AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248806
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0383	267	hypothetical protein
#1	PAB0751	105	hypothetical protein
#2	PAB0754	37	PAB0754
#3	infB	52	PAB0755
#4	nrd	168	PAB1057
#5	PAB1182	31	PAB1182
#6	PAB1179	87	hypothetical protein
#7	PAB1176	78	PAB1176

Motif 1
CCAGTTTATTTATAAAAGCAAAGGATTTATAAACTTTTT	0	82	1
GTAATGGCAATCTGACGACAAAAAGTTTATAAATCCTTT	0	101	0
AAAAACCTTCTGTAAGCACAAATCGATAAATTTTTATAT	1	48	1
AGCTACCAACTATTAATCCAAATTCTTGACTATATGACA	4	34	1
AGTATAATAGTCTGAGGTCAAAATCATTAGGCGCTGTAA	4	89	1
GCTTAAAATATTTTTTCTCAAATAGTTGAATAGATGTTC	6	15	0
AAATTAAAACTTTATGCTCAACGATTTGATTATCGTCCA	7	38	1
          * * *   ****   ** *
MAP Score: 8.01203

Motif 2
CTTTGCTTTTATAAATAAACTGGATTATTTAACTTA	0	69	0
AAAGCAAAGGATTTATAAACTTTTTGTCGTCAGATT	0	96	1
ATTACTTGGTAAAGTTAAAATTCATGGAGAATTTTT	0	178	1
TCAACTTAACATTTAAAAATTGCTTGGACGATGGTT	0	224	1
AAATTACACCATATGTAAATTACATGCCATGTAATA	1	12	1
TAATGAAGGTATATAAAAATTTATCGATTTGTGCTT	1	61	0
TTGTCTTTAAATAAGTAAAATCGCTGTAATATTTAC	4	124	0
ACGGGGACAGATATGTGAATTCGCTTAAAATATTTT	6	40	0
GAATGATATTAAATTAAAACTTTATGCTCAACGATT	7	28	1
          ***  **** *   **
MAP Score: 7.22102

Motif 3
TTAAATAATCCAGTTTATTTATAAAAGCAAAGGAT	0	73	1
TTTATAAAAGCAAAGGATTTATAAACTTTTTGTCG	0	90	1
ACTTTATGCTCAACGATTTGATTATCGTCCAAACG	7	46	1
AACCATCGTCCAAGCAATTTTTAAATGTTAAGTTG	0	225	0
GTCAGATTGCCATTACATTGTTAATGGTAATATGT	0	124	1
AACATCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATATTTTA	6	16	1
TCAAAACTGACAATTACTTGGTAAAGTTAAAATTC	0	166	1
ACTATTAATCCAAATTCTTGACTATATGACAACTC	4	42	1
TATTACATGGCATGTAATTTACATATGGTGTAATT	1	13	0
TTTGTGCTTACAGAAGGTTTTTTATTACATGGCAT	1	35	0
GTAAATATTACAGCGATTTTACTTATTTAAAGACA	4	124	1
ACACCCCTGTCATTTTGTCTTTAAATAAGTAAAAT	4	139	0
          **     ********
MAP Score: 5.77107

Motif 4
ACAAGCAAAGTATAAGTTAAATAATCCAGTTT	0	57	1
CCTTTGCTTTTATAAATAAACTGGATTATTTA	0	74	0
AAAAGCAAAGGATTTATAAACTTTTTGTCGTC	0	95	1
AAGCAATTTTTAAATGTTAAGTTGAGCATCGA	0	217	0
TAAATTACACCATATGTAAATTACATGCCATG	1	11	1
ATAATGAAGGTATATAAAAATTTATCGATTTG	1	66	0
ATACCTTCATTATTAGACAAGTACAAAAAA  	1	85	1
AATTCTTGACTATATGACAACTCTGCAGAGAG	4	54	1
TTTGTCTTTAAATAAGTAAAATCGCTGTAATA	4	129	0
TCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATATTTTAA	6	20	1
TACGGGGACAGATATGTGAATTCGCTTAAAAT	6	45	0
          ******* ** *
MAP Score: 5.47563

Motif 5
         GTAAATTACACCATATGTAAAT	1	1	1
ACACCATATGTAAATTACATGCCATGTAATA	1	17	1
CAGAAGGTTTTTTATTACATGGCATGTAATT	1	29	0
AATTCTTGACTATATGACAACTCTGCAGAGA	4	54	1
AGGCGCTGTAAATATTACAGCGATTTTACTT	4	117	1
ATTTAAAGACAAAATGACAGGGGTGTTAGT 	4	148	1
TGAATGATATTAAATTAAAACTTTATGCTCA	7	27	1
          ********* *
MAP Score: 4.22546

Motif 6
CTACGAGTTTTAGAACTAGTGTTTGTGGCAAGCAAGTTGCCACAA	0	13	1
AAGCAAAGGATTTATAAACTTTTTGTCGTCAGATTGCCATTACAT	0	97	1
TTAAAATTCATGGAGAATTTTTTCGTCGATGCTCAACTTAACATT	0	192	1
AACTTAACATTTAAAAATTGCTTGGACGATGGTTATTCTTGGGGA	0	226	1
TTACATGGCATGTAATTTACATATGGTGTAATTTAC         	1	1	0
ACCTGTAGGATAGCCTTTAGTTTGGTGGTGAGGAA          	3	27	1
GTCAAGAATTTGGATTAATAGTTGGTAGCTTGACTGGAAGATTTA	4	19	0
AATTCTTGACTATATGACAACTCTGCAGAGAGCAAAGTATAATAG	4	54	1
     TTCCTTTCCATTTCCTTAGGAGGACAGAAAA         	5	5	1
 CTCCCCCGATGATTGTGATATACGGGGACAGATATGTGAATTCG	6	53	0
          ** *  *    *  *  *  **  *
MAP Score: 0.864684