AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_operons007_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944249382 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB2334 39 PAB2334 #1 PAB2333 162 PAB2333 #2 PAB0102 106 PAB0102 #3 amyA 35 PAB0118 #4 malE 100 PAB0119 #5 malC 21 PAB0120 #6 PAB2439 105 PAB2439 #7 PAB2227 288 PAB2227 #8 PAB3055 115 hypothetical protein #9 PAB0537 300 PAB0537 #10 hisH-like 30 PAB0538 #11 PAB0539 67 hypothetical protein #12 fdhA-like 49 PAB2442 #13 phoX 174 PAB2365 #14 ugd 55 PAB0770 #15 PAB0773 78 PAB0773 #16 PAB1138 165 PAB1138 Motif 1 GCTAGACATCGGATGTGTTAACTTAAAAAAGT 2 83 0 AATCAATAATGGAGGAGATGAGTGT 4 85 1 TTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 6 93 1 CGCCGAAGGCGGAGTCGATGAACCTGGGCGGG 7 74 1 GAATAGGTGCGGGGGTAATAACCCGCCCAGGT 7 95 0 ATGTTCATTCGGAGGGGTAGAA 7 276 1 CACATACAAAGGGGGTATTTAAGGTCGGTAAT 8 18 1 CCATACTTAAGGAGGGGTATAAAA 8 101 1 AGAAACCCTTGGAGGAGATAGCTAAAATTCCC 9 10 1 AGGTTTCTAGGGAGACGTTAACGGGGTTAAAG 9 103 1 AGCGGGTGAAGAGGGAGATAGAGAAGCTAGCC 9 199 1 AGCTAGCCCAGGAGTGGAAGAAATAAATCAAG 9 223 1 GACATTGAAGGGAGGTGCTTGAT 9 287 1 TTTCTTTTTTGGAGGTTTAGGC 10 18 1 ACAAAATTAAGGAGGAGATCGAA 13 1 0 ATAAAACCCCGAAGGGTATAAACACTGAACGG 15 47 1 ***** *** ** MAP Score: 15.5937 Motif 2 TTTAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATGGAG 0 5 1 TCTTTATTTGCTTTTCGATTTTTGCTATTATGAA 1 105 0 ACACTCATCTCCTCCATTATTGATTCAATGGG 4 78 0 TTTCTTCCTCCTTTTATTATT 5 1 1 CTTTTCTCTATATTTTTCCAAACCGA 6 2 1 GTTTTATTTACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATA 6 79 1 GGCATTGATATCTTTCGCTGATTGAATATAAATG 7 219 0 TTATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTCTTCCA 9 237 0 TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTT 10 1 1 CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAA 11 1 1 TTCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCAAT 13 6 1 AACTTATAAACCTTTCGGTTATTTTTGTTGCTCT 13 58 1 TATCTTTCTCCCCTTGTACTTATACG 14 39 0 TAACTTCGGATTTTTCCTCTTTTTAACCTTATCT 16 51 0 AATATAAACCTTTTGCGTCACTTTTTTAATGGTT 16 109 1 ****** * *** MAP Score: 12.6889 Motif 3 AACCACCTACGAGCTTTTCATTTTGACCTTTA 2 12 1 CCTCGTTTTAAACCTTTTAGGTAGCAAAATTG 4 19 1 ACTTATGGATGATCTTTAGAGTTTTATTTACT 6 59 1 TTATTTAATTATCCTTTAAGTTATTATCATAT 7 29 1 TTATCGAATAATTCTTTACATTGATGATCATA 7 134 1 TCTCGATAGTAACCTTTACGTTTGTAAAAACA 7 177 0 GAAATGCCGAAACATTTATATTCAATCAGCGA 7 207 1 TCTCCCTAGAAACCTTTATCTCAAATCCTCTA 9 86 0 TCTTTATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTC 9 242 0 TTTGGCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTAC 12 25 1 CGAACTTATAAACCTTTCGGTTATTTTTGTTG 13 56 1 CTATTTCGGCAAGCTTTATATTAAAACTCAAA 13 143 1 TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTCA 14 7 1 TCCTCTTTTTAACCTTATCTTTAAAAATAGTT 16 39 0 TGTGAATATAAACCTTTTGCGTCACTTTTTTA 16 105 1 ******** ** MAP Score: 12.2863 Motif 4 TTTAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATGGAGGGA 0 7 1 TATGGATGATCTTTAGAGTTTTATTTACTTCTTAG 6 62 1 ATTTAATTATCCTTTAAGTTATTATCATATGCCCG 7 31 1 TCGAATAATTCTTTACATTGATGATCATAATATTA 7 137 1 CGATAGTAACCTTTACGTTTGTAAAAACAAACGGT 7 171 0 TTATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTCTTCCAC 9 236 0 TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGTTT 10 1 1 CCTTTGCTTTTATTTTTGTTAGAAAA 11 1 1 TCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCAATATGAAC 13 11 1 AACTTATAAACCTTTCGGTTATTTTTGTTGCTCTA 13 58 1 TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTCA 14 4 1 TGTTTATACCCTTCGGGGTTTTATAATTTTTTAAA 15 36 0 TTGAGCATAACTTCGGATTTTTCCTCTTTTTAACC 16 57 0 AAACCTTTTGCGTCACTTTTTTAATGGTTTAATAA 16 114 1 * ** * *** * ** MAP Score: 10.9015 Motif 5 ATCAAGGAAAAGCTTTATATAAAGACTTAA 9 249 1 TATTTCGGCAAGCTTTATATTAAAACTCAA 13 144 1 CAATGAGGATACCTTTTTAATTACATTCAC 1 24 0 AATAACCGAAAGGTTTATAAGTTCGAACTA 13 51 0 TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTC 14 8 1 TTTCATTTTGACCTTTAAAAGCTTCATCTA 2 27 1 GTGACGCAAAAGGTTTATATTCACAAAAAT 16 100 0 TTGGCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTA 12 26 1 GCTACCTAAAAGGTTTAAAACGAGGCTGCA 4 14 0 TTTTAACCTTATCTTTAAAAATAGTTTCCA 16 35 0 GCTTAACAGAACTTTTTTAAGTTAACACAT 2 73 1 CTTTTGCGTCACTTTTTTAATGGTTTAATA 16 118 1 CTCCCTAGAAACCTTTATCTCAAATCCTCT 9 87 0 TCTTATGCAAATTTTTATAAATTACCGACC 8 40 0 AAATGCCGAAACATTTATATTCAATCAGCG 7 208 1 TCCTAGAGGCATGTTTTAAAAAATTATAAA 15 22 1 AGTAACCTTTACGTTTGTAAAAACAAACGG 7 172 0 ********** MAP Score: 10.8125 Motif 6 ATTCAAATCACCACCGATTTTTTATGAC 1 144 0 TTTTTAAGTTAACACATCCGATGTCTAGCG 2 86 1 CTCTATATTTTTCCAAACCGAAACACTTTTTA 6 15 1 GCTATCACCCCCAAAGAACTAAGAA 6 90 0 ATGCCCGGGGAGCACCGCCGAAGGCGGAGTCG 7 59 1 GTTACTATCGAGAAATGCCGAAACATTTATAT 7 196 1 TTCTACCCCTCCGAATGAACATATA 7 273 0 GCCTAAACCTCCAAAAAAGAAATGA 10 15 0 CTAAAAGATTAGCAACACCTAATATATCACGT 11 35 0 TAGAGCAACAAAAATAACCGAAAGGTTTATAA 13 61 0 TAAAAAATTATAAAACCCCGAAGGGTATAAAC 15 38 1 CCCGAAGGGTATAAACACTGAACGGTGTTCAA 15 54 1 CTGCCATCCCCGAATCGGTTAATA 16 2 1 TTAAAAAGAGGAAAAATCCGAAGTTATGCTCA 16 59 1 * **** ***** MAP Score: 8.20113 Motif 7 ATTCAAATCACCACCGATTTTTTATGACTT 1 142 0 TTAACCACCTACGAGCTTTTCATT 2 0 1 TTTTTAAGTTAACACATCCGATGTCTAGCG 2 86 1 GCTATCACCCCCAAAGAACTAAGAAGT 6 88 0 ATGCCCGGGGAGCACCGCCGAAGGCGGAGTCGAT 7 59 1 GCTCTCACCACATACAAAGGGGGTATTTAA 8 6 1 AATTTGCATAAGATCGGCCCAAGACTTTTAAGCT 8 57 1 AATTTTAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT 9 5 0 TCTGAGGAATATATCCTCCCAGGGATGACCTTCT 9 49 0 * **** ** * ** MAP Score: 5.44965 Motif 8 TTAACCACCTACGAGCTTTTCATTTTGACCTTTA 2 8 1 AACGATAAGTGGAAACGCTTAACAGAACTTTTTTAA 2 57 1 TTTTCCAAACCGAAACACTTTTTAGAATTCAATGAT 6 23 1 TGATACTTATGGATGATCTTTAGAGTTTTATTTACT 6 55 1 CTATCACCCCCAAAGAACTAAGAAGTAAATAAAACT 6 78 0 TATGGTTCATCAACTAGCTTAAAAGTCTTGGGCCGA 8 70 0 AATAAATCAAGGAAAAGCTTTATATAAAGACTTAAC 9 244 1 CAATTTTGGCCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTAC 12 21 1 CTCTATATCCCAAGTATCTATATAGTTAAATATATC 13 88 1 TATTCTATTTCGGCAAGCTTTATATTAAAACTCAAA 13 139 1 TCACCATCACCTTTTTATTAAAGCCCTCA 14 3 1 CTGCCATCCCCGAATCGGTTAATATTGGAAACTATT 16 10 1 AAAAAGTGACGCAAAAGGTTTATATTCACAAAAATG 16 99 0 * * * **** *** MAP Score: 5.3762 Motif 9 TTCCACTTATCGTTTAGATGAAGCTTTTAAAGG 2 38 0 CTACCTAAAAGGTTTAAAACGAGGCTGCAAAAA 4 10 0 CAAACGTAAAGGTTACTATCGAGAAATGCCGAA 7 185 1 CGAACATATATGTTCATTCGGAGGGGTAGAA 7 267 1 TTGAGATAAAGGTTTCTAGGGAGACGTTAACGG 9 94 1 TAAGAGCGACGGTTCCGTTCAGGATGTTTTCCT 9 143 1 TTTTCCTCGTGGTTGACAAGAAGGATCGGGAGC 9 169 1 ATCGGGAGCGGGTGAAGAGGGAGATAGAGAAGC 9 193 1 TTAAAGATAAGGTTAAAAAGAGGAAAAATCCGA 16 47 1 **** * * **** MAP Score: 4.82642 Motif 10 TTTAATTCCTCTCTTTTTTGTTTATG 0 6 1 TATGACTTAATTCTTTATTTGCTTTTCGAT 1 120 0 CTTTTCTCTATATTTTTCCAAAC 6 3 1 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AACTCTAAAGATCATCCATAAGTATCATTGAA 6 50 0 GCCTTCGGCGGTGCTCCCCGGGCATATGATAA 7 52 0 TTCTACCCCTCCGAATGAACATATATG 7 271 0 TTTTATACCCCTCCTTAAGTATGGTTCAT 8 96 0 TTTTAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT 9 5 0 GGTAAAGAAGGTCATCCCTGGGAGGATATATT 9 44 1 GATCCTTCTTGTCAACCACGAGGAAAACATCC 9 164 0 TTCGATCTCCTCCTTAATTTTGTTCTCA 13 6 1 CCTATTCTCCGATCCTAGAGGCATGTTTTA 15 8 1 CTGCCATCCCCGAATCGGTTAATA 16 2 1 ******* *** MAP Score: 2.2082