AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons023_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944250146
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0846	134	hypothetical protein
#1	PAB1294	58	hypothetical protein
#2	PAB1273	41	hypothetical protein
#3	PAB1271_PAB1075	142	PAB1271: PAB1271, PAB1075: hypothetical protein
#4	purE	61	PAB1077
#5	PAB1268	203	PAB1268

Motif 1
CCAAGGGATTAATTCACCATTTATTATAATTAGTGAACT	0	20	1
TCTAACCACCTTCACAAAATATTTTAAAATTTACCACCT	1	19	0
AGGGTTTTCGTTTACAAATTTATGTCAAATAAGTTCATC	3	75	0
     AGTTTTCACCATGTTTAAGTCAAAATTTTTGAAT	3	118	0
          TTAACACGTTTATGTTAAAATTAATTAGA	4	0	1
         GTGAACATGATATTGTCTAATTTATACGTT	4	41	0
    AAGGAATCATCAACTTTGAGTTTAACATAATAAAA	5	6	1
AACTTTGAGTTTAACATAATAAAATAAAAATCTTTCTTT	5	21	1
ATGAGTCTGGTCGTCATCTTTTTGTTAAAAAATTCTTAA	5	126	1
ACTAGAACTTTTAACATTTTAACGTCAAAACTTGAGGTG	5	168	1
          *   **   **  ** ***
MAP Score: 21.2002

Motif 2
CAAGTAAGTCTTAAATAGTTCACTAATTATAATAAATGGTGA	0	33	0
AAGACTTACTTGAACTAATTTTGATATCAATGAAGTTTTTTG	0	63	1
GGCAAGGCATTAAAAAGTTTTACAATTGACAAAAAACTTCAT	0	92	0
TAACCCCATCTAACCACCTTCACAAAATATTTTAAAATTTAC	1	24	0
     CTCGCTCACCTGATTAAAGATACATTTTGTAATATAA	3	5	1
CACAGAAAACAAAACATATTTATATTACAAAATGTATCTTTA	3	24	0
TTTCATCCGATGAACTTATTTGACATAAATTTGTAAACGAAA	3	67	1
TTTTTGAATATTAAGGGTTTTCGTTTACAAATTTATGTCAAA	3	85	0
CCCTTAATATTCAAAAATTTTGACTTAAACATGGTGAAAACT	3	110	1
          TTAACACGTTTATGTTAAAATTAATTAGAAAA	4	0	1
TTGTCTAATTTATACGTTTTTCTAATTAATTTTAACATAAAC	4	17	0
         GTGAACATGATATTGTCTAATTTATACGTTTTT	4	38	0
    AAGGAATCATCAACTTTGAGTTTAACATAATAAAATAA	5	6	1
TTATTTTATTTAAAGAATTTAAAGAAAGATTTTTATTTTATT	5	38	0
TTCTAGTTATTTAAGAATTTTTTAACAAAAAGATGACGACCA	5	133	0
ACTAGAACTTTTAACATTTTAACGTCAAAACTTGAGGTGATC	5	168	1
          * ***   **    * * *  *
MAP Score: 14.4734

Motif 3
CAAAAAACTTCATTGATATCAAAATTAGTTCAAGTAAGTC	0	65	0
ATGAAGTTTTTTGTCAATTGTAAAACTTTTTAATGCCTTG	0	92	1
GGTGGGAAGGTGGTAAATTTTAAAATATTTTGTGAAGGTG	1	12	1
TAAAGATACATTTTGTAATATAAATATGTTTTGTTTTCTG	3	24	1
ATATTAAGGGTTTTCGTTTACAAATTTATGTCAAATAAGT	3	80	0
AAACGAAAACCCTTAATATTCAAAAATTTTGACTTAAACA	3	101	1
    TTAACACGTTTATGTTAAAATTAATTAGAAAAACGT	4	6	1
GAGTTTAACATAATAAAATAAAAATCTTTCTTTAAATTCT	5	27	1
TTACATTTGATTATTTTATTTAAAGAATTTAAAGAAAGAT	5	50	0
CTGGTCGTCATCTTTTTGTTAAAAAATTCTTAAATAACTA	5	132	1
          *  *  * *  ***  * **
MAP Score: 9.44421

Motif 4
CAAGGGATTAATTCACCATTTATTATAATTAGTGAACTATTTAAG	0	21	1
ACTTACTTGAACTAATTTTGATATCAATGAAGTTTTTTGTCAATT	0	66	1
GTGGTAAATTTTAAAATATTTTGTGAAGGTGGTTAGATGGGGTTA	1	21	1
TATTTATATTACAAAATGTATCTTTAATCAGGTGAGCGAG     	3	5	0
GGTTTTCGTTTACAAATTTATGTCAAATAAGTTCATCGGATGAAA	3	67	0
TTTGTAAACGAAAACCCTTAATATTCAAAAATTTTGACTTAAACA	3	96	1
CGTTTTTCTAATTAATTTTAACATAAACGTGTTAA          	4	0	0
ATTAATTAGAAAAACGTATAAATTAGACAATATCATGTTCAC   	4	29	1
  AAGGAATCATCAACTTTGAGTTTAACATAATAAAATAAAAATC	5	8	1
CATAATAAAATAAAAATCTTTCTTTAAATTCTTTAAATAAAATAA	5	35	1
TGAGTAATCGACTCCCTTTACATTTGATTATTTTATTTAAAGAAT	5	62	0
AAAATTCTTAAATAACTAGAACTTTTAACATTTTAACGTCAAAAC	5	154	1
          *  ** * *    *  *  *  * *
MAP Score: 6.66029

Motif 5
ATAGTTCACTAATTATAATAAATGGTGAATTAAT	0	27	0
TTTAAGACTTACTTGAACTAATTTTGATATCAAT	0	60	1
GTTTTTTGTCAATTGTAAAACTTTTTAATGCCTT	0	97	1
GAAGGTGGTAAATTTTAAAATATTTTGTGAAGGT	1	17	1
CGATGAACTTATTTGACATAAATTTGTAAACGAA	3	74	1
AAACCCTTAATATTCAAAAATTTTGACTTAAACA	3	107	1
AACACGTTTATGTTAAAATTAATTAGAAAAACGT	4	12	1
ATATTGTCTAATTTATACGTTTTTCTAATTAATT	4	28	0
TAAAAATCTTTCTTTAAATTCTTTAAATAAAATA	5	45	1
GTCATCTTTTTGTTAAAAAATTCTTAAATAACTA	5	138	1
AATAACTAGAACTTTTAACATTTTAACGTCAAAA	5	164	1
          * ** *** * ***
MAP Score: 4.74062

Motif 6
AAATGGTGAATTAATCCCTTGGGGGATCAA	0	12	0
GTAAAACTTTTTAATGCCTTGCCTTTAAGA	0	111	1
ATTTTAAAATTTACCACCTTCCCACCCG  	1	8	0
TAACCCCATCTAACCACCTTCACAAAATAT	1	36	0
TTTATTCTTCTCTCCTCCTTAAGGTATTGG	2	14	1
   GTTACCACCAATACCTTAAGGAGGAGA	2	24	0
TATGTTTTGTTTTCTGTGTTTTCATCCGAT	3	48	1
     AGTTTTCACCATGTTTAAGTCAAAA	3	127	0
          TTAACACGTTTATGTTAAAA	4	0	1
TATTGTCTAATTTATACGTTTTTCTAATTA	4	31	0
AGTCGATTACTCACTACGATTTCCAAAGTG	5	94	1
ACTAGAACTTTTAACATTTTAACGTCAAAA	5	168	1
          **********
MAP Score: 2.91607