AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_operons005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944249220 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB2311 91 hypothetical protein #1 PAB2299 81 hypothetical TRANSCRIPTIONAL REGULATOR #2 PAB2298 117 hypothetical protein #3 PAB2257 161 PAB2257 #4 rad25-like 115 PAB0128 #5 glpA 143 PAB0183 #6 rpl37AE 60 PAB7067 #7 PAB2357 42 hypothetical protein #8 fus 80 PAB0187 #9 PAB0188 50 hypothetical protein #10 PAB0315 300 hypothetical protein #11 mpg 70 PAB0317 #12 srp54 38 PAB0320 #13 PAB0322 49 PAB0322 #14 PAB0392 107 PAB0392 #15 PAB1938 136 PAB1938 #16 PAB1817 53 PAB1817 #17 d1 62 PAB0651 #18 PAB1721 201 hypothetical protein #19 lhr-2 138 PAB0744 #20 PAB1587 181 PAB1587 #21 PAB7359 116 hypothetical protein #22 PAB0973 300 PAB0973 #23 PAB1314 200 PAB1314 #24 PAB1236 38 PAB1236 #25 PAB1234 56 hypothetical protein Motif 1 ATATTTCATCAAATCCTTTTAAATATATGTTGC 3 129 0 ACAGATACGGAAAGAGTTATAAACTAACTTCCA 15 43 0 ACTCCTCGCGAAAACTTTATAAACCTACCCTCA 18 43 1 GATCTTATGCAAATTTTTATAAATTACCGACCT 4 63 1 AAATATTTATAAACCGTGCATAA 6 0 1 CTAGTATTCGAAAACATTAAAAAGCATTCTCAA 22 258 0 TAGGAGACCAAAACCATTTTCAACTAGGCAGAT 2 30 0 CTTCCCCTCAAAAAATTTTTCAAGGAGTTGAAT 15 109 0 AAGAACGTTAAAAGGTTTTTCAAAACTAAATAA 0 22 0 GAAACGTACGAAACATTTTTATATCCTTTTGGT 1 35 1 AATGGGGGCAAAAAGCTTATATACGTCATTCAT 22 112 0 ACCTACCCCCAATTCCTTTTAAAACTCCTCGCG 18 20 1 GTCGAATCCCAAATAATTTACAAGGGCGGGAAT 11 46 0 ACTCACATTCAAATTTTTATTAACTATCGTTTA 20 15 0 AGCTAATCCCTTTAAAATTGGAAGAAG 7 25 0 TATCGAACATAATAGTTTAAAAAATCAAAAGCG 19 107 1 TTCCACAACTTTTTTATATTGGGTTCGT 9 5 1 TCAGATGAAACAAATTTTTTATACTTAAAGTTC 2 70 1 AGAACTTGGGAAAAGCTTTATAACTCTACCTTT 8 22 1 CTTGATACAAAAAAGATTTATAACCTCAAGGGT 10 254 1 ATTCTGGGGGAATAGTTTATATAGTATGGTGTC 14 58 1 TAAGAGAAAGCAACGTTTAAATACTCCAAAGTG 21 69 1 TCTTGCTAGGCATAACTTAAAAACATCACCATG 16 23 0 TATCTTGGACCATGACTTTTCAAGTTGTCAGTA 3 74 0 AGCTTCCAGGAATAAATTTTTTACTGAGGAGTC 25 10 0 *** ******* MAP Score: 18.8822 Motif 2 TGGTATCTTTAAGAGGAGGTGACTTTA 1 64 1 CAGATGAAATAGGAGGGGGATCGGC 2 5 0 CATTAATTTGAGAAGGAGGTGATAAATA 3 8 0 ACCATACTTAAGGAGGGGTATAAAA 4 5 0 CACCACATACAAAGGGGGTATTTAAGGTCG 4 90 0 GTTGAACTAAAGGCTGAGGAAAGATTTAAA 5 81 1 ATAAAAGAAGAGAATGGGGA 11 0 0 TGTGTGAAACAAACGGGGGGAGGAGAA 15 7 0 AAATCAAAAGCGACTGGGGA 19 128 1 ATTGCCTGAGAAGCTGGGGTTGTTAGTTCA 20 142 1 GATTTTAGCCAGGGGGAGGAC 21 1 0 AGCATGGTAAAGGAGGGGTAGGACATGAAG 22 52 0 TAAAGTCTACAGAATGGGGGCAAAAAGCTT 22 127 0 ATTGGCCAAAAAAATGAGGGAGGCTGGGTA 23 19 1 AAAATGAGGGAGGCTGGGTACAACGTCAAA 23 29 1 AGGGACGAGAAGAAGGGGGAGGAGATAGCC 23 149 1 ********** MAP Score: 16.8813 Motif 3 TTTTAACGTTCTTTACCCTAATTTGGGTATGTAATTAGAGT 0 42 1 TATATCCTTTTGGTATCTTTAAGAGGAGGTGACTTTA 1 54 1 ACTTAAAGTTCAAAACCATAAGATGGTGAAGTGCC 2 92 1 AATATCAATTCATTAATTTGAGAAGGAGGTGATAAATA 3 7 0 ATCCTATTTCCTTTTTAGTTTTGAGGTGGAGCCT 5 119 1 AAACCCATCAGCTCACGATCAAGGGGTGATGCTC 6 36 1 AAGCTTGCTCGGGTTTACTTAAAAGGTAGAGTTATAAAGCT 8 35 0 AAGTAAACCCGAGCAAGCTTATCGGGTGGTGAAA 8 56 1 TTTTAGGTTTGGCAACGGTTCTTTGGATAAGTGAGTATAAT 10 129 1 GTTTTCTGAATTTAACCTTGGAAAGGTGAAGCACC 12 13 1 GAGGTAATTTTTGAGTACTTTGGAGAAGTCTTGAAGGA 13 7 1 ATTATGTGTGTGAAACAAACGGGGGGAGGAGAA 15 2 0 TCAACTCCTTGAAAAATTTTTTGAGGGGAAGCAAG 15 111 1 ACGAAGGATTTAGCATGGTGATGTTTTTAAGTT 16 2 1 TAGGGTCCCGCGGTAGCCTAGCCTGGTAGTGGCGGCGGACT 18 100 1 AGAAGCTGGGGTTGTTAGTTCAATGGAGGTGCGTTCAAGAG 20 150 1 AAGAGAATACCCCGATTTTAGCCAGGGGGAGGAC 21 3 0 TACTCCAAAGTGGTAAAATTTTTTGGTGATGTAAAA 21 90 1 GGAACTGAGGGACGAGAAGAAGGGGGAGGAGATAGCCAGGA 23 142 1 TTCCTGGAAGCTAAAAACAGTTGTGGTGGTGAAGG 25 31 1 * * * ******* MAP Score: 16.208 Motif 4 TCCTTTTGGTATCTTTAAGAGGAGGTGACTTTA 1 58 1 TCAACTAGGCAGATGAAATAGGAGGGGGATCGGC 2 7 0 TCAATTCATTAATTTGAGAAGGAGGTGATAAATA 3 7 0 CCCCTCAAAAAATTTTTCAAGGAGTTGAATATAAACT 15 102 0 TACTTTGGAGAAGTCTTGAAGGAGTTGGGGCTAG 13 25 1 GAATACCCCGATTTTAGCCAGGGGGAGGAC 21 3 0 TATATATGTCAATTAAATGAGGGTGAGAGAAA 24 16 1 TTAGCAACATATATTTAAAAGGATTTGATGAAATATC 3 126 1 AAACTAAGGAGCATGGTAAAGGAGGGGTAGGACATGA 22 54 0 AGTTGATGAACCATACTTAAGGAGGGGTATAAAA 4 7 0 GAACTGAGGGACGAGAAGAAGGGGGAGGAGATAGCCA 23 143 1 CTCTTCTTCCAATTTTAAAGGGATTAGCT 7 23 1 TTTCGCGAGGAGTTTTAAAAGGAATTGGGGGTAGGTT 18 19 0 TGTGTGTGAAACAAACGGGGGGAGGAGAA 15 2 0 CCGCCCTTGTAAATTATTTGGGATTCGACT 11 50 1 TTGGCCAAAAAAATGAGGGAGGCTGGGTACAACGTCA 23 20 1 * * * ****** * MAP Score: 15.1859 Motif 5 AGTTTTGAAAAACCTTTTAACGTTCTTTAC 0 28 1 ATTTCATCAAATCCTTTTAAATATATGTTG 3 130 0 ACCATAGTTCTTCCCTTTTATGCTCAAAAA 5 30 1 TGTCTTATTATACCTTTTTAGGTTGAACTA 5 60 1 GAAATCCTATTTCCTTTTTAGTTTTGAGGT 5 116 1 AGCTAATCCCTTTAAAATTGGAAGA 7 27 0 TTTATAACTCTACCTTTTAAGTAAACCCGA 8 38 1 TTAGAGCATGATCCCTTTTAACT 10 3 0 ACTCAGGCCGTTGCTTTTTAGGCCCTTTAC 10 176 1 CTACCCCCAATTCCTTTTAAAACTCCTCGC 18 22 1 AAATTTGAGAATGCTTTTTAATGTTTTCGA 22 254 1 ********** MAP Score: 13.2755 Motif 6 GAAACTCTAATTACATACCCAAATTAGGGTAAAGAACGT 0 47 0 GCTAGTTGATGAACCATACTTAAGGAGGGGTATAAAA 4 8 0 GCTCTCACCACATACAAAGGGGGTATTTAAGGT 4 92 0 TGAAACCTACGATGTAACAAAAATAAGGGAAGAAAAA 14 8 0 TCCAATTATGTGTGTGAAACAAACGGGGGGAGGAGAA 15 8 0 TGGTCCCGCGGCCCGGATTTGAACCGGGGACCTGCGGAT 18 145 0 CTCATTATAGGCCGGTATAACTATGAGGGTTCTCACGGT 20 52 0 AGAAGCTGGGGTTGTTAGTTCAATGGAGGTGCGTTCAAG 20 150 1 AGCCGCTAAAACAAACAGGGCTAAAAACAG 22 1 1 AGCAAACTAAGGAGCATGGTAAAGGAGGGGTAGGACATG 22 55 0 AGATTTGAATAAAGTCTACAGAATGGGGGCAAAAAGCTT 22 127 0 CGTTAATGAATTGGCCAAAAAAATGAGGGAGGCTGGGTA 23 10 1 ATAAAGGAACTGAGGGACGAGAAGAAGGGGGAGGAGATA 23 137 1 ATACTGTATATATGTCAATTAAATGAGGGTGAGAGAAA 24 10 1 * * * ** ***** MAP Score: 12.9784 Motif 7 AAGATACCAAAAGGATATAAAAATGTTTCG 1 43 0 GTATCTTTAAGAGGAGGTGACTTTA 1 66 1 CAACTAGGCAGATGAAATAGGAGGGGGATC 2 13 0 TTAATTTGAGAAGGAGGTGATAAATA 3 6 0 TTCTCAAATTAATGAATTGATATTGGAAAA 3 24 1 ATATATTTAAAAGGATTTGATGAAATATCC 3 134 1 CAAAACTAAAAAGGAAATAGGATTTCCAGG 5 112 0 AGAAGTCTTGAAGGAGTTGGGGCTAG 13 33 1 AAAATTTTTCAAGGAGTTGAATATAAACTT 15 101 0 ACGAAGGATTTAGCATGGTGATG 16 3 1 GGAGTTTTAAAAGGAATTGGGGGTAGGTTA 18 18 0 ACCTACCCTCAATGAGATGGAATTGGGGAT 18 65 1 GGCCTATAATGAGGAGTTAACGATTTGTTC 20 78 1 CGTTAATGAATTGGCCAAAAAAAT 23 4 1 GATAATAATAAAGGAACTGAGGGACGAGAA 23 130 1 GAAGAAGGGGGAGGAGATAGCCAGGAAGAT 23 157 1 ********** MAP Score: 12.8709 Motif 8 TAAAGTCACCTCCTCTTAAAGATACCA 1 64 0 GCCGATCCCCCTCCTATTTCATCTGCC 2 5 1 GGCACTTCACCATCTTATGGTTTTGAAC 2 99 0 TATTTATCACCTCCTTCTCAAATTAATG 3 6 1 ACCTTAAATACCCCCTTTGTATGTGGTGAGAG 4 92 1 TTAAATCTTTCCTCAGCCTTTAGTTCAACCTA 5 78 0 GAGCATCACCCCTTGATCGTGAGCTGA 6 43 0 TTTCACCACCCGATAAGCTTGCTC 8 66 0 TTCCACAACTTTTTTATATTGGGT 9 2 1 TCCCCATTCTCTTCTTTTATAA 11 0 1 CATTTAATATTCCCGCCCTTGTAAATTATTTG 11 38 1 CTAGCCCCAACTCCTTCAAGACTTCT 13 33 0 TTCTCCTCCCCCCGTTTGTTTCACAC 15 4 1 GTTAACCTACCCCCAATTCCTTTTAAAACTCC 18 16 1 CTACTGTAATCCCCAATTCCATCTCATTGAGG 18 71 0 TCCCCAGTCGCTTTTGATTTTTT 19 125 0 GAACTAACAACCCCAGCTTCTCAGGCAATCTC 20 139 0 AAGCTTTTTGCCCCCATTCTGTAGACTTTATT 22 127 1 ACCCAGCCTCCCTCATTTTTTTGGCCAATTCA 23 16 0 TCTTCTCGTCCCTCAGTTCCTTTATTATTATC 23 130 0 GCTATCTCCTCCCCCTTCTTCTCGTCCCTCAG 23 146 0 TTTCTCTCACCCTCATTTAATTGACA 24 22 0 CCTTCACCACCACAACTGTTTTTAGCTTCCA 25 35 0 ***** **** * MAP Score: 10.2137 Motif 9 TTTGAGCATAAAAGGGAAGAACTATGGTGC 5 28 0 AACTAAAGGCTGAGGAAAGATTTAAAACCT 5 85 1 GTAACAAAAATAAGGGAAGAAAAA 14 4 0 GCACCTATTCTGGGGGAATAGTTTATATAG 14 52 1 TGAAACAAACGGGGGGAGGAGAA 15 3 0 AAAATTTTTTGAGGGGAAGCAAG 15 123 1 GATTTTAGCCAGGGGGAGGAC 21 1 0 ATGGTAAAGGAGGGGTAGGACATGAAGAAA 22 49 0 GCCAAAAAAATGAGGGAGGCTGGGTACAAC 23 23 1 ATAAAGGAACTGAGGGACGAGAAGAAGGGG 23 137 1 GACGAGAAGAAGGGGGAGGAGATAGCCAGG 23 152 1 ********** MAP Score: 10.1783 Motif 10 ACGAAACATTTTTATATCCTTTTGGTATCT 1 42 1 TGAAACAAATTTTTTATACTTAAAGTTCAA 2 75 1 TATTTATCACCTCCTTCTCAAA 3 2 1 TTTTATACCCCTCCTTAAGTA 4 1 1 TGAGGAAAGATTTAAAACCTGGAAATCCTA 5 95 1 AAATATTTATAAACCGTGCATAACT 6 5 1 CTAAGTTTTTAACCTCTTCTTCCAA 7 5 1 GGTTCGTTTCTTTTTCTCCTGGGGCTTAA 9 31 1 ACAAAAAAGATTTATAACCTCAAGGGTTTC 10 260 1 TGGAAGTTAGTTTATAACTCTTTCCGTATC 15 43 1 CCCCAATTCCTTTTAAAACTCCTCGCGAAA 18 26 1 TCGCGAAAACTTTATAAACCTACCCTCAAT 18 48 1 TATGTTTAAATTTTTGAACTAATTAAGTTT 19 74 1 GAAAGCAACGTTTAAATACTCCAAAGTGGT 21 74 1 GTATATAAGCTTTTTGCCCCCATTCTGTAG 22 121 1 ********** MAP Score: 4.62603 Motif 11 TTAGTTTTGAAAAACCTTTTAACGTTCTTTACCCTA 0 26 1 CTTAAAGTTCAAAACCATAAGATGGTGAAGTGCC 2 93 1 GCACCATAGTTCTTCCCTTTTATGCTCAAAAATGTC 5 28 1 AATGTCTTATTATACCTTTTTAGGTTGAACTAAAGG 5 58 1 AGCTAATCCCTTTAAAATTGGAAGAAGAG 7 23 0 ACCTTTTAAGTAAACCCGAGCAAGCTTATCGGGTGG 8 49 1 TTTACTCTTATTTTCCCTAAAATGATGTCTACGATA 10 201 1 TTTTCTGAATTTAACCTTGGAAAGGTGAAGCACC 12 14 1 GTTTATATTCAACTCCTTGAAAAATTTTTTGAGGGG 15 103 1 ACCCAATACACCCTAGTACGCTGCTTGACTAA 17 40 0 ACCTACCCCCAATTCCTTTTAAAACTCCTCGCGAAA 18 20 1 GTCCGCCGCCACTACCAGGCTAGGCTACCGCGGGAC 18 104 0 CCCTCATAGTTATACCGGCCTATAATGAGGAGTTAA 20 62 1 TAAGAGTCCTAAAACCTGATGATGCTAGTCGCTAAC 22 210 1 ****** * * * * MAP Score: 3.21473 Motif 12 TTATTTAGTTTTGAAAAACCTTTTAACGTTCTTT 0 22 1 TGTTGTAATAACTTTTGAATTTTGGG 1 2 1 ATCTGCCTAGTTGAAAATGGTTTTGGTCTCCTAT 2 30 1 CTCGAGAACTTGGGAAAAGCTTTATAACTCTACC 8 18 1 ATTCAACTCCTTGAAAAATTTTTTGAGGGGAAGC 15 109 1 TTAAAACTCCTCGCGAAAACTTTATAAACCTACC 18 38 1 TACTCCAAAGTGGTAAAATTTTTTGGTGATGTAA 21 90 1 GACTCCTCAGTAAAAAATTTATTCCTGGAAG 25 7 1 * * **** **** MAP Score: 1.61354 Motif 13 TATTTAGTTTTGAAAAACCTTTTAACGTTCTTT 0 23 1 TGTTGTAATAACTTTTGAATTTTGGGA 1 4 1 GATTTCAGATGAAACAAATTTTTTATACTTAAA 2 66 1 GAATTGATATTGGAAAACTTTAGGTTTTCTCAT 3 37 1 GGATTTCCAGGTTTTAAATCTTTCCTCAGCCTT 5 90 0 CGAGAACTTGGGAAAAGCTTTATAACTCTACCT 8 20 1 TTCCACAACTTTTTTATATTGGGT 9 1 1 CCCTTGAGGTTATAAATCTTTTTTGTATCAAGA 10 253 0 TGGAAGTTAGTTTATAACTCTTTCCGTATCTGT 15 43 1 ATTCAACTCCTTGAAAAATTTTTTGAGGGGAAG 15 109 1 TATTTATAAAGTTAAAACTTTAGTAGCAAA 17 7 0 AAAACTCCTCGCGAAAACTTTATAAACCTACCC 18 40 1 AATAATTGCATAATCAGCTTTTTATGTAATTAC 19 36 1 TACATAATTATGTTTAAATTTTTGAACTAATTA 19 66 1 TACTCCAAAGTGGTAAAATTTTTTGGTGATGTA 21 90 1 GACTCCTCAGTAAAAAATTTATTCCTGGAAGC 25 9 1 * * ******** MAP Score: 0.3075