AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249652
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2398	55	PAB2398
#1	PAB2187	108	PAB2187
#2	leuA-2	257	PAB0286
#3	PAB1769	160	PAB1769
#4	ilvB	300	PAB0888
#5	leuA-1	30	PAB0890
#6	leuC-1	40	PAB0891

Motif 1
     CCTCTTGAATAAGTTTTTAACCCATCT	0	5	1
CCCATCTCATTGGATAAATTCTCCAGTGATGT	0	30	1
GTTGCTAATTCGTCAAAATATGGATATATTAT	1	50	0
GAATTAGCAACCCTTAAATATTGTTTCATGGG	1	71	1
GGCCCAAAGCTGGTAAAGTTTTATAAGCTGAA	2	28	0
TTTCGCACATTGAGAAAAGTTGAGGACATTAA	2	87	0
TTTCTCAATGTGCGAAAATTTTTTCTATATTT	2	102	1
GAATTATTTTCGACAAAATTCGAGAAATATAG	2	126	0
ATTCCAAAACTGATAAAATTTTAAGAATAATT	2	154	1
CATCTAATATTCCGAAAATTTTATATAGGGTA	2	195	1
          CTTGAAAATTTTAATTTTATGT	4	0	1
TTTAATTTTATGTAAAAAGTTTAGTTGTTAGT	4	19	1
TAAATATTTTTCGGAAAATTTGTTGAATATTT	4	68	0
GTTTTCCCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAA	4	82	0
ACAAACAAAACGATAAAATGTTGTAATAAAAT	4	235	0
TTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGTT	4	258	1
          **  ********
MAP Score: 18.148

Motif 2
ACCCATCTCATTGGATAAATTCTCCAGTGATGTGGA     	0	29	1
ACTATTCAGCTTATAAAACTTTACCAGCTTTGGGCCTTTGT	2	24	1
TGTCCTCAACTTTTCTCAATGTGCGAAAATTTTTTCTATAT	2	91	1
GCGAAAATTTTTTCTATATTTCTCGAATTTTGTCGAAAATA	2	113	1
TCGAAAATAATTCCAAAACTGATAAAATTTTAAGAATAATT	2	145	1
TAAGAATAATTTCGATGATTCATCTAATATTCCGAAAATTT	2	175	1
CAATAACCTTTTAAGTAACTTTACAAACATCAACCCAGATT	3	116	1
TATTTGACAATTTGTAAATTATACTAACAACTAAACTTTTT	4	32	0
TTTACAAATTGTCAAATATTCAACAAATTTTCCGAAAAATA	4	55	1
CCGAAAAATATTTATAGATTGGGAAAACATCAGTTGTGGGA	4	86	1
TTCTAATTCTGTTAGTCATTATCATAATTATTATTCTCATT	4	191	1
ATTATTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTTATCGTTTT	4	220	1
          **   * * *   * **  **
MAP Score: 6.96753

Motif 3
     GTTGTCCCCTTTGTCGCTTTTAGATTAAAAG	1	5	1
TAATATATCCATATTTTGACGAATTAGCAACCCTTA	1	51	1
ACCAGCTTTGGGCCTTTGTCCTATGTAAACCTCAGC	2	46	1
TATATTTCTCGAATTTTGTCGAAAATAATTCCAAAA	2	127	1
CAAAACTGATAAAATTTTAAGAATAATTTCGATGAT	2	158	1
TACCCTATATAAAATTTTCGGAATATTAGATGAATC	2	191	0
TTTATATAGGGTATGTTGATGGTTGATGTGGGTGGT	2	214	1
TTGCACGCCAAGAATTTGAAGCATCAATAACCTTTT	3	92	1
TGAATATTTGACAATTTGTAAATTATACTAACAACT	4	41	0
TATTTTTCGGAAAATTTGTTGAATATTTGACAATTT	4	60	0
TTGGGAAAACATCAGTTGTGGGATTTAATATGAATG	4	104	1
          * * ****  * ** *
MAP Score: 0.729234