AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_operons015_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944249779 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB2400_purF 58 PAB2400: PAB2400, purF: PAB0151 #1 PAB2201 77 PAB2201 #2 PAB2199 72 PAB2199 #3 hypE-like 53 PAB0403 #4 rps8E 300 PAB0749 #5 asnB 113 PAB0750 #6 PAB1605 22 PAB1605 #7 PAB1604 55 PAB1604 #8 PAB1344 40 PAB1344 #9 PAB1343_bgal 185 PAB1343: PAB1343, bgal: PAB2376 #10 PAB1271 142 PAB1271 #11 purM 300 PAB1083 #12 PAB1201 300 PAB1201 #13 PAB3433 65 hypothetical protein #14 PAB1195 22 PAB1195 #15 PAB1194 186 PAB1194 #16 PAB1193 286 hypothetical protein Motif 1 CTGTCAAAACAAACCTTAAAAATTTTAAATTTTT 12 245 1 TATTGTCAAAAATATGTAAAAATTTAAAATTTTT 12 262 0 GAAAGTCTTCAAGGTATAAAAACTAAGGAAGAAT 15 32 0 GTGTTTAAATAATCCTTAAATACTCTCCATTTTT 13 21 1 GTTCTGACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTG 16 213 1 TCAGAGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCATCGA 15 108 0 CAGGAAATATAAACCATAAATATTTGCTGGTGCA 16 120 0 CACAAGTCGAAATTCATAAAAGGTTTTCGTCCTG 4 212 1 ATCTGTTTAAAAAATCTTAAAAGTATTATGATTT 0 12 1 TGGAAATAGGAAGGTATTAAAAATAATACCGCAA 2 26 1 TTGTAAACGAAAACCCTTAATATTCAAAAATTTT 10 97 1 TATTGCTGATAAGGCTTTTAAACTTGGAAAGGGC 16 158 1 ATTTCGTTCAAATTTATAAAAGATGGCAATTTAT 9 142 0 TATAATTAATAATTCTTAAAACTTGTTTTAAATG 11 121 1 CCCTCCCTACAAAATTTAAAAAAGAAGAGAGGAG 8 10 0 CATTACCAAAAATTTGTAAAAATGGAGAGTATTT 13 38 0 TGATGCTACTAATGTTTTTAAAGTAGTTCATTTA 11 149 0 TTATACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGT 15 47 1 TGCTCAATACATATCATAAAAACTTACAACTCTA 11 56 0 TATAAATGACAAGTCTTTTAAGTTAAGAGTCAGA 11 258 1 CAGAAAACAAAACATATTTATATTACAAAATGTA 10 30 0 AAAAGATGGCAATTTATATATAAGGTTTTTGGTT 9 125 0 ** * ****** * MAP Score: 21.8161 Motif 2 CAAAACAAACCTTAAAAATTTTAAATTTTTA 12 249 1 ATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAATT 9 146 1 AGGGTTTTCGTTTACAAATTTATGTCAAATA 10 83 0 ACTCTCCATTTTTACAAATTTTTGGTAATGG 13 42 1 AATTCTAATGCTTACAATTTTATGCATAAAA 12 105 0 ACGAAAACCTTTTATGAATTTCGACTTGTGA 4 211 0 ACCCTTAATATTCAAAAATTTTGACTTAAAC 10 109 1 TGACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGT 16 217 1 AGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCATCGAG 15 107 0 ATTTTAAATTTTTACATATTTTTGACAATAA 12 266 1 TCCTTAGCTGCTCATAATTTTCGTTAATTGT 9 74 1 CTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATT 15 53 1 TCATAATACTTTTAAGATTTTTTAAACAGAT 0 12 0 ATACAGGAAATTTAAATTTTTAACTTGCCAC 16 67 0 ATGCTATCACCTTATAGTTTTATGCATAAAA 12 88 1 ATAACATGTTCTTATAATTTATCACTTTAAT 9 36 1 CCTCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGG 8 12 1 AATAGGGGTTCTTAAGTTTTTTCTAGGTTTC 16 35 1 TAAAACAAGTTTTAAGAATTATTAATTATAT 11 120 0 TCCGGTTACATTAAAAAATTTCCTGGGCGAT 1 33 0 **** ****** MAP Score: 21.4133 Motif 3 TATCTCGTGGAAATAGGAAGGTATTAAAAATAATACCGCAA 2 19 1 CAAACCTTAAAAATTTTAAATTTTTACATATTTTTGACAAT 12 254 1 CCTTATATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAA 9 134 1 CTCGATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCTGAAAATGT 15 107 1 ATGCACCAGCAAATATTTATGGTTTATATTTCCTGAAAATA 16 119 1 AAATTTGTAAAAATGGAGAGTATTTAAGGATTATTTAAACA 13 22 0 TTTCATGTAAAAATCATAATACTTTTAAGATTTTTTAAACA 0 15 0 TTTGCCTTATAAATGACAAGTCTTTTAAGTTAAGAGTCAGA 11 251 1 GCGAAAATCGAAATACAGGAAATTTAAATTTTTAACTTGCC 16 69 0 ATTACTAATATAATTAATAATTCTTAAAACTTGTTTTAAAT 11 113 1 GTTTAAGTCAAAATTTTTGAATATTAAGGGTTTTCGTTTAC 10 99 0 TTTTATGCATAAAATTGTAAGCATTAGAATTTAGTAAAGAG 12 105 1 TGCTCAATACATATCATAAAAACTTACAACTCTAGTTTTAA 11 49 0 ACACCAGAATAAATATTTAAGGGTTACGTCAGAACAAAGAC 16 207 0 ATACATTTTGTAATATAAATATGTTTTGTTTTCTGTGTTTT 10 29 1 AATCTCGACTTAAACCAAAAACCTTATATATAAATTGCCAT 9 113 1 **** * *** * * MAP Score: 17.1316 Motif 4 AAATTTCACCATTTTCATGTAAAAATCATAATACTT 0 32 0 TAAGTAGGCCATTTTAATGCCAACTAGCGAGGTGAG 4 269 1 ATTAGTATCCACGCTAAAGTTCAATACATGATACAA 5 37 0 TTTCGTTTACAAATTTATGTCAAATAAGTTCATCGG 10 73 0 AGTTTTCACCATGTTTAAGTCAAAATTTTTGAATAT 10 116 0 TTCAAATAATATTTTCATGCTCAATACATATCATAA 11 71 0 ACTGAAGTAAAATTTGATGCTACTAATGTTTTTAAA 11 161 0 TTAATATTAGACGCTCAAGTAAAAATATGTCCAAAA 11 196 1 ATCACCTTATAGTTTTATGCATAAAATTGTAAGCAT 12 93 1 TCTTTACTAAATTCTAATGCTTACAATTTTATGCAT 12 109 0 ATCGAGAATCATCTTAATGCTCAGATAAGAATACTA 15 77 0 AACTCTGAAAATGTTGATGCTCAAAAAAGTTCCTAG 15 134 1 CTGGTGCATAATTCTCATGCGAAAATCGAAATACAG 16 92 0 TCTGGTGTATAATTTGATGCACCTAAGTCCTTATTA 16 240 1 * ** **** * ** MAP Score: 13.0316 Motif 5 TCATAATACTTTTAAGATTTTTTAAACAGA 0 13 0 TCTCCCTGTCAACAAATTTTCGAATCTTCA 4 173 1 TCTCTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGGG 8 14 1 GCAATTTATATATAAGGTTTTTGGTTTAAG 9 121 0 TATAATTTCGTTCAAATTTATAAAAGATGG 9 150 0 ATTTTTGAATATTAAGGGTTTTCGTTTACA 10 98 0 GTTCATTTAAAACAAGTTTTAAGAATTATT 11 128 0 CATTAGTAGCATCAAATTTTACTTCAGTTA 11 169 1 TGACAAGTCTTTTAAGTTAAGAGTCAGATG 11 264 1 ACAGAAAAATATCAAGTTTAGATTTCATGT 12 219 0 ATTTAAAATTTTTAAGGTTTGTTTTGACAG 12 245 0 CCTTAAAAATTTTAAATTTTTACATATTTT 12 258 1 ATGGAGAGTATTTAAGGATTATTTAAACAC 13 21 0 TCTCCATTTTTACAAATTTTTGGTAATGGT 13 44 1 TTTGAAAGTCTTCAAGGTATAAAAACTAAG 15 39 0 CTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTAT 15 53 1 TGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCTGA 15 112 1 ATACAGGAAATTTAAATTTTTAACTTGCCA 16 68 0 AGAATAAATATTTAAGGGTTACGTCAGAAC 16 213 0 ********** MAP Score: 7.43162 Motif 6 GTTACATTAAAAAATTTCCTGGGCGATGAAG 1 29 0 TTCTTCCTGCACCTATTTTTGTTGCAATTAT 4 126 0 TGAAGATTCGAAAATTTGTTGACAGGGAGAA 4 172 0 TCAGGACGAAAACCTTTTATGAATTTCGACT 4 216 0 CTTCTTTTTTAAATTTTGTAGGGAGGGTAAG 8 17 1 GATTAAAGATACATTTTGTAATATAAATATG 10 21 1 AGAAAACAAAACATATTTATATTACAAAATG 10 32 0 GTTTTCGTTTACAAATTTATGTCAAATAAGT 10 80 0 TAACTGAAGTAAAATTTGATGCTACTAATGT 11 168 0 AACTTTATATTCAGTTTTTTGCCTTATAAAT 11 234 1 CTATCACCTTATAGTTTTATGCATAAAATTG 12 91 1 TCTAATGCTTACAATTTTATGCATAAAACTA 12 102 0 AAGAGTCTAAACAGATTTTTGCTAGTGAGTT 12 141 1 TCTAAACTTGATATTTTTCTGTCAAAACAAA 12 227 1 TAAAAATTTAAAATTTTTAAGGTTTGTTTTG 12 249 0 TTAAATTTTTACATATTTTTGACAATAAAGG 12 269 1 ACCATTACCAAAAATTTGTAAAAATGGAGAG 13 43 0 ATACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAGG 15 52 0 CTCGATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACT 15 107 1 GTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTGTAT 16 67 1 ATGCACCAGCAAATATTTATGGTTTATATTT 16 119 1 ACACCAGAATAAATATTTAAGGGTTACGTCA 16 217 0 *** ******* MAP Score: 6.95193 Motif 7 CTCACCACCTATCTCGTGGAAATA 2 4 1 GTTTCTTCCTGCACCTATTTTTGTTGCAAT 4 129 0 TAAAGACCACCCATTTTAAGGT 6 6 0 GTTAACTCCCACCTATGATTTATAGAAT 9 8 1 ATTTGTCCACCTCATTATAATTTCGT 9 169 0 GTCCTTTCACCACCTCTCGCCT 14 3 0 ATTTCCACCTATCTTCTGAAAGTT 16 4 1 ATAATTTGATGCACCTAAGTCCTTATTAGA 16 248 1 ********** MAP Score: 5.66811 Motif 8 TTACATGAAAATGGTGAAATTT 0 46 1 CACCTATCTCGTGGAAATAGGAAGGTATTA 2 15 1 AAACCTCTTTGTGGTGAGAGGAAT 2 58 1 GTGCGTCTCTGTGGTGCAGGGGGTTGGCCT 4 94 0 ATTTGTTGACAGGGAGAAGGAACTTGAGAC 4 160 0 GCCAACTAGCGAGGTGAGATTAA 4 287 1 ATAAGTACAAGGGGAGAAAGATA 7 3 0 CTTTAATAAAAAGGTGATGGTGA 7 42 1 TTTTGTAGGGAGGGTAAGAG 8 30 1 TGACTTAAACATGGTGAAAACT 10 130 1 ATAAAACTATAAGGTGATAGCATGTTCGTT 12 81 0 AGGCGAGAGGTGGTGAAAGGAC 14 9 1 GATCCTTAAGGTGGTACAAG 16 276 1 ********** MAP Score: 4.00144 Motif 9 CTGTTTAAAAAATCTTAAAAGTATTATGATTTTTACATGAAA 0 14 1 CTCCCCAAATTAATTTAATAACTTTCCCGAAACTTTCCATGG 3 18 1 CCCTGTCAACAAATTTTCGAATCTTCATAATATAATCACAAG 4 176 1 ACCTTATATATAAATTGCCATCTTTTATAAATTTGAACGAAA 9 133 1 GTTTAAGTCAAAATTTTTGAATATTAAGGGTTTTCGTTTACA 10 98 0 TTAAATGAACTACTTTAAAAACATTAGTAGCATCAAATTTTA 11 148 1 TTTTGCCTTATAAATGACAAGTCTTTTAAGTTAAGAGTCAGA 11 250 1 TTTTATGCATAAAATTGTAAGCATTAGAATTTAGTAAAGAGT 12 105 1 AAATATGTAAAAATTTAAAATTTTTAAGGTTTGTTTTGACAG 12 245 0 AAAATTTGTAAAAATGGAGAGTATTTAAGGATTATTTAAACA 13 22 0 TACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAGGTATAAAAACTAA 15 40 0 AAAAAGTTCCTAGATGACTATCATTGGGAGGTGTGATAA 15 157 1 GTTAAAAATTTAAATTTCCTGTATTTCGATTTTCGCATGAGA 16 74 1 AGCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATATTTTCAG 16 151 0 ** ** * * ** * * MAP Score: 3.28502 Motif 10 TAACCGGATATTAAGTCTTCAGGTGTCACT 1 56 1 CGGTCTCAAGTTCCTTCTCCCTGTCAACAA 4 158 1 ATAATTTTCGTTAATTGTCCAATTAGAATC 9 87 1 AAATAATATTTTCATGCTCAATACATATCA 11 74 0 ATATTAGTAATTAATTCTTCAAATAATATT 11 94 0 AATATAATTAATAATTCTTAAAACTTGTTT 11 119 1 TTACTAAATTCTAATGCTTACAATTTTATG 12 112 0 TCCTCTCGAATTAATTCTCAGAGTTAAACT 12 168 0 TGACACCTCCTTTATTGTCAAAAATATGTA 12 278 0 CTTTCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTT 15 19 1 GAGAATCATCTTAATGCTCAGATAAGAATA 15 80 0 TCTGAAAATGTTGATGCTCAAAAAAGTTCC 15 137 1 TTGCTGGTGCATAATTCTCATGCGAAAATC 16 101 0 ********** MAP Score: 2.98462