AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249407
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ndaD	206	PAB0090
#1	dppA-1	27	PAB0091
#2	PAB1872	130	PAB1872
#3	PAB1871	232	PAB1871
#4	appA	138	PAB0627
#5	appB-2	38	PAB0628
#6	PAB1344	40	PAB1344
#7	PAB1343	185	PAB1343
#8	PAB1195	22	PAB1195
#9	PAB1194	186	PAB1194
#10	PAB1193	286	hypothetical protein

Motif 1
GATCTTTAATAAATTTAAAAATTATAGTGCC	0	109	1
CCTCCCTACAAAATTTAAAAAAGAAGAGAGG	6	12	0
GTTTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTC	10	61	1
AATCATGACAAAACTTATAAATAGAGAGGGT	4	101	1
AATTTCGTTCAAATTTATAAAAGATGGCAAT	7	146	0
GATCTGACGCCAATTTTAAAAATAAAAGACT	0	82	0
TAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAG	10	163	0
CAGAGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCATC	9	110	0
CTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGTTCTTA	10	18	1
TAAAAGATGGCAATTTATATATAAGGTTTTT	7	129	0
AACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATTTA	10	33	0
TACATTTGTCCAAATGAAAAAGTTTCAATGA	0	43	0
GAAGCCCATTAAAGTGATAAATTATAAGAAC	7	43	0
AATTAGTGTGAAAATTTAATATATTAGCAAT	0	151	1
CCAAAGAATTAAAATTAAAAGAAAAGAAAAA	5	10	0
TAAAATTGAGAAATTTTTATAAACAATAAAT	4	47	0
ATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAA	4	66	0
ACCTGTAGAAAAAATGTAAAATAAACTGAAC	3	136	0
AATACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAG	9	53	0
TTAGGTGCATCAAATTATACACCAGAATAAA	10	235	0
AATTGGAGACTAAATTATAAATCATGACAAA	4	82	1
TGAAAGTCTTCAAGGTATAAAAACTAAGGAA	9	36	0
ACAATTAACGAAAATTATGAGCAGCTAAGGA	7	74	0
ATTTTTACAAAAAAGTAAAAGT         	0	1	0
          *** *******
MAP Score: 29.9022

Motif 2
     ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAATT	0	5	1
GTCCAAATGAAAAAGTTTCAATGAAATTGGAAAGTATT	0	29	0
TAATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAGAT	0	74	1
AAAATTGGCGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTAT	0	96	1
GCTAATATATTAAATTTTCACACTAATTTTTGTTAATC	0	141	0
CATTTTCCCAATTTTTCTTGCTATAATTAAACACCAAA	2	32	1
ACGTCTCGTGACATTTTTTCTAATTATTGAACCTTAAT	3	100	0
AGTTTATTTTACATTTTTTCTACAGGTTGAAATAGACA	3	140	1
TAATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAAATTTT	4	61	0
CTCTCTATTTATAAGTTTTGTCATGATTTATAATTTAG	4	91	0
         TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTT	5	1	1
      CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAG	6	4	1
ATTTATAGAATAACATGTTCTTATAATTTATCACTTTA	7	27	1
CCTTAGCTGCTCATAATTTTCGTTAATTGTCCAATTAG	7	75	1
ATATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAAT	7	138	1
   TCTCTGAACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGT	9	7	1
    ATTTCCACCTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGT	10	6	1
          *    ****    *****
MAP Score: 5.88123

Motif 3
  GCGCACCATTTTTGGAGGTGAAGAACT  	1	8	1
TGCTAATAAGTTTTTCGATGTCTATTTCAAC	3	165	0
TAATTTTAATTCTTTGGAGGGAGC       	5	24	1
TTTTAAATTTTGTAGGGAGGGTAAGAG    	6	23	1
AGATGACTATCATTGGGAGGTGTGATAA   	9	168	1
GTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCA	10	42	1
GGGCTAAAGATCTTGGGATGTCTTTGTTCTG	10	188	1
          * *********
MAP Score: 2.76129

Motif 4
        ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAAT	0	2	1
TCATTGAAACTTTTTCATTTGGACAAATGTATAATGCCAA	0	43	1
CACTATAATTTTTAAATTTATTAAAGATCTGACGCCAATT	0	98	0
TGCTAATATATTAAATTTTCACACTAATTTTTGTTAATCA	0	140	0
TCTACCCTTCTTTACCATTTTCCCAATTTTTCTTGCTATA	2	17	1
TATAAACTAATTTATTGTTTATAAAAATTTCTCAATTTTA	4	38	1
          TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTG	5	0	1
       CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGG	6	3	1
TATATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATT	7	137	1
CCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGA	9	18	1
TTTTTATACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATT	9	44	1
TTTTTTGAGCATCAACATTTTCAGAGTTGTAAAACTTAAA	9	122	0
AATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCAAG	10	35	1
ATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAATATTGCTGATAAG	10	131	1
ATCCCAAGATCTTTAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTA	10	167	0
GACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGTATAATTTGAT	10	218	1
          **     *** *  ** * *
MAP Score: 2.0693

Motif 5
  ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAAT	0	8	1
TGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAGA	0	77	1
TGGCGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTATA	0	101	1
TTCCCAATTTTTCTTGCTATAATTAAACACCAAA	2	36	1
ATGATCTAACTTTTTCATTATTATACCCCAATTA	3	70	1
TCTCGTGACATTTTTTCTAATTATTGAACCTTAA	3	101	0
AGACGTTCAGTTTATTTTACATTTTTTCTACAGG	3	132	1
GCTAATAAGTTTTTCGATGTCTATTTCAACCTGT	3	161	0
CCTCCGACTGTTTTCATGAACTATAAACTAATTT	4	17	1
AATTGAGAAATTTTTATAAACAATAAATTAGTTT	4	41	0
          TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAAT	5	0	1
  CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAG	6	8	1
CTGCTCATAATTTTCGTTAATTGTCCAATTAGAA	7	81	1
ATATATAAGGTTTTTGGTTTAAGTCGAGATTCTA	7	110	0
TAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATT	7	143	1
CTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTG	9	23	1
GACTTTCAAAATTTTACTTAGTATTCTTATCTGA	9	59	1
CCAGCAAATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAA	10	124	1
          *****  *** * *
MAP Score: 0.637182

Motif 6
AATGAAATTGGAAAGTATTTTTACAAAAAAGTAAAAGT   	0	7	0
TTAAAGATCTGACGCCAATTTTAAAAATAAAAGACTTGGCA	0	77	0
ATTGGCGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTATAGTGCC	0	99	1
ACAAAAATTAGTGTGAAAATTTAATATATTAGCAATTAATT	0	146	1
AAAAATTTTGGTGTTTAATTATAGCAAGAAAAATTGGGAAA	2	35	0
TATACCCTTAGACGATGATTTGATCCAATAATGTGCAAGGA	2	90	1
TAAGTTTTTCGATGTCTATTTCAACCTGTAGAAAAAATGTA	3	149	0
GTTTTGTCATGATTTATAATTTAGTCTCCAATTTTTATAAA	4	74	0
TCCCTCCAAAGAATTAAAATTAAAAGAAAAGAAAAA     	5	5	0
CTTACCCTCCCTACAAAATTTAAAAAAGAAGAGAGGAG   	6	7	0
GCCCATTAAAGTGATAAATTATAAGAACATGTTATTCTATA	7	30	0
CTCCTTAGCTGCTCATAATTTTCGTTAATTGTCCAATTAGA	7	73	1
TTATAAATTTGAACGAAATTATAATGAGGTGGACAAAT   	7	157	1
TCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTGTATTTCGATT	10	64	1
AAATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAATATTGCTGATAA	10	129	1
ATTTATTCTGGTGTATAATTTGATGCACCTAAGTCCTTATT	10	234	1
          *     ***** *   *  **
MAP Score: 0.132395