AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249328
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	korD	300	PAB0341
#1	iorA-2	67	PAB0718
#2	ftsZ-2	300	PAB0851
#3	soj	48	PAB0852
#4	PAB0854	99	hypothetical protein
#5	PAB1474	28	PAB1474
#6	PAB1471	28	PAB1471
#7	PAB1470	226	PAB1470

Motif 1
AATCCACTACAATGGTTTTGTTCTTGATCCCAGGGT	0	39	1
GAACAGATGAAAATTTTTTCGTGTTACGGGTTTTTA	0	121	0
ATCCCTAAATATCCCTATAGGGGATATGTCGGCCGT	0	200	1
        TTAAAGCTTTTGTAGATGAACATTAATG	0	282	0
TTTTGGCCTAAATTATTTTTGTGATAATAT      	2	4	0
TAATTAGTTAAATACTTTTTGGCCTAAATTATTTTT	2	20	0
ACGTTGTTAGATAAATTTTGGGGGGAGTGAAAG   	2	277	1
CCTTTCCCACTTCTTTTTAGGTGATGAA        	3	30	1
ATCGCTTAGGAAGCATTTACTGGTGAAGCAA     	4	78	1
    TTTATTAATTATTTTGGGGTGGTGTGAT    	5	6	1
   TTCTTCTTAACTTTTTGGAGGGATATCC     	6	7	1
GTTTATCTTCATCCATTTAGGCCCTATTATCTTTAT	7	25	1
ATCTTTATAAAAGACTTTCGGTGAAAGTATAATGCG	7	53	1
TTTGATTTATGTAGTTTTCGGTGCTAAGCTCAAAGC	7	145	0
          **   *** ** * **
MAP Score: 8.51286

Motif 2
TTTCGTGTTACGGGTTTTTAGTTTTTGTTTTCTCCTG	0	104	0
CTGTTCTTCGCTCCATATAACTTTTTGAATATGCGTG	0	151	1
TAGATGAACATTAATGTCCAGTTCATGGATTCTAGGC	0	261	0
   ATATTATCACAAAAATAATTTAGGCCAAAAAGTA	2	7	1
AGCCTTTAATTAGTTAAATACTTTTTGGCCTAAATTA	2	25	0
GAATCTAGGCCATGAATTAAATTCTGGGGAAGTTGGA	2	127	0
CCGAATACGTTGTTAGATAAATTTTGGGGGGAGTGAA	2	271	1
AAATTTCCTTTCCCACTTCTTTTTAGGTGATGAA   	3	24	1
       TTTCACTAATTTATTTCTTGAACATCAATG	4	3	1
          TTTATTAATTATTTTGGGGTGGTGTGA	5	0	1
          TTCTTCTTAACTTTTTGGAGGGATATC	6	0	1
CCTATTATCTTTATAAAAGACTTTCGGTGAAAGTATA	7	47	1
AGCGTTACGACAATTGTCAAATTTTGGCATTACCTAT	7	111	0
TAATCCGAGTTCAATCTTGAATTTTTGAATTTGATTT	7	173	0
          *   * *  * ******
MAP Score: 8.34456

Motif 3
TAAAGTAAAAATGCCCAAAACCCCAGGAGA	0	81	1
ACGCTCTACGATCCCTAAATATCCCTATAG	0	190	1
CTAGGCACAATTCCCTGGAATTAGCAAGGA	0	237	0
CCAGGGAATTGTGCCTAGAATCCATGAACT	0	249	1
AAATACTTTTTGGCCTAAATTATTTTTGTG	2	17	0
GTTGTAGGAATGGCCAAGATGAAAATAATA	2	93	1
AGCGTCCAACTTCCCCAGAATTTAATTCAT	2	123	1
ATTTAATTCATGGCCTAGATTCTCTTGTTA	2	142	1
CCAGGAAGAAATCCCCGAATACGTTGTTAG	2	257	1
AAAGATAATAGGGCCTAAATGGATGAAGAT	7	29	0
GTCATAGGTAATGCCAAAATTTGACAATTG	7	108	1
          **********
MAP Score: 7.91316

Motif 4
AAACCCGTAACACGAAAAAATTTTCATCTGTTC	0	124	1
   ATATTATCACAAAAATAATTTAGGCCAAAA	2	7	1
ATAATTTAGGCCAAAAAGTATTTAACTAATTAA	2	24	1
TCCAACTTCCCCAGAATTTAATTCATGGCCTAG	2	127	1
TTCACTCCCCCCAAAATTTATCTAACAACGTAT	2	275	0
       TTTCACTAATTTATTTCTTGAACATC	4	3	1
ATTTCTTGAACATCAATGTATCTTTGAGAGGAT	4	22	1
 ATCACACCACCCCAAAATAATTAATAAA    	5	6	0
CCGAAAACTACATAAATCAAATTCAAAAATTCA	7	160	1
          **  *** *****
MAP Score: 7.70765

Motif 5
TTAATTGACTCTTAGAGTTT          	0	0	0
GTTTTGGGCATTTTTACTTTACGCTCGACC	0	72	0
GTGTTACGGGTTTTTAGTTTTTGTTTTCTC	0	107	0
GAAAGGAAATTTTAAAGTTTAAAGTT    	3	6	0
TATAAGATTTCTTAGACCTTGATCCTCTCA	4	46	0
      TTCTTCTTAACTTTTTGGAGGGAT	6	4	1
 TACTCATCACCTTGAGTTTATCTTCATCC	7	9	1
TGTCGTAACGCTTTGAGCTTAGCACCGAAA	7	136	1
AATCTTGAATTTTTGAATTTGATTTATGTA	7	168	0
TTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAATTAATC	7	205	0
          **********
MAP Score: 4.6196

Motif 6
AATGGTTTTGTTCTTGATCCCAGGGTCGAG	0	49	1
ACACGAAAAAATTTTCATCTGTTCTTCGCT	0	133	1
CTGGACATTAATGTTCATCTACAAAAGCTT	0	277	1
GACGCTTATTATTTTCATCTTGGCCATTCC	2	99	0
GATTTCTTAGACCTTGATCCTCTCAAAGAT	4	41	0
CCTTGAGTTTATCTTCATCCATTTAGGCCC	7	19	1
          **********
MAP Score: 3.45306

Motif 7
TTTGGGCATTTTTACTTTACGCTCGACCCTGGGA	0	66	0
AAAATTTTCATCTGTTCTTCGCTCCATATAACTT	0	140	1
TTTTTGAATATGCGTGGAACGCTCTACGATCCCT	0	172	1
TTTAACTAATTAAAGGCTAGGCTTAGAATAGGGA	2	44	1
ATGGCTACTCTGATGGCTTCGCTTCTATTCGGAT	2	184	0
GTATAGCTCCTTCTTTAGAAGCTCTCTTATGGCT	2	212	0
CTGGATTTCCTCCTTGTATAGCTCCTTCTTTAGA	2	227	0
AATTTGACAATTGTCGTAACGCTTTGAGCTTAGC	7	125	1
TATGTAGTTTTCGGTGCTAAGCTCAAAGCGTTAC	7	140	0
TGAACTCGGATTAATTGAAAGCTTAAGGGGGCAG	7	197	1
          *   ** *******
MAP Score: 2.14767

Motif 8
GAGCGTAAAGTAAAAATGCCCAAAACCCCAGGAGA	0	76	1
TTCAAAAAGTTATATGGAGCGAAGAACAGATGAAA	0	145	0
CGTGGAACGCTCTACGATCCCTAAATATCCCTATA	0	184	1
GGATACGGCCGACATATCCCCTATAGGGATATTTA	0	205	0
TGGATTCTAGGCACAATTCCCTGGAATTAGCAAGG	0	238	0
TTAATAACTTTCACTAATCCCAGACGGAGGGGTTA	1	40	1
ATCACAAAAATAATTTAGGCCAAAAAGTATTTAAC	2	15	1
AAGGGTGTTGTAGGAATGGCCAAGATGAAAATAAT	2	87	1
ATAATAAGCGTCCAACTTCCCCAGAATTTAATTCA	2	117	1
AGCGAAGCCATCAGAGTAGCCATAAGAGAGCTTCT	2	195	1
GGAAATCCAGGAAGAAATCCCCGAATACGTTGTTA	2	251	1
       CTTTCACTCCCCCCAAAATTTATCTAAC	2	282	0
         ATCACACCACCCCAAAATAATTAATA	5	12	0
TAACGCATTATACTTTCACCGAAAGTCTTTTATAA	7	57	0
TCGATTGTCATAGGTAATGCCAAAATTTGACAATT	7	102	1
AACGCTTTGAGCTTAGCACCGAAAACTACATAAAT	7	142	1
          **  *   *******
MAP Score: 1.65342

Motif 9
TTTATCTAACAACGTATTCGGGGATTTCTTCCT	2	259	0
GTTGTTAGATAAATTTTGGGGGGAGTGAAAG  	2	279	1
    TTTATTAATTATTTTGGGGTGGTGTGAT 	5	6	1
  TTCTTCTTAACTTTTTGGAGGGATATCC   	6	8	1
GGATTAATTGAAAGCTTAAGGGGGCAGAAAAG 	7	204	1
          ** * *** ****
MAP Score: 0.743857