AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_operons001_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944248882 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB3002 52 PAB3002 #1 PAB2351 68 PAB2351 #2 PAB2350 300 hypothetical protein #3 PAB2260 157 PAB2260 #4 PAB2178 50 PAB2178 #5 PAB2177 53 PAB2177 #6 PAB2174 87 hypothetical protein #7 glpA 143 PAB0183 #8 rpl37AE 60 PAB7067 #9 PAB2357 42 hypothetical protein #10 fus 80 PAB0187 #11 PAB2140 64 PAB2140 #12 PAB2139 48 PAB2139 #13 PAB2119 139 hypothetical protein #14 PAB0252 121 hypothetical protein #15 PAB2040 69 PAB2040 #16 PAB2039 124 hypothetical protein #17 gltX 300 PAB0323 #18 rps13P 100 PAB0360 #19 rpoH 241 PAB7151 #20 tuf 281 PAB0465 #21 rps10P 36 PAB0466 #22 PAB1701 47 PAB1701 #23 PAB1637 74 PAB1637 #24 adkE 60 PAB0739 #25 PAB1434 41 PAB1434 #26 PAB1433 58 hypothetical protein Motif 1 CTTTTCTTAAAATTTTTAAATTAAATACCA 0 9 1 CCGATGTCCGAAAATTTTAAAAGGCTATCCC 20 223 1 CTTCACCCATAAACTTTTATAAATTAGAACC 4 26 1 ATTACCGAAAATTTTATATACTTTCTAC 19 7 1 AAATGTTAATAAAATTTTAGAGGAGATATAG 17 216 0 AGGTTGAGCTAAAATTTTAGAAACGAAATGT 17 241 0 CAACTTAGTTAAGTTTTTAAACTCCCCTTTT 20 133 1 AAGGCTGAGGAAAGATTTAAAACCTGGAAAT 7 90 1 AAATATTTATAAACCGTGCAT 8 0 1 CATTTTGCAAAAATTTTTTAAGAATTTTTAA 13 25 1 AAGGAAGGGAAAAGTTTTTAATTGAAAATGG 3 80 0 GAATGGTGTTAAAAATTAAAATAAAATTTGA 12 12 0 GAAACTTCAAAAATATTAAAACTCGAGGTGT 14 77 1 CATGTCCATTAAGTTTTAATAGAGGATTTAC 23 40 1 TTCACCTCCGAAGTATTTAAATATTGGTAAG 14 46 0 GATAATGGTGAAGCATTTAAACTTCCAAATG 3 123 1 TGCCCCCCGAAAAGTTTTTTAGGATGAACTT 19 213 0 GAATCCATGAAAACATTAATAAGTGATCGCT 2 255 1 AATCTTTGGCAAAGTTTGATATGGATGAGTT 2 72 1 AAATTAAAATAAAATTTGAGA 12 0 0 TCATGGATTCTAAATTTTATATTTCTAATGA 2 234 0 TTCTCTCGATTAACTTTAAAAGTTGTGAAGA 16 73 1 TCTTAGATAATAGATTTTAAAACGTTAGTCT 20 26 1 AACTTGGGAAAAGCTTTATAACTCTACCTTT 10 24 1 TCACTTGCGAAAGCTTTATTAGAATGGAGCC 19 130 0 CCAAAACCAAAAATTATTAGTTTCCCTGA 5 8 1 CTAAGTTTTTAACCTCTTCTTC 9 1 1 *** ******* MAP Score: 25.0317 Motif 2 TAGGCAGAAATTTGGAGGTGATTTAA 20 265 1 AATCCTCTATTTTGGGGGTGTTTG 11 50 1 AATGCACCTCTCTGGAGGTGTTGAA 6 72 1 TCTATAAGGTTTGGGGGGTGCATT 14 107 1 ATCCCATTCATTTGGAGGGGGATAAA 18 84 1 TCCTTTTTAGTTTTGAGGTGGAGCCT 7 127 1 CTTCTTTAATTCTTGGGGTGATTTGA 21 20 1 GGAGATATAGTTGTGAGGTGGTCAAAAATG 17 196 0 ATTTAAATACTTCGGAGGTGAAGAAACTTC 14 55 1 AGCAAACACTTCTGGAGGCGAGAGCC 15 53 1 AGCAAGCTTATCGGGTGGTGAAA 10 67 1 CTAAAAAACTTTTCGGGGGGCAATTCTCC 19 222 1 GGTAATCGCGTTTGAGGGGGATGGTATATC 2 13 1 TCTTTGAAGTTTTTAAGGTGATTGGTGGGC 6 27 0 CACCCCTTGATCGTGAGCTGATGGGTTTAA 8 34 0 TTTTCTTGGTCTTGGAGCTGTTTTGGTGTT 13 102 0 CGTTTTCGTGCTGATCTCACCTT 17 3 1 AAATATTAAAACTCGAGGTGTCTATAAGGT 14 87 1 ********** MAP Score: 24.3962 Motif 3 CGGAAGCTAAAAAGGAGGAAGTCATTAGAA 2 213 1 AGAGGATTTGAAGGGAGGAAGTATATAAAT 1 14 0 TTTGTATCTAAAAGGAGGTGGGGGAA 14 6 0 AACCCGCCACAGAGGAGGAAGCCTCATTTG 20 178 0 TTGAGCATAAAAGGGAAGAACTATGGTGCT 7 27 0 GAGTTCTTGGAAAGGAAGGGAAAAGTTTTT 3 92 0 TAACCCTGATAAGGGAGGGTTGGAGC 1 52 1 GGTTTACTTAAAAGGTAGAGTTATAAAGCT 10 35 0 GGTTAAATCTAAGAGAGGATTTGAAGGGAG 1 27 0 GTGCTGTTCTAAAAGTGGAAAAGGGGAAGG 3 13 0 TATTGTTTAAAAAAGAAGAAGAA 15 3 0 AAAGTGGAAAAGGGGAAGGAGT 3 2 0 TACCAAGGTTAAGAGTGGGGGAAAGGG 0 35 1 AGAATTAAAGAAGAGAAGGGAGA 21 3 0 AGGAGTTCACGAAGGAGGAAAAGGAGAAGA 17 138 0 AAGGAGGAAAAGGAGAAGAGGTACAAGTAT 17 127 0 TTCGTTCGTGAAGAGTGGTGGGAGC 17 285 1 AGAATTCCTCAGAGGTAGAAAGTATATAAA 19 22 0 AGTATTTGGGAAAGGAAGTTATCGACGTTG 17 102 0 TTCACGAACGAAGGGAAGTTAATAAAGGTT 17 267 0 AGGCTATCCCAAAAGTAGGGTTAGGCAGAA 20 244 1 TTTAATCACAGAAGGTGGAAACCTTCGAAA 13 51 1 GTTTGAGATTAAAAGGGGAGTTTAAAAACT 20 144 0 TAAAATTGGAAGAAGAGGTTAAAAACTTAG 9 10 0 GGCGCGACTGGAAGGAAGGTGAGATCAGCA 17 18 0 ********** MAP Score: 20.7029 Motif 4 TTTGAAGTTTCTTCACCTCCGAAGTATTTA 14 58 0 ACTCCTTCCCCTTTTCCACTTTTA 3 4 1 CAAATGAGGCTTCCTCCTCTGTGGCGGGTT 20 178 1 CCCTTTCCCCCACTCTTAACCTTG 0 38 0 TTTCGAAGGTTTCCACCTTCTGTGATTAAA 13 51 0 TTCCCCCACCTCCTTTTAGA 14 0 1 AGGCTCCACCTCAAAACTAAAAA 7 130 0 TTCTAATGACTTCCTCCTTTTTAGCTTCCG 2 213 0 AGTTTTTAAACTCCCCTTTTAATCTCAAAC 20 144 1 TTTATCCCCCTCCAAATGAATGG 18 87 0 TCTTCTCCTTTTCCTCCTTCGTGAACTCCT 17 138 1 AAAATTTTAGCTCAACCTTTATTAACTTCC 17 254 1 AGTTTAAATGCTTCACCATTATCTGAGTTC 3 116 0 TTTCACCACCCGATAAGCTT 10 70 0 CACCATAGTTCTTCCCTTTTATGCTCAAAA 7 29 1 AGCTTTATAACTCTACCTTTTAAGTAAACC 10 35 1 TTTATATACTTTCTACCTCTGAGGAATTCT 19 22 1 CTAAGTTTTTAACCTCTTCTTCCAATT 9 7 1 ATTAAAAACTTTTCCCTTCCTTTCCAAGAA 3 89 1 TCGTGCTGATCTCACCTTCCTTCCAGTCGC 17 15 1 TCTCCCTTCTCTTCTTTAATTCTTG 21 5 1 CGGATATACCATCCCCCTCAAACGCGATTA 2 15 0 TGCCGTCTGGTTCAACCATTAGTACGGATA 2 39 0 ACAGCACTCTCTCATCCATTCAGGCCCCGC 3 36 1 ********** MAP Score: 15.865 Motif 5 ACTCCTTCCCCTTTTCCACTTTTAGAACAGCACT 3 8 1 ATGAGCACCATAGTTCTTCCCTTTTATGCTCAAAAA 7 24 1 TTCTTCTTCTTTTTTAAACAATAAAC 15 0 1 CAAAAATGTCTTATTATACCTTTTTAGGTTGAACTA 7 54 1 ATTAACATTTCGTTTCTAAAATTTTAGCTCAACCTT 17 237 1 GAAGAACCACCATTATTATTTTTTAGGATTTGGTA 24 9 1 ACAACTATATCTCCTCTAAAATTTTATTAACATTTC 17 212 1 GTTTTTAACCTCTTCTTCCAATTTTAAAGGGATTAG 9 14 1 TTTCTTTCTTCACCCATAAACTTTTATAAATTAGAA 4 19 1 TATTTAAGCATGTCCATTAAGTTTTAATAGAGGATT 23 32 1 TGCCCTGAAATATTTAAGCCATTTTATGAAAGAAGC 16 31 1 AAAAGCTTTATAACTCTACCTTTTAAGTAAACCCGA 10 32 1 AACCTGGAAATCCTATTTCCTTTTTAGTTTTGAGGT 7 110 1 TCTCAAATTTTATTTTAATTTTTAACACCATTCCA 12 9 1 CCTTGGTATTTAATTTAAAAATTTTAAGAAAAG 0 7 0 TTGCAAAAATTTTTTAAGAATTTTTAATCACAGAAG 13 29 1 CCCTTCAAATCCTCTCTTAGATTTAACCCTGATAAG 1 29 1 CATATATAAGCTTTACTTATGTTTTATATCACTTGC 19 153 0 CATCATTGCCTTCTTGTCAAGTTTTTCCAGACTAAC 20 49 0 * ** * * ***** MAP Score: 12.8178 Motif 6 CTTTTCTTAAAATTTTTAAATTAAATACCA 0 10 1 GGAAGGGAAAAGTTTTTAATTGAAAATGGT 3 79 0 TGGTCTTTGAAGTTTTTAAGGTGATTGGTG 6 30 0 ATAATAAGACATTTTTGAGCATAAAAGGGA 7 41 0 TTTCCTTTTTAGTTTTGAGGTGGAGCCT 7 125 1 CTAAGTTTTTAACCTCTTCTTCC 9 3 1 ATTTTATTTTAATTTTTAACACCATTCCAG 12 16 1 TTTTGCAAAAATTTTTTAAGAATTTTTAAT 13 27 1 TCACCTCCGAAGTATTTAAATATTGGTAAG 14 46 0 GAGTTTTAATATTTTTGAAGTTTCTTCACC 14 71 0 TATGCCCTGAAATATTTAAGCCATTTTATG 16 29 1 TAACTTTAAAAGTTGTGAAGATGAATTGAG 16 83 1 GAGGAGATATAGTTGTGAGGTGGTCAAAAA 17 198 0 AACTTAGTTAAGTTTTTAAACTCCCCTTTT 20 134 1 AGGTTTGATGAGTATTTAAGCATGTCCATT 23 20 1 CACCATTATTATTTTTTAGGATTTGGTATA 24 17 1 ********** MAP Score: 9.76374 Motif 7 TCACTAAGATTCCAAGGCGTAGCGTACCTATA 2 119 0 CTGAGAGAAATCCCAAACGGTGGTTCCC 5 35 1 TTCAACACCTCCAGAGAGGTGCATTAGCGTA 6 66 0 TTTAACACCATTCCAGCAGGTGTTGAGA 12 30 1 GAATTTTTAATCACAGAAGGTGGAAACCTTCG 13 46 1 TAGCCCAGGATCCCCAACGTCGATAACTTCCT 17 88 1 AATAAAGGAGTTCACGAAGGAGGAAAAGGAGA 17 141 0 CGTGGGCGTTTGCCCGCCGGGGTTCAAATCCC 18 37 1 GGATTCTGGCGCCGGGACGGGGATTTGAACCC 18 56 0 CGGGTTCAAAGCCCGGCCGGGGCTCCATTCTA 19 110 1 CGGGAAACCCGCCACAGAGGAGGAAGCCTCAT 20 181 0 TGTGGCGGGTTTCCCGCCGGAGGGAGCCGATG 20 197 1 TAAAAGGCTATCCCAAAAGTAGGGTTAGGCAG 20 240 1 ****** *** * MAP Score: 9.2687 Motif 8 CTTTTCTTAAAATTTTTAAATTAAATACC 0 4 1 CCTTCAAATCCTCTCTTAGATTTAACCCTGATAAG 1 30 1 TTGAAAAGCTCTTTTACATATTAAATGAGATTATG 2 159 1 CACCCATAAACTTTTATAAATTAGAACCTAT 4 29 1 CCACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAGACCAAAAA 6 29 1 CATAGTTCTTCCCTTTTATGCTCAAAAATGTCTTA 7 32 1 TCTTATTATACCTTTTTAGGTTGAACTAAAGGCTG 7 62 1 AATCCTATTTCCTTTTTAGTTTTGAGGTGGAGCCT 7 118 1 AGCTAATCCCTTTAAAATTGGAAGAAGAGGTT 9 20 0 AAGGTTTCCACCTTCTGTGATTAAAAATTCTTAAA 13 41 0 AAACAATAAACCCTTTAAACTACAACTTAGCAAAC 15 25 1 AACAAATATGCCCTGAAATATTTAAGCCATTTTAT 16 23 1 TTTTAAACTCCCCTTTTAATCTCAAACCGAGCAAA 20 147 1 TCTCCCTTCTCTTCTTTAATTCTTGGGGT 21 4 1 **** * * ** ** MAP Score: 8.9183 Motif 9 TAATGCACCTCTCTGGAGGTGTTGAA 6 71 1 CAAGAAAATCCCTTGGAGGGCAACA 13 124 1 TATTTAAATACTTCGGAGGTGAAGAAACTT 14 54 1 TAGCAAACACTTCTGGAGGCGAGAGCC 15 52 1 GGGATTTGAACCCCGGCGGGCAAACGCCCA 18 39 0 AATCCCATTCATTTGGAGGGGGATAAA 18 83 1 TAGAATGGAGCCCCGGCCGGGCTTTGAACC 19 112 0 CTAAAAAACTTTTCGGGGGGCAATTCTCC 19 222 1 GCTTCCTCCTCTGTGGCGGGTTTCCCGCCG 20 186 1 CATCGGCTCCCTCCGGCGGGAAACCCGCCA 20 199 0 TTAGGCAGAAATTTGGAGGTGATTTAA 20 264 1 ********** MAP Score: 7.99553 Motif 10 GGGAACCACCGTTTGGGATTTCTCTCAGGGAAAC 5 29 0 GATTTGAACCCCGGCGGGCAAACGCCCACGGGCTCT 18 31 0 ATACTTTCTACCTCTGAGGAATTCTCGGCTAATGCC 19 27 1 CCAGGCTGAGCCACCGGGGCATTAGCCGAGAATTCC 19 44 0 GGTAGAGCGGCCGCTTGGTAAGCGGCAGGTCCCGGG 19 78 1 AAAAAACTTTTCGGGGGGCAATTCTCC 19 224 1 TTATCTAAGACCTATGGGTAATGGCC 20 0 0 ATAGTGGTCACCGCTGAGCCACCAACTTAGTTAAGT 20 111 1 AAACCCGCCACAGAGGAGGAAGCCTCATTTGCTCGG 20 173 0 TCGGCTCCCTCCGGCGGGAAACCCGCCACAGAGGAG 20 191 0 ACATTCAATTCCGAAGGGAATTTATAAAG 25 3 0 *** *** ** * * MAP Score: 7.53164 Motif 11 GAAAATGGTTGTTCCCAAATTAGCGGGGCCTGAATG 3 52 0 GTTATAAAGCTTTTCCCAAGTTCTCGAGAAGGCAAA 10 10 0 GCTTTCTTTTCTTTCCAAAATAATTTTAAGCACATT 11 12 1 CTCCAGAAGTGTTTGCTAAGTTGTAGTTTAAAGGGT 15 34 0 TTGAAGCTTCTTTCATAAAATGGCTTAAATATTTCA 16 36 0 CGATAACTTCCTTTCCCAAATACTTGTACCTCTTCT 17 108 1 CCTTTTCCTCCTTCGTGAACTCCTTTATTTTTCCTT 17 144 1 TTAACATTTCGTTTCTAAAATTTTAGCTCAACCTTT 17 238 1 TTAGCTCAACCTTTATTAACTTCCCTTCGTTCGTGA 17 260 1 TTAGGATGAACTTCACCAACTCCCGGCTTAAGCTTT 19 190 0 ACTTAGTTAAGTTTTTAAACTCCCCTTTTAATCTCA 20 135 1 TTGGGATAGCCTTTTAAAATTTTCGGACATCGGCTC 20 220 0 TCTCCCTTCTCTTCTTTAATTCTTGGGGTGATTTGA 21 10 1 CTTTATAAATTCCCTTCGGAATTGAA 25 0 1 **** * ** * * * MAP Score: 6.41777