AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_fusions021_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248868
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	leuA-2	257	PAB0286
#1	ilvB	300	PAB0888
#2	leuA-1	30	PAB0890
#3	leuC-1	40	PAB0891

Motif 1
CAAAGGCCCAAAGCTGGTAAAGTTTTATAAGCTGAA	0	28	0
AGCGTTTATTAATGTCCTCAACTTTTCTCAATGTGC	0	79	1
AACTTTTCTCAATGTGCGAAAATTTTTTCTATATTT	0	98	1
AATTTTTTCTATATTTCTCGAATTTTGTCGAAAATA	0	118	1
AATAATTCCAAAACTGATAAAATTTTAAGAATAATT	0	150	1
GATTCATCTAATATTCCGAAAATTTTATATAGGGTA	0	191	1
AACTTTTTACATAAAATTAAAATTTTCAAG      	1	4	0
TAAATTATACTAACAACTAAACTTTTTACATAAAAT	1	23	0
AGTTGTTAGTATAATTTACAAATTGTCAAATATTCA	1	41	1
AAATTGTCAAATATTCAACAAATTTTCCGAAAAATA	1	60	1
ATGTTTTCCCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAATT	1	80	0
TCATTTGAATTTTATTACAACATTTTATCGTTTTGT	1	227	1
TCGTTTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGTT	1	254	1
          *   *   ********
MAP Score: 18.6059

Motif 2
ATTGAGAAAAGTTGAGGACATTAATAAACGCTGAGGTTTACA	0	69	0
TGTCCTCAACTTTTCTCAATGTGCGAAAATTTTTTCTATATT	0	91	1
ATTCTTAAAATTTTATCAGTTTTGGAATTATTTTCGACAAAA	0	140	0
CTGATAAAATTTTAAGAATAATTTCGATGATTCATCTAATAT	0	163	1
CAACATACCCTATATAAAATTTTCGGAATATTAGATGAATCA	0	190	0
  CTTGAAAATTTTAATTTTATGTAAAAAGTTTAGTTGTTAG	1	8	1
TATTTGACAATTTGTAAATTATACTAACAACTAAACTTTTTA	1	31	0
ATAAATATTTTTCGGAAAATTTGTTGAATATTTGACAATTTG	1	59	0
ACAACTGATGTTTTCCCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAAT	1	81	0
TTCTAATTCTGTTAGTCATTATCATAATTATTATTCTCATTT	1	191	1
ATTATTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTTATCGTTTTG	1	220	1
CATTTTATCGTTTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGT	1	247	1
          ***    * * *   **   **
MAP Score: 15.391

Motif 3
TGTCCTCAACTTTTCTCAATGTGCGAAAATTTTTTCTATATTT	0	91	1
GCGAAAATTTTTTCTATATTTCTCGAATTTTGTCGAAAATAAT	0	113	1
ATTCTTAAAATTTTATCAGTTTTGGAATTATTTTCGACAAAAT	0	139	0
TTTCGGAATATTAGATGAATCATCGAAATTATTCTTAAAATTT	0	169	0
  CTTGAAAATTTTAATTTTATGTAAAAAGTTTAGTTGTTAGT	1	8	1
AGTTTAGTTGTTAGTATAATTTACAAATTGTCAAATATTCAAC	1	36	1
ACAACTGATGTTTTCCCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAATT	1	80	0
ATTATTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTTATCGTTTTGT	1	220	1
CATTTTATCGTTTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGTT	1	247	1
          ***    * * *   **   * *
MAP Score: 6.34328