AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons027_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944250249
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB2195	52	PAB2195
#1	gph	55	PAB0207
#2	PAB2019	50	hypothetical protein
#3	PAB2018	185	PAB2018
#4	PAB1791	56	PAB1791
#5	PAB1790	21	hypothetical protein
#6	PAB1789	195	PAB1789
#7	PAB1576	48	PAB1576
#8	PAB1316	38	PAB1316
#9	PAB1315	87	PAB1315
#10	PAB1314	200	PAB1314
#11	PAB1223	39	hypothetical protein
#12	PAB1222	63	PAB1222

Motif 1
CTATTTTAAATCCCTCTTTTAAAGAGATTTT	1	23	1
       CTTTCCCTTTTTTCATAAATTATA	2	3	1
TAATAAGCCTCCTCTTATTTCCCAAGTTGTC	3	72	0
     ACCTTCCCCTTATAATTTTTTTAACT	4	5	1
    TACGATCCCCTTAGTAAGGACACAAAG	4	39	0
     TTCTTTCCCTCCTTCCCTCGTGGTTC	6	5	1
CCCTCGTGGTTCCCCCATTACGGGGACATCC	6	24	1
TACGGGGACATCCCACGTTTTATTTAGTCCA	6	42	1
ATAGTTTACCTCCCTCCGTATT         	7	36	1
ATTTTTAACTTCCCTTCTTATTCCCTATGGT	8	11	1
TTTAAAAGTTTCGCTTTTTCTTCATACATCT	9	26	0
GTACCCAGCCTCCCTCATTTTTTTGGCCAAT	10	19	0
CTTCTTCTCGTCCCTCAGTTCCTTTATTATT	10	133	0
CTATCTCCTCCCCCTTCTTCTCGTCCCTCAG	10	146	0
          ****** ****
MAP Score: 17.4692

Motif 2
AAAATCTCTTTAAAAGAGGGATTTAAAATAGTTAGGGG	1	16	0
TCTTTTAAAGAGATTTTGGGAGATAAAA          	1	37	1
CAGAAATGCTAAGCCCAGGAACCTTATATAATTTATGA	2	22	0
TGGAAGTAAGACAACTTGGGAAATAAGAGGAGGCTTAT	3	63	1
CAAAGTGTTCAAAATCTTGGAAATCAAATGCACAAGGT	3	117	1
ACAAGGTTTAAATTTTAGGGATCATATATTAGCTATGG	3	148	1
GGGTGTTGGAATTAAATTGGACTAAATAAAACGTGGGA	6	52	0
         AATACGGAGGGAGGTAAACTATTATAAAT	7	29	0
ACCATAGGGAATAAGAAGGGAAGTTAAAAATG      	8	4	0
GTTTAAGTTCAACCATTGGGATTTAAAAGTTTCGCTTT	9	40	0
TTGAACTTAAACCCTTGGAGAGGTGATAGGT       	9	66	1
GAGGGACGAGAAGAAGGGGGAGGAGATAGCCAGGAAGA	10	148	1
          *  *   ****  * ***
MAP Score: 11.8593

Motif 3
         CAGATTTTTGGTAGCTGAAAACCTTTTTA	0	33	0
TCTTTTAAAGAGATTTTGGGAGATAAAA          	1	37	1
AAATTATATAAGGTTCCTGGGCTTAGCATTTCTG    	2	26	1
TGGAAGTAAGACAACTTGGGAAATAAGAGGAGGCTTAT	3	63	1
AACACTTTGAAGTCTTTTAGCTTTAATAAGCCTCCTCT	3	88	0
CAAAGTGTTCAAAATCTTGGAAATCAAATGCACAAGGT	3	117	1
ACAAGGTTTAAATTTTAGGGATCATATATTAGCTATGG	3	148	1
      TACGATCCCCTTAGTAAGGACACAAAGAAGAG	4	34	0
TAGTGATTGAAGGTTCTGGGTGTTGGAATTAAATTGGA	6	69	0
TCACTATATAAAAATTTTGGATCCAGCATCGAAGTGCT	6	101	1
  TTTGATGCAAGTTCTGAGATGTATGAAGAAAAAGCG	9	8	1
GTTTAAGTTCAACCATTGGGATTTAAAAGTTTCGCTTT	9	40	0
GGTTGAACTTAAACCCTTGGAGAGGTGATAGGT     	9	64	1
AGCCTCCCTCATTTTTTTGGCCAATTCATTAACG    	10	6	0
TCAAAACCTTAATTCCTGGGATAATGCTCATAGTTGAG	10	54	1
TTCCTTTATTATTATCTTGGTGCTTGGATAAACGCTGA	10	108	0
ATAATAATAAAGGAACTGAGGGACGAGAAGAAGGGGGA	10	131	1
          *  *******     * *
MAP Score: 9.37192

Motif 4
GCCGAAATTTGGTTGACCTAATGGAGCCTTAAAAAGGTTATGCA	3	17	1
CCTTAAAAAGGTTATGCAGTTGGAAGTAAGACAACTTGGGAAAT	3	43	1
AAGACAACTTGGGAAATAAGAGGAGGCTTATTAAAGCTAAAAGA	3	70	1
CCCTTAGTAAGGACACAAAGAAGAGTTAAAAAAATTATAAGGGG	4	15	0
CCGTAATGGGGGAACCACGAGGGAAGGAGGGAAAGAA       	6	3	0
TCTGGGTGTTGGAATTAAATTGGACTAAATAAAACGTGGGATGT	6	49	0
TAAAAATTTTGGATCCAGCATCGAAGTGCTTAAATTGGTGAATA	6	109	1
GAATGTTCAAGGATTTCCCAAGGAGGCCTGAGAAGGG       	6	168	1
          GGTAGGAAGTTTGAGGATGATTTATAATAGTTTA	7	0	1
ACCACCATAGGGAATAAGAAGGGAAGTTAAAAATG         	8	1	0
TTAATGAATTGGCCAAAAAAATGAGGGAGGCTGGGTACAACGTC	10	12	1
AGAAGGGGGAGGAGATAGCCAGGAAGATCTACGACCTGGCAGGG	10	159	1
          **    *    *****      **
MAP Score: 6.64097

Motif 5
TAAGGTTCACCTATACCTTTAGCCG         	0	1	0
TTTGGTAGCTGAAAACCTTTTTAAGGTTCACCTA	0	22	0
TAACTATTTTAAATCCCTCTTTTAAAGAGATTTT	1	20	1
TTTTATCTCCCAAAATCTCTTTAAAAGAGGGATT	1	31	0
          CTTTCCCTTTTTTCATAAATTATA	2	0	1
CTTCCAACTGCATAACCTTTTTAAGGCTCCATTA	3	35	0
         ACCTTCCCCTTATAATTTTTTTAAC	4	1	1
       TACGATCCCCTTAGTAAGGACACAAAG	4	39	0
        TTCTTTCCCTCCTTCCCTCGTGGTTC	6	2	1
TTCCAACACCCAGAACCTTCAATCACTATATAAA	6	79	1
ATAAATCATCCTCAAACTTCCTACC         	7	1	0
ATTTATAATAGTTTACCTCCCTCCGTATT     	7	29	1
GTTGTACCCAGCCTCCCTCATTTTTTTGGCCAAT	10	19	0
GGTACAACGTCAAAACCTTAATTCCTGGGATAAT	10	45	1
TCTCGTCCCTCAGTTCCTTTATTATTATCTTGGT	10	125	0
TGGCTATCTCCTCCCCCTTCTTCTCGTCCCTCAG	10	146	0
AGCAGTGATGCAAACACTCTTTTAAACTTTAAGC	12	25	0
          *  ******* * *
MAP Score: 0.804585