AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_operons008_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944249420 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB0088 300 hypothetical protein #1 PAB0089 39 hypothetical protein #2 ndaD 206 PAB0090 #3 dppA-1 27 PAB0091 #4 PAB1872 130 PAB1872 #5 PAB1871 232 PAB1871 #6 PAB1867 78 PAB1867 #7 PAB1865 36 hypothetical protein #8 PAB1864 60 PAB1864 #9 appA 138 PAB0627 #10 appB-2 38 PAB0628 #11 PAB1344 40 PAB1344 #12 PAB1343 185 PAB1343 #13 PAB1195 22 PAB1195 #14 PAB1194 186 PAB1194 #15 PAB1193 286 hypothetical protein Motif 1 GATCTTTAATAAATTTAAAAATTATAGTGCC 2 109 1 CCTCCCTACAAAATTTAAAAAAGAAGAGAGG 11 12 0 AATCATGACAAAACTTATAAATAGAGAGGGT 9 101 1 AATTTCGTTCAAATTTATAAAAGATGGCAAT 12 146 0 GTTTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTC 15 61 1 CAGAGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCATC 14 110 0 CTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGTTCTTA 15 18 1 GCGAAAAATTTATATAAGTTAATTTC 6 5 1 AACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATTTA 15 33 0 GAAGCCCATTAAAGTGATAAATTATAAGAAC 12 43 0 CCAAAGAATTAAAATTAAAAGAAAAGAAAAA 10 10 0 TAAAAGATGGCAATTTATATATAAGGTTTTT 12 129 0 TACATTTGTCCAAATGAAAAAGTTTCAATGA 2 43 0 GATCTGACGCCAATTTTAAAAATAAAAGACT 2 82 0 TAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAG 15 163 0 AATTAGTGTGAAAATTTAATATATTAGCAAT 2 151 1 TAAAATTGAGAAATTTTTATAAACAATAAAT 9 47 0 ACCTGTAGAAAAAATGTAAAATAAACTGAAC 5 136 0 AAAAAATTACAAAATGATGAAAAGAAAAATC 0 14 0 AATACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAG 14 53 0 GTTCTTAAGAAAGCTTAAAAATCAACCTTCG 8 18 1 ATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAA 9 66 0 ACAATTAACGAAAATTATGAGCAGCTAAGGA 12 74 0 TATACTTTCCCAAATAAAAAAATTACAAAAT 0 30 0 CCTCAGAAATAAAATAATATAACATCACCTA 0 63 0 AATTGGAGACTAAATTATAAATCATGACAAA 9 82 1 *** ******* MAP Score: 28.3041 Motif 2 TTGATTTTTCTTTTCATCATTTTGTAATTTTTTTATTTGG 0 12 1 ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAATT 2 3 1 GCATTATACATTTGTCCAAATGAAAAAGTTTCAATGAAAT 2 40 0 TGGCGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTATAGTGCCT 2 101 1 CCTCCTTTCTACCCTTCTTTACCATTTTCCCAATTTT 4 7 1 ATCTGTCCCTCCTTGCACATTATTGGATCAA 4 109 0 TCGTGACATTTTTTCTAATTATTGAACCTTAATTGGGGTA 5 93 0 TATTTTACATTTTTTCTACAGGTTGAAATAGACATCGAAA 5 144 1 CCTGCATCACCTGGGAAATTGTCCAAAGGA 5 212 0 CCTCCGACTGTTTTCATGAACTATAAACTAATTTATTGTT 9 17 1 TATAAACTAATTTATTGTTTATAAAAATTTCTCAATTTTA 9 38 1 TATAATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAAATTTT 9 61 0 ATTTATAAGTTTTGTCATGATTTATAATTTAGTCTCCAAT 9 83 0 TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTTG 10 0 1 CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAG 11 2 1 CTGCTCATAATTTTCGTTAATTGTCCAATTAGAATCTCGA 12 81 1 TTCGTTCAAATTTATAAAAGATGGCAATTTATATATAAGG 12 134 0 ATTTGTCCACCTCATTATAATTTCGTTCAAATT 12 162 0 ATTTTGAAAGTCTTCAAGGTATAAAAACTAAGGAAGAATT 14 31 0 AGCATCAACATTTTCAGAGTTGTAAAACTTAAATATTTTT 14 115 0 TTTCTAGGTTTCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCT 15 54 1 ATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAATATTGCTGATAAG 15 131 1 CATCCCAAGATCTTTAGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTT 15 168 0 CCCTTAAATATTTATTCTGGTGTATAATTTGATGCACCTA 15 225 1 *** * ** ** ** MAP Score: 15.0619 Motif 3 CACCTCATTCCCTGATTATTAATTAATTGCTAAT 2 173 0 TAATTAAACACCAAAATTTTTATTTAGGCGTTTA 4 55 1 TTTTTCTTTTCTTTTAATTTTAATTCTTT 10 5 1 CTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAAGAC 14 28 1 TGACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGTATA 15 217 1 TATAATCAACCCTCTCTATTTATAAGTTTTGTCA 9 106 0 AATCAATGATCTAACTTTTTCATTATTATACCCC 5 65 1 CTTAGCGGCTCCAGCATTTTCTTTCTGGTTAACA 0 143 1 CTCCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGA 11 7 1 TCTCTGAACCTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTT 14 8 1 ATTTAAATTTCCTGTATTTCGATTTTCGCATGAG 15 81 1 AACCAAAAACCTTATATATAAATTGCCATCTTTT 12 125 1 AATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCA 2 75 1 TAATTAATTGCTAATATATTAAATTTTCACACTA 2 154 0 GAACTATAAACTAATTTATTGTTTATAAAAATTT 9 34 1 TATAACATCACCTATTTATACTTTCCCAAATAAA 0 43 0 ATTTGTCCACCTCATTATAATTTCGTTCAAATT 12 162 0 TAATCAGGCACTATAATTTTTAAATTTATTAAAG 2 112 0 AATTTAGTCTCCAATTTTTATAAAATTGAGAAAT 9 64 0 ATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAA 12 140 1 *** **** *** MAP Score: 10.9983 Motif 4 GATTTTTCTTTTCATCATTTTGTAATTTTTTTATTTGGGA 0 14 1 TCTTAGCGGCTCCAGCATTTTCTTTCTGGTTAACAAGGAG 0 142 1 TTTGTCCAAATGAAAAAGTTTCAATGAAATTGGAAAGTAT 2 30 0 CGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTATAGTGCCTGAT 2 104 1 TCCCTGATTATTAATTAATTGCTAATATATTAAATTTTCA 2 159 0 TCTACCCTTCTTTACCATTTTCCCAATTTTTCTTGCTATA 4 17 1 AAATTAATATCTTGCAAGAACGTATCATATAGT 5 3 1 TAATCAATGATCTAACTTTTTCATTATTATACCCCAATTA 5 64 1 TGACATTTTTTCTAATTATTGAACCTTAATTGGGGTATAA 5 90 0 TATATTCCTTTGGACAATTTCCCAGGTGATGCAGG 5 207 1 AAACGCTCTTAAATCTATTTCTTTTTAGTATGTACC 7 9 1 TTATAAACAATAAATTAGTTTATAGTTCATGAAAACAGTC 9 22 0 ATTTATTGTTTATAAAAATTTCTCAATTTTATAAAAATTG 9 47 1 AAAAACCTTATATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGA 12 129 1 TTTTTATACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATT 14 44 1 ATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTCTGTGGCAAGT 15 36 1 TGGAAAGGGCTAAAGATCTTGGGATGTCTTTGTTCTGACG 15 182 1 * * * **** * * * MAP Score: 10.2214 Motif 5 AGCCGCTAAGAGTATACCCAATAGGATAGGT 0 122 0 TCTTGCTATAATTAAACACCAAAATTTTTAT 4 47 1 TTAGGCGTTTAGTATACCCTTAGACGATGAT 4 78 1 CTTTTTCATTATTATACCCCAATTAAGGTTC 5 79 1 TGTCCAAAGGAATATAACCTAGTATCGTGCT 5 192 0 GTTTTCATGAACTATAAACTAATTTATTGTT 9 26 1 TGGAGACTAAATTATAAATCATGACAAAACT 9 85 1 TCGCATGAGAATTATGCACCAGCAAATATTT 15 106 1 ATTTTCAGGAAATATAAACCATAAATATTTG 15 128 0 GGTGCATCAAATTATACACCAGAATAAATAT 15 232 0 * ********* MAP Score: 7.22318 Motif 6 ATCATTTTGTAATTTTTTTATTTGGGAAAGTATAAATAGGT 0 27 1 CCGCAATAATATGTTATGCAATTGGTATAATATTGACGAAC 0 208 1 ACTTTTACTTTTTTGTAAAAATACTTTCCAA 2 0 1 ATTTCATTGAAACTTTTTCATTTGGACAAATGTATAATGCC 2 40 1 GTATAATGCCAAGTCTTTTATTTTTAAAATTGGCGTCAGAT 2 71 1 TTGGCGTCAGATCTTTAATAAATTTAAAAATTATAGTGCCT 2 100 1 ATTAGTGTGAAAATTTAATATATTAGCAATTAATTAATAAT 2 152 1 ATAGCAAGAAAAATTGGGAAAATGGTAAAGAAGGGTAGAAA 4 15 0 GACGTTCAGTTTATTTTACATTTTTTCTACAGGTTGAAATA 5 133 1 CGAAAAATTTATATAAGTTAATTTCCCGATTCCCTTTGAAG 6 11 1 AATTTTTATAAAATTGAGAAATTTTTATAAACAATAAATTA 9 45 0 GCTGCTCATAATTTTCGTTAATTGTCCAATTAGAATCTCGA 12 80 1 ATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAAGACTTTCAAAATTT 14 32 1 CTCGATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCTGAAAATGT 14 107 1 CAGGAAATTTAAATTTTTAACTTGCCACAGAAACCTAGAAA 15 54 0 * ** * *** * * * MAP Score: 1.8875 Motif 7 AGAAAATGCTGGAGCCGCTAAGAGTATACC 0 135 0 GAGGTACAGCTGGGCGGCAAAGATAAGCGC 0 179 1 AAGGGAGCAGTAAATATTCTCCT 1 3 1 ACGAAAATTATGAGCAGCTAAGGAGAAGCC 12 68 0 TATTCTTATCTGAGCATTAAGATGATTCTC 14 80 1 GGAACTTTTTTGAGCATCAACATTTTCAGA 14 137 0 TAAGGACTTAGGTGCATCAAATTATACACC 15 243 0 ********** MAP Score: 1.47208