAAGT	4	111	1
ATCACCATCATCAAATCACAATGAAGGAGAAGGG	1	57	0
          *****  ** * **
MAP Score: 14.3949

Motif 2
  CCCTATCACCCCACTAAACGTTTATAATGGTCGT	0	8	1
ATGGTCGTTAGCGAACCTGAAGTTGAATTAAACTCA	0	36	1
AACTCAGGTTGCCAACCGAAGGTTGAATGCACAATA	0	66	1
GCCAGATTAACCTGGCCAGAGGTTTAAATACCCTTC	1	27	1
    GGATATCCCTCCAAAAAGTTAAGAAGAA    	2	6	0
      TACTCATCACCTTGAGTTTATCTTCATCCA	3	4	1
TTGTCATAGGTAATGCCAAAATTTGACAATTGTCGT	3	106	1
TGAGGAGTTCCAAAACATTAAGTTACCCAAAATATT	4	14	0
TAATGTTTTGGAACTCCTCATTTTAATGTTTGGAGG	4	30	1
TGGAGGAATGCAAATCCTCAATTTTCTGGATATTGT	4	60	1
CAAATAACATCATTTCCCTATTTTGATTATCACCTT	4	185	1
CTATTTTGATTATCACCTTAGGTTAAATATTGCACA	4	202	1
          **   **  * *****
MAP Score: 10.9857

Motif 3
CCGAAGGTTGAATGCACAATATATAAGCTTTG	0	81	1
TAATCTGGCTATATCAAAAGCTTTTA      	1	4	0
TGTCATAGGTAATGCCAAAATTTGACAATTGT	3	107	1
ACATAAATCAAATTCAAAAATTCAAGATTGAA	3	169	1
AACTCGGATTAATTGAAAGCTTAAGGGGGCAG	3	199	1
TGTTTGGAGGAATGCAAATCCTCAATTTTCTG	4	56	1
AAGGTAAAATAATTCAAAGCGTTATGACCAAA	4	146	1
TAGGTTAAATATTGCACAAAGTATTTAAGTTT	4	220	1
          *********  *
MAP Score: 2.06706

Motif 4
TGAAGTTGAATTAAACTCAGGTTGCCAACCGAAGGTTGAATGCAC	0	53	1
TGGCCAGAGGTTTAAATACCCTTCTCCTTCATTGTGATTTGATGA	1	39	1
ACTCATCACCTTGAGTTTATCTTCATCCATTTAGGCCCTATTATC	3	11	1
CTTAATGTTTTGGAACTCCTCATTTTAATGTTTGGAGGAATGCAA	4	28	1
TCCTCAATTTTCTGGATATTGTTTTCCCGTATTGGTGAAATTACG	4	74	1
CCCGTATTGGTGAAATTACGCCTCATATCTTAAGGATTGAGAAAG	4	99	1
TAACATCATTTCCCTATTTTGATTATCACCTTAGGTTAAATATTG	4	189	1
ACAAAGTATTTAAGTTTCAAGTTCTCATTCTTAGGTGTATGACTG	4	235	1
          *     *   * *  **    ****
MAP Score: 1.16694

Motif 5
TAAACGTTTAGTGGGGTGATAGGG      	0	4	0
TCTTAACTTTTTGGAGGGATATCC      	2	14	1
 TATTAATATTTTGGGTAACTTAATGTTTT	4	9	1
ATTTTAATGTTTGGAGGAATGCAAATCCTC	4	49	1
TTTTCCCGTATTGGTGAAATTACGCCTCAT	4	95	1
ACTTAAATACTTTGTGCAATATTTAACCTA	4	220	0
GGGTCACCCATTGGAGTTATGACTGACCAG	4	277	0
          **********
MAP Score: 0.290062