AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons017_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249831
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2243	54	hypothetical protein
#1	PAB2234	62	PAB2234
#2	PAB2233	60	PAB2233
#3	PAB2439	105	PAB2439
#4	PAB2026	106	PAB2026
#5	obg-like	95	PAB0558
#6	PAB0707	46	hypothetical protein
#7	PAB3260	94	hypothetical protein
#8	PAB0711	300	hypothetical protein
#9	PAB0713	22	hypothetical protein
#10	PAB0714	42	PAB0714
#11	PAB0720	62	hypothetical protein
#12	hflX-like	24	PAB0722
#13	PAB0921	81	hypothetical protein
#14	PAB1357	43	PAB1357
#15	PAB1356	51	PAB1356
#16	PAB1355	78	hypothetical protein
#17	PAB1354	70	PAB1354
#18	PAB1065	49	PAB1065

Motif 1
CCCTAACTCATTTAGGTGAGGG          	2	48	1
CTAAAAAGTGTTTCGGTTTGGAAAAATATAGA	3	16	0
CTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC      	3	89	1
TTGGACGTTATATCGGAGGTGAGAGT      	5	79	1
GTTAAATCGGTTTTGGTGGTGAAG        	6	32	1
CTCGGTTGGCCTTCGTAGGGGAACAGAGACTC	8	79	1
GAGCTCTTTTTATTGGATTTGAGTGGTAGGCA	8	170	0
TTTTTAAAGTTTTGGGGGTTCAGTAGGAAGTA	8	257	0
  AGTGGTGGCTTGGGTGAGGACTTTTTAAAG	8	280	0
AACCTTTTTCCTTTGGTGTTGACG        	11	2	0
CTTTTAAATCCTTTGGAGGGAAAAGACC    	13	63	1
GTGAACCTAACTTCGGTGGTGTAAT       	15	36	1
TTTAAAAGTATTTTGGTAATGAGATTACCAAA	16	33	0
CTTTTAAATTCTTGGTAGTGCAAATACCAAC 	16	57	1
CTGACAAGTATTTAGGGGTTGAGATC      	18	4	0
          *** ** *****
MAP Score: 21.7407

Motif 2
AATCTTACTTAAACCTTTTTGGCCCATATC	4	35	1
TTTATATCAAAAACCTTTTTCCTTTGGTGT	11	15	0
GTTTTCAAACAAACCTTTATAAGACCGAAA	2	16	1
TTTATTTTCCAAACCTTTTAAATCCTTTGG	13	49	1
AGTTCCAAGGAAACCTTTTATACTTCTTTT	17	35	0
CCTTCTTTTTCAAACTTTTTCAAAAATTTA	1	16	1
      AAACCAAACTTTTTACGTTAAAAT	7	4	1
CTGAACCCCCAAAACTTTAAAAAGTCCTCA	8	266	1
TCCAAACCGAAACACTTTTTAGAATTCAAT	3	26	1
  CTTCTCACCTACCTTTATTTTAGCTGAC	18	31	0
TTTTTTCAGAATACCTTTAAATTCGTTTCG	7	40	0
AAGGCTATGCAAAACTATTTATGGTTAAAG	5	37	0
TCATTACCAAAATACTTTTAAATTCTTGGT	16	43	1
          **********
MAP Score: 18.0104

Motif 3
CTCCCGCTATCTTTTAAACTTCGCCTGCTT	0	29	0
ATTTCCTTCTTTTTCAAACTTTTTCAAAAA	1	12	1
TTTTCAAAAATTTATAAACTATACAGATAT	1	32	1
   GATTTCGTTTTCAAACAAACCTTTATA	2	7	1
TGGCCCATATCTTTTAAATAGCCAACCTTA	4	54	1
TTGCATAGCCTTTATAAACTGGGTTTGGAC	5	55	1
TAACGAGGTACTTTTAATCCTTCCAC    	6	6	0
TTCATTCGGGCTTACAAACCCCACATACCT	8	135	1
GGGTGAGGACTTTTTAAAGTTTTGGGGGTT	8	269	0
TTTTCCAAACCTTTTAAATCCTTTGGAGGG	13	53	1
       ACGCTTTTAAACTTCTCCAATCT	14	3	1
CTTGTTTCTGTTTTTTAACTTTGGTAATCT	16	14	1
TACCAAAATACTTTTAAATTCTTGGTAGTG	16	47	1
CCAAGGAAACCTTTTATACTTCTTTTCGAT	17	31	0
          **********
MAP Score: 14.6226

Motif 4
CTTCGCCTGCTTAAATATGTTGGGATTAAAG   	0	7	0
AAAATCTTACTTAAACCTTTTTGGCCCATATCTT	4	33	1
   CCCTCACCTAAATGAGTTAGGGTTTTTCGGT	2	39	0
TGAGGACTTTTTAAAGTTTTGGGGGTTCAGTAGG	8	262	0
CAGAATACCTTTAAATTCGTTTCGTTCTCCATTT	7	30	0
ACCAAGAATTTAAAAGTATTTTGGTAATGAGATT	16	39	0
GGTTGGCTATTTAAAAGATATGGGCCAAAAAGGT	4	47	0
AAGTACCTCGTTAAATCGGTTTTGGTGGTGAAG 	6	23	1
CATTGAATTCTAAAAAGTGTTTCGGTTTGGAAAA	3	23	0
CAGGCGAAGTTTAAAAGATAGCGGGAGAGAAC  	0	32	1
ATAGCCTTTATAAACTGGGTTTGGACGTTATATC	5	59	1
TCCAAAGGATTTAAAAGGTTTGGAAAATAAATCT	13	46	0
ACTGCTTAGGCTAAGGAAGTGGGGAGTCTCTGTT	8	100	0
AAAGGCTATGCAAAACTATTTATGGTTAAAGACT	5	34	0
          *****   *** **
MAP Score: 12.4416

Motif 5
AAAACCCTAACTCATTTAGGTGAGGG         	2	44	1
TTACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC      	3	86	1
AGTTAGATGCCTACTTTTGGAGCAGGTGAAACTTT	8	11	1
CCTAAGCAGTCTTCATTCGGGCTTACAAACCCCAC	8	124	1
      AGTGGTGGCTTGGGTGAGGACTTTTTAAA	8	281	0
TTAGGTTAATCTAACTCGGGGGAGAGTT       	10	24	1
CAAAAACCTTTTTCCTTTGGTGTTGACG       	11	3	0
CCAATCTTAACTCCCTGGGGAGAAGTC        	14	26	1
TTAGGTGAACCTAACTTCGGTGGTGTAAT      	15	32	1
TTCCTTGGAACTACATTCGGTGGTATC        	17	53	1
          ** **** ** *  *
MAP Score: 9.8481

Motif 6
    CTTTAATCCCAACATATTTAAGCAGG	0	6	1
GACCGAAAAACCCTAACTCATTTAGGTGAG	2	38	1
          CCCTCACCTAAATGAGTTAG	2	50	0
TCTATATTTTTCCAAACCGAAACACTTTTT	3	16	1
ACCTCTCTCATCCTAACTTAAGGTTGGCTA	4	72	0
 GGTGACACCTCCTGACCTCTCTCATCCTA	4	87	0
CGATATAACGTCCAAACCCAGTTTATAAAG	5	64	0
         ACTCTCACCTCCGATATAACG	5	84	0
GAACAGAGACTCCCCACTTCCTTAGCCTAA	8	99	1
CATTCGGGCTTACAAACCCCACATACCTAG	8	137	1
CTTTAAAAAGTCCTCACCCAAGCCACCACT	8	280	1
AGATTTATTTTCCAAACCTTTTAAATCCTT	13	46	1
ACTTCTCCAATCTTAACTCCCTGGGGAGAA	14	20	1
GTTTAGGTGAACCTAACTTCGGTGGTGTAA	15	30	1
        GATCTCAACCCCTAAATACTTG	18	2	1
         CTTCTCACCTACCTTTATTTT	18	38	0
          **********
MAP Score: 9.03706

Motif 7
TTACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC       	3	86	1
AATAGCCAACCTTAAGTTAGGATGAGAGAGGTCAGG	4	70	1
CTATGCAAAACTATTTATGGTTAAAGACTATAATAA	5	27	0
TCGTTAAATCGGTTTTGGTGGTGAAG          	6	30	1
TAGTTAGATGCCTACTTTTGGAGCAGGTGAAACTTT	8	10	1
CTCGGTTGGCCTTCGTAGGGGAACAGAGACTCCCCA	8	79	1
CCTAAGCAGTCTTCATTCGGGCTTACAAACCCCACA	8	124	1
CGTTTGAGCTCTTTTTATTGGATTTGAGTGGTAGGC	8	171	0
GACTTTTTAAAGTTTTGGGGGTTCAGTAGGAAGTAG	8	256	0
TTAGGTTAATCTAACTCGGGGGAGAGTT        	10	24	1
AATGGCTTTTCCTTGTATGGGGATAGGTC       	11	43	1
CCTTTTAAATCCTTTGGAGGGAAAAGACC       	13	62	1
TCCCCAGGGAGTTAAGATTGGAGAAGTTTAAAAGCG	14	11	0
TAGCTGACAAGTATTTAGGGGTTGAGATC       	18	3	0
          ***  * ****   **
MAP Score: 5.43293

Motif 8
TTTTAAATAGCCAACCTTAAGTTAGGATGAGAGAGGTCAGGAG	4	65	1
TACTTGTCAGCTAAAATAAAGGTAGGTGAGAAG          	18	26	1
TTAGGTTGGCCTAATAAAATGGGAGGGCCCTAAT         	7	70	1
TGTTCCCCTACGAAGGCCAACCGAGGAATATAGAAGGCTGGAA	8	61	0
GCCTACCACTCAAATCCAATAAAAAGAGCTCAAACGTTCTGTT	8	171	1
AATGAGATTACCAAAGTTAAAAAACAGAAACAAGGAGA     	16	5	0
TTTAAGCAGGCGAAGTTTAAAAGATAGCGGGAGAGAAC     	0	26	1
TTAAGGTTGGCTATTTAAAAGATATGGGCCAAAAAGGTTTAAG	4	42	0
CTTTTCCCTCCAAAGGATTTAAAAGGTTTGGAAAATAAATCTT	13	45	0
GAGAACGAAACGAATTTAAAGGTATTCTGAAAAAATTAGGTTG	7	35	1
CCCCAAAGAACTAAGAAGTAAATAAAACTCTAAAGATCATCCA	3	64	0
CCTTCTTTTTCAAACTTTTTCAAAAATTTATAAACTATACAGA	1	16	1
TACTGAACCCCCAAAACTTTAAAAAGTCCTCACCCAAGCCACC	8	264	1
          * **    ***  * *     **
MAP Score: 4.40137

Motif 9
ATAAATAGTTTTGCATAGCCTTTATAAACTGG	5	45	1
CTGAAAAAATTAGGTTGGCCTAATAAAATGGG	7	61	1
ACTTTCAGTAGCGGATAACCTTCCAGCCTTCT	8	41	1
TCTATATTCCTCGGTTGGCCTTCGTAGGGGAA	8	70	1
GACTCCCCACTTCCTTAGCCTAAGCAGTCTTC	8	106	1
TCCCCCGAGTTAGATTAACCTAAAGGGAATTT	10	15	0
TTGATATAAATGGCTTTTCCTTGTATGGGGAT	11	35	1
CCACCGAAGTTAGGTTCACCTAAACGTATATG	15	23	0
          * **** *****
MAP Score: 4.30009