AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons013_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249668
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2398	55	PAB2398
#1	PAB2187	108	PAB2187
#2	leuA-2	257	PAB0286
#3	PAB1769	160	PAB1769
#4	ilvB	300	PAB0888
#5	leuA-1	30	PAB0890
#6	leuC-1	40	PAB0891

Motif 1
      CCTCTTGAATAAGTTTTTAACCCATCTCAT	0	4	1
ACCCATCTCATTGGATAAATTCTCCAGTGATGTGGA	0	29	1
AAAAGATTGTTGGGATAATATATCCATATTTTGACG	1	36	1
ACTATTCAGCTTATAAAACTTTACCAGCTTTGGGCC	2	24	1
TTTCGCACATTGAGAAAAGTTGAGGACATTAATAAA	2	83	0
TTTCTCAATGTGCGAAAATTTTTTCTATATTTCTCG	2	102	1
GGAATTATTTTCGACAAAATTCGAGAAATATAGAAA	2	123	0
ATTCCAAAACTGATAAAATTTTAAGAATAATTTCGA	2	154	1
CATCTAATATTCCGAAAATTTTATATAGGGTATGTT	2	195	1
ACCTATTTGGTACGAAAAATTAAATAAGCTTTATCA	3	22	1
ATCATAGCGATAAGATAACTTGCAGATCAAGGACCT	3	54	1
GTTTAGTTGTTAGTATAATTTACAAATTGTCAAATA	4	37	1
TAAATATTTTTCGGAAAATTTGTTGAATATTTGACA	4	64	0
ATTTATAGATTGGGAAAACATCAGTTGTGGGATTTA	4	95	1
TTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGTTTTTC	4	258	1
ATCTCTCACCTAAGAAAATTAAGAGAGAAG      	5	4	0
          * ****** **    *
MAP Score: 16.5719

Motif 2
TTTCGACAAAATTCGAGAAATATAGAAAAAATTTTCGCACATTG	2	107	0
TATTATTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTTATCGTTTTGT	4	219	1
AATTTCGATGATTCATCTAATATTCCGAAAATTTTATATAGGGT	2	182	1
   CTTGAAAATTTTAATTTTATGTAAAAAGTTTAGTTGTTAGT	4	7	1
ACATTTTATCGTTTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGTT	4	246	1
CACAACTGATGTTTTCCCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAATT	4	80	0
TTAAAAGATTGTTGGGATAATATATCCATATTTTGACGAATTAG	1	34	1
TAATTTACAAATTGTCAAATATTCAACAAATTTTCCGAAAAATA	4	52	1
TATTCTTAAAATTTTATCAGTTTTGGAATTATTTTCGACAAAAT	2	139	0
ATTTTGACGAATTAGCAACCCTTAAATATTGTTTCATGGGAACT	1	63	1
          ***       * *    * * ***
MAP Score: 15.5691

Motif 3
ATATATCCATATTTTGACGAATTAGCAACCCT	1	53	1
AACTTTTCTCAATGTGCGAAAATTTTTTCTAT	2	98	1
TATTTCTCGAATTTTGTCGAAAATAATTCCAA	2	129	1
AAACTGATAAAATTTTAAGAATAATTTCGATG	2	160	1
CCCTATATAAAATTTTCGGAATATTAGATGAA	2	193	0
GCACGCCAAGAATTTGAAGCATCAATAACCTT	3	94	1
TATAATTTACAAATTGTCAAATATTCAACAAA	4	50	1
TTTTTCGGAAAATTTGTTGAATATTTGACAAT	4	62	0
ATTTAATATGAATGTGAGAACAAGCACCCTAA	4	126	1
TTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTTATC	4	224	1
          ******  ****
MAP Score: 1.18815