AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons011_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249542
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2065	300	hypothetical protein
#1	PAB1337	42	hypothetical protein
#2	PAB1329_PAB1026	303	PAB1329: PAB1329, PAB1026: PAB1026
#3	PAB1308	45	PAB1308
#4	PAB1305	61	PAB1305
#5	PAB1188	48	PAB1188
#6	PAB2379	23	PAB2379
#7	PAB1182	31	PAB1182
#8	PAB1179	87	hypothetical protein
#9	PAB1176	78	PAB1176

Motif 1
TAGCACAATTATTTAGTTGATTAAACAACATGAT	0	43	0
GTGTGGTTACTAATAGTTAATAAACGCATTAGCA	0	72	0
ACATAGTGTCATATATTAAATAAAAACGCAACTA	0	192	1
AACTAAATGTTACTATTTATTCAAATTAATCGAG	0	221	1
TCACCTCTCTAATTTTTTAATAAATTTGGTCGAT	0	269	0
CCTAAACCAAAAATATTAAATTAAGGGAGA    	1	6	0
CCTCCTTGGATAATTTTTATCCAAGGATCAGCGT	2	18	1
ATTCTACCTATACTATTTGCTCAAGTAGGTAAAA	2	88	1
AGAGATGAAAAACTTTTTACCTACTTGAGCAAAT	2	102	0
TGAATAAAAAATATTTTTATGCACGTAATTGTGT	2	199	0
ACTCTAAACTAATTTGTTACCAAAAGTTTG    	3	6	0
    ATTTGATAGTTTTTGAGGAACCCCTTAAAA	4	6	1
ACATCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATATTTTA	8	17	1
TTGAGAAAAAATATTTTAAGCGAATTCACATATC	8	33	1
GTTGAGCATAAAGTTTTAATTTAATATCATTCAT	9	26	0
          ** ******   **
MAP Score: 12.6645

Motif 2
TTTTTGGTTTAGGGGGTGAGGAGAT     	1	27	1
AAATTATCCAAGGAGGCGAGAAAA      	2	4	0
GAATTAGAGAAAATGGAGAGCTTAGAAACT	2	62	0
GTTTAGAGTAAAGGGGAGAGTATT      	3	31	1
GCGAAATATAAGGTGGGGAGTTGG      	4	47	1
CCATTTCCTTAGGAGGACAGAAAA      	7	17	1
ATTGTGATATACGGGGACAGATATGTGAAT	8	56	0
TATCACAATCATCGGGGGAG          	8	77	1
          **********
MAP Score: 8.4581

Motif 3
TTCAGTATCTCAAATTACTCAAATCATGTTGT	0	21	1
TAATATATGACACTATGTTCTACAATTTCAAT	0	178	0
CTAAATGTTACTATTTATTCAAATTAATCGAG	0	223	1
GATTTTAAAACGTTTTCCTCGATTAATTTGAA	0	240	0
TCTAAGCTCTCCATTTTCTCTAATTCTACCTA	2	66	1
TCTACCTATACTATTTGCTCAAGTAGGTAAAA	2	90	1
 AATACTCTCCCCTTTACTCTAAACTAATTTG	3	24	0
CGCTTAAAATATTTTTTCTCAAATAGTTGAAT	8	23	0
TAAATTAAAACTTTATGCTCAACGATTTGATT	9	37	1
          * **** *****
MAP Score: 8.41674

Motif 4
TTATTCTCTTCAGTATCTCAAATTACTCAAATCATGTTGT	0	13	1
ATCAACTAAATAATTGTGCTAATGCGTTTATTAACTATTA	0	56	1
TAAATGTTACTATTTATTCAAATTAATCGAGGAAAACGTT	0	224	1
AAACGTTTTAAAATCGACCAAATTTATTAAAAAATTAGAG	0	257	1
GGGAAGTTTCTAAGCTCTCCATTTTCTCTAATTCTACCTA	2	58	1
TCTCTAATTCTACCTATACTATTTGCTCAAGTAGGTAAAA	2	82	1
TCTACAGACCTACCTACACAATTACGTGCATAAAAATATT	2	184	1
ATTTTTTATTCAGGAATGCAAATCATTGTATAGAAGCCGA	2	221	1
    CAAACTTTTGGTAACAAATTAGTTTAGAGTAAAGGG	3	6	1
     GTTCTTATGTAGGCAAATCGCTTAAATATCTCTTC	5	5	1
GCTTAAAATATTTTTTCTCAAATAGTTGAATAGATGTTCA	8	14	0
GATTGTGATATACGGGGACAGATATGTGAATTCGCTTAAA	8	47	0
          ** *    *****   *  *
MAP Score: 8.22026

Motif 5
GAGTAATTTGAGATACTGAAGAGAATAAGAG  	0	8	0
GCATTAGCACAATTATTTAGTTGATTAAACAAC	0	48	0
TCACCTCTCTAATTTTTTAATAAATTTGGTCGA	0	270	0
ATTTAATATTTTTGGTTTAGGGGGTGAGGAGAT	1	19	1
TACCTATACTATTTGCTCAAGTAGGTAAAAAGT	2	92	1
TTTTCATCTCTCTTACTGAAGCGTGGTAGTTTT	2	125	1
TTATGCACGTAATTGTGTAGGTAGGTCTGTAGA	2	184	0
TAAAAATATTTTTTATTCAGGAATGCAAATCAT	2	214	1
   ATTTGATAGTTTTTGAGGAACCCCTTAAAA	4	7	1
ATTTCGCCCATGTTTTTTAAGGGGTTCCTCAAA	4	21	0
        GTTCTTATGTAGGCAAATCGCTTAA	5	2	1
TATTGGGAAGAGATATTTAAGCGATTTGCCTAC	5	18	0
       CAATCTTTTTTAGGTGACAGGGA   	6	3	1
 TTCCTTTCCATTTCCTTAGGAGGACAGAAAA 	7	9	1
TTTGAGAAAAAATATTTTAAGCGAATTCACATA	8	32	1
          * ** ****** *
MAP Score: 7.81504

Motif 6
CAAATTACTCAAATCATGTTGTTTAATCAA	0	31	1
TTAATCAACTAAATAATTGTGCTAATGCGT	0	53	1
TCTACAATTTCAATAATTGTTTTTGGCGTA	0	162	0
GGTCGATTTTAAAACGTTTTCCTCGATTAA	0	246	0
TCCCTTAATTTAATATTTTTGGTTTAGGGG	1	12	1
AGAGAGATGAAAAACTTTTTACCTACTTGA	2	108	0
CCTGAATAAAAAATATTTTTATGCACGTAA	2	205	0
TCAGGAATGCAAATCATTGTATAGAAGCCG	2	230	1
          CAATCTTTTTTAGGTGACAG	6	0	1
ATTTTTTCTCAAATAGTTGAATAGATGTTC	8	15	0
AATTCGCTTAAAATATTTTTTCTCAAATAG	8	29	0
GACGATAATCAAATCGTTGAGCATAAAGTT	9	45	0
          **********
MAP Score: 7.76295

Motif 7
TTAAAAAATTAGAGAGGTGATACCAAG   	0	283	1
TGGTTTAGGGGGTGAGGAGAT         	1	31	1
AATTATCCAAGGAGGCGAGAAAA       	2	3	0
CGCTTCAGTAAGAGAGATGAAAAACTTTTT	2	118	0
AAAATCCAATAGAGGGGTTAATG       	2	290	1
AGTTTAGAGTAAAGGGGAGAGTATT     	3	30	1
CGAAATATAAGGTGGGGAGTTGG       	4	48	1
          **********
MAP Score: 4.12309

Motif 8
TCATGTTGTTTAATCAACTAAATAATTGTGCTAATGC	0	44	1
TATAACCGACTATACGCCAAAAACAATTATTGAAATT	0	150	1
TTATTCAAATTAATCGAGGAAAACGTTTTAAAATCGA	0	237	1
ACTTTTTACCTACTTGAGCAAATAGTATAGGTAGAAT	2	88	0
GCTTCAGTAAGAGAGATGAAAAACTTTTTACCTACTT	2	110	0
AACCAGAAAATAGAGATGCAAAACTACCACGCTTCAG	2	140	0
CCTACACAATTACGTGCATAAAAATATTTTTTATTCA	2	196	1
ATTTTTTATTCAGGAATGCAAATCATTGTATAGAAGC	2	221	1
AGGCCTTAGATATACAACAAAATCCAATAGAGGGGTT	2	272	1
     GTTCTTATGTAGGCAAATCGCTTAAATATCTC	5	5	1
TCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATATTTTAAGCGAA	8	20	1
GCATGAATGATATTAAATTAAAACTTTATGCTCAACG	9	24	1
          **   * * *****  *
MAP Score: 3.22517

Motif 9
TAATAAACGCATTAGCACAATTATTTAGTTGATTAAA	0	52	0
ACATAGTGTCATATATTAAATAAAAACGCAACTAAAT	0	192	1
AAATGTTACTATTTATTCAAATTAATCGAGGAAAACG	0	225	1
AATCGACCAAATTTATTAAAAAATTAGAGAGGTGATA	0	268	1
CCTAAACCAAAAATATTAAATTAAGGGAGA       	1	3	0
CTTGGATAAAAATTATCCAAGGAGGCGAGAAAA    	2	6	0
TACCTATACTATTTGCTCAAGTAGGTAAAAAGTTTTT	2	92	1
CAGAAAATAGAGATGCAAAACTACCACGCTTCAGTAA	2	137	0
AGGTCTGTAGATCTTCTAAACCAGAAAATAGAGATGC	2	158	0
CTACAGACCTACCTACACAATTACGTGCATAAAAATA	2	185	1
CATTTTCGGCTTCTATACAATGATTTGCATTCCTGAA	2	229	0
AGAAGGCCTTAGATATACAACAAAATCCAATAGAGGG	2	269	1
 TCCATGAACATCTATTCAACTATTTGAGAAAAAATA	8	9	1
CAGGCATGAATGATATTAAATTAAAACTTTATGCTCA	9	21	1
AATTAAAACTTTATGCTCAACGATTTGATTATCGTCC	9	39	1
          *  *******  *   *
MAP Score: 2.80837