AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons020_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944250011
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2177	53	PAB2177
#1	PAB2174	87	hypothetical protein
#2	PAB0245	81	PAB0245
#3	rbsk	109	PAB0280
#4	PAB0328	35	PAB0328
#5	acaA	226	PAB0906
#6	PAB2382	71	PAB2382
#7	PAB1455	81	hypothetical protein
#8	fabG	176	PAB1085
#9	PAB1125	123	hypothetical protein

Motif 1
TGCCCACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAGACCAA	1	26	1
TTATGCTTCAAAAATTAAAAATCTACCTAAAAACG	2	47	0
GAGGGAAACTAACCTTTAAAAACTTC         	4	19	1
TTTTCGGTGCTAAGCTCAAAGCGTTACGACAATTG	5	79	1
GCATTATACTTTCACCGAAAGTCTTTTATAAAGAT	5	158	1
ATATGAGATGAGCATTTAAACGCTTTATGGAATAT	6	12	0
TATTTTCCAAACCTTTTAAATCCTTTGGAGGGAAA	7	15	0
GTGCATATCGTCCACCGAAATGCTTAACATGACCC	8	76	0
AGCTCAATGGAAACTTAAAAGACTTATCCTTGAAT	8	125	1
GTTATAAAGTACCTTTAAAAATCTTTAGTTAGAGC	9	90	1
          * * ** ***  ***
MAP Score: 11.5637

Motif 2
ACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAGACCAA	1	31	1
AAACTAACCTTTAAAAACTTC         	4	24	1
AGATGAGCATTTAAACGCTTTATGGAATAT	6	12	0
          TTCAACACCTCCAGAGAGGT	1	77	0
GCTTCAAAAATTAAAAATCTACCTAAAAAC	2	48	0
TAAAGTACCTTTAAAAATCTTTAGTTAGAG	9	94	1
TCCGAAATATTTAAAAACCCCAACAATTTT	3	50	0
CTCGGATTAATTGAAAGCTTAAGGGGGCAG	5	15	0
CAATGGAAACTTAAAAGACTTATCCTTGAA	8	129	1
TCCAAAGGATTTAAAAGGTTTGGAAAATAA	7	21	1
ATAAATCAAATTCAAAAATTCAAGATTGAA	5	45	0
TTGTTAATGTGTCAAAACTTAGGGGTGGTT	6	47	1
TATTATCTTTATAAAAGACTTTCGGTGAAA	5	167	0
TGGATGATTTATAAAAGGTTCTCGTTTTTA	2	25	1
          **********
MAP Score: 10.6746

Motif 3
ATTTTTGGTCTTTGAAGTTTTTAAGGTGAT	1	35	0
AAATCATCCACCTTAATCTTAGGTG     	2	5	0
TTAGGTAGATTTTTAATTTTTGAAGCATAA	2	52	1
ACCCTATTAATCTGAAGTATAACGTTAAAC	3	88	1
TTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAATTAATC	5	11	1
CGAGTTCAATCTTGAATTTTTGAATTTGAT	5	41	1
TGTCGTAACGCTTTGAGCTTAGCACCGAAA	5	80	0
 TACTCATCACCTTGAGTTTATCTTCATCC	5	207	0
GGAGAACCACCCCTAAGTTTTGACACATTA	6	51	0
AGGATAAGTCTTTTAAGTTTCCATTGAGCT	8	125	0
          **********
MAP Score: 6.98475

Motif 4
CCGTTTGGGATTTCTCTCAGGGAAACTAATA	0	24	0
TACGCTAATGCACCTCTCTGGAGGTGTTGAA	1	66	1
        GATTCCTCGGAGGGAAACTAACC	4	2	1
ACCTTTTAAATCCTTTGGAGGGAAAAGACC 	7	9	0
TTAGCAAATTCCTATCGCAGGTAATCCCGAT	7	57	1
CTCTTCTCAGCCCTTTCCAGGTTAGTTGTTA	8	46	0
TAACATGACCCTCTTCTCAGCCCTTTCCAGG	8	56	0
TCATGTTAAGCATTTCGGTGGACGATATGCA	8	79	1
 CCCTTTCACCTCCTCGCAGGGCCCGGTGGG	9	9	1
          * *********
MAP Score: 5.96241

Motif 5
ACTATATGCCCACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAGACCAA	1	20	1
       CCTCACCACCCCCTCTCGCTTTTTGTTACCAATA	3	3	1
   GGAGAACCACCCCTAAGTTTTGACACATTAACAAATAT	6	43	0
GGACGATATGCACCACCAATTATTAAGAGCTCAATGGAAAC	8	98	1
      CACCCATCACCAAATAGTGAATATTGATTCAAGGA	8	151	0
    CCCTTTCACCTCCTCGCAGGGCCCGGTGGGCTCCTTT	9	6	1
CTTTAGCGGACACCCCCGAGCCATGCATGGTGATCATGCAT	9	43	1
          **** ** * *   *     *
MAP Score: 4.72351

Motif 6
ATTTCTCTCAGGGAAACTAATAATTTTTGG	0	16	0
TAATTACTATTGGTAACAAAAAGCGAGAGG	3	21	0
ATTCCTCGGAGGGAAACTAACCTTTAAAAA	4	11	1
TTAAAAGGTTTGGAAAATAAATCTTATTAG	7	31	1
AAGAGCTCAATGGAAACTTAAAAGACTTAT	8	122	1
          **********
MAP Score: 4.09034

Motif 7
GCTAAAGGAGCCCACCGGGCCCTGCGAGGAGGTGA	9	15	0
   AGTCTCTCCCTCCTTTGCTTCTGCTTAAAAAT	8	7	1
  CTTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAATTAATCCG	5	8	1
  CCTCACCACCCCCTCTCGCTTTTTGTTACCAAT	3	8	1
  GGTCTTTTCCCTCCAAAGGATTTAAAAGGTTTG	7	8	1
CCACTATATGCCCACCAATCACCTTAAAAACTTCA	1	18	1
TTTAGCGGACACCCCCGAGCCATGCATGGTGATCA	9	44	1
CTTAACATGACCCTCTTCTCAGCCCTTTCCAGGTT	8	54	0
     GGAGAACCACCCCTAAGTTTTGACACATTA	6	51	0
          *** **   ** ***
MAP Score: 3.40033

Motif 8
AATCATCCACCTTAATCTTAGGTG         	2	1	0
ATAAAAGGTTCTCGTTTTTAGGTAGATTTTTAA	2	35	1
ACCACCCCCTCTCGCTTTTTGTTACCAATAGTA	3	14	1
ATTTGATTTATGTAGTTTTCGGTGCTAAGCTCA	5	64	1
CCATTGAGCTCTTAATAATTGGTGGTGCATATC	8	102	0
TGAATCAATATTCACTATTTGGTGATGGGTG  	8	155	1
ATGGTGATCATGCATTCTTGGGTTATAAAGTAC	9	69	1
          **** * ** ***
MAP Score: 3.33531

Motif 9
    CCAAAACCAAAAATTATTAGTTTCCCTGAGAGA	0	6	1
TATATGCCCACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAGACC	1	22	1
CCTAAAAACGAGAACCTTTTATAAATCATCCACCTTA	2	20	0
CTTTTTGTTACCAATAGTAATTAAAATTGTTGGGGTT	3	28	1
TTTGCCCATCCGAAATATTTAAAAACCCCAACAATTT	3	51	0
TCGGAGGGAAACTAACCTTTAAAAACTTC        	4	16	1
AGCTTAGCACCGAAAACTACATAAATCAAATTCAAAA	5	58	0
ATGACAATCGACTATCGTCGATAACGCATTATACTTT	5	133	1
        GGAGAACCACCCCTAAGTTTTGACACATT	6	52	0
GATTTATTTTCCAAACCTTTTAAATCCTTTGGAGGGA	7	17	0
TTAGCAAATTCCTATCGCAGGTAATCCCGATCTT   	7	57	1
TGGACTAACAACTAACCTGGAAAGGGCTGAGAAGAGG	8	41	1
TGGGTTATAAAGTACCTTTAAAAATCTTTAGTTAGAG	9	87	1
          **** * *   ***  *
MAP Score: 1.78627