AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons019_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944249993
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2043	72	PAB2043
#1	PAB2042	35	hypothetical protein
#2	PAB2041	55	hypothetical protein
#3	PAB2040	69	PAB2040
#4	PAB2039	124	hypothetical protein
#5	PAB1982	30	PAB1982
#6	PAB1981	277	PAB1981
#7	PAB1970	120	PAB1970
#8	PAB1969	70	PAB1969
#9	PAB0547	300	hypothetical protein

Motif 1
AAAACCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGA	2	14	1
         TTCTTCTTCTTTTTTAAACAA	3	1	1
GAAAGAAGCTTCAAGTTCTCTCGATTAACT	4	58	1
CTAACTCAATTCATCTTCACAACTTTTAAA	4	87	0
TTTATAATGATTATCTTCTCCTTGACCTCA	6	91	1
AATTTGAATTTCAACTTCCTGGGATCCTGC	6	174	1
AATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGTAAG	6	226	1
CCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGATGCAAA	7	36	1
CTACTAAAGATCTACTTCACAATATTACAT	9	55	0
AGGAGACAACTCAACTTCTTTTCCCAAAGT	9	193	1
          **********
MAP Score: 12.9179

Motif 2
CCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGATTCTTTAT	2	18	1
        TTCTTCTTCTTTTTTAAACAATAAAC	3	2	1
     AATATTCTTGGCTTTTACACGATAAATGT	5	11	0
TCGTTTGTGACTTCCGCATCTTCAGTTGCCACTT	6	52	1
TCAGTTGCCACTTTCTCATTTATAATGATTATCT	6	73	1
ATTATCTTCTCCTTGACCTCATCAAATCTCGGAA	6	100	1
TCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGTAAGTT	6	224	1
  GAAAATACATTTAACTTTAACAGGTTAATAAC	6	255	0
CCTTTTAACGCCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGA	7	26	1
GAGTGATTGTTTTTGGCTTAACTAGGGGGGCTCG	7	71	1
TAAATGTAGACCTTTTCATTTTTAAACCCTAGTG	8	33	0
GAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAATATTG	9	32	1
TTAAGGTTTATTTTAACATATACATGCAAAATAA	9	252	0
          ****  *** * **
MAP Score: 12.0155

Motif 3
TATTCCCTCCCTCACTCTCTTTTATC        	1	19	1
CCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGATTCTTTAT	2	18	1
        TTCTTCTTCTTTTTTAAACAATAAAC	3	2	1
TCAGTTGCCACTTTCTCATTTATAATGATTATCT	6	73	1
TTATCTTCTCCTTGACCTCATCAAATCTCGGAAT	6	101	1
CCTCACCGACCTTTCTCTTCCCATTAATTTGAAT	6	149	1
TTGATGGGTATTTTCTCTCATCTAGCAGGATCCC	6	194	0
ACCCATCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGT	6	219	1
          CTTTACCTGTCCAAATCCTTTTAA	7	0	1
CCTTTTAACGCCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGA	7	26	1
TAAATGTAGACCTTTTCATTTTTAAACCCTAGTG	8	33	0
GAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAATATTG	9	32	1
ACTTGCATGACTTATCCTGATCTTTGGAGTTATA	9	141	1
TCCTCGGAGCCTTAATCTAACATATAACTCCAAA	9	163	0
          ***  ***  ****
MAP Score: 11.413

Motif 4
TTAGCTTCTTGGTGGGCTTAAATGG        	0	57	1
TGGATAGGGTGTTGGGTTTAAATTTCCTTACTT	9	219	0
CCAGTCTTAAGCGGGGGATAAAA          	6	0	0
AGAGAGTGAGGGAGGGAATAAAAAGGTTC    	1	6	0
TAGTTGTGCACTAGGGTTTAAAAATGAAAAGGT	8	25	1
GTAGAAAAGGGAAGGCGTTAAAAGGATTTGGAC	7	18	0
TTCTTTCATAAAATGGCTTAAATATTTCAGGGC	4	32	0
TTGTAGAAATGCATGAATTAAAAACTTTACCTT	9	18	1
          *  *** ******
MAP Score: 7.74997

Motif 5
TTAAATTTGAAGTTAGATTTTTAGCTTCTTGGTGGGC	0	37	1
AACAATAAACCCTTTAAACTACAACTTAGCAAACACT	3	26	1
TCTTCCCATTAATTTGAATTTCAACTTCCTGGGATCC	6	164	1
AATACCCATCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGT	6	216	1
TTCGATCACCATTTAAATGTAGACCTTTTCATTTTTA	8	43	0
AAATGCATGAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAA	9	24	1
TTTATGTAATATTGTGAAGTAGATCTTTAGTAGTATG	9	52	1
TCGGAGCCTTAATCTAACATATAACTCCAAAGATCAG	9	157	0
TTGCATGTATATGTTAAAATAAACCTTAAAAATCGGT	9	257	1
          * * ***  *  * ***
MAP Score: 7.56277

Motif 6
        GATAAAAGAGAGTGAGGGAGGG	1	23	0
AAGAATCTAGAAAAGGAGAAGTATATAAAG	2	19	0
TTGTTTAAAAAAGAAGAAGAA         	3	1	0
GTGGCAACTGAAGATGCGGAAGTCACAAAC	6	54	0
ATAATCATTATAAATGAGAAAGTGGCAACT	6	75	0
GGGATCCTGCTAGATGAGAGAAAATACCCA	6	194	1
ACCGGTGGTGAAGATGAGAATTAGATTGAT	6	223	0
ATTTTGCATCAAGAGGAGTAGAAAAGGGAA	7	38	0
CTCTTGATGCAAAATGAGGAGTGATTGTTT	7	53	1
CTAGGGTTTAAAAATGAAAAGGTCTACATT	8	35	1
TATAACTCCAAAGATCAGGATAAGTCATGC	9	145	0
          **********
MAP Score: 7.54912

Motif 7
 TTTCAAAACCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGATTCTTTAT	2	9	1
TCTCATTTATAATGATTATCTTCTCCTTGACCTCATCAAATCT	6	86	1
GGAATTATCTCTCTTAGCACCTCACCGACCTTTCTCTTCCCAT	6	130	1
CCATCAATCTAATTCTCATCTTCACCACCGGTAAGTTATTAAC	6	221	1
TGTCCAAATCCTTTTAACGCCTTCCCTTTTCTACTCCTCTTGA	7	17	1
GAAATGCATGAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAATATTG	9	23	1
GATATTTAGACTTGCATGACTTATCCTGATCTTTGGAGTTATA	9	132	1
CGAGGAGACAACTCAACTTCTTTTCCCAAAGTAAGGAAATTTA	9	191	1
GGAAATTTAAACCCAACACCCTATCCATTATTTTGCATGTATA	9	225	1
          * *  *   ***  **     **
MAP Score: 5.49607

Motif 8
TTCAAAACCTTTATATACTTCTCCTTTTCTAGATTCTT	2	11	1
TTCTTCTTTTTTAAACAATAAACCCTTTAAACTACAAC	3	13	1
ACTTTCTCATTTATAATGATTATCTTCTCCTTGACCTC	6	82	1
GTCCAAATCCTTTTAACGCCTTCCCTTTTCTACTCCTC	7	18	1
TCGATCACCATTTAAATGTAGACCTTTTCATTTTTAAA	8	41	0
AATGCATGAATTAAAAACTTTACCTTGTTTATGTAATA	9	25	1
GTAAGGAAATTTAAACCCAACACCCTATCCATTATTTT	9	221	1
AAAATAAACCTTAAAAATCGGTCAATTTTTACATAGAA	9	272	1
          *****      *** * *
MAP Score: 4.56515