AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons023_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944250158
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0846	134	hypothetical protein
#1	PAB1294	58	hypothetical protein
#2	PAB1273	41	hypothetical protein
#3	PAB1271_PAB1075	142	PAB1271: PAB1271, PAB1075: hypothetical protein
#4	purE	61	PAB1077
#5	PAB1268	203	PAB1268

Motif 1
AGTTCACTAATTATAATAAATGGTGAATTAATCCCTTGG	0	20	0
AGGTGGTAAATTTTAAAATATTTTGTGAAGGTGGTTAGA	1	19	1
CAAAACATATTTATATTACAAAATGTATCTTTAATCAGG	3	18	0
GATGAACTTATTTGACATAAATTTGTAAACGAAAACCCT	3	75	1
ATTCAAAAATTTTGACTTAAACATGGTGAAAACT     	3	118	1
TCTAATTAATTTTAACATAAACGTGTTAA          	4	0	0
AACGTATAAATTAGACAATATCATGTTCAC         	4	41	1
TTTTATTATGTTAAACTCAAAGTTGATGATTCCTT    	5	6	0
AAAGAAAGATTTTTATTTTATTATGTTAAACTCAAAGTT	5	21	0
TTAAGAATTTTTTAACAAAAAGATGACGACCAGACTCAT	5	126	0
CACCTCAAGTTTTGACGTTAAAATGTTAAAAGTTCTAGT	5	168	0
          *** **   **  **   *
MAP Score: 21.5948

Motif 2
CCCTTAATATTCAAAAATTTTGACTTAAACATGGTGAAA	3	110	1
AAATCTTTCTTTAAATTCTTTAAATAAAATAATCAAATG	5	48	1
          TTAACACGTTTATGTTAAAATTAATTAGA	4	0	1
TTTTTGAATATTAAGGGTTTTCGTTTACAAATTTATGTC	3	88	0
TTTCATCCGATGAACTTATTTGACATAAATTTGTAAACG	3	67	1
TTCTAGTTATTTAAGAATTTTTTAACAAAAAGATGACGA	5	136	0
AAGACTTACTTGAACTAATTTTGATATCAATGAAGTTTT	0	63	1
CACAGAAAACAAAACATATTTATATTACAAAATGTATCT	3	27	0
ACTAGAACTTTTAACATTTTAACGTCAAAACTTGAGGTG	5	168	1
    AAGGAATCATCAACTTTGAGTTTAACATAATAAAA	5	6	1
GGCAAGGCATTAAAAAGTTTTACAATTGACAAAAAACTT	0	95	0
TTGTCTAATTTATACGTTTTTCTAATTAATTTTAACATA	4	20	0
AAGAATTTAAAGAAAGATTTTTATTTTATTATGTTAAAC	5	29	0
          * **    ***   * ***
MAP Score: 13.3669

Motif 3
TAGTGAACTATTTAAGACTTACTTGAACTAATTTTGAT	0	50	1
GTAAAACTTTTTAATGCCTTGCCTTTAAGATGA     	0	111	1
TCTAACCACCTTCACAAAATATTTTAAAATTTACCACC	1	20	0
TCTCTCCTCCTTAAGGTATTGGTGGTAAC         	2	22	1
ATATTTATATTACAAAATGTATCTTTAATCAGGTGAGC	3	13	0
AGGGTTTTCGTTTACAAATTTATGTCAAATAAGTTCAT	3	76	0
          TTAACACGTTTATGTTAAAATTAATTAG	4	0	1
AAGAAAGATTTTTATTTTATTATGTTAAACTCAAAGTT	5	21	0
ATAAAAATCTTTCTTTAAATTCTTTAAATAAAATAATC	5	44	1
GAGTCTGGTCGTCATCTTTTTGTTAAAAAATTCTTAAA	5	128	1
ACTAGAACTTTTAACATTTTAACGTCAAAACTTGAGGT	5	168	1
          ** *    **  *** **
MAP Score: 2.92175

Motif 4
TAATTCACCATTTATTATAATTAGTGAACTATTTAAGA	0	29	1
TCAATGAAGTTTTTTGTCAATTGTAAAACTTTTTAATG	0	89	1
 CGGGTGGGAAGGTGGTAAATTTTAAAATATTTTGTGA	1	9	1
CTCACCTGATTAAAGATACATTTTGTAATATAAATATG	3	14	1
ATGAACTTATTTGACATAAATTTGTAAACGAAAACCCT	3	76	1
TTGTAAACGAAAACCCTTAATATTCAAAAATTTTGACT	3	97	1
CACGTTTATGTTAAAATTAATTAGAAAAACGTATAAAT	4	14	1
AATAAAAATCTTTCTTTAAATTCTTTAAATAAAATAAT	5	43	1
TCGACTCCCTTTACATTTGATTATTTTATTTAAAGAAT	5	62	0
GTCATCTTTTTGTTAAAAAATTCTTAAATAACTAGAAC	5	138	1
          *     ****** *  **
MAP Score: 0.742478