AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_operons014_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944249720 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB2329 300 PAB2329 #1 PAB0247 53 hypothetical protein #2 trkH 49 PAB0248 #3 PAB0250 107 PAB0250 #4 PAB2083 90 hypothetical protein #5 apbA 56 PAB0512 #6 PAB0532 300 PAB0532 #7 PAB0537 300 PAB0537 #8 hisH-like 30 PAB0538 #9 PAB0539 67 hypothetical protein #10 fdhA-like 49 PAB2442 #11 metB 65 PAB0605 #12 PAB0645 300 PAB0645 #13 aspS 61 PAB0646 #14 aor-2 121 PAB0647 #15 for 300 PAB0798 #16 gdh-like 69 PAB2374 #17 PAB1389 300 PAB1389 #18 PAB1008 70 hypothetical DEHYDROGENASE Motif 1 ATCCTATGACGAAGGCATTTGAAGAAGCTAAG 0 163 0 TGGACAGATTTGAGGAATAGGATTTTAAGGAT 0 227 0 AAATCACAATGAAGGAGAAGGGTATTTAAACC 4 47 0 TGACTATCTTGGAGGTGATTGAATTATGGAAA 6 13 1 TGCATGGAAGTGAGGCGCAGGCCAAGATACTG 6 78 1 CCAAGATACTGGAGGTTAAGGGAGATGAAGTT 6 99 1 ATATTTCCTGGGAGGCCCTTGACTTTGGAATT 6 189 1 TAGAGAGCGAGGAGGACTTTGAGAGAGGGAGG 6 243 1 TTTGAGAGAGGGAGGTACGTGGTTAAATATAA 6 260 1 AGAAACCCTTGGAGGAGATAGCTAAAATTCCC 7 10 1 TGGTTGACAAGAAGGATCGGGAGCGGGTGAAG 7 178 1 GACATTGAAGGGAGGTGCTTGAT 7 287 1 TTTCTTTTTTGGAGGTTTAGGC 8 18 1 AACCTTATTGGGAGGAAGTTGATAGGAAATTA 12 83 0 CCAAACCCTTTAAGGACTGTGAAATCCCTGTC 15 189 0 TTTCCATAGTGGAGGTGGTGGGCAAAG 16 52 1 ****** **** MAP Score: 19.827 Motif 2 CTAAGCCTAATAAAGGCTGCGTTTTCCTTGATTCTACTC 0 129 0 TAATTTTCATCCTTAAAATCCTATTCCTCAAATCTGTCC 0 219 1 AAAAACTTTCAAATTAAGGGGGGTTCCTC 1 0 0 ACGTACCTCCCTCTCTCAAAGTCCTCCTCGCTCTCTAAA 6 241 0 GCGACGGTTCCGTTCAGGATGTTTTCCTCGTGGTTGACA 7 148 1 AGTTAAGTCTTTATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTC 7 242 0 CCAAAAATCTTTATATTTTTGACTTACTC 10 30 1 GCTTTTATAACGCTTTCCCAGGATTACTCAGCTAAGTTA 11 28 1 AGAAGAACTTCCTTCGCTTCGCCCTCCTTTATCCCTAAT 12 48 1 ATCCTCTTGGCGATTGTCAACTTTTCCTCCTTGGAGGAT 12 147 1 GAGGATACCTTGAATTTCTTGTATTCCTCCCTAAGTGAC 12 180 1 CGACTAATTACTATTTAACTCCTTTCCTCTCAGAAATCT 12 232 1 CTTCTATTTTTGACTTCTCCTCTATTAAACAC 14 3 1 TTGGGTAACTTAATGTTTTGGAACTCCTCATTTTAATGT 17 20 1 ATCCAGAAAATTGAGGATTTGCATTCCTCCAAACATTAA 17 52 0 CATCGAAAAGAAGTATAAAAGGTTTCCTTGGAACTACAT 18 21 0 * * * * ****** MAP Score: 13.4375 Motif 3 GCTTAGCTTCTTCAAATGCCTTCGTCATAGGAT 0 162 1 TTTTCCATAATTCAATCACCTCCAAGATAGTCA 6 13 0 GGCCAGAGGTTTAAATACCCTTCTCCTTCATTG 4 40 1 TAATTCCAAAGTCAAGGGCCTCCCAGGAAATAT 6 189 0 TTCTCCTCTATTAAACACCCTTATTTAACATTT 14 24 1 TATAGTAAATTTAATAATCCTTCCTCGGTTCTT 13 22 1 ATCAAGCACCTCCCTTCAATGTC 7 287 0 CTAATTTCCTATCAACTTCCTCCCAATAAGGTT 12 82 1 AAGAAATGGATTAAAAAGCCTTTCCATAGTGGA 16 32 1 CTATTATAACTTCATCTCCCTTAACCTCCAGTA 6 105 0 TACTGGCATGGTAAATAACCTTATAGGTGACCA 5 32 1 CGACAGGGATTTCACAGTCCTTAAAGGGTTTGG 15 188 1 CTAAGTGACATGAATAATCCTTCGACTAATTAC 12 210 1 TTTTAAACCCTGAAATTTCCTTTCAACC 1 35 1 GATTAGTTCCTTTAAAATCCTCTTGGCGATTGT 12 131 1 ACCTCCCTCTCTCAAAGTCCTCCTCGCTCTCTA 6 243 0 AACTCAAAGAAGAAAAACCCTTAGAAATTAGAA 15 98 1 ***** ***** MAP Score: 11.8818 Motif 4 TAAAGGCTGCGTTTTCCTTGATTCTACTCATAG 0 125 0 TTTAAATACCCTTCTCCTTCATTGTGATTTGAT 4 49 1 CATAATTAAGTTTTTCCATAATTCAATCACCTC 6 24 0 TTATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTCTTCC 7 238 0 TCTTCTCATTTCTTTTTTGGAGGT 8 1 1 TTTTATAACGCTTTCCCAGGATTACTCAGCTAA 11 30 1 GGAAGTTCTTCTTTTCCTGGAAGATGCTGGCGA 12 27 0 ACTTCCTTCGCTTCGCCCTCCTTTATCCCTAAT 12 54 1 CGATTGTCAACTTTTCCTCCTTGGAGGATACCT 12 157 1 CTATTTAACTCCTTTCCTCTCAGAAATCTTATA 12 242 1 TTATTCTAAAGTTTTCCCTTTATAAGATTTCTG 12 262 0 CTATTTTTGACTTCTCCTCTATTAAACACCCTT 14 13 1 CCTTATTTAACATTTCCATTGTTCGAGAATATT 14 42 1 GATTAAAAAGCCTTTCCATAGTGGAGGTGGTGG 16 40 1 TCTGGATATTGTTTTCCCGTATTGGTGAAATTA 17 84 1 CAAATAACATCATTTCCCTATTTTGATTATCAC 17 185 1 ******* * ** MAP Score: 9.78344 Motif 5 GCCTTTATTAGGCTTAGCTTCTTCAAATGCCTTCG 0 151 1 ACGCTACGATGGACAGATTTGAGGAATAGGATTTT 0 233 0 CCCTCCCTATGCTAAGCTTAACGAGTGGAGTAGG 3 83 0 ATTGAATTATGGAAAAACTTAATTATGTAATTAAA 6 30 1 TTCCACTCCTGGGCTAGCTTCTCTATCTCCCTCTT 7 207 0 AATAAATCAAGGAAAAGCTTTATATAAAGACTTAA 7 244 1 AAAGATTTTTGGCCAAAATTGACCAATTTGTG 10 7 0 GAGTAATCCTGGGAAAGCGTTATAAAAGCTATCCC 11 22 0 ATCTTATAAAGGGAAAACTTTAGAATAAAATCAGG 12 267 1 AATCTTATATGGACAAACGTAAAGATAAAATTGGT 14 88 1 TTGGACTCGATGTTAGGCTTCTCTAACCGGTGAAT 15 217 1 TGAAAATTCTTGAAAAACGTAAAGATGGTGGATTC 15 274 1 CCTCCACTATGGAAAGGCTTTTTAATCCATTTCTT 16 32 0 TAAGATATGAGGCGTAATTTCACCAATACGGGAAA 17 96 0 ** ****** * * MAP Score: 7.04384 Motif 6 GGAATATATCCTCCCAGGGATGACCTTCTT 7 48 0 AGTCAAGGGCCTCCCAGGAAATATCATCAA 6 183 0 GGCAGGGCAGCTTCCTGGGATTAACTCAGC 0 47 0 TCGCCAGCATCTTCCAGGAAAAGAAGAACT 12 27 1 TTATAACGCTTTCCCAGGATTACTCAGCTA 11 32 1 ATAGCTAAAATTCCCGGGGTAAAGAAGGTC 7 27 1 TATAAAAGGTTTCCTTGGAACTACATTCGG 18 17 0 GAGATAAAGGTTTCTAGGGAGACGTTAACG 7 96 1 TAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT 7 4 0 ********** MAP Score: 6.38304 Motif 7 TTAAAATCCTATTCCTCAAATCTGTCCATC 0 231 1 CATAATTCAATCACCTCCAAGATAGTCAAG 6 11 0 ATTTTAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT 7 8 0 CTGAGGAATATATCCTCCCAGGGATGACCT 7 52 0 GGGAGGATATATTCCTCAGATTCTAGAGGA 7 63 1 GCCTAAACCTCCAAAAAAGAAATG 8 16 0 TTCCTATCAACTTCCTCCCAATAAGGTTCA 12 87 1 AAATTCAAGGTATCCTCCAAGGAGGAAAAG 12 167 0 AATTTCTTGTATTCCTCCCTAAGTGACATG 12 192 1 ATTTAACTCCTTTCCTCTCAGAAATCTTAT 12 244 1 GAGGATTTGCATTCCTCCAAACATTAAAAT 17 49 0 CTGGTCAGTCATAACTCCAATGGGTGACCC 17 277 1 GATACCACCGAATGTAGTTCC 18 1 1 ********** MAP Score: 6.34281 Motif 8 AGCCATAACGAGCCCTGAGCTTGAGAAAGTCT 0 14 1 TTAAAATCCTATTCCTCAAATCTGTCCATCGT 0 231 1 AAAGTTTTTAAACCCTGAAATTTCCTTTCAAC 1 30 1 ATCTTGGCCTGCGCCTCACTTCCATGCAATCT 6 74 0 TTACAAAACGTCCCCTCAAATTCTATTATAAC 6 128 0 GGGAGGATATATTCCTCAGATTCTAGAGGATT 7 63 1 CCCTCCTAATCCTAATCTCGCCAGCATCT 12 7 1 GCCCTCCTTTATCCCTAATTTCCTATCAACTT 12 68 1 CCGGTTAGAGAAGCCTAACATCGAGTCCAAAC 15 215 0 ATGTTTTGGAACTCCTCATTTTAATGTTTGGA 17 32 1 GAGGAATGCAAATCCTCAATTTTCTGGATATT 17 62 1 TGGTGAAATTACGCCTCATATCTTAAGGATTG 17 106 1 * ****** *** MAP Score: 5.44309 Motif 9 TTTTAAGGATGAAAATTATTTCAGACTTTAGTGATA 0 201 0 GGTTGAAAGGAAATTTCAGGGTTTAAAAACT 1 32 0 TGGAGAAAATGAACGTGTTTTCAAGCACACTTGAGC 3 30 1 CGATTACTTTGATGATATTTCCTGGGAGGCCCTTGA 6 175 1 CCGGGGTAAAGAAGGTCATCCCTGGGAGGATATATT 7 40 1 GAGGATTTGAGATAAAGGTTTCTAGGGAGACGTTAA 7 88 1 GACAATCGCCAAGAGGATTTTAAAGGAACTAATCAA 12 129 0 TAGTAAATTTAATAATCCTTCCTCGGTTCTTCATCT 13 24 1 AATTGGTTTTCCAAAGAAAGATGATC 15 0 1 CAACTCTTGCAAATGATCTTCCATTGATAACGCTCG 15 154 1 GATAACGCTCGACAGGGATTTCACAGTCCTTAAAGG 15 179 1 AAATGGATTAAAAAGCCTTTCCATAGTGGAGGTGGT 16 35 1 GATACCACCGAATGTAGTTCCAAGGAAACCTTTTA 18 9 1 ** * ***** ** MAP Score: 5.42082 Motif 10 TCTGAAATAATTTTCATCCTTAAAATCCTATTCC 0 212 1 TTAAATACCCTTCTCCTTCATTGTGATTTGATGA 4 50 1 ATTACTTTGATGATATTTCCTGGGAGGCCCTTGA 6 177 1 AATTTTAGCTATCTCCTCCAAGGGTTTCT 7 5 0 GGGGTAAAGAAGGTCATCCCTGGGAGGATATATT 7 42 1 GATTGTCAACTTTTCCTCCTTGGAGGATACCTTG 12 158 1 GAATTTCTTGTATTCCTCCCTAAGTGACATGAAT 12 191 1 GTAAATTTAATAATCCTTCCTCGGTTCTTCATCT 13 26 1 TATTTTTGACTTCTCCTCTATTAAACACCCTTAT 14 14 1 CCAGATAAGATCATCTTTCTTTGGAAAACCAATT 15 10 0 TTTCTAAGGGTTTTTCTTCTTTGAGTTTTTGTAG 15 91 0 CTCTTGCAAATGATCTTCCATTGATAACGCTCGA 15 157 1 AAGTTTCAAGTTCTCATTCTTAGGTGTATGACTG 17 246 1 * ****** * ** MAP Score: 3.83213 Motif 11 CCTTGACTATCTTGGAGGTGATTGAATTATGGA 6 10 1 TGATTGAATTATGGAAAAACTTAATTATGTAAT 6 28 1 TAATAGAATTTGAGGGGACGTTTTGTAAGACAT 6 132 1 ATGATATTTCCTGGGAGGCCCTTGACTTTGGAA 6 186 1 TTTTAGAGAGCGAGGAGGACTTTGAGAGAGGGA 6 240 1 AGAAACCCTTGGAGGAGATAGCTAAAATTC 7 7 1 TATATCCTCCCAGGGATGACCTTCTTTACCCCG 7 41 0 TAAAGGTTTCTAGGGAGACGTTAACGGGGTTAA 7 100 1 AGAAATAAATCAAGGAAAAGCTTTATATAAAGA 7 241 1 TATGACATTGAAGGGAGGTGCTTGAT 7 284 1 GATTTGAAGTTGGGGATAGCTTTTATAACGCTT 11 10 1 CTGAGTAATCCTGGGAAAGCGTTATAAAAGCTA 11 26 0 GTGAACCTTATTGGGAGGAAGTTGATAGGAAAT 12 85 0 AAATCTTATAAAGGGAAAACTTTAGAATAAAAT 12 265 1 ATTCTCGAACAATGGAAATGTTAAATAAGGGTG 14 39 0 AGCGTTATCAATGGAAGATCATTTGCAAGAGTT 15 155 0 CACCTCCACTATGGAAAGGCTTTTTAATCCATT 16 36 0 TTCACCAATACGGGAAAACAATATCCAGAAAAT 17 80 0 AATGTAGTTCCAAGGAAACCTTTTATACTTCTT 18 20 1 * ****** * ** MAP Score: 3.63636 Motif 12 TCCTTAAAATCCTATTCCTCAAATCTGTCCAT 0 228 1 AAGCCTCGTCCCCTACTTCGAGGTTCCAGAT 2 28 0 AAAGTACAAGCCTACTCCACTCGTTAAGCTTA 3 73 1 GTTTAAATACCCTTCTCCTTCATTGTGATTTG 4 48 1 AGTATCTTGGCCTGCGCCTCACTTCCATGCAA 6 77 0 ACTTCATCTCCCTTAACCTCCAGTATCTTGGC 6 98 0 GTCTTACAAAACGTCCCCTCAAATTCTATTAT 6 131 0 TCAAAGTCCTCCTCGCTCTCTAAAACTTCAAC 6 233 0 TAACCACGTACCTCCCTCTCTCAAAGTCCTCC 6 253 0 CCAGGGATGACCTTCTTTACCCCGGGAATTTT 7 33 0 TCCCTAGAAACCTTTATCTCAAATCCTCTAGA 7 84 0 CGCTCCCGATCCTTCTTGTCAACCACGAGGAA 7 171 0 TTCTCTATCTCCCTCTTCACCCGCTCCCGATC 7 192 0 ATCAAGCACCTCCCTTCAATGTCATATCA 7 281 0 AGAAGAACTTCCTTCGCTTCGCCCTCCTTTAT 12 48 1 GCTTCGCCCTCCTTTATCCCTAATTTCCTATC 12 63 1 TCTATTTTTGACTTCTCCTCTATTAAACACCC 14 12 1 AGAATCCACCATCTTTACGTTTTTCAA 15 283 0 CTTTGCCCACCACCTCCACTATGGAAAG 16 51 0 TCATCAAATAACATCATTTCCCTATTTTGATT 17 181 1 AACCTTTTATACTTCTTTTCGATGAGTATCTA 18 36 1 ***** **** * MAP Score: 2.78085 Motif 13 GAGGAACCCCCCTTAATTTGAAAGTTTT 1 6 1 CCCTCCCTATGCTAAGCTTAACG 3 94 0 TTAAATACCCTTCTCCTTCATTGTGATTTGAT 4 50 1 TCTCTCAAAGTCCTCCTCGCTCTCTAAAACTT 6 237 0 TAACCACGTACCTCCCTCTCTCAAAGTCCTCC 6 253 0 CCAGGGATGACCTTCTTTACCCCGGGAATTTT 7 33 0 TTCTCTATCTCCCTCTTCACCCGCTCCCGATC 7 192 0 TATATAAAGCTTTTCCTTGATTTATTTCTTCC 7 238 0 ATCAAGCACCTCCCTTCAATGTCATATCAAG 7 279 0 CCCTCCTAATCCTAATCTCGCC 12 0 1 AAAAGAAGAACTTCCTTCGCTTCGCCCTCCTT 12 45 1 CTTCGCTTCGCCCTCCTTTATCCCTAATTTCC 12 59 1 GATTGTCAACTTTTCCTCCTTGGAGGATACCT 12 158 1 TTCTTGTATTCCTCCCTAAGTGACATGAATAA 12 195 1 CCTTTCTTCATTTATAGTAAATT 13 1 1 ATTTAATAATCCTTCCTCGGTTCTTCATCTGG 13 30 1 TATTTTTGACTTCTCCTCTATTAAACACCCTT 14 14 1 TTCTAAGGGTTTTTCTTCTTTGAGTTTTTGTA 15 92 0 TTCAAGTTCTCATTCTTAGGTGTATGACTGGT 17 250 1 ******** ** MAP Score: 1.19934 Motif 14 TTTGAGGAATAGGATTTTAAGGATGAAAATTA 0 219 0 GGTTGAAAGGAAATTTCAGGGTTTAAAAAC 1 33 0 GCCAAGATACTGGAGGTTAAGGGAGATGAAGT 6 98 1 TAAGACCAGTTGAAGTTTTAGAGAGCGAGGAG 6 225 1 GAGAGCGAGGAGGACTTTGAGAGAGGGAGGTA 6 245 1 TCTTTACCCCGGGAATTTTAGCTATCTCCTCC 7 20 0 ATTTCTTTTTTGGAGGTTTAGGC 8 17 1 GGAAGTTGATAGGAAATTAGGGATAAAGGAGG 12 70 0 CCTTATTGGGAGGAAGTTGATAGGAAATTAGG 12 81 0 AATCGCCAAGAGGATTTTAAAGGAACTAATCA 12 130 0 TTTGGGTAACTTAATGTTTTGGAACTCCTCAT 17 19 1 AACAATATCCAGAAAATTGAGGATTTGCATTC 17 65 0 TTAAGGATTGAGAAAGTTAAGGTAAAATAATT 17 128 1 **** *** *** MAP Score: 0.745923