AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons019_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249977
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2043	72	PAB2043
#1	PAB2042	35	hypothetical protein
#2	PAB2041	55	hypothetical protein
#3	PAB2040	69	PAB2040
#4	PAB2039	124	hypothetical protein
#5	PAB1982	30	PAB1982
#6	PAB1981	277	PAB1981
#7	PAB1970	120	PAB1970
#8	PAB0547	300	hypothetical protein

Motif 1
AAAACCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGA	2	14	1
         TTCTTCTTCTTTTTTAAACAA	3	1	1
GAAAGAAGCTTCAAGTTCTCTCGATTAACT	4	58	1
CTAACTCAATTCATCTTCACAACTTTTAAA	4	87	0
TTTATAATGATTATCTTCTCCTTGACCTCA	6	91	1
AATTTGAATTTCAACTTCCTGGGATCCTGC	6	174	1
AATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGTAAG	6	226	1
CCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGATGCAAA	7	36	1
CTACTAAAGATCTACTTCACAATATTACAT	8	55	0
AGGAGACAACTCAACTTCTTTTCCCAAAGT	8	193	1
          **********
MAP Score: 13.5147

Motif 2
CCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGATTCTTTAT	2	18	1
        TTCTTCTTCTTTTTTAAACAATAAAC	3	2	1
ACCCTTTAAACTACAACTTAGCAAACACTTCTGG	3	34	1
GCCTAACTCAATTCATCTTCACAACTTTTAAAGT	4	85	0
    CCCAAATTTCGGCTCGCCTAACTCAATTCA	4	104	0
TAATGATTATCTTCTCCTTGACCTCATCAAATCT	6	95	1
CCTCACCGACCTTTCTCTTCCCATTAATTTGAAT	6	149	1
TTGATGGGTATTTTCTCTCATCTAGCAGGATCCC	6	194	0
TCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGTAAGTT	6	224	1
          CTTTACCTGTCCAAATCCTTTTAA	7	0	1
CCTTTTAACGCCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGA	7	26	1
GAGTGATTGTTTTTGGCTTAACTAGGGGGGCTCG	7	71	1
GAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAATATTG	8	32	1
          ****  ***  ***
MAP Score: 9.48077

Motif 3
CCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGATTCTTTATAATTTCCGC	2	18	1
TTAAATATTTCAGGGCATATTTGTTCATGGTGATTGCC     	4	5	0
TCGCCTAACTCAATTCATCTTCACAACTTTTAAAGTTAATCGA	4	78	0
TTATCTTCTCCTTGACCTCATCAAATCTCGGAATTATCTCTCT	6	101	1
TTAGCACCTCACCGACCTTTCTCTTCCCATTAATTTGAATTTC	6	143	1
CATCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGTAAGTTATTAACC	6	222	1
          CTTTACCTGTCCAAATCCTTTTAACGCCTTCCC	7	0	1
CTTTTAACGCCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGATGCAAAATGA	7	27	1
TGCATGAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAATATTGTGAA	8	27	1
TTTAGACTTGCATGACTTATCCTGATCTTTGGAGTTATATGTT	8	136	1
GAGACAACTCAACTTCTTTTCCCAAAGTAAGGAAATTTAAACC	8	195	1
ATTTAAACCCAACACCCTATCCATTATTTTGCATGTATATGTT	8	229	1
          *    * * ***     * ** *
MAP Score: 7.48444

Motif 4
TGAAGTTAGATTTTTAGCTTCTTGGTGGGCTTA	0	44	1
     GAACCTTTTTATTCCCTCCCTCACTCTC	1	5	1
TTCAAAACCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGA	2	11	1
TCTAGATTCTTTATAATTTCCGCATTC      	2	38	1
          TTTTATCCCCCGCTTAAGACTGG	6	0	1
AAATCTTCGTTTGTGACTTCCGCATCTTCAGTT	6	46	1
GCATCTTCAGTTGCCACTTTCTCATTTATAATG	6	67	1
TTTATAATGATTATCTTCTCCTTGACCTCATCA	6	91	1
ATCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGTAAG	6	223	1
ACGCCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGATGCAAA	7	33	1
          ** * * ******
MAP Score: 6.96781

Motif 5
         GAACCTTTTTATTCCCTCCCTCACTCTCTTTTATC  	1	1	1
    TTTCAAAACCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGATTCTTTAT	2	6	1
CTTTCTCATTTATAATGATTATCTTCTCCTTGACCTCATCAAATCT	6	83	1
CTCGGAATTATCTCTCTTAGCACCTCACCGACCTTTCTCTTCCCAT	6	127	1
TACCCATCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGTAAGTTATTAAC	6	218	1
ACCTGTCCAAATCCTTTTAACGCCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGA	7	14	1
GTAGAAATGCATGAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAATATTG	8	20	1
CTGGATATTTAGACTTGCATGACTTATCCTGATCTTTGGAGTTATA	8	129	1
AGTTGAGTTGTCTCCTCGGAGCCTTAATCTAACATATAACTCCAAA	8	163	0
CTCCGAGGAGACAACTCAACTTCTTTTCCCAAAGTAAGGAAATTTA	8	188	1
TAAGGAAATTTAAACCCAACACCCTATCCATTATTTTGCATGTATA	8	222	1
          *  * *      ***  **     **
MAP Score: 6.35451

Motif 6
TACCGGTCCAAACTCTTAAATTTGAAGTTA	0	22	1
         GAACCTTTTTATTCCCTCCCT	1	1	1
    TTTCAAAACCTTTATATACTTCTCCT	2	6	1
TTAAACAATAAACCCTTTAAACTACAACTT	3	23	1
GAAATATTTAAGCCATTTTATGAAAGAAGC	4	37	1
TCATCTTCACAACTTTTAAAGTTAATCGAG	4	77	0
AGGAGAAGATAATCATTATAAATGAGAAAG	6	83	0
GTAAGTTATTAACCTGTTAAAGTTAAATGT	6	251	1
TACCTGTCCAAATCCTTTTAACGCCTTCCC	7	13	1
TGTTAAAATAAACCTTAAAAATCGGTCAAT	8	268	1
          **********
MAP Score: 4.4576

Motif 7
GCTTCTTGGTGGGCTTAAATGG        	0	60	1
TTTCATAAAATGGCTTAAATATTTCAGGGC	4	32	0
TCAAGTTCTCTCGATTAACTTTAAAAGTTG	4	68	1
AAATTTCGGCTCGCCTAACTCAATTCATCT	4	101	0
CGCTTAAGACTGGCATAACCTTTACGAAAT	6	20	1
TGATTGTTTTTGGCTTAACTAGGGGGGCTC	7	74	1
ATAGGGTGTTGGGTTTAAATTTCCTTACTT	8	219	0
          **********
MAP Score: 4.19679

Motif 8
TCCAAACTCTTAAATTTGAAGTTAGATTTTTAG	0	28	1
ATTTGAAGTTAGATTTTTAGCTTCTTGGTGGGC	0	41	1
ATAAACCCTTTAAACTACAACTTAGCAAACACT	3	30	1
TTCTCATTTATAATGATTATCTTCTCCTTGACC	6	85	1
CCCATTAATTTGAATTTCAACTTCCTGGGATCC	6	168	1
CCCATCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGT	6	220	1
GCATGAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAA	8	28	1
TGTAATATTGTGAAGTAGATCTTTAGTAGTATG	8	56	1
CTTGCATGACTTATCCTGATCTTTGGAGTTATA	8	142	1
ATGTATATGTTAAAATAAACCTTAAAAATCGGT	8	261	1
          **** ** * ***
MAP Score: 3.44864

Motif 9
ATAAAGAATCTAGAAAAGGAGAAGTATATAAAGG	2	18	0
GTTTATTGTTTAAAAAAGAAGAAGAA        	3	2	0
TCAAGAGGAGTAGAAAAGGGAAGGCGTTAAAAGG	7	26	0
TCCTTACTTTGGGAAAAGAAGTTGAGTTGTCTCC	8	194	0
AAGTGGCAACTGAAGATGCGGAAGTCACAAACGA	6	52	0
AGATAATCATTATAAATGAGAAAGTGGCAACTGA	6	73	0
          GATAAAAGAGAGTGAGGGAGGGAA	1	21	0
AAGGGAAGGCGTTAAAAGGATTTGGACAGGTAAA	7	11	0
GGCTCTCGCCTCCAGAAGTGTTTGCTAAGTTGTA	3	45	0
TCCTCTTGATGCAAAATGAGGAGTGATTGTTTTT	7	51	1
TTACCGGTGGTGAAGATGAGAATTAGATTGATGG	6	221	0
          *  ***** *** *
MAP Score: 2.08942

Motif 10
GCCAGATATACCGGTCCAAACTCTTAAATTTGAAG	0	14	1
TTTTTATTCCCTCCCTCACTCTCTTTTATC     	1	15	1
TATACTTCTCCTTTTCTAGATTCTTTATAATTTCC	2	24	1
TTCGGCTCGCCTAACTCAATTCATCTTCACAACTT	4	92	0
TAATGATTATCTTCTCCTTGACCTCATCAAATCTC	6	95	1
TCGGAATTATCTCTCTTAGCACCTCACCGACCTTT	6	128	1
TAGCACCTCACCGACCTTTCTCTTCCCATTAATTT	6	144	1
ACCCATCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGTA	6	219	1
     CTTTACCTGTCCAAATCCTTTTAACGCCTT	7	5	1
TAACGCCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGATGCAAA	7	31	1
TACTAAAGATCTACTTCACAATATTACATAAACAA	8	49	0
ACTTGCATGACTTATCCTGATCTTTGGAGTTATAT	8	141	1
TCCGAGGAGACAACTCAACTTCTTTTCCCAAAGTA	8	189	1
AACCCAACACCCTATCCATTATTTTGCATGTATAT	8	234	1
          **  ****   ****
MAP Score: 1.9818