AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249512
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2199	72	PAB2199
#1	trub	112	PAB0356
#2	psmA	158	PAB0417
#3	PAB0418	27	hypothetical protein
#4	PAB0467	140	hypothetical protein
#5	PAB1867	78	PAB1867
#6	PAB1865	36	hypothetical protein
#7	PAB1864	60	PAB1864
#8	aif2A	65	PAB0568
#9	PAB1751	82	hypothetical protein
#10	PAB0751	105	hypothetical protein
#11	PAB0754	37	PAB0754
#12	infB	52	PAB0755

Motif 1
          CTCACCACCTATCTCGTGGA	0	0	1
    ATTCCTCTCACCACAAAGAGGTTTGC	0	56	0
       GGTTTCACCCCCAGGTTATTTAA	1	3	1
      CTCCAATCCCCCCACTAACTACCC	1	98	0
     GCTCTATCACCACCATTAAAGTTCA	2	5	1
TTTTATTTAAATTCCCACAAGGTATAGGTG	2	81	0
       CCTCTCACCTCCACCTTAAGTAA	2	145	0
   AAAACATCACCCCACAAAAATGAAAAA	3	10	0
       CCAAACACCCCCGCCGGCGGTCT	4	3	1
GCGGTCTGAGAACCCCCTCAATATAACTAC	4	26	1
     GCTTCCTCCCCATCGGCGTTTCGAA	7	45	0
       CTTCTCACCTCCAACGAATCCCT	8	52	0
CAAATTAATTATCCCCACAACCTTATAAAG	9	11	1
     AGTTGTTCCCCCTAAAAAAGAGGAA	11	22	0
       TTCCTCACCACCAAACTAAAGGC	12	39	0
          **********
MAP Score: 28.8608

Motif 2
TTTTTAATACCTTCCTATTTCCACGAGATAGGTG	0	15	0
AAAAATAATACCGCAAACCTCTTTGTGGTGAGAG	0	44	1
TCCAATCCCCCCACTAACTACCCTGACCCTCCTT	1	87	0
        GCTCTATCACCACCATTAAAGTTCAA	2	2	1
          CCTCTCACCTCCACCTTAAGTAAG	2	144	0
          CCAAACACCCCCGCCGGCGGTCTG	4	0	1
CGCCGGCGGTCTGAGAACCCCCTCAATATAACTA	4	21	1
TAAACAATCCTTTAATACTACCTCCAAGACTCCA	4	114	1
ATAAGTTAATTTCCCGATTCCCTTTGAAGATTCT	5	23	1
        CCCTACTGACCACTTTCCAGAATAGG	5	62	0
TAAAGTTGCCCCTCAAACTTCCTCCG        	8	2	0
          CTTCTCACCTCCAACGAATCCCTT	8	51	0
     CCAAATTAATTATCCCCACAACCTTATAA	9	5	1
          TTCCTCACCACCAAACTAAAGGCT	12	38	0
          ** *  ****** *
MAP Score: 15.897

Motif 3
GTATTATTTTTAATACCTTCCTATTTCCAC	0	25	0
GGAATAGTTGAAAAAACTTATAAGTTGGGC	1	52	0
CCAATCCCCCCACTAACTACCCTGACCCTC	1	90	0
ATGCTTTCACCTATACCTTGTGGGAATTTA	2	74	1
GGAATTTAAATAAAAACTTCGCCCGCGGAA	2	96	1
CGAGGCTTTTATATACCTTCCGCGGGCGAA	2	113	0
AACCCCCTCAATATAACTACGAATACCGAA	4	36	1
CAAAAGGTTTATATACCTTTCGGTATTCGT	4	54	0
AATCCTTTAATACTACCTCCAAGACTCCAG	4	119	1
AAGCTTAAAAATCAACCTTCGAAACGCCGA	7	28	1
AAAGTTGCCCCTCAAACTTCCTCCG     	8	5	0
TAATTATCCCCACAACCTTATAAAGCAAGT	9	16	1
CCATGTAATAAAAAACCTTCTGTAAGCACA	10	38	1
ATAAATTTTTATATACCTTCATTATTAGAC	10	73	1
          **********
MAP Score: 10.9735

Motif 4
GAAATAGGAAGGTATTAAAAATAATACCGC	0	28	1
TCACCCCCAGGTTATTTAACATCCTATTCC	1	14	1
ATACCTTGTGGGAATTTAAATAAAAACTTC	2	86	1
GCCCGCGGAAGGTATATAAAAGCCTCGGCT	2	116	1
AATACCGAAAGGTATATAAACCTTTTGTGT	4	57	1
GGGAAATTAACTTATATAAATTTTTCGC  	5	8	0
TACATGCCATGTAATAAAAAACCTTCTGTA	10	32	1
TAATAATGAAGGTATATAAAAATTTATCGA	10	70	0
CTATCCTACAGGTTTTAAAAGTTTGGAAAG	12	10	0
          **********
MAP Score: 9.84724

Motif 5
TAAATAACCTGGGGGTGAAACC        	1	2	0
TCCTTTATAAGGAGGGTCAGGGTAGTTAGT	1	79	1
GGGTAGTTAGTGGGGGGATTGGAG      	1	98	1
GAACTTTAATGGTGGTGATAGAGC      	2	4	0
GCTTACTTAAGGTGGAGGTGAGAGG     	2	143	1
TTCATTTTTGTGGGGTGATGTTTT      	3	13	1
TCAGACCGCCGGCGGGGGTGTTTGG     	4	5	0
GTTATATTGAGGGGGTTCTCAGACCGCCGG	4	23	0
GAAACGCCGATGGGGAGGAAGC        	7	48	1
GGAGGAAGTTTGAGGGGCAACTTTAAAAGG	8	11	1
AAAGGGATTCGTTGGAGGTGAGAAG     	8	50	1
TTTATAAGGTTGTGGGGATAATTAATTTGG	9	10	0
TTTAGTTTGGTGGTGAGGAA          	12	42	1
          **********
MAP Score: 2.87436

Motif 6
TTGAAAAAACTTATAAGTTGGGCGAGCGTTTG	1	43	0
CAACTATTCCTTTATAAGGAGGGTCAGGGTAG	1	72	1
AGGGTCAGGGTAGTTAGTGGGGGGATTGGAG 	1	91	1
AACGTTGAACTTTAATGGTGGTGATAGAGC  	2	8	0
AGCCTCGGCTTACTTAAGGTGGAGGTGAGAGG	2	136	1
    TTTTTCATTTTTGTGGGGTGATGTTTT 	3	6	1
ATTCGTAGTTATATTGAGGGGGTTCTCAGACC	4	28	0
CCTTTTGTGTTACTTCGGCGGGTTAAAATTCG	4	77	1
CGAACTTGCTTTATAAGGTTGTGGGGATAATT	9	17	0
CCCTTTCCTCTTTTTTAGGGGGAACAACT   	11	18	1
CCTACAGGTTTTAAAAGTTTGGAAAG      	12	4	0
GGATAGCCTTTAGTTTGGTGGTGAGGAA    	12	34	1
          ** ** ******
MAP Score: 0.944016