AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons011_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249522
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2065	300	hypothetical protein
#1	PAB1337	42	hypothetical protein
#2	PAB1329_PAB1026	303	PAB1329: PAB1329, PAB1026: PAB1026
#3	PAB1308	45	PAB1308
#4	PAB1305	61	PAB1305
#5	PAB1188	48	PAB1188
#6	PAB2379	23	PAB2379
#7	PAB1182	31	PAB1182
#8	PAB1179	87	hypothetical protein
#9	PAB1176	78	PAB1176

Motif 1
TTTAATCAACTAAATAATTGTGCTAATGCGTT	0	52	1
TTCTACAATTTCAATAATTGTTTTTGGCGTAT	0	161	0
TTGGTCGATTTTAAAACGTTTTCCTCGATTAA	0	246	0
CTCTAATTTTTTAATAAATTTGGTCGATTTTA	0	265	0
CTCCCTTAATTTAATATTTTTGGTTTAGGGGG	1	11	1
CTCGCCTCCTTGGATAATTTTTATCCAAGGAT	2	14	1
CTCAAGTAGGTAAAAAGTTTTTCATCTCTCTT	2	107	1
ATTACGTGCATAAAAATATTTTTTATTCAGGA	2	204	1
        ATTTGATAGTTTTTGAGGAACCCC	4	2	1
CTCAAATAGTTGAATAGATGTTCATGGA    	8	6	0
GAATTCGCTTAAAATATTTTTTCTCAAATAGT	8	28	0
TGATATTAAATTAAAACTTTATGCTCAACGAT	9	31	1
          * **** *****
MAP Score: 10.5141

Motif 2
ACTAAATGTTACTATTTATTCAAATTAATCGAG	0	222	1
CACCTCTCTAATTTTTTAATAAATTTGGTCGAT	0	269	0
TTCTACCTATACTATTTGCTCAAGTAGGTAAAA	2	89	1
CTCCTTGGATAATTTTTATCCAAGGATCAGCGT	2	19	1
   ATTTGATAGTTTTTGAGGAACCCCTTAAAA	4	7	1
CATCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATATTTTA	8	18	1
TGTGGTTACTAATAGTTAATAAACGCATTAGCA	0	72	0
TTGAGCATAAAGTTTTAATTTAATATCATTCAT	9	26	0
CTAAACCAAAAATATTAAATTAAGGGAGA    	1	6	0
GCATAAAAATATTTTTTATTCAGGAATGCAAAT	2	211	1
CATTTAGTTGCGTTTTTATTTAATATATGACAC	0	197	0
CATTAGCACAATTATTTAGTTGATTAAACAACA	0	47	0
CTCTAAACTAATTTGTTACCAAAAGTTTG    	3	6	0
ATTAAACAACATGATTTGAGTAATTTGAGATAC	0	25	0
      CAATCTTTTTTAGGTGACAGGGA    	6	4	1
          * ****** * **
MAP Score: 10.4458

Motif 3
ATTTTTGGTTTAGGGGGTGAGGAGAT     	1	26	1
AAAATTATCCAAGGAGGCGAGAAAA      	2	4	0
AGAATTAGAGAAAATGGAGAGCTTAGAAACT	2	62	0
AGTTTAGAGTAAAGGGGAGAGTATT      	3	30	1
GGCGAAATATAAGGTGGGGAGTTGG      	4	46	1
TCCATTTCCTTAGGAGGACAGAAAA      	7	16	1
GATTGTGATATACGGGGACAGATATGTGAAT	8	56	0
          ******* ***
MAP Score: 9.97941

Motif 4
CTCTTCAGTATCTCAAATTACTCAAATCATGT	0	18	1
AAACGCATTAGCACAATTATTTAGTTGATTAA	0	53	0
ATATGTGTGGTTACTAATAGTTAATAAACGCA	0	78	0
CAACTAAATGTTACTATTTATTCAAATTAATC	0	220	1
AAAACGTTTTCCTCGATTAATTTGAATAAATA	0	234	0
TGGTATCACCTCTCTAATTTTTTAATAAATTT	0	276	0
          TCTCCCTTAATTTAATATTTTT	1	0	1
GTTTCTAAGCTCTCCATTTTCTCTAATTCTAC	2	63	1
TAGTTTTGCATCTCTATTTTCTGGTTTAGAAG	2	151	1
      TTCCTTTCCATTTCCTTAGGAGGACA	7	4	1
AAATATTTTTTCTCAAATAGTTGAATAGATGT	8	17	0
          **** **** **
MAP Score: 9.21922

Motif 5
TTCAGTATCTCAAATTACTCAAATCATGTTGTTTAA	0	21	1
AATAATTGTGCTAATGCGTTTATTAACTATTAGTAA	0	64	1
CTAAATGTTACTATTTATTCAAATTAATCGAGGAAA	0	223	1
TAAAATCGACCAAATTTATTAAAAAATTAGAGAGGT	0	265	1
CCCCCTAAACCAAAAATATTAAATTAAGGGAGA   	1	7	0
ACTATTTGCTCAAGTAGGTAAAAAGTTTTTCATCTC	2	99	1
CCTACCTACACAATTACGTGCATAAAAATATTTTTT	2	192	1
TTCAGGAATGCAAATCATTGTATAGAAGCCGAAAAT	2	229	1
CTTTTGGTAACAAATTAGTTTAGAGTAAAGGGGAGA	3	14	1
CTTATGTAGGCAAATCGCTTAAATATCTCTTCCCAA	5	13	1
TATTTTTTCTCAAATAGTTGAATAGATGTTCATGGA	8	10	0
GGACGATAATCAAATCGTTGAGCATAAAGTTTTAAT	9	40	0
          *****   * ** * *
MAP Score: 7.33214

Motif 6
CAATTATTTAGTTGATTAAACAACATGATTTGAGTAA	0	35	0
ACATAGTGTCATATATTAAATAAAAACGCAACTAAAT	0	192	1
AAATGTTACTATTTATTCAAATTAATCGAGGAAAACG	0	225	1
AATCGACCAAATTTATTAAAAAATTAGAGAGGTGATA	0	268	1
CCTAAACCAAAAATATTAAATTAAGGGAGA       	1	3	0
CTTGGATAAAAATTATCCAAGGAGGCGAGAAAA    	2	6	0
CTTGGATAATTTTTATCCAAGGATCAGCGTGATCTAG	2	22	1
CTACAGACCTACCTACACAATTACGTGCATAAAAATA	2	185	1
CATTTTCGGCTTCTATACAATGATTTGCATTCCTGAA	2	229	0
AGAAGGCCTTAGATATACAACAAAATCCAATAGAGGG	2	269	1
 TCCATGAACATCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATA	8	9	1
CAGGCATGAATGATATTAAATTAAAACTTTATGCTCA	9	21	1
          *  *******  *   *
MAP Score: 7.30183

Motif 7
CACAATTATTTAGTTGATTAAACAACATGATTTGAGTA	0	36	0
ATCAACTAAATAATTGTGCTAATGCGTTTATTAACTAT	0	56	1
TATAACCGACTATACGCCAAAAACAATTATTGAAATTG	0	150	1
TTATTCAAATTAATCGAGGAAAACGTTTTAAAATCGAC	0	237	1
AAACGTTTTAAAATCGACCAAATTTATTAAAAAATTAG	0	257	1
ATCACGCTGATCCTTGGATAAAAATTATCCAAGGAGGC	2	17	0
ACTTTTTACCTACTTGAGCAAATAGTATAGGTAGAATT	2	87	0
CCTACACAATTACGTGCATAAAAATATTTTTTATTCAG	2	196	1
AGGCCTTAGATATACAACAAAATCCAATAGAGGGGTTA	2	272	1
     GTTCTTATGTAGGCAAATCGCTTAAATATCTCT	5	5	1
TCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATATTTTAAGCGAAT	8	20	1
AACGATTTGATTATCGTCCAAACGCTATACA       	9	57	1
          ** ***   ***    **
MAP Score: 7.28504

Motif 8
TTGCATCTCTATTTTCTGGTTTAGAAGATCTACAGAC	2	156	1
CCTCTATTGGATTTTGTTGTATATCTAAGGCCTTCTT	2	268	0
          ATTTGATAGTTTTTGAGGAACCCCTTA	4	0	1
TAGCACAATTATTTAGTTGATTAAACAACATGATTTG	0	40	0
TTTTTAATAAATTTGGTCGATTTTAAAACGTTTTCCT	0	253	0
AAATAGTAACATTTAGTTGCGTTTTTATTTAATATAT	0	202	0
CCTTAATTTAATATTTTTGGTTTAGGGGGTGAGGAGA	1	14	1
CTACCTACACAATTACGTGCATAAAAATATTTTTTAT	2	193	1
TCGAACGATCATATGTGTGGTTACTAATAGTTAATAA	0	83	0
TCAGGAATGCAAATCATTGTATAGAAGCCGAAAATGT	2	230	1
ATTTTTTCTCAAATAGTTGAATAGATGTTCATGGA  	8	8	0
TCAATAATTGTTTTTGGCGTATAGTCGGTTATAAGAA	0	146	0
GTTTTCCTCGATTAATTTGAATAAATAGTAACATTTA	0	224	0
AGAAAAAATATTTTAAGCGAATTCACATATCTGTCCC	8	36	1
TAAAGTTTTAATTTAATATCATTCATGCCTGAATGAG	9	15	0
AAACAACATGATTTGAGTAATTTGAGATACTGAAGAG	0	18	0
TACCTATACTATTTGCTCAAGTAGGTAAAAAGTTTTT	2	92	1
CGCCAAAAACAATTATTGAAATTGTAGAACATAGTGT	0	164	1
GGGAAGAGATATTTAAGCGATTTGCCTACATAAGAAC	5	10	0
          ****  * * ***   *
MAP Score: 5.05592

Motif 9
AACTCTAAGCCGGTTTTTGCTTCTTATAACC	0	126	1
TTTCAATAATTGTTTTTGGCGTATAGTCGGT	0	154	0
TCACCTCTCTAATTTTTTAATAAATTTGGTC	0	272	0
CTTAATTTAATATTTTTGGTTTAGGGGGTGA	1	15	1
TGATCTAGGGAAGTTTCTAAGCTCTCCATTT	2	51	1
AGTAGGTAAAAAGTTTTTCATCTCTCTTACT	2	111	1
TGAAGCGTGGTAGTTTTGCATCTCTATTTTC	2	141	1
TTTGCATCTCTATTTTCTGGTTTAGAAGATC	2	155	1
TGCATAAAAATATTTTTTATTCAGGAATGCA	2	210	1
GCCTTCTTGACATTTTCGGCTTCTATACAAT	2	245	0
GGTAACAAATTAGTTTAGAGTAAAGGGGAGA	3	19	1
    ATTTGATAGTTTTTGAGGAACCCCTTA	4	6	1
ATTTCGCCCATGTTTTTTAAGGGGTTCCTCA	4	23	0
          ********* *
MAP Score: 0.664317