AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_operons022_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944250116 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB2233 60 PAB2233 #1 PAB2439 105 PAB2439 #2 PAB2227 288 PAB2227 #3 PAB3055 115 hypothetical protein #4 PAB2203 300 PAB2203 #5 PAB2086 99 PAB2086 #6 PAB2083 90 hypothetical protein #7 PAB1789 195 PAB1789 #8 PAB0588 101 hypothetical protein #9 PAB0645 300 PAB0645 #10 aspS 61 PAB0646 #11 PAB0842 92 hypothetical protein #12 PAB1477 30 hypothetical protein #13 PAB1474 28 PAB1474 #14 PAB1471 28 PAB1471 #15 PAB1470 226 PAB1470 #16 hisS 165 PAB1100 Motif 1 CGTTTTCAAACAAACCTTTATAAGACCGAAAA 0 15 1 TTTCCAAACCGAAACACTTTTTAGAATTCAAT 1 24 1 GAGAAATGCCGAAACATTTATATTCAATCAGC 2 205 1 CGATCTTATGCAAATTTTTATAAATTACCGAC 3 41 0 TAAGATCGGCCCAAGACTTTTAAGCTAGTTGA 3 65 1 TTCACCGTTAGAAAAGCTTTGAAGGTGTGGTG 4 276 1 CATTTAAGTCGAAAACTTTATAAACCCTTTTT 5 35 1 CTGGCTATATCAAAAGCTTTTA 6 0 0 GATGCTGGATCCAAAATTTTTATATAGTGATT 7 99 0 TTAGAGTACTCCAACTTTTATATAATTGGTGG 8 25 1 CTTATAAAGGGAAAACTTTAGAATAAAATCAG 9 269 1 TACTTTCACCGAAAGTCTTTTATAAAGATAAT 15 50 0 TTGTCAAAGTGCAAATCTTTTATACCTCAATG 16 24 0 TGTCTCAATGCAAAAATTTTTATCTATTCCCA 16 121 1 **** ****** MAP Score: 16.2085 Motif 2 TTCATCGACTCCGCCTTCGGCGGTGCTCCCCGGGCA 2 60 0 ACCTTAAATACCCCCTTTGTATGTGGTGAGAGC 3 7 0 TTTTATACCCCTCCTTAAGTATGGTTCATCAACT 3 91 0 CTTTCCCTTCTTCACCGATAACGTTATAACC 4 5 1 GTGATGAGCACGCCCTTCGCTGATACTCTCTCGTCC 4 151 1 ATACCCTTCTCCTTCATTGTGATTTGATGATGGTGA 6 54 1 TCTTTCCCTCCTTCCCTCGTGGTTCCCCCATTACGG 7 11 1 CCTCGTGGTTCCCCCATTACGGGGACATCCCACGTT 7 25 1 CCTTCTCAGGCCTCCTTGGGAAATCCTTGAACATTC 7 168 0 AAAAGAAGAACTTCCTTCGCTTCGCCCTCCTTTATC 9 45 1 TTCGCTTCGCCCTCCTTTATCCCTAATTTCCTATCA 9 60 1 GTCAACTTTTCCTCCTTGGAGGATACCTTGAATTTC 9 162 1 CCTTTCTTCATTTATAGTAAATTTAAT 10 1 1 ATTTAATAATCCTTCCTCGGTTCTTCATCTGGGGAT 10 30 1 GGTTTTTAATCCCCCTTTACCTCTTCTTTT 12 10 1 CTTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAATTAATCCGA 15 202 0 ******* * * * MAP Score: 14.9618 Motif 3 AGCACCGCCGAAGGCGGAGTCGATGAACCTGG 2 69 1 TCGATGAACCTGGGCGGGTTATTACCCCCGCA 2 88 1 ATATGTTCATTCGGAGGGGTAGAA 2 274 1 AACCATACTTAAGGAGGGGTATAAAA 3 99 1 GTTATCGGTGAAGAAGGGAAAG 4 0 0 TCAAATCACAATGAAGGAGAAGGGTATTTAAA 6 49 0 ACCACGAGGGAAGGAGGGAAAGAA 7 2 0 GGTATCCTCCAAGGAGGAAAAGTTGACAATCG 9 157 0 CTTTTCCTCCTTGGAGGATACCTTGAATTTCT 9 167 1 CATGTCACTTAGGGAGGAATACAAGAAATTCA 9 190 0 TAGTAATTAGTCGAAGGATTATTCATGTCACT 9 213 0 TGAAGAACCGAGGAAGGATTATTAAATTTACT 10 25 0 TCTTAACTTTTTGGAGGGATATCC 14 14 1 * ****** *** MAP Score: 14.1618 Motif 4 TTTTTCCAAACCGAAACACTTTTTAGAATTCAAT 1 22 1 TAAAGATCATCCATAAGTATCATTGAATTCTAAA 1 43 0 TCGAGAAATGCCGAAACATTTATATTCAATCAGC 2 203 1 CCCTTCTTCACCGATAACGTTATAACCCATTTTT 4 14 1 ACTCTCTCGTCCATAAATTTCAAAATATACATCC 4 175 1 ATCCATTCATCCAAAAAATTCTTAGATATTTAAT 4 205 1 CGACAATGAACCATTATAGTTATAAATTCACCGT 4 250 1 ACCATTTAAGTCGAAAACTTTATAAACCCTTTTT 5 33 1 ATTCCAACACCCAGAACCTTCAATCACTATATAA 7 78 1 GATGCTGGATCCAAAATTTTTATATAGTGATTGA 7 97 0 TGGTGAATAATCATAAACTTCATTGAATGTTCAA 7 144 1 GGTTCACTTTCCGAAAGCTTGATTAGTTCCTTTA 9 111 1 TCCTTTCCTCTCAGAAATCTTATAAAGGGAAAAC 9 251 1 TCACACCACCCCAAAATAATTAATAAA 13 3 0 TATACTTTCACCGAAAGTCTTTTATAAAGATAAT 15 50 0 GAGCTTAGCACCGAAAACTACATAAATCAAATTC 15 150 1 *** ** ***** MAP Score: 11.6498 Motif 5 CGTTTTCAAACAAACCTTTATAAGACCGAAAAA 0 15 1 CGATCTTATGCAAATTTTTATAAATTACCGACC 3 40 0 ACCACACCTTCAAAGCTTTTCTAACGGTGAATT 4 274 0 CATTTAAGTCGAAAACTTTATAAACCCTTTTTA 5 35 1 ATGCTGGATCCAAAATTTTTATATAGTGATTGA 7 97 0 TTCACTTTCCGAAAGCTTGATTAGTTCCTTTAA 9 113 1 CTCCAAGGAGGAAAAGTTGACAATCGCCAAGAG 9 150 0 TTTCCTCTCAGAAATCTTATAAAGGGAAAACTT 9 254 1 CTTATAAAGGGAAAACTTTAGAATAAAATCAGG 9 269 1 TAGGTAATGCCAAAATTTGACAATTGTCGTAAC 15 112 1 GCTTAGCACCGAAAACTACATAAATCAAATTCA 15 152 1 TGTCAAAGTGCAAATCTTTTATACCTCAATGCC 16 22 0 **** *** * ** MAP Score: 11.4407 Motif 6 GTTCATCGACTCCGCCTTCGGCGGTGCTCCCCGGG 2 62 0 GGGTTATTACCCCCGCACCTATTCTTGAGCGTTAT 2 103 1 CTTTCCCTTCTTCACCGATAACGTTATAA 4 4 1 ATGTGATGGGCCCGGCTCCCGCCCTCTCCGGGGAA 4 55 1 GATGAGCACGCCCTTCGCTGATACTCTCTCGTCCA 4 153 1 GGTTTAAATACCCTTCTCCTTCATTGTGATTTGAT 6 47 1 TTCTTTCCCTCCTTCCCTCGTGGTTCCCCCA 7 6 1 TGAAAATATCCTCCCCACCAATTATATAAAAGTTG 8 36 0 CTTCGCTTCGCCCTCCTTTATCCCTAATTTCCTAT 9 59 1 CCTTTCTTCATTTATAGTAAATTTA 10 0 1 AATTTAATAATCCTTCCTCGGTTCTTCATCTGGGG 10 29 1 TCAGCGAGGCCCTCTCATCACTTTTCAGTGCAGTT 11 13 1 TTTTTAATCCCCCTTTACCTCTTCTTTT 12 12 1 CTCACATCCCCTCTTCCTATCCTGGGAATAGAT 16 142 0 ****** ** * * MAP Score: 11.0866 Motif 7 ACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 1 88 1 ATCGACTCCGCCTTCGGCGGTGCTCCCCGGGC 2 61 0 CATATATGTTCATTCGGAGGGGTAGAA 2 271 1 ATGAACCATACTTAAGGAGGGGTATAAAA 3 96 1 GGCTCCCGCCCTCTCCGGGGAATCGTGAACCG 4 68 1 GTGGTTCCCCCATTACGGGGACATCCCACGTT 7 29 1 TCAAGGATTTCCCAAGGAGGCCTGAGAAGGG 7 174 1 CCGCTAATACCTTTGGGCGGTGGTAGGAT 8 82 1 AAGTGAACCTTATTGGGAGGAAGTTGATAGGA 9 88 0 CAAGGTATCCTCCAAGGAGGAAAAGTTGACAA 9 160 0 ATTCATGTCACTTAGGGAGGAATACAAGAAAT 9 193 0 CGCTCAGCGAGGCCCTCTCATCAC 11 2 1 TCTTCTTAACTTTTTGGAGGGATATCC 14 11 1 TAATTGAAAGCTTAAGGGGGCAGAAAAG 15 208 1 **** ***** * MAP Score: 10.23 Motif 8 TAAAACTCTAAAGATCATCCATAAGTATCAT 1 54 0 TAACCCGCCCAGGTTCATCGACTCCGCCTTC 2 78 0 CGGTAATATTATGATCATCAATGTAAAGAAT 2 144 0 CCGAACATATATGTTCATTCGGAGGGGTAGA 2 266 1 TCCTTAAGTATGGTTCATCAACTAGCTTAAA 3 83 0 AGCAAAGCAAAAGTTCATCATAACTGTAGGC 4 114 0 ATTTAATCAAAAGTTCATCGACAATGAACCA 4 232 1 GCGGGACATCACCATCATCAAATCACAATGA 6 67 0 AATGAAGTTTATGATTATTCACCAATTTAAG 7 137 0 AATAATCATAAACTTCATTGAATGTTCAAGG 7 149 1 AATTAGTCGAAGGATTATTCATGTCACTTAG 9 210 0 GAACCGAGGAAGGATTATTAAATTTACTATA 10 22 0 CCTTTTAAGTAGGTTTATTAAAAAGCCTACG 11 67 0 CCTTGAGTTTATCTTCATCCATTTAGGCCCT 15 19 1 * ********* MAP Score: 9.25435 Motif 9 TTCATCGACTCCGCCTTCGGCGGTGCTCCCC 2 65 0 GCGGGTTATTACCCCCGCACCTATTCTTGAG 2 101 1 GACCTTAAATACCCCCTTTGTATGTGGTGAG 3 13 0 TTTTATACCCCTCCTTAAGTATGGTTCATC 3 95 0 CTTTCCCTTCTTCACCGATAACGTTA 4 5 1 GGCCCGGCTCCCGCCCTCTCCGGGGAATCGT 4 63 1 GGTGATGAGCACGCCCTTCGCTGATACTCTC 4 150 1 CAAACTCACCTCGCTATTTTCTTTACCAA 5 80 0 TTCTTTCCCTCCTTCCCTCGTGGTTCC 7 6 1 CCCTTCTCAGGCCTCCTTGGGA 7 183 0 AATAGCCCCCTCATGTTAGAGTACTC 8 5 1 CCCTCCTAATCCTAATCTCGC 9 0 1 GAAAAGAAGAACTTCCTTCGCTTCGCCCTCC 9 44 1 TTCGCTTCGCCCTCCTTTATCCCTAATTTCC 9 60 1 TTCTTGTATTCCTCCCTAAGTGACATGAATA 9 195 1 ATTTAATAATCCTTCCTCGGTTCTTCATCTG 10 30 1 GATGAGAGGGCCTCGCTGAGCG 11 1 0 GGTTTTTAATCCCCCTTTACCTCTTCTTTT 12 10 1 CTTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAATTAA 15 207 0 CTCACATCCCCTCTTCCTATCCTGGGAA 16 147 0 ******** ** MAP Score: 8.05651 Motif 10 GCTAAAATTATTTAATTATCCTTTAAGTTATTA 2 22 1 TTGATGATCATAATATTACCGTTTGTTTTTACA 2 154 1 TTACCGACCTTAAATACCCCCTTTGTATGTGGT 3 16 0 TTTTATACCCCTCCTTAAGTATGGTT 3 99 0 ATTATAGTTATAAATTCACCGTTAGAAAAGCTT 4 262 1 AGTCGAAAACTTTATAAACCCTTTTTATTTTAG 5 41 1 TGGCCAGAGGTTTAAATACCCTTCTCCTTCATT 6 39 1 TTCTTTCCCTCCTTCCCTCGTGGT 7 1 1 GCGATTGTCAACTTTTCCTCCTTGGAGGATACC 9 156 1 TTGAATTTCTTGTATTCCTCCCTAAGTGACATG 9 189 1 GACTAATTACTATTTAACTCCTTTCCTCTCAGA 9 233 1 TTATAGTAAATTTAATAATCCTTCCTCGGTTCT 10 21 1 GGTTTTTAATCCCCCTTTACCTCTTCT 12 4 1 ACCTTGAGTTTATCTTCATCCATTTAGGCCCTA 15 18 1 CTTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAA 15 211 0 * * * ******* MAP Score: 6.99758 Motif 11 TATTTACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 1 83 1 ACTCCAACTTTTATATAATTGGTGGGGAGGATATT 8 32 1 ATTGTCAACTTTTCCTCCTTGGAGGATACCTTGAA 9 159 1 TTTATTAATTATTTTGGGGTGGTGTGAT 13 4 1 TTCTTCTTAACTTTTTGGAGGGATATCC 14 6 1 TGAATTTGATTTATGTAGTTTTCGGTGCTAAGCTC 15 150 0 *** * **** ** MAP Score: 4.80957 Motif 12 TAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 1 94 1 AAGAATAGGTGCGGGGGTAATAACCCGCCC 2 99 0 ATGTTCATTCGGAGGGGTAGAA 2 276 1 CCATACTTAAGGAGGGGTATAAAA 3 101 1 GAAAAGCTTTGAAGGTGTGGTGAG 4 286 1 CACGAGGGAAGGAGGGAAAGAA 7 2 0 CTAAATAAAACGTGGGATGTCCCCGTAATG 7 39 0 TTATATAATTGGTGGGGAGGATATTTTCAT 8 42 1 ATACCTTTGGGCGGTGGTAGGAT 8 88 1 TAATTATTTTGGGGTGGTGTGAT 13 15 1 TTAACTTTTTGGAGGGATATCC 14 16 1 AGGATAGGAAGAGGGGATGTGAG 16 152 1 ********** MAP Score: 4.77153 Motif 13 TTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 1 93 1 TTGCTGATGTGGTGATGAGCACGCCCTTCGC 4 140 1 AAGCTTTGAAGGTGTGGTGAG 4 289 1 GGAACCACGAGGGAAGGAGGGAAAGAA 7 6 0 TTATATAATTGGTGGGGAGGATATTTTCATA 8 42 1 CATGTCACTTAGGGAGGAATACAAGAAATTC 9 191 0 TTCTTCATCTGGGGATTTAAG 10 50 1 TGCACTGAAAAGTGATGAGAGGGCCTCGCTG 11 14 0 TACGGTTTGCGATGATGAAAGCGAACTGCAC 11 40 0 AGAGGTAAAGGGGGATTAAAAACC 12 3 0 TAATTATTTTGGGGTGGTGTGAT 13 15 1 ATAAACTCAAGGTGATGAGTA 15 0 0 GATAGGAAGAGGGGATGTGAG 16 154 1 ********* * MAP Score: 3.66068 Motif 14 TTTTATTTACTTCTTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 1 80 1 CGAAGGCGGAGTCGATGAACCTGGGCGGGTTATTACC 2 77 1 CGCTGATTGAATATAAATGTTTCGGCATTTCTCGATA 2 201 0 GGCCCAAGACTTTTAAGCTAGTTGATGAACCATACTT 3 72 1 TAAAAATGGGTTATAACGTTATCGGTGAAGAAGGGAA 4 12 0 GGATGTATATTTTGAAATTTATGGACGAGAGAGTATC 4 172 0 AAATTCACCGTTAGAAAAGCTTTGAAGGTGTGGTGAG 4 273 1 TTATATAGTGATTGAAGGTTCTGGGTGTTGGAATTAA 7 75 0 TTATTCACCAATTTAAGCACTTCGATGCTGGATCCAA 7 117 0 TCCCCACCAATTATATAAAAGTTGGAGTACTCTAACA 8 23 0 CCGCCCAAAGGTATTAGCGGATAGGCGTTTATGAAAA 8 65 0 ATTAGTTCCTTTAAAATCCTCTTGGCGATTGTCAACT 9 132 1 AAGGAGTTAAATAGTAATTAGTCGAAGGATTATTCAT 9 219 0 AAACTTTAGAATAAAATCAGGTGGACGAT 9 281 1 TTTATTAATTATTTTGGGGTGGTGTGAT 13 1 1 TTCTTCTTAACTTTTTGGAGGGATATCC 14 3 1 TATTATCTTTATAAAAGACTTTCGGTGAAAGTATAAT 15 49 1 ATCTTGAATTTTTGAATTTGATTTATGTAGTTTTCGG 15 160 0 ****** * ** * MAP Score: 2.46412 Motif 15 GTTCATCGACTCCGCCTTCGGCGGTGCTCCCCGGG 2 62 0 TAATAACCCGCCCAGGTTCATCGACTCCGCCTTCG 2 77 0 CTTTCCCTTCTTCACCGATAACGTTATAA 4 4 1 ATGTGATGGGCCCGGCTCCCGCCCTCTCCGGGGAA 4 55 1 GGTTTAAATACCCTTCTCCTTCATTGTGATTTGAT 6 47 1 TTCTTTCCCTCCTTCCCTCGTGGTTCCCCCA 7 6 1 AATTCCAACACCCAGAACCTTCAATCACTATATAA 7 77 1 TTGGTGAATAATCATAAACTTCATTGAATGTTCAA 7 143 1 TAATCCTAATCTCGCCAGCATCTTCCAGGAAAAGA 9 16 1 GAAGAACTTCCTTCGCTTCGCCCTCCTTTATCCCT 9 49 1 TCCCTAATTTCCTATCAACTTCCTCCCAATAAGGT 9 79 1 CCTTGAATTTCTTGTATTCCTCCCTAAGTGACATG 9 187 1 CCTTTCTTCATTTATAGTAAATTTA 10 0 1 AATAATCCTTCCTCGGTTCTTCATCTGGGGATTTA 10 34 1 TCAGCGAGGCCCTCTCATCACTTTTCAGTGCAGTT 11 13 1 GTTTTTAATCCCCCTTTACCTCTTCTTTT 12 11 1 TCACCTTGAGTTTATCTTCATCCATTTAGGCCCTA 15 16 1 CTTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAA 15 211 0 AAGTGCAAATCTTTTATACCTCAATGCCCAAATGT 16 15 0 CTCACATCCCCTCTTCCTATCCTGGGAATAGA 16 143 0 *** *** * ** * MAP Score: 2.04964 Motif 16 TTAGTTCTTTGGGGGTGATAGC 1 93 1 ACATACAAAGGGGGTATTTAAGGTCGGTAAT 3 19 1 TACTTAAGGAGGGGTATAAAA 3 104 1 CGCCCTCTCCGGGGAATCGTGAACCGGGGGT 4 74 1 TTCTTCATCTGGGGATTTAAG 10 50 1 AAGAGGTAAAGGGGGATTAAAAACC 12 4 0 TAATTATTTTGGGGTGGTGTGAT 13 15 1 AAAGCTTAAGGGGGCAGAAAAG 15 214 1 CGACTACATTTGGGCATTGAGGTATAAAAGA 16 10 1 GATAGGAAGAGGGGATGTGAG 16 154 1 **** ****** MAP Score: 1.70088 Motif 17 AATTACCGACCTTAAATACCCCCTTTGTATGTGGT 3 16 0 TTTTATACCCCTCCTTAAGTATGGTT 3 99 0 CTTTCCCTTCTTCACCGATAACGTTA 4 1 1 CAAACTCACCTCGCTATTTTCTTTACCAATGGT 5 76 0 TTCTTTCCCTCCTTCCCTCGTGGTTCCC 7 3 1 ATCCTACCACCGCCCAAAGGTATTAGC 8 84 0 GAAGAACTTCCTTCGCTTCGCCCTCCTTTATCCCT 9 49 1 TCCCTAATTTCCTATCAACTTCCTCCCAATAAGGT 9 79 1 CCTTGAATTTCTTGTATTCCTCCCTAAGTGACATG 9 187 1 CTAATTACTATTTAACTCCTTTCCTCTCAGAAATC 9 235 1 GGTTTTTAATCCCCCTTTACCTCTTCT 12 2 1 TCACCTTGAGTTTATCTTCATCCATTTAGGCCCTA 15 16 1 CTTTTCTGCCCCCTTAAGCTTTCAA 15 211 0 CTCACATCCCCTCTTCCTATCCTGGGAAT 16 146 0 *** ** * *** * MAP Score: 0.73221