AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_operons007_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944249363 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB2334 39 PAB2334 #1 PAB2333 162 PAB2333 #2 PAB0102 106 PAB0102 #3 malE 100 PAB0119 #4 malC 21 PAB0120 #5 PAB2439 105 PAB2439 #6 PAB0537 300 PAB0537 #7 hisH-like 30 PAB0538 #8 PAB0539 67 hypothetical protein #9 fdhA-like 49 PAB2442 #10 phoX 174 PAB2365 #11 ugd 55 PAB0770 #12 PAB0773 78 PAB0773 #13 PAB1138 165 PAB1138 Motif 1 ATAAAAAATCGGTGGTGATTTGAAT 1 147 1 AATCAATAATGGAGGAGATGAGTGT 3 85 1 TTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 5 93 1 AGAAACCCTTGGAGGAGATAGCTAAAATTCC 6 10 1 GTCATCCCTGGGAGGATATATTCCTCAGATT 6 54 1 AGCGGGTGAAGAGGGAGATAGAGAAGCTAGC 6 199 1 GACATTGAAGGGAGGTGCTTGAT 6 287 1 ACAAAATTAAGGAGGAGATCGAA 10 2 0 GCTTTAATAAAAAGGTGATGGTGA 11 3 0 TATAAGTACAAGGGGAGAAAGATA 11 41 1 ********* * MAP Score: 14.5142 Motif 2 CAATGAGGATACCTTTTTAATTACATTCAC 1 24 0 ACCACCTACGAGCTTTTCATTTTGACCTTT 2 13 1 TTTCATTTTGACCTTTAAAAGCTTCATCTA 2 27 1 GCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACAT 2 73 1 GCTACCTAAAAGGTTTAAAACGAGGCTGCA 3 14 0 CTCCCTAGAAACCTTTATCTCAAATCCTCT 6 87 0 ATCAAGGAAAAGCTTTATATAAAGACTTAA 6 249 1 TTGGCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTA 9 26 1 AATAACCGAAAGGTTTATAAGTTCGAACTA 10 51 0 TATTTCGGCAAGCTTTATATTAAAACTCAA 10 144 1 TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTC 11 8 1 TCCTAGAGGCATGTTTTAAAAAATTATAAA 12 22 1 TTTTAACCTTATCTTTAAAAATAGTTTCCA 13 35 0 GTGACGCAAAAGGTTTATATTCACAAAAAT 13 100 0 CTTTTGCGTCACTTTTTTAATGGTTTAATA 13 118 1 ********** MAP Score: 12.8029 Motif 3 TTCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCAATATG 10 6 1 TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTTTAG 7 1 1 CTTTTCTCTATATTTTTCCAAACCGAA 5 0 1 GAATATAAACCTTTTGCGTCACTTTTTTAATGGTTTA 13 108 1 TTTAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATGGAGGGATGC 0 8 1 ACTTATAAACCTTTCGGTTATTTTTGTTGCTCTATAT 10 59 1 TCGGATTTTTCCTCTTTTTAACCTTATCTTTAAAAAT 13 43 0 CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAAAC 8 0 1 TTTTAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT 6 0 0 TATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTCTTCCACTCCTG 6 231 0 TTTCTTCCTCCTTTTATTATT 4 0 1 ATTCGCTCACCTGAATTTATCTTACATTAT 13 145 0 ATTTCTTCCACTCCTGGGCTAGCTTCTCTATCTCCCT 6 210 0 TCTTCACCCGCTCCCGATCCTTCTTGTCAACCACGAG 6 174 0 TATCTTTCTCCCCTTGTACTTATACGTGAGGGC 11 32 0 TAAGTGGAAACGCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAAC 2 62 1 CGTTAACGTCTCCCTAGAAACCTTTATCTCAAATCCT 6 89 0 TTATGACTTAATTCTTTATTTGCTTTTCGATTTTTGC 1 114 0 ***** * *** * MAP Score: 11.721 Motif 4 TTTAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATG 0 1 1 ATTAAAAAGGTATCCTCATTGACTTAATTTAGACT 1 33 1 TAATTCTTTATTTGCTTTTCGATTTTTGCTATTAT 1 108 0 ACACTCATCTCCTCCATTATTGATTCAATGGG 3 78 0 TTTCTTCCTCCTTTTATTATT 4 0 1 CTTTTCTCTATATTTTTCCAAACCGA 5 1 1 ATTTTAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT 6 3 0 CCTGGGAGGATATATTCCTCAGATTCTAGAGGATT 6 60 1 CCGTTCAGGATGTTTTCCTCGTGGTTGACAAGAAG 6 157 1 CCTTGATTTATTTCTTCCACTCCTGGGCTAGCTTC 6 221 0 TTTATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTCTTCCA 6 237 0 TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTT 7 0 1 TTCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCAAT 10 5 1 TATCTTTCTCCCCTTGTACTTATAC 11 40 0 ATAACTTCGGATTTTTCCTCTTTTTAACCTTATCT 13 51 0 * * ****** ** MAP Score: 9.00346 Motif 5 TTTAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATGGAGG 0 7 1 CAAATCACCACCGATTTTTTATGACTTAATTCT 1 136 0 CCACCTACGAGCTTTTCATTTTGACCTTTAAAA 2 14 1 AAACGCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACA 2 69 1 TTGGATGGTATATAACAATTTTGCTACCTAAAA 3 33 0 TCACCCGCTCCCGATCCTTCTTGTCAACCACGA 6 175 0 TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTTTAGG 7 6 1 CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAAACG 8 5 1 CACAAATTGGTCAATTTTGGCCAAAAATC 9 6 1 GGCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTACTC 9 28 1 TATAAACCTTTCGGTTATTTTTGTTGCTCTATA 10 62 1 TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCT 11 4 1 ATGCTCAAACTAGGACATTTTTGTGAATATAAA 13 84 1 AAACCTTTTGCGTCACTTTTTTAATGGTTTAAT 13 114 1 * * ** ****** MAP Score: 8.95165 Motif 6 TCGTTTAGATGAAGCTTTTAAAGGTCAAAATGAA 2 28 0 AAGCTTCATCTAAACGATAAGTGGAAACGCTTAA 2 45 1 AGCCTCGTTTTAAACCTTTTAGGTAGCAAAATTG 3 17 1 AGAAACCCTTGGAGGAGATAGCTAA 6 1 1 TAGGTGTTGCTAATCTTTTAGGGTGCTGACG 8 46 1 TTCGAACTTATAAACCTTTCGGTTATTTTTGTTG 10 54 1 GTTCAGTGTTTATACCCTTCGGGGTTTTATAATT 12 43 0 TTTCCAATATTAACCGATTCGGGGATGGCAG 13 7 0 TTTGTGAATATAAACCTTTTGCGTCACTTTTTTA 13 103 1 *** ** ** * ** MAP Score: 6.56446 Motif 7 TTTAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATGGAGGGA 0 7 1 TTTTTTATGACTTAATTCTTTATTTGCTTTTCGAT 1 120 0 TTCAAATCACCACCGATTTTTTATGACTTAATTCT 1 136 0 TTAACCACCTACGAGCTTTTCATTTTGACCTTT 2 8 1 AAACGCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACATC 2 69 1 TTTCTTCCTCCTTTTATTATT 4 3 1 TTTTCCAAACCGAAACACTTTTTAGAATTCAATGA 5 23 1 ATCAAGCACCTCCCTTCAATGTCATATCAAG 6 279 0 TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTTT 7 1 1 TTCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCAATATGA 10 9 1 TATTCTATTTCGGCAAGCTTTATATTAAAACTCAA 10 139 1 TATCGAGTTTTTGAGTTTTAATATA 10 159 0 TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTCA 11 4 1 AAACCTTTTGCGTCACTTTTTTAATGGTTTAATAA 13 114 1 * * * ***** ** MAP Score: 3.83963 Motif 8 TTATTTGCTTTTCGATTTTTGCTATTATGA 1 106 0 GTCATAAAAAATCGGTGGTGATTTGAAT 1 144 1 CGCTAGACATCGGATGTGTTAACTTAAA 2 88 0 AGGTAATATAATTGGATGGTATATAACAAT 3 47 0 TAAAAAGTGTTTCGGTTTGGAAAAATATAG 5 17 0 ATGGATGATCTTTAGAGTTTTATTTACTTC 5 63 1 TTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 5 90 1 TCATTTCTTTTTTGGAGGTTTAGGC 7 15 1 TTATAAACCTTTCGGTTATTTTTGTTGCTC 10 61 1 TATCGAGTTTTTGAGTTTTAATATAAAGC 10 155 0 GTTTATACCCTTCGGGGTTTTATAATTTTT 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