AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons021_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944250040
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	rpoK	120	PAB7132
#1	thrC-like	39	PAB0369
#2	PAB1867	78	PAB1867
#3	PAB1865	36	hypothetical protein
#4	PAB1864	60	PAB1864
#5	putP-1	198	PAB0609
#6	hom	56	PAB0610
#7	PAB1675	40	PAB1675
#8	PAB1674	221	PAB1674
#9	dapA	121	PAB0832
#10	ilvB	300	PAB0888
#11	leuA-1	30	PAB0890
#12	leuC-1	40	PAB0891

Motif 1
       GCGAAAAATTTATATAAGTTAATT	2	3	1
TACTAAAAAGAAATAGATTTAAGAGCGTTT 	3	9	0
ACATTCAGGTTAAAAGTTTTCCTATTCTTTG	5	37	1
TGGGTTTATCAAAAAGTTGTCTAAAATATTT	5	66	1
AAAAGTTGTCTAAAATATTTCGGAATATTCG	5	77	1
ATAATTGTTGAAAAAGATTTAAATAAATATT	5	122	1
ACATTTATGAAAAAATATTTATTTAAATCTT	5	135	0
CCTCGTTGCCAAAAGGTTTTCGAGAGA    	7	6	0
TTAAAGTCCTAAAAATATGTCGAAAATTATA	8	168	1
AAATATGTCGAAAATTATATAAAAAGAAAAC	8	180	1
ATCGAAGCGGAAAAATTTATATTGTCTAAAA	9	45	0
TTTACATCTAAAAATGATATAATTGGGATTA	9	75	1
AAATTTTCCGAAAAATATTTATAGATTGGGA	10	79	1
ACAAAACGATAAAATGTTGTAATAAAATTCA	10	232	0
          ******** **
MAP Score: 18.8247

Motif 2
TTATCTTTCCCTTTTCCAATGTTTTTTTGGGATGTA	1	12	1
TTTCCCGATTCCCTTTGAAGATTCTCCAATCCTATT	2	32	1
       AAACGCTCTTAAATCTATTTCTTTTTAGT	3	3	1
TTCTTTGGGTTTATCAAAAAGTTGTCTAAAATATTT	5	61	1
AGAACTCGAATATTCCGAAATATTTTAGACAACTTT	5	78	0
GAAAAAATATTTATTTAAATCTTTTTCAACAATTAT	5	122	0
TTTCAAGAATCCCTCCCAAACTTTTTAATTTTCCCT	6	15	1
TTTAATTTTCCCTTCCTAACTTTTTTCC        	6	38	1
         TCTCTCGAAAACCTTTTGGCAACGAGG	7	1	1
CTGTACTTACTGTTCTCCAAATTGTCTCTGTAGATT	8	76	1
TTTTATATAATTTTCGACATATTTTTAGGACTTTAA	8	168	0
ATTATTTGCATAATCCCAATTATATCATTTTTAGAT	9	80	0
GTTGTTAGTATAATTTACAAATTGTCAAATATTCAA	10	42	1
AATTGTCAAATATTCAACAAATTTTCCGAAAAATAT	10	61	1
CTAACCCTCGCTATTCTAATTCTGTTAGTCATTATC	10	178	1
ATTATTATTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTT	10	217	1
CGTTTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGTTT	10	255	1
       CTTCTCTCTTAATTTTCTTAGGTGAGAGA	11	3	1
          * ***  **  ** **
MAP Score: 16.0511

Motif 3
TCTTTATTTAGGCGGGGCCGTGGGGTAGCT	0	20	1
CGGCGCCCCAGGCCGGGAGGATAGCCAAGC	0	47	0
TCAATATTTTGGTGGGGCCGCCGGGATTTG	0	89	0
AAAATATTGAGGTGAGGCGGC         	0	109	1
TCTGGAAAGTGGTCAGTAGGG         	2	67	1
TCGAAACGCCGATGGGGAGGAAGC      	4	46	1
TGTGCCTAAAGGCGGGGGCGATATGAA   	5	181	1
AAATTAAAAAGTTTGGGAGGGATTCTTGAA	6	16	0
CAATAAACAAAGCCAGGAGGTGGTAGC   	12	23	1
          **********
MAP Score: 12.0983

Motif 4
    CTTTATCTTTCCCTTTTCCAATGTTTTTTTGGGATG	1	6	1
GAATCGGGAAATTAACTTATATAAATTTTTCGC       	2	3	0
CCGATTCCCTTTGAAGATTCTCCAATCCTATTCTGGAAAG	2	36	1
GACATTCAGGTTAAAAGTTTTCCTATTCTTTGGGTTTATC	5	36	1
TCTAAAATATTTCGGAATATTCGAGTTCTTAAGCTAGATA	5	85	1
AAATATTTATTTAAATCTTTTTCAACAATTATCTAGCTTA	5	114	0
AACTTTTTAATTTTCCCTTCCTAACTTTTTTCC       	6	33	1
         TTTTTTCTTCTTTTTCTTTTTGAAAGTCGTT	8	1	1
GAAAGTCGTTTTACCTTTACTCGACTTGTTTTATCAAGGC	8	31	1
GATCCTGTACTTACTGTTCTCCAAATTGTCTCTGTAGATT	8	72	1
CTCTTGGGCGTTTTCTTTTTATATAATTTTCGACATATTT	8	180	0
AGCGGAAAAATTTATATTGTCTAAAACATACAAACTTATG	9	31	0
AATGATATAATTGGGATTATGCAAATAATAAACTGGTGAA	9	87	1
CTTGAAAATTTTAATTTTATGTAAAAAGTTTAGTTGTTAG	10	10	1
TGTTGAATATTTGACAATTTGTAAATTATACTAACAACTA	10	40	0
AACTGATGTTTTCCCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAAT	10	81	0
ACCCTCGCTATTCTAATTCTGTTAGTCATTATCATAATTA	10	181	1
TTTTATCGTTTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGT	10	249	1
          **     * * * ***  **
MAP Score: 10.1942

Motif 5
TCTTTATTTAGGCGGGGCCGTGGGGTAGCT	0	20	1
TATCCTCCCGGCCTGGGGCGCCGGTGACCC	0	54	1
TCAATATTTTGGTGGGGCCGCCGGGATTTG	0	89	0
AAAATATTGAGGTGAGGCGGC         	0	109	1
CCTTCGAAACGCCGATGGGGAGGAAGC   	4	43	1
AAGATTAATTATTGGGGGTGCCTT      	5	4	0
TGTGCCTAAAGGCGGGGGCGATATGAA   	5	181	1
AATTAAAAAGTTTGGGAGGGATTCTTGAAA	6	15	0
TTATGCATTAGCCTGAGGTGATGTGC    	9	6	0
AGCTCATGAAGGTTAGGGTGCTTGTTCTCA	10	140	0
AGCGAGGGTTAGTGGAAGGGAGCTCATGAA	10	160	0
TCCAAAAATTTTCGGGGGTGTTTTTCCATG	10	268	1
       GGAGGTGGAGGGCATGGAAAAAC	10	287	0
          **********
MAP Score: 7.66588

Motif 6
TAGCCAAGCTACCCCACGGCCCCGCCTAAAT	0	25	0
AGCTTGGCTATCCTCCCGGCCTGGGGCGCCG	0	46	1
TGAACCCGGGTCACCGGCGCCCCAGGCCGGG	0	60	0
CGGGTTCAAATCCCGGCGGCCCCACCAAAAT	0	83	1
    GCTTCCTCCCCATCGGCGTTTCGAAGG	4	43	0
    TTCATATCGCCCCCGCCTTTAGGCACA	5	181	0
     GCACATCACCTCAGGCTAATGCATAA	9	5	1
TGTTTTTCCATGCCCTCCACCTCC       	10	286	1
          ***** *****
MAP Score: 7.04221

Motif 7
TAACTTATATAAATTTTTCGC         	2	1	0
ATTCAGGTTAAAAGTTTTCCTATTCTTTGG	5	39	1
AAGTTGTCTAAAATATTTCGGAATATTCGA	5	79	1
CCAAACTTTTTAATTTTCCCTTCCTAACTT	6	30	1
TCGTTGCCAAAAGGTTTTCGAGAGA     	7	5	0
TAGACAATATAAATTTTTCCGCTTCGATTT	9	48	1
ACATAAAATTAAAATTTTCAAG        	10	2	0
AATATTCAACAAATTTTCCGAAAAATATTT	10	69	1
ACACCCCCGAAAATTTTTGGAGACAAACAA	10	259	0
          **********
MAP Score: 6.63858

Motif 8
TATCTTTCCCTTTTCCAATGTTTTTTTGGGATGTA	1	13	1
ATAAGTTAATTTCCCGATTCCCTTTGAAGATTCTC	2	23	1
CCTTTGAAGATTCTCCAATCCTATTCTGGAAAGTG	2	43	1
TTCTTTGGGTTTATCAAAAAGTTGTCTAAAATATT	5	61	1
AAAAAATATTTATTTAAATCTTTTTCAACAATTAT	5	122	0
AAATAAATATTTTTTCATAAATGTTCTGATATGAA	5	142	1
GTTCACCTCGTTGCCAAAAGGTTTTCGAGAGA   	7	7	0
          TTTTTTCTTCTTTTTCTTTTTGAAA	8	0	1
GTTTTACCTTTACTCGACTTGTTTTATCAAGGCAG	8	38	1
TTTTATATAATTTTCGACATATTTTTAGGACTTTA	8	169	0
        GTATTTCACCAGTTTATTATTTGCATA	9	104	0
AATTGTCAAATATTCAACAAATTTTCCGAAAAATA	10	61	1
TAACCCTCGCTATTCTAATTCTGTTAGTCATTATC	10	179	1
         CTTCTCTCTTAATTTTCTTAGGTGAG	11	1	1
          ** ** * *  ****
MAP Score: 2.23558

Motif 9
TTAACCTGAATGTCCTAAGATTAATTATTGGG	5	18	0
TCAGGTTAAAAGTTTTCCTATTCTTTGGGTTT	5	41	1
TTTTCATAAATGTTCTGATATGAACATTTGTG	5	153	1
TTACTCGACTTGTTTTATCAAGGCAGATCCTG	8	47	1
CTGTACTTACTGTTCTCCAAATTGTCTCTGTA	8	76	1
GGAATATTAAAGTCCTAAAAATATGTCGAAAA	8	162	1
CCACAACTGATGTTTTCCCAATCTATAAATAT	10	93	0
TTAGGGTGCTTGTTCTCACATTCATATTAAAT	10	126	0
TTTTCGGGGGTGTTTTTCCATGCCCTCCACCT	10	276	1
          ****** * ***
MAP Score: 1.31112