AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions021_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248858
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	leuA-2	257	PAB0286
#1	ilvB	300	PAB0888
#2	leuA-1	30	PAB0890
#3	leuC-1	40	PAB0891

Motif 1
ATACCCTATATAAAATTTTCGGAATATTAG	0	198	0
TACATAAAATTAAAATTTTCAAG       	1	3	0
GTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGTTT	1	261	1
GAAATATAGAAAAAATTTTCGCACATTGAG	0	105	0
CAAATATTCAACAAATTTTCCGAAAAATAT	1	67	1
ATTAATGTCCTCAACTTTTCTCAATGTGCG	0	86	1
TAGTTGTTAGTATAATTTACAAATTGTCAA	1	40	1
TCAGTTTTGGAATTATTTTCGACAAAATTC	0	137	0
TTCAGCTTATAAAACTTTACCAGCTTTGGG	0	28	1
CCAAAACTGATAAAATTTTAAGAATAATTT	0	157	1
CCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAATTTG	1	78	0
TTACAAATTGTCAAATATTCAACAAATTTT	1	56	1
TACTAACAACTAAACTTTTTACATAAAATT	1	22	0
CGATGATTCATCTAATATTCCGAAAATTTT	0	187	1
TTATCATAATTATTATTCTCATTTGAATTT	1	209	1
AAATTTTTTCTATATTTCTCGAATTTTGTC	0	117	1
          **********
MAP Score: 22.1096

Motif 2
AAACCTCAGCGTTTATTAATGTCCTCAACTTTTCTCAATGTGC	0	72	1
TTCGACAAAATTCGAGAAATATAGAAAAAATTTTCGCACATTG	0	107	0
ATTCTTAAAATTTTATCAGTTTTGGAATTATTTTCGACAAAAT	0	139	0
ATTTCGATGATTCATCTAATATTCCGAAAATTTTATATAGGGT	0	183	1
  CTTGAAAATTTTAATTTTATGTAAAAAGTTTAGTTGTTAGT	1	8	1
TATTTGACAATTTGTAAATTATACTAACAACTAAACTTTTTAC	1	30	0
ATAAATATTTTTCGGAAAATTTGTTGAATATTTGACAATTTGT	1	58	0
ACAACTGATGTTTTCCCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAATT	1	80	0
TTCTAATTCTGTTAGTCATTATCATAATTATTATTCTCATTTG	1	191	1
ATTATTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTTATCGTTTTGT	1	220	1
CATTTTATCGTTTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGTT	1	247	1
          ***    * * *    *   ***
MAP Score: 17.7915