AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons004_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249204
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	moaE	54	PAB0110
#1	PAB0111	91	hypothetical protein
#2	PAB0112	83	hypothetical protein
#3	PAB0114	144	hypothetical protein
#4	PAB0116	30	hypothetical protein
#5	PAB0180	87	PAB0180
#6	glpk	26	PAB2406
#7	PAB0182	21	hypothetical protein
#8	glpA	143	PAB0183
#9	PAB0211	300	hypothetical protein
#10	soxA	51	PAB0212
#11	PAB1936	49	PAB1936
#12	PAB1931	147	PAB1931
#13	PAB1930	60	PAB1930
#14	PAB1929	67	PAB1929
#15	trxB	180	PAB0500
#16	PAB1842	82	PAB1842
#17	PAB1784	103	PAB1784
#18	PAB1737_hydB-2	148	PAB1737: PAB1737, hydB-2: PAB0638
#19	noxA-1	72	PAB0936
#20	PAB1213	148	PAB1213
#21	pyrC	286	PAB1149

Motif 1
TAAGCAGGCGAAGTTTAAAAGATAGCGGGAGA	0	14	0
AATCAAGTCGAAGTTTGAACAATGGCAATATA	2	48	0
AAGTAAGTTCAAGGTTAAAATAGAC       	3	3	0
ATTAAAGTAAAATATTTAAAGAATCAAACGTA	3	113	1
ATCACCTTAAAAACTTCAAAGACCAAAAATAT	5	40	0
AGGCTGAGGAAAGATTTAAAACCTGGAAATCC	8	91	1
TTTACGGTTAAGGATTTAAAAATCATTACCAA	9	68	0
GCCTACAGCAAAAATTTAATACCTTTTTCTTA	9	257	1
AACTTTTGAAAATTTTTAAATAAAAAGG    	10	6	0
ACGTTGAGCTAAAATTTAGAGCGCTCATTCAA	12	87	0
AGTAATTAAAAGGGTTAAAAAAATAACG    	13	6	0
GTTAAATTAAAAACTTGAGAAAGTAATCTGGT	14	38	1
ATAGCGTAGAAATCTTAAAAGAGTTTTTTAAA	15	80	1
TTTCAATTCTAAGCTTTAAAAAACTCTTTTAA	15	94	0
TAGTAAACCAAAGGTTGAACACTTTTATTTTC	15	122	0
CACTAATTAGAATTTTCAAAACGAGATTTTAA	18	45	1
ATTGTGAGGAAAGCTTTAATGCGAAAGACTTC	19	24	0
TTTTTAACCAAAGGTTTAGAGCAGA       	19	57	1
AGTTCACAATAAGTTTATAAAAATATAATGCT	20	83	1
AACTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAA	20	118	1
AGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAGCA	21	113	1
AACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATTTAA	21	242	1
          *** ** *****
MAP Score: 23.1247

Motif 2
          CTTTAATCCCAACATATTTAAGCAGGCG	0	36	0
TATATTAACTTTTTCTATACCGATTTTTGACACAACTC	1	42	0
      TTTTCTTTGCCCTTAAATTGTTTGCATAGCAA	2	4	1
ATAGCAAAATCTTTATATTGCCATTGTTCAAACTTCGA	2	35	1
CTATTTTAACCTTGAACTTACTTATTGTTATAAGTAGT	3	12	1
TTCCTAGATGCTTTAGCTTTAAGTTCTTCTACTAGTTA	3	76	1
GGTTTTAAATCTTTCCTCAGCCTTTAGTTCAACCTAAA	8	76	0
        CCTTTTTATTTAAAAATTTTCAAAAGTTTT	10	2	1
ACTACTACCACTTTTCTCATCTGGGCTTAAATAAGGAG	12	49	0
AGCGCTCTAAATTTTAGCTCAACGTTTTAATACCTTGC	12	94	1
TTTTTTAACCCTTTTAATTACTTGGTTTTGAAATATAA	13	16	1
        TGCTTGAATTTAATCCTTGTGCAAAACAGT	14	2	1
TTTCTCAAGTTTTTAATTTAACTGTTTTGCACAAGGAT	14	22	0
TTGAAACGGCATTTTACTTCCTTATTTTTTTCTCTCCA	15	34	1
AGGTTGAACACTTTTATTTTCAATTCTAAGCTTTAAAA	15	105	0
AGTGTTCAACCTTTGGTTTACTATTGTGGGGTTTTTGT	15	131	1
         CCTTTTGTTTTAAACTATTTTTGGCTAAC	16	1	1
ATTCTATCCCCTTATACTTTCTATTGTTGGGTTTCACT	18	11	1
TCAAAACGAGATTTTAACAACTATTAGTTGCCAACGAT	18	60	1
AACCCTTTTCATTTTATCAACCCATCGTTGGCAACTAA	18	83	0
CGCATTAAAGCTTTCCTCACAATGTTTTTAACCAAAGG	19	33	1
CAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTGTATTTCGATTTTCG	21	197	0
          ****   ** *   * **
MAP Score: 10.5062

Motif 3
TTTTAGGTTGAACTAAAGGCTGAGGAAAGATTT	8	75	1
    GATCCTCACCAAAGGGTGAAAGGTGGCAA	12	128	0
TGCCGTTTCAAACCAAAGGTTGAGGAGGTTTGG	15	12	0
CACAATAGTAAACCAAAGGTTGAACACTTTTAT	15	126	0
CATCGTTGGCAACTAATAGTTGTTAAAATCTCG	18	66	0
ATTAGTTGCCAACGATGGGTTGATAAAATGAAA	18	82	1
CAATGTTTTTAACCAAAGGTTTAGAGCAGA   	19	52	1
ATTTGTGCATAACAAATAGTTCACAATAAGTTT	20	66	1
          *** ** ** ***
MAP Score: 9.93382

Motif 4
AAATATACGCTAATGCACCTCTCTGGAGGTGTTGA	5	11	0
ATCGTTTTTCTAATGAGCACCATAGTTCTTCCCTT	8	12	1
TTCTTCCCTTTTATGCTCAAAAATGTCTTATTATA	8	37	1
      CAGCTAAAGAACATCGATGAAATATAAAA	11	4	1
AACTCCTTATTTAAGCCCAGATGAGAAAAGTGGTA	12	47	1
AAGAGTTTTTTAAAGCTTAGAATTGAAAATAAAAG	15	98	1
TGAAGGAAATTCAAGATTAACTATGTAAACCTCTA	16	54	0
TAATCATCCGGGATGCTCATCTTTGTTCCCCAGTT	17	54	0
TCCCGGATGATTATGTTCACCGATGGAGGTGGGTT	17	76	1
GAACTATTTGTTATGCACAAATATGATCGTTAATG	20	53	0
TATAAAAATATAATGCTCACAACTTAGCGTAATGT	20	98	1
CAACTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAAAT	20	117	1
          * **** ** *  **
MAP Score: 8.2822

Motif 5
TTCCCTTTTATGCTCAAAAATGTCTTATTATA	8	40	1
TTTAAATCTTTCCTCAGCCTTTAGTTCAACCT	8	79	0
     GGATTTGCTCCCCATATTAATTAAGAA	9	283	0
      TTTTTCTTCCCCTCTTCCAAAATTCG	12	4	1
TCTAAATTTTAGCTCAACGTTTTAATACCTTG	12	99	1
        GATCCTCACCAAAGGGTGAAAGGT	12	133	0
 CTCCAAACCTCCTCAACCTTTGGTTTGAAAC	15	9	1
AAAATAAAAGTGTTCAACCTTTGGTTTACTAT	15	123	1
TTTATCTCGCTGTTCAACTCTTAACTGGGGAA	17	32	1
TGCTCATCTTTGTTCCCCAGTTAAGAGTTGAA	17	44	0
CGGATGATTATGTTCACCGATGGAGGTGGGTT	17	79	1
AAAAATATAATGCTCACAACTTAGCGTAATGT	20	101	1
CTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAAAT	20	120	1
          ********  **
MAP Score: 8.22704

Motif 6
ACTCAGGAAATATATTAACTTTTTCTATACCG	1	58	0
        TTTTCTTTGCCCTTAAATTGTTTG	2	2	1
       GTCTATTTTAACCTTGAACTTACTT	3	3	1
AAAAATGTCTTATTATACCTTTTTAGGTTGAA	8	55	1
GATTTCCAGGTTTTAAATCTTTCCTCAGCCTT	8	90	0
TTGGTAATGATTTTTAAATCCTTAACCGTAAA	9	68	1
ACAGCAAAAATTTAATACCTTTTTCTTAATTA	9	261	1
ATCGATGAAATATAAAAACCTTATTTGAGAAG	11	22	1
TCATTCAAACTACTACCACTTTTCTCATCTGG	12	63	0
GGTGGCAAGGTATTAAAACGTTGAGCTAAAAT	12	104	0
   CGTTATTTTTTTAACCCTTTTAATTACTT	13	7	1
          TTTAATCACCTTGTTATTATAT	13	48	0
ATTTCTACGCTATCTAATCTTTGGAGAGAAAA	15	61	0
TAAAAGAGTTTTTTAAAGCTTAGAATTGAAAA	15	95	1
GACATTCTACTACAAAACCCTTTTCATTTTAT	18	104	0
AAGTCTTTCGCATTAAAGCTTTCCTCACAATG	19	25	1
CTCCCTTCCGTTTAAGAACATTTGCAATATTC	20	22	1
GCATTATATTTTTATAAACTTATTGTGAACTA	20	82	0
TTCGTGAACATTTTTGAACATTACGCTAAGTT	20	118	0
CCTAAGTCCTTATTAGATCCTTAAGGTGGTAC	21	13	0
CCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATA	21	116	1
          ***** * ****
MAP Score: 0.93535

Motif 7
TCCCGCTATCTTTTAAACTTCGCCTGCTTA	0	16	1
TATAATACATTTTTTATATACCACTTAGAG	1	15	1
TGAGGAAAGATTTAAAACCTGGAAATCCTA	8	95	1
TTGGTAATGATTTTTAAATCCTTAACCGTA	9	68	1
GGGTAAAACTTTTGAAAATTTTTAAATAAA	10	14	0
TTCGGAATTATGTTAAACTCCTTATTTAAG	12	32	1
TAGCTCAACGTTTTAATACCTTGCCACCTT	12	108	1
   CGTTATTTTTTTAACCCTTTTAATTAC	13	7	1
AATTACTTGGTTTTGAAATATAATAACAAG	13	31	1
TAAAAGAGTTTTTTAAAGCTTAGAATTGAA	15	95	1
   CCTTTTGTTTTAAACTATTTTTGGCTA	16	7	1
AAAAAAGCGTTTTTAAACCCGAAAA     	17	5	0
CCTCACAATGTTTTTAACCAAAGGTTTAGA	19	47	1
CATTATATTTTTATAAACTTATTGTGAACT	20	83	0
CTGATAAGGCTTTTAAACTTGGAAAGGGCT	21	113	0
GAAATTTAAATTTTTAACTTGCCACAGAAA	21	214	1
          **********
MAP Score: 0.391539