AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_operons055_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944250965
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0066	95	PAB0066
#1	rfcS	27	PAB0068
#2	PAB1727	83	hypothetical protein
#3	trpS	173	PAB1111

Motif 1
CCTTCATAATGATTTTGGCGGAATGTTATATTTA	0	20	0
        AAAACTAGGGAAAATTGGCGTTTAAT	2	2	1
CGTTTAATAAAGGTTTGGTAAAATGATATATATG	2	28	1
GTAAAATGATATATATGGTTTAATTTAAGTTAGA	2	45	1
TATTAACTTGACTTTGGGTTAAATACCTATCGCT	3	29	1
TAATTGATCCATCTAGGGGGGATTCTGT      	3	155	1
          *  *****  ****
MAP Score: 2.77477

Motif 2
TGAAGGTTTCGGAAATCTTAATAATTCCTA	0	48	1
TATTAAATGAGGTGTTCTTAG         	3	1	0
GTCGTTTTTGGGACTTCTGATATCCTTAGG	3	118	1
GATATCCTTAGGACTACTTTAATTGATCCA	3	136	1
CCATCTAGGGGGGATTCTGT          	3	163	1
          **********
MAP Score: 1.28334

Motif 3
CGAAACCTTCATAATGATTTTGGCGGAATG	0	29	0
CATAGGAATTATTAAGATTTCCGAAACCTT	0	50	0
TTGGCGTTTAATAAAGGTTTGGTAAAATGA	2	24	1
TAAAATGATATATATGGTTTAATTTAAGTT	2	46	1
GTCTTTTAGTTTTAAAGTTTATGGTCATGG	3	65	0
          **********
MAP Score: 0.827182