AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249174
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0114	144	hypothetical protein
#1	PAB0116	30	hypothetical protein
#2	PAB0180	87	PAB0180
#3	glpk	26	PAB2406
#4	glpA	143	PAB0183
#5	PAB0211	300	hypothetical protein
#6	soxA	51	PAB0212
#7	PAB1936	49	PAB1936
#8	PAB1931	147	PAB1931
#9	trxB	180	PAB0500
#10	PAB1842	82	PAB1842
#11	PAB1784	103	PAB1784
#12	PAB1737_hydB-2	148	PAB1737: PAB1737, hydB-2: PAB0638
#13	noxA-1	72	PAB0936
#14	PAB1213	148	PAB1213
#15	pyrC	286	PAB1149

Motif 1
GATTTCCAGGTTTTAAATCTTTCCTCAGCCTT	4	90	0
CCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATA	15	116	1
TGGTAATGATTTTTAAATCCTTAACCGTAAAT	5	69	1
ATCGATGAAATATAAAAACCTTATTTGAGAAG	7	22	1
GGTGGCAAGGTATTAAAACGTTGAGCTAAAAT	8	104	0
GACATTCTACTACAAAACCCTTTTCATTTTAT	12	104	0
   CCTTTTGTTTTAAACTATTTTTGGCTAAC	10	7	1
  CCTTTTTATTTAAAAATTTTCAAAAGTTTT	6	8	1
AAGAAAAAGGTATTAAATTTTTGCTGTAGGCC	5	256	0
CTCCCTTCCGTTTAAGAACATTTGCAATATTC	14	22	1
AACAGCGAGATAAAAAAGCGTTTTTAAACCCG	11	14	0
AAGTCTTTCGCATTAAAGCTTTCCTCACAATG	13	25	1
CCTAAGTCCTTATTAGATCCTTAAGGTGGTAC	15	13	0
TAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAAATTA	14	122	1
TAAACCTTTGGTTAAAAACATTGTGAGGAAAG	13	43	0
      TCTGCTCTAAACCTTTGGTTAAAAAC	13	56	0
AAACCTCTACTTATAAAATATTAGGTTAGCCA	10	31	0
TTCTAAGCTTTAAAAAACTCTTTTAAGATTTC	9	88	0
AAAAATGTCTTATTATACCTTTTTAGGTTGAA	4	55	1
          ******* * **
MAP Score: 18.2767

Motif 2
CTAGTAGAAGAACTTAAAGCTAAAGCATCTAGG	0	78	0
CAAAGACCAAAAATATACGCTAATGCACCTCTC	2	23	0
TTTTAGGTTGAACTAAAGGCTGAGGAAAGATTT	4	75	1
AAAAGGTATTAAATTTTTGCTGTAGGCCGGCAA	5	251	0
AAGGTATTAAAACGTTGAGCTAAAATTTAGAGC	8	97	0
TGCCGTTTCAAACCAAAGGTTGAGGAGGTTTGG	9	12	0
CACAATAGTAAACCAAAGGTTGAACACTTTTAT	9	126	0
CATCGTTGGCAACTAATAGTTGTTAAAATCTCG	12	66	0
ATTAGTTGCCAACGATGGGTTGATAAAATGAAA	12	82	1
 TCTGCTCTAAACCTTTGGTTAAAAACATTGTG	13	50	0
ACTTATTGTGAACTATTTGTTATGCACAAATAT	14	64	0
AACATTTTTGAACATTACGCTAAGTTGTGAGCA	14	111	0
ATATTTCCTGAAAATATTGCTGATAAGGCTTTT	15	129	0
          *** **  *****
MAP Score: 13.1249

Motif 3
        GTCTATTTTAACCTTGAACTTACTT	0	2	1
GGATTCCTAGATGCTTTAGCTTTAAGTTCTTCT	0	73	1
TACGTTTGATTCTTTAAATATTTTACTTTAATA	0	112	0
ATATTTTTGGTCTTTGAAGTTTTTAAGGTGATT	2	40	1
CAAAAATGTCTTATTATACCTTTTTAGGTTGAA	4	54	1
GGATTTCCAGGTTTTAAATCTTTCCTCAGCCTT	4	90	0
AATCCTATTTCCTTTTTAGTTTTGAGGTGGAGC	4	118	1
TTGGTAATGATTTTTAAATCCTTAACCGTAAAT	5	68	1
TAAGAAAAAGGTATTAAATTTTTGCTGTAGGCC	5	256	0
AAGGGTAAAACTTTTGAAAATTTTTAAATAAAA	6	13	0
GTTTGAATGAGCGCTCTAAATTTTAGCTCAACG	8	85	1
AGGTGGCAAGGTATTAAAACGTTGAGCTAAAAT	8	104	0
TACCTTGCCACCTTTCACCCTTTGGTGAGGATC	8	124	1
  CTCCAAACCTCCTCAACCTTTGGTTTGAAAC	9	8	1
TTTAAAAAACTCTTTTAAGATTTCTACGCTATC	9	79	0
GAAAATAAAAGTGTTCAACCTTTGGTTTACTAT	9	122	1
  AATTCTATCCCCTTATACTTTCTATTGTTGG	12	8	1
 GATACATCACCAATTAAAATTTGACATTCTAC	12	126	0
GAAGTCTTTCGCATTAAAGCTTTCCTCACAATG	13	24	1
       TCTGCTCTAAACCTTTGGTTAAAAAC	13	56	0
TAAGTTGTGAGCATTATATTTTTATAAACTTAT	14	91	0
TCTGACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGT	15	58	0
TGCTGATAAGGCTTTTAAACTTGGAAAGGGCTA	15	112	0
TTAAATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTT	15	241	0
          ** ** ** ****
MAP Score: 12.5429

Motif 4
TTCCCTTTTATGCTCAAAAATGTCTTATTATA	4	40	1
TTTAAATCTTTCCTCAGCCTTTAGTTCAACCT	4	79	0
     GGATTTGCTCCCCATATTAATTAAGAA	5	283	0
      TTTTTCTTCCCCTCTTCCAAAATTCG	8	4	1
TCTAAATTTTAGCTCAACGTTTTAATACCTTG	8	99	1
        GATCCTCACCAAAGGGTGAAAGGT	8	133	0
 CTCCAAACCTCCTCAACCTTTGGTTTGAAAC	9	9	1
AAAATAAAAGTGTTCAACCTTTGGTTTACTAT	9	123	1
TTTATCTCGCTGTTCAACTCTTAACTGGGGAA	11	32	1
TGCTCATCTTTGTTCCCCAGTTAAGAGTTGAA	11	44	0
CGGATGATTATGTTCACCGATGGAGGTGGGTT	11	79	1
AAAAATATAATGCTCACAACTTAGCGTAATGT	14	101	1
CTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAAAT	14	120	1
          ********  **
MAP Score: 10.2816

Motif 5
ATAGTTCTTCCCTTTTATGCTCAAAAATGTC	4	33	1
TCTTATTATACCTTTTTAGGTTGAACTAAAG	4	62	1
AATCCTATTTCCTTTTTAGTTTTGAGGTGGA	4	118	1
AAATTTAATACCTTTTTCTTAATTAATATGG	5	268	1
          CCTTTTTATTTAAAAATTTTC	6	0	1
CATTTTACTTCCTTATTTTTTTCTCTCCAAA	9	43	1
          CCTTTTGTTTTAAACTATTTT	10	0	1
AATTCTATCCCCTTATACTTTCTATTGTTGG	12	10	1
ACTACAAAACCCTTTTCATTTTATCAACCCA	12	97	0
GCACCTAAGTCCTTATTAGATCCTTAAGGTG	15	17	0
AGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATATTTTCAG	15	124	1
          ****** ****
MAP Score: 8.28645

Motif 6
TCTTTAAATATTTTACTTTAATAACTAGTA	0	105	0
        CCTTTTTATTTAAAAATTTTCA	6	2	1
AAATAAGGTTTTTATATTTCATCGATGTTC	7	18	0
          TTTTTCTTCCCCTCTTCCAA	8	0	1
TGAAACGGCATTTTACTTCCTTATTTTTTT	9	35	1
CTTCCTTATTTTTTTCTCTCCAAAGATTAG	9	50	1
GGTTGAACACTTTTATTTTCAATTCTAAGC	9	112	0
TAAAAACGCTTTTTTATCTCGCTGTTCAAC	11	20	1
TTCTATCCCCTTATACTTTCTATTGTTGGG	12	12	1
CTAATAGTTGTTAAAATCTCGTTTTGAAAA	12	57	0
ATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAATAT	15	145	0
AAGTTAAAAATTTAAATTTCCTGTATTTCG	15	204	0
AATTTAAATTTTTAACTTGCCACAGAAACC	15	216	1
AGAACCCCTATTTAACTTTCAGAAGATAGG	15	259	1
          **********
MAP Score: 7.76015

Motif 7
TCCCCACTATATGCCCACCAATCACCTTAAAAACTT	2	56	0
    TTAGGAATTCACACTCCTCTATACCG      	3	6	1
CTTCCCTTTTATGCTCAAAAATGTCTTATTATACCT	4	39	1
ACCTTTCAGGCTGGGCAAGGCTCGTCATCCGCCATA	5	26	1
GAACACTTTTATTTTCAATTCTAAGCTTTAAAAAAC	9	102	0
GGTTTTTGTGATACACAATTATGACCCAAA      	9	160	1
AAGATTAACTATGTAAACCTCTACTTATAAAATATT	10	41	0
TTTTATCTCGCTGTTCAACTCTTAACTGGGGAACAA	11	31	1
CCGGATGATTATGTTCACCGATGGAGGTGGGTTAG 	11	78	1
GAAAGCTTTAATGCGAAAGACTTCCCAAGTAATTTT	13	12	0
ACTATTTGTTATGCACAAATATGATCGTTAATGAAT	14	50	0
TAAAAATATAATGCTCACAACTTAGCGTAATGTTCA	14	100	1
ACTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAAATTAG	14	119	1
          ATTTCCACCTATCTTCTGAAAGTTAA	15	270	0
          **** ***  **   *
MAP Score: 7.62636

Motif 8
TTAAGGTGATTGGTGGGCATATAGTGGGGA	2	62	1
GGTGGGCATATAGTGGGGATCGCG      	2	73	1
AATAAGACATTTTTGAGCATAAAAGGGAAG	4	39	0
TTATTATACCTTTTTAGGTTGAACTAAAGG	4	64	1
TCCTTTTTAGTTTTGAGGTGGAGCCT    	4	127	1
CCCCGCAAGGTGTTCGGGTTCGATGAGCGG	5	153	1
TTTCACCCTTTGGTGAGGATC         	8	136	1
TGGTTTACTATTGTGGGGTTTTTGTGATAC	9	144	1
          TTTTCGGGTTTAAAAACGCT	11	0	1
ATACTTTCTATTGTTGGGTTTCACTAATTA	12	24	1
GTTAAAAACATTGTGAGGAAAGCTTTAATG	13	35	0
TTACGCTAAGTTGTGAGCATTATATTTTTA	14	100	0
ATCAGCAATATTTTCAGGAAATATAAACCA	15	138	1
          **********
MAP Score: 7.07684

Motif 9
TTTCCAGGTTTTAAATCTTTCCTCAGCCTTTAGTTCAACCTAAAAAG	4	73	0
GCCGGCCTACAGCAAAAATTTAATACCTTTTTCTTAATTAATATGGG	5	253	1
CTTCCAAAATTCGGAATTATGTTAAACTCCTTATTTAAGCCCAGATG	8	23	1
ATAAGGAAGTAAAATGCCGTTTCAAACCAAAGGTTGAGGAGGTTTGG	9	12	0
AGAAATCTTAAAAGAGTTTTTTAAAGCTTAGAATTGAAAATAAAAGT	9	87	1
TTAGAATTGAAAATAAAAGTGTTCAACCTTTGGTTTACTATTGTGGG	9	114	1
TTTTTGGCTAACCTAATATTTTATAAGTAGAGGTTTACATAGTTAAT	10	27	1
TTTCGGGTTTAAAAACGCTTTTTTATCTCGCTGTTCAACTCTTAACT	11	11	1
CGTTGGCAACTAATAGTTGTTAAAATCTCGTTTTGAAAATTCTAATT	12	49	0
AAACCTTTGGTTAAAAACATTGTGAGGAAAGCTTTAATGCGAAAGAC	13	27	0
TCATTAACGATCATATTTGTGCATAACAAATAGTTCACAATAAGTTT	14	52	1
CTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATATTTTCAGGAAATATAA	15	117	1
ACAGAAACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATTTAACTTTCAGAAG	15	237	1
          * * *    **   * *      ** *
MAP Score: 6.6808

Motif 10
ACCTCCAGAGAGGTGCATTAGCGTATATTT	2	16	1
TAAGACATTTTTGAGCATAAAAGGGAAGAA	4	37	0
CCCACAGGGCCGGTGCATCCGCCCGCGGGA	5	200	1
TGGGTCATAATTGTGTATCACAAAAACCCC	9	158	0
GGGAACAAAGATGAGCATCCCGGATGATTA	11	59	1
ACGATCATATTTGTGCATAACAAATAGTTC	14	58	1
ATAAGGACTTAGGTGCATCAAATTATACAC	15	32	1
ATATTTATTCTGGTGTATAATTTGATGCAC	15	44	0
AAATATTTGCTGGTGCATAATTCTCATGCG	15	169	1
          **********
MAP Score: 5.27447