AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons055_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944250960
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0066	95	PAB0066
#1	rfcS	27	PAB0068
#2	PAB1727	83	hypothetical protein
#3	trpS	173	PAB1111

Motif 1
TCATAATGATTTTGGCGGAATGTTATATTTAGG	0	18	0
TTATGAAGGTTTCGGAAATCTTAATAATTCCTA	0	45	1
TTAATAAAGGTTTGGTAAAATGATATATATGGT	2	31	1
AAATGATATATATGGTTTAATTTAAGTTAGAAT	2	48	1
TAATATTAAATGAGGTGTTCTTAG         	3	1	0
TTAACTTGACTTTGGGTTAAATACCTATCGCTG	3	31	1
GTGGTCGTTTTTGGGACTTCTGATATCCTTAGG	3	115	1
TCTGATATCCTTAGGACTACTTTAATTGATCCA	3	133	1
GATCCATCTAGGGGGGATTCTGT          	3	160	1
          ** **  ******
MAP Score: 4.13606

Motif 2
ATCTTAATAATTCCTATGCCAAAACTTTTC	0	62	1
          TACCTATCGAGAGGCCTCTA	1	0	1
TTGGGTTAAATACCTATCGCTGTCCATGAC	3	42	1
AATTAAAGTAGTCCTAAGGATATCAGAAGT	3	130	0
          **********
MAP Score: 0.286426