AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions016_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248768
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0108	121	hypothetical protein
#1	PAB2083	90	hypothetical protein
#2	PAB1471	28	PAB1471
#3	PAB1470	226	PAB1470
#4	PAB1389	300	PAB1389

Motif 1
 GGATATCCCTCCAAAAAGTTAAGAAGAA     	2	5	0
        TACTCATCACCTTGAGTTTATCTTCA	3	2	1
TGAGTTTATCTTCATCCATTTAGGCCCTATTATC	3	22	1
CGGTGCTAAGCTCAAAGCGTTACGACAATTGTCA	3	129	0
ATAAATCAAATTCAAAAATTCAAGATTGAACTCG	3	171	1
CTCGGATTAATTGAAAGCTTAAGGGGGCAGAAAA	3	201	1
AATGAGGAGTTCCAAAACATTAAGTTACCCAAAA	4	18	0
GAAAACAATATCCAGAAAATTGAGGATTTGCATT	4	66	0
GAAATTACGCCTCATATCTTAAGGATTGAGAAAG	4	110	1
ATCTTAAGGATTGAGAAAGTTAAGGTAAAATAAT	4	125	1
GGTAAAATAATTCAAAGCGTTATGACCAAATGGT	4	148	1
          **** * * *** *
MAP Score: 14.2959

Motif 2
  CCCTATCACCCCACTAAACGTTTATAATGGTCGTTAG	0	8	1
ATGGTCGTTAGCGAACCTGAAGTTGAATTAAACTCAGGT	0	36	1
AACTCAGGTTGCCAACCGAAGGTTGAATGCACAATATAT	0	66	1
GCCAGATTAACCTGGCCAGAGGTTTAAATACCCTTCTCC	1	27	1
    GGATATCCCTCCAAAAAGTTAAGAAGAA       	2	3	0
      TACTCATCACCTTGAGTTTATCTTCATCCATTT	3	4	1
TTGTCATAGGTAATGCCAAAATTTGACAATTGTCGTAAC	3	106	1
TGAGGAGTTCCAAAACATTAAGTTACCCAAAATATTAAT	4	11	0
TAATGTTTTGGAACTCCTCATTTTAATGTTTGGAGGAAT	4	30	1
TGGAGGAATGCAAATCCTCAATTTTCTGGATATTGTTTT	4	60	1
TTCAAAGCGTTATGACCAAATGGTCATCAAATAACATCA	4	158	1
CAAATAACATCATTTCCCTATTTTGATTATCACCTTAGG	4	185	1
CTATTTTGATTATCACCTTAGGTTAAATATTGCACAAAG	4	202	1
          **   **  * *** *  *
MAP Score: 10.3315

Motif 3
AGTTTAATTCAACTTCAGGTTCGCTAACGAC	0	39	0
TTCGGTTGGCAACCTGAGTTTAATTCAACTT	0	55	0
TCAGGTTGCCAACCGAAGGTTGAATGCACAA	0	69	1
TCAAATTCAAAAATTCAAGATTGAACTCGGA	3	176	1
TATTTTGGGTAACTTAATGTTTTGGAACTCC	4	16	1
AATATCCAGAAAATTGAGGATTTGCATTCCT	4	63	0
TACGCCTCATATCTTAAGGATTGAGAAAGTT	4	115	1
TGAATTATTTTACCTTAACTTTCTCAATCCT	4	131	0
TTTTGATTATCACCTTAGGTTAAATATTGCA	4	205	1
ACCAGTCATACACCTAAGAATGAGAACTTGA	4	251	0
          ***** *****
MAP Score: 2.18053