AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944250026
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2177	53	PAB2177
#1	PAB2174	87	hypothetical protein
#2	PAB0245	81	PAB0245
#3	rbsk	109	PAB0280
#4	PAB0328	35	PAB0328
#5	acaA	226	PAB0906
#6	PAB2382	71	PAB2382
#7	PAB1455	81	hypothetical protein
#8	fabG	176	PAB1085
#9	PAB1125	123	hypothetical protein

Motif 1
GCCCACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAGACCAAAAAT	1	27	1
ATCTACCTAAAAACGAGAACCTTTTATAAATCATCCAC	2	24	0
CGCTTTTTGTTACCAATAGTAATTAAAATTGTTGGGGT	3	26	1
GGGTTTTGCCCATCCGAAATATTTAAAAACCCCAACAA	3	54	0
  CTTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAATTAATCCGAGT	5	8	1
ATCCGAGTTCAATCTTGAATTTTTGAATTTGATTTATG	5	38	1
ATTATACTTTCACCGAAAGTCTTTTATAAAGATAATAG	5	160	1
     AGATATTCCATAAAGCGTTTAAATGCTCATCTC	6	5	1
   GGAGAACCACCCCTAAGTTTTGACACATTAACAAA	6	46	0
 GGTCTTTTCCCTCCAAAGGATTTAAAAGGTTTGGAAA	7	9	1
TGCATATCGTCCACCGAAATGCTTAACATGACCCTCTT	8	72	0
GGACGATATGCACCACCAATTATTAAGAGCTCAATGGA	8	98	1
GTTTTGGCTCTAACTAAAGATTTTTAAAGGTACTTTAT	9	93	0
          ****   **   ** * *
MAP Score: 17.554

Motif 2
GCCCACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAGACCAA	1	27	1
TTATGCTTCAAAAATTAAAAATCTACCTAAAAAC	2	48	0
AAAACCCCAACAATTTTAATTACTATTGGTAACA	3	33	0
CCCATCCGAAATATTTAAAAACCCCAACAATTTT	3	50	0
GAGGGAAACTAACCTTTAAAAACTTC        	4	19	1
TATTCCATAAAGCGTTTAAATGCTCATCTCATAT	6	13	1
TATTTTCCAAACCTTTTAAATCCTTTGGAGGGAA	7	16	0
AGCTCAATGGAAACTTAAAAGACTTATCCTTGAA	8	125	1
GTTATAAAGTACCTTTAAAAATCTTTAGTTAGAG	9	90	1
          * * ******  **
MAP Score: 9.0596

Motif 3
CTATATGCCCACCAATCACCTTAAAAACTT	1	21	1
CCTTTTATAAATCATCCACCTTAATCTTAG	2	13	0
          CCTCACCACCCCCTCTCGCT	3	0	1
         TACTCATCACCTTGAGTTTAT	5	215	0
GGTGGTGCATATCGTCCACCGAAATGCTTA	8	85	0
GGTGGACGATATGCACCACCAATTATTAAG	8	95	1
         CACCCATCACCAAATAGTGAA	8	165	0
          CCCTTTCACCTCCTCGCAGG	9	0	1
          **********
MAP Score: 7.53649

Motif 4
ATTTTTGGTCTTTGAAGTTTTTAAGGTGAT	1	35	0
AAATCATCCACCTTAATCTTAGGTG     	2	5	0
TTAGGTAGATTTTTAATTTTTGAAGCATAA	2	52	1
ACCCTATTAATCTGAAGTATAACGTTAAAC	3	88	1
TTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAATTAATC	5	11	1
CGAGTTCAATCTTGAATTTTTGAATTTGAT	5	41	1
TGTCGTAACGCTTTGAGCTTAGCACCGAAA	5	80	0
 TACTCATCACCTTGAGTTTATCTTCATCC	5	207	0
GGAGAACCACCCCTAAGTTTTGACACATTA	6	51	0
AGGATAAGTCTTTTAAGTTTCCATTGAGCT	8	125	0
          **********
MAP Score: 6.98475

Motif 5
AAAAATTATTAGTTTCCCTGAGAGAAATCCCAA	0	18	1
TATGCCCACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAGA	1	24	1
AAAAATTAAAAATCTACCTAAAAACGAGAACCT	2	40	0
  GGGTTAAGATTATGCTTCAAAAATTAAAAAT	2	60	0
  GGTTTAACGTTATACTTCAGATTAATAGGGT	3	88	0
TTTAAAGGTTAGTTTCCCTCCGAGGAATC    	4	6	0
TCGGAGGGAAACTAACCTTTAAAAACTTC    	4	16	1
TTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAATTAATCCGAG	5	12	1
      TACTCATCACCTTGAGTTTATCTTCAT	5	209	0
       GGTCTTTTCCCTCCAAAGGATTTAAA	7	3	1
CCCTCCTTTGCTTCTGCTTAAAAATGGACTAAC	8	17	1
TGGACTAACAACTAACCTGGAAAGGGCTGAGAA	8	41	1
ACTTAAAAGACTTATCCTTGAATCAATATTCAC	8	137	1
TTGGGTTATAAAGTACCTTTAAAAATCTTTAGT	9	86	1
          * * ***** ***
MAP Score: 6.98127

Motif 6
GTGGGCATATAGTGGGGATCGCG        	1	2	0
TAAGGTGATTGGTGGGCATATAGTGGGGATC	1	13	0
AAAGCGAGAGGGGGTGGTGAGG         	3	1	0
  GATTCCTCGGAGGGAAACTAACCTTTAAA	4	8	1
TGAAAGCTTAAGGGGGCAGAAAAG       	5	3	0
TCAAAACTTAGGGGTGGTTCTCC        	6	58	1
TAAATCCTTTGGAGGGAAAAGACC       	7	3	0
GCAGAAGCAAAGGAGGGAGAGACT       	8	3	0
GGCCCTGCGAGGAGGTGAAAGGG        	9	2	0
CGCAGGGCCCGGTGGGCTCCTTTAGCGGACA	9	24	1
TGCATGGCTCGGGGGTGTCCGCTAAAGGAGC	9	39	0
          ******** **
MAP Score: 5.15748

Motif 7
          CCAAAACCAAAAATTATTAGTTTC	0	0	1
TATATGCCCACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAG	1	22	1
TTAAAAACTTCAAAGACCAAAAATATACGCTAAT	1	41	1
GATTATGCTTCAAAAATTAAAAATCTACCTAAAA	2	50	0
CTTTTTGTTACCAATAGTAATTAAAATTGTTGGG	3	28	1
TTGCCCATCCGAAATATTTAAAAACCCCAACAAT	3	53	0
TTCGGATGGGCAAAACCCTATTAATCTGAAGTAT	3	74	1
CGGAGGGAAACTAACCTTTAAAAACTTC      	4	17	1
AAATCAAATTCAAAAATTCAAGATTGAACTCGGA	5	39	0
ATAGGTAATGCCAAAATTTGACAATTGTCGTAAC	5	101	0
ATTTATTTTCCAAACCTTTTAAATCCTTTGGAGG	7	19	0
CACCCATCACCAAATAGTGAATATTGATTCAAGG	8	152	0
          **** * * ** **
MAP Score: 4.24668

Motif 8
CTATATGCCCACCAATCACCTTAAAAACTTCAAAGA	1	21	1
ACCTTAAAAACTTCAAAGACCAAAAATATACGCTAA	1	38	1
TAAGATTATGCTTCAAAAATTAAAAATCTACCTAAA	2	51	0
TATTTAAAAACCCCAACAATTTTAATTACTATTGGT	3	37	0
TTTTGCCCATCCGAAATATTTAAAAACCCCAACAAT	3	53	0
CATAAATCAAATTCAAAAATTCAAGATTGAACTCGG	5	40	0
GAGCTTAGCACCGAAAACTACATAAATCAAATTCAA	5	60	0
GATAATAGGGCCTAAATGGATGAAGATAAACTCAAG	5	190	1
   AGATATTCCATAAAGCGTTTAAATGCTCATCTC	6	7	1
GGTCTTTTCCCTCCAAAGGATTTAAAAGGTTTGGAA	7	10	1
TTTGGCTCTAACTAAAGATTTTTAAAGGTACTTTAT	9	93	0
          ** ***    * ****
MAP Score: 0.557097