AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i PA/PA_profile001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944251266 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 PAB0005 300 hypothetical protein #1 PAB0006 277 hypothetical protein #2 PAB2318 32 PAB2318 #3 PAB2311 91 hypothetical protein #4 PAB0053 174 hypothetical protein #5 ppsA 116 PAB0057 #6 PAB0058 44 hypothetical protein #7 PAB0060 74 PAB0060 #8 PAB0061 86 hypothetical protein #9 PAB0062 34 PAB0062 #10 PAB0211 300 hypothetical protein #11 soxA 51 PAB0212 #12 PAB2062 300 hypothetical protein #13 PAB1965 53 hypothetical protein #14 PAB1685 198 hypothetical protein #15 pflX 95 PAB0742 #16 PAB1537 42 hypothetical protein #17 PAB2428 49 PAB2428 #18 PAB1533 300 hypothetical protein Motif 1 ACAAAACTTCGTCCTGCTCAAGAATTGAAC 0 63 1 AGAGACAGATGTCCTTATCAAAGAATCACG 0 103 1 TGAGCTATTTCCTCATCATTAAAATCCT 0 282 0 TCCGTGATATCTCCTCCCCCTACTATGATT 1 99 0 TTCCACCACCTAACCCACTA 2 22 0 TATTTTCCCACCTACGAAACTCTAA 3 76 0 TAAGACCACAGCCCTTCTCATCTCACATCA 4 99 1 TTTGCCCACCTCCAGCCTTGAAA 5 103 0 CCTAACCATGCTCCACCACCTTCTTGGGAT 12 219 1 TTATATCATTTTCCTTCTCAACTTAAGGAT 12 276 1 CTCCATCCCTCCCCAAATTAATTTA 13 38 0 TCCCACCACCGAGAATTAGG 14 0 1 GTTTCCACCTCAGCCGGTAGGT 15 2 1 GAGCCCTCCCAATAATTGAAGG 17 37 0 AGCTCCTTGTGCCCTTCTCATCTTCAATCA 18 182 1 TTCTCTTTCCTCCACATTGCTGTCCT 18 284 0 ********** MAP Score: 16.1631 Motif 2 TTCCATTCACAAGCTTGAGAGGAACAAAACTT 0 40 1 AAAGCTTGTAGAGATAACAAGGAGAATTATGG 1 42 1 GGACGAAATCGAGATAAGGAGGGTCTCAAAGG 1 168 1 AGACTTTATAAAGGTGAAAAGGT 1 264 1 GCTCTGGAAGATTAGTGGGTTAGGTGGTG 2 7 1 TATGTAATTAGAGTTTCGTAGGTGGGAAAATA 3 69 1 TTAGTGATGTGAGATGAGAAGGGCTGTGGTCT 4 101 0 AACTCTTAGAAGGATTAGCAAGT 7 1 0 GTTGGTCTCTAAGTTTAAAAAGTTAAGGAACT 7 29 0 GAAGGAGCAAGAGGTGAGTGAGA 7 61 1 AGTGGAAAAAGGGGTAAAGAAG 8 0 0 ATCACCTTTCAGGCTGGGCAAGGCTCGTCATC 10 23 1 GAAGATACCTGGGGTTACCAGGGCGGATGCAG 12 128 0 GAGATAGGGAAGGTTGAGAAAGTTATAGAGGA 12 166 0 AAAATGATATAAGCTTAACGAGTTAAGTTTCA 12 256 0 CCCTATCCTTAAGTTGAGAAGGAAAATGATAT 12 278 0 TATTAGCTCCGAGATTAGTAGCGCTACAAATG 18 13 0 GGGGTGATTGAAGATGAGAAGGGCACAAGGAG 18 184 0 *** **** *** MAP Score: 15.6479 Motif 3 CGAGCCCACAGGGCCGGTGCATCCGCCCGCGGGATCAATG 10 196 1 GCGTCGTAAGGTCCAGTTACTGCATCCGCCCTGGTAACCC 12 109 1 CGGCTGAGCTGTGATGAACCACCTACCGGCTGAGGTGGAA 15 12 0 TTTCAGGCTGGGCAAGGCTCGTCATCCGCCATAGCTCATT 10 29 1 TTTTCAGGCGGTCTAGATTCAACGGCCAGCCTTTACTGGG 4 59 0 ATCAATGACCGCCGGGTCTCTGTTGCCGGCCTACAGCAAA 10 229 1 CCCTCGCAGGGGCTCGGTCTACCCGCCCCCGCAAGGTGTT 10 127 1 CGGTAATAGATCCGTGATATCTCCTCCCCCTACTATGATT 1 99 0 CCCTGTGGGCTCGGCGTGAGCACACCCCGCTCATCGAACC 10 169 0 AATGCCGACAGCGAGGGTACAATCCCTCGCAGGGGCTCGG 10 104 1 AAACGGTAGCGATGATGAACTACTCCCGGCTGAGCTGTGA 15 38 0 * * * * * ***** MAP Score: 13.332 Motif 4 ATCCGTGATATCTCCTCCCCCTACTATGATTATGTTT 1 93 0 CCTCCTTATCTCGATTTCGTCCAACACGAATAAAGTT 1 153 0 ACGTCTGAATTCCTCTACGTTTATATCCTTTGAGACC 1 189 0 GTCCATAATGTCCTTAACGTCTCTCCCGAGGATACGT 1 222 0 CTTTATAAAGTCTATAACGTCCATAATGTCCTTAACG 1 240 0 TCCATCTTTATCAATTTCGGCCATTTCAAGGCTGGAG 5 80 1 TTCTAAGAGTTCCTTAACTTTTTAAACTTAGAGACCA 7 22 1 TCTCACTCACCTCTTGCTCCTTCGTTGGT 7 55 0 CTTCTTTACCCCTTTTTCCACTCAATATA 8 2 1 AATACCGACATCATCACCTTTCAGGCTGGGCAAGGCT 10 11 1 TGGGCAAGGCTCGTCATCCGCCATAGCTCATTTGGTA 10 37 1 GCCCGCGGGATCAATGACCGCCGGGTCTCTGTTGCCG 10 220 1 TTCCCCTAAATCGTTGGCCTCTATGTGAACTATCGCG 12 75 1 CTTAAGTTCCTCTATAACTTTCTCAACCTTCCCTATC 12 159 1 CTAACCATGCTCCACCACCTTCTTGGGATTTACGATT 12 220 1 TAAGCTTATATCATTTTCCTTCTCAACTTAAGGATAG 12 271 1 CTCCATCCCTCCCCAAATTAATTTAATA 13 35 0 TAGTTCATCATCGCTACCGTTTTAATTCGGGGTCTCA 15 56 1 GAAGAGGTATTCTATAGCTCCTTGTGCCCTTCTCATC 18 167 1 CTTCTCATCTTCAATCACCCCTTTTTCTTTTCAAGTT 18 195 1 TTCTCTTTCCTCCACATTGCTGTCCTAA 18 282 0 ** ** ***** * MAP Score: 11.7899 Motif 5 AAGTTTTGTTCCTCTCAAGCTTGTGAATGGAA 0 40 0 AAACTTTAAGGCTTGTTAAGTTAAATTCAGGG 0 133 0 ATTGGGCCGATCTCTCCAAGTTCACCGACTGT 0 212 0 ACAAGCTTTTCATTTTCAAGTTCTTTAACTGG 1 19 0 CCATAATTCTCCTTGTTATCTCTACAAGCTTT 1 42 0 CCTTTGAGACCCTCCTTATCTCGATTTCGTCC 1 168 0 ACCTTTTCACCTTTATAAAGTCT 1 264 0 TTTTGAAAAACCTTTTAACGTTCTTTACCCTA 3 30 1 AGACCACAGCCCTTCTCATCTCACATCACTAA 4 101 1 CTCATAAAGATATTTTAACCTTTTGCATTAGT 4 128 0 TAATACCGACATCATCACCTTTCAGGCTGGG 10 9 1 ACCCCAGGTATCTTCTTAAGTTCCTCTATAAC 12 145 1 TTCTTAAGTTCCTCTATAACTTTCTCAACCTT 12 157 1 ATATCATTTTCCTTCTCAACTTAAGGATAGGG 12 278 1 CTCCATCCCTCCCCAAATTAATTTAATAA 13 34 0 GCTGCAAGTGTCTCACCAAGGTTCATGCAAAT 14 84 1 TAATTCGGGGTCTCATAAACTTAACCG 15 78 1 CTATAGAATACCTCTTCATGATTGCAGCGGCT 18 152 0 CTCCTTGTGCCCTTCTCATCTTCAATCACCCC 18 184 1 CACCCCTTTTTCTTTTCAAGTTATTTACGTGC 18 210 1 **** *** *** MAP Score: 11.372 Motif 6 CGACTGTAATATCTTTTTGAACTGTTGCTATCT 0 186 0 TTTCATTTTCAAGTTCTTTAACTGGAAGAAGAT 1 11 0 ACCTTTTCACCTTTATAAAGTCTATAACGTC 1 256 0 GAACGTTAAAAGGTTTTTCAAAACTAAATAAAT 3 20 0 ATAAAGATGGATCTTATTTAAAATTAACGTGAA 5 58 0 AATAAGATCCATCTTTATCAATTTCGGCCATTT 5 73 1 CCCTTTTCTTAAGATTTTTAATTCTATTGCTGA 6 12 1 AACTCTTAGAAGGATTAGCAAGT 7 0 0 AGAGTTCCTTAACTTTTTAAACTTAGAGACCAA 7 27 1 GTAGTCTTTAAGGATTATAAACATT 9 2 0 TCATTTGGTAATGATTTTTAAATCCTTAACCGT 10 64 1 AGAAGGGTAAAACTTTTGAAAATTTTTAAATAA 11 15 0 AGTTTCGGGAAAGTTATTAAATTAATTTGGGGA 13 21 1 TTACTTCGAAAGGATTTTTAAACATTAGGGGAA 14 30 0 CTTTCGAAGTAAGTTCATGAAATTGAAACATTA 14 51 1 CCTTAAGCTTAAGTTTATTAAACCGCAAAACTA 16 10 1 GGGCTGAGGTTTTTAAATTAAAGTAGACC 17 6 1 * ****** ** * MAP Score: 11.1343 Motif 7 CGTCCTGCTCAAGAATTGAACGTTATAATCCAGAGACAGAT 0 72 1 TTAACTTAACAAGCCTTAAAGTTTCGTCATTTATCAGACTT 0 141 1 ACCGTCCGGTAATGATTTAACTTTATTCGTGTTGGACGAAA 1 135 1 AGTTTTGAAAAACCTTTTAACGTTCTTTACCCTAATTTGGG 3 28 1 CACTAATGCAAAAGGTTAAAATATCTTTATGAGCCTTTTGA 4 127 1 AGAGTTCCTTAACTTTTTAAACTTAGAGACCAACGAAGGAG 7 27 1 GTTATTATCAAAAATTTTAAATATTAAATTCAACAAAATAC 8 39 1 AATGTTTATAATCCTTAAAGACTACTCCCCACAC 9 9 1 ATTTACGGTTAAGGATTTAAAAATCATTACCAAATGAGCTA 10 60 0 TTTTATTTAAAAATTTTCAAAAGTTTTACCCTTCTATATCT 11 13 1 CTTAACGAGTTAAGTTTCAATCGTAAATCCCAAGAAGGTGG 12 234 0 TAGGTTCCCCTAATGTTTAAAAATCCTTTCGAAGTAAGTTC 14 26 1 ** ** ** * * ** MAP Score: 10.611 Motif 8 AAGACCACAGCCCTTCTCATCTCACATCACTAATGCA 4 100 1 GATATTTTAACCTTTTGCATTAGTGATGTGAGATGAG 4 115 0 TCTTTATGAGCCTTTTGATTCAGGTGTAAGGATA 4 150 1 TCCCCTTTTCTTAAGATTTTTAATTCTAT 6 2 1 CTTCTTTACCCCTTTTTCCACTCAATATAGTTATTAT 8 10 1 AAATTTAATACCTTTTTCTTAATTAATATGGGGAGCA 10 268 1 CCTTTTTATTTAAAAATTTTCAAAAGT 11 0 1 AAAAGTTTTACCCTTCTATATCTCGATTAG 11 31 1 ATCATCGCTACCGTTTTAATTCGGGGTCTCATAAACT 15 62 1 GCTCCTTGTGCCCTTCTCATCTTCAATCACCCCTTTT 18 183 1 TTCAATCACCCCTTTTTCTTTTCAAGTTATTTACGTG 18 204 1 ******** * * MAP Score: 6.86773 Motif 9 ATTGAACATATCTTCTGGTTTATCTCTTTTTGGT 0 245 0 AAGCTTTTCATTTTCAAGTTCTTTAACTGGAAGA 1 15 0 TATGATTATGTTTTCGAGTTCGTTGGATTCTTCC 1 72 0 GATTTAACTTTATTCGTGTTGGACGAAATCGAGA 1 148 1 TTTCTTTTCTATTTATTTAGTTTTGAAA 3 4 1 TTGAAAAACCTTTTAACGTTCTTTACCCTAATTT 3 32 1 GGAACTAAGGTATTCACGTTAATTTTAAATAAGA 5 46 1 CCCCGCAAGGTGTTCGGGTTCGATGAGCGGGGTG 10 153 1 ATTGATATGGTATTATAGTTTTATTTGCATGAAC 14 104 0 CCCCTTTTTCTTTTCAAGTTATTTACGTGCCAAA 18 212 1 * *** *** *** MAP Score: 5.36792 Motif 10 AGATGAAAGGAAAGATAGTCCTCGTACTAT 0 6 1 TAGGATTTTAATGATGAGGAAATAGCTCA 0 281 1 TAATCATAGTAGGGGGAGGAGATATCACGGATCT 1 98 1 AAGGATATAAACGTAGAGGAATTCAGACGTATCC 1 196 1 TAAGTTTAAAAAGTTAAGGAACTCTTAGAAGGAT 7 18 0 ATCACCTTTCAGGCTGGGCAAGGCTCGTCATCCG 10 23 1 CTTAATTAATATGGGGAGCAAATCC 10 285 1 GAGATAGGGAAGGTTGAGAAAGTTATAGAGGAAC 12 164 0 CGCTGCAATCATGAAGAGGTATTCTATAGCTCCT 18 155 1 GGGGTGATTGAAGATGAGAAGGGCACAAGGAGCT 18 182 0 TAGGACAGCAATGTGGAGGAAAGAGAA 18 283 1 * * ****** ** MAP Score: 5.35343 Motif 11 TTTAATAAACTTAAGCTTAAGG 16 0 0 CCCATATTAATTAAGAAAAAGGTATTAAATTT 10 268 0 GCTTGTTAAGTTAAATTCAGGGCGTGATTCTT 0 123 0 ATTAAAAATCTTAAGAAAAGGGGA 6 2 0 CCTTCTCAACTTAAGGATAGGG 12 288 1 GCATTCATATTTACGGTTAAGGATTTAAAAAT 10 77 0 TGGATCTTATTTAAAATTAACGTGAATACCTT 5 52 0 GCTGAGGTTTTTAAATTAAAGTAGACCTTCAA 17 12 1 CCTTAACTTTTTAAACTTAGAGACCAACGAAG 7 33 1 TTGAAAATTTTTAAATAAAAAGG 11 1 0 TGCAATTTGTTTAAAATAAATGAAACATAGAA 14 139 0 CTTTAAAGCATTACGATGAAGTTATAATGCTA 4 27 0 CACTCTTATATTAAACAAAACTAAACACAACT 14 169 1 GAAAGGATTTTTAAACATTAGGGGAACCTAAT 14 24 0 ***** * **** MAP Score: 4.94623 Motif 12 ACTTAACAAGCCTTAAAGTTTCGTCATTTATC 0 144 1 TCCATAATGTCCTTAACGTCTCTCCCGAGGAT 1 226 0 CCACCTAACCCACTAATCTTCCAGAGC 2 5 0 TACCTTAGTTCCCTAATGATCATAACCTCGTG 5 26 0 TGTTTATAATCCTTAAAGACTACTCCCCACAC 9 12 1 CCTTGCCCAGCCTGAAAGGTGATGATGTCGGT 10 14 0 ATTTTTAAATCCTTAACCGTAAATATGAATGC 10 77 1 AAGACATAGGCCCTAACCATGCTCCACCACCT 12 208 1 CCCTATCCTTAAGTTGAGAAGG 12 288 0 TAATAACTTTCCCGAAACTTTCCATGGGGA 13 8 0 AATTAGGTTCCCCTAATGTTTAAAAATCCTTT 14 23 1 CCTTAAGCTTAAGTTTATTAAA 16 0 1 ****** *** * MAP Score: 4.73522 Motif 13 ACTTTAAGGCTTGTTAAGTTAAATTCAGGGCGTGATTCTTTGAT 0 119 0 ATAGCAACAGTTCAAAAAGATATTACAGTCGGTGAACTTGGAGA 0 188 1 GTTAAAGAACTTGAAAATGAAAAGCTTGTAGAGATAACAAGGAG 1 22 1 TCCAACGAACTCGAAAACATAATCATAGTAGGGGGAGGAGATAT 1 79 1 AACACGAATAAAGTTAAATCATTACCGGACGGTAATAGATCCGT 1 124 0 ATAAGGAGGGTCTCAAAGGATATAAACGTAGAGGAATTCAGACG 1 181 1 CTCGGGAGAGACGTTAAGGACATTATGGACGTTATAGACTTTAT 1 229 1 CTAATTTGGGTATGTAATTAGAGTTTCGTAGGTGGGAAAATA 3 59 1 TAATGCTTTAAAGCCCAGTAAAGGCTGGCCGTTGAATCTAGACC 4 46 1 ATACAAAAAAACTAAGCACGAGGTTATGATCATTAG 5 2 1 TTTATCAATTTCGGCCATTTCAAGGCTGGAGGTGGGCAAA 5 86 1 TTAAAAATCATTACCAAATGAGCTATGGCGGATGACGAGCCTTG 10 41 0 TTAACCGTAAATATGAATGCCGACAGCGAGGGTACAATCCCTCG 10 89 1 AAGATTCTACATGACATCCATAACATAGATGGTGTAATCGACAC 12 22 0 GTTATAGAGGAACTTAAGAAGATACCTGGGGTTACCAGGGCGGA 12 133 0 TAAGTTTCAATCGTAAATCCCAAGAAGGTGGTGGAGCATGGTTA 12 221 0 TTCGGGAAAGTTATTAAATTAATTTGGGGAGGGATGGAG 13 24 1 TTTAAACATTAGGGGAACCTAATTCTCGGTGGTGGGA 14 3 0 AGCCGGTAGGTGGTTCATCACAGCTCAGCCGGGAGTAGTTCATC 15 21 1 ATAACTTGAAAAGAAAAAGGGGTGATTGAAGATGAGAAGGGCAC 18 190 0 * * ** * * **** MAP Score: 4.70145 Motif 14 CAGGGCCGGTGCATCCGCCCGCGGGATCAAT 10 204 1 TCCAGTTACTGCATCCGCCCTGGTAACCCCA 12 120 1 CTTCATGATTGCAGCGGCTCTCATCATAATT 18 140 0 GTTTCCACCTCAGCCGGTAGGTGGTTCATC 15 9 1 TCATCACAGCTCAGCCGGGAGTAGTTCATCA 15 35 1 ACAATCCCTCGCAGGGGCTCGGTCTACCCGC 10 122 1 GGTCTTATTTTCAGGCGGTCTAGATTCAACG 4 75 0 GCAAGGCTCGTCATCCGCCATAGCTCATTTG 10 40 1 CGGTCTAGATTCAACGGCCAGCCTTTACTGG 4 60 0 ******** ** MAP Score: 4.34117 Motif 15 TACAGTCGGTGAACTTGGAGAGATCGGCCCAA 0 211 1 TGAAAATGAAAAGCTTGTAGAGATAACAAGGA 1 33 1 GGACATTATGGACGTTATAGACTTTATAAAGG 1 246 1 CTAACCCACTAATCTTCCAGAGC 2 1 0 TTAACTTTTTAAACTTAGAGACCAACGAAGGA 7 35 1 AATGTTTATAATCCTTAAAGACTACTCCCCAC 9 10 1 GAAGGTTGAGAAAGTTATAGAGGAACTTAAGA 12 158 0 AAAATGATATAAGCTTAACGAGTTAAGTTTCA 12 256 0 TATTTGCATGAACCTTGGTGAGACACTTGCAG 14 85 0 GAGCCGCTGCAATCATGAAGAGGTATTCTATA 18 151 1 ** **** **** MAP Score: 3.2728 Motif 16 ACTATTTCCATTCACAAGCTTGAGAGGAAC 0 35 1 GATCTTCTTCCAGTTAAAGAACTTG 1 5 1 AAGCTTTTCATTTTCAAGTTCTTTAACTGG 1 19 0 CCTTGTTATCTCTACAAGCTTTTCATTTTC 1 34 0 CCGTGATATCTCCTCCCCCTACTATGATTA 1 98 0 ACCTTTTCACCTTTATAAAGTCT 1 264 0 TTCCACCACCTAACCCACTAA 2 21 0 TATTTTCCCACCTACGAAACTCT 3 78 0 TTTGCCCACCTCCAGCCTTGA 5 105 0 TTCTAAGAGTTCCTTAACTTTTTAAACTTA 7 22 1 CTTCTTTACCCCTTTTTCCACTCA 8 4 1 AATACCGACATCATCACCTTTCAGGCTGGG 10 11 1 CTCTATAACTTTCTCAACCTTCCCTATCTC 12 168 1 CTAACCATGCTCCACCACCTTCTTGGGATT 12 220 1 ATCATTTTCCTTCTCAACTTAAGGATAGGG 12 280 1 GTTTCCACCTCAGCCGGTAG 15 0 1 CCTTGTGCCCTTCTCATCTTCAATCACCCC 18 186 1 TTCTCTTTCCTCCACATTGCTGTCCTA 18 283 0 ********** MAP Score: 1.39008 Motif 17 CAGAGACAGATGTCCTTATCAAAGAATCAC 0 102 1 ATAAGACCACAGCCCTTCTCATCTCACATC 4 98 1 TCCCCTTTTCTTAAGATTTT 6 0 1 CTTCTTTACCCCTTTTTCCACTCAATA 8 7 1 CTTATATCATTTTCCTTCTCAACTTAAGGA 12 275 1 TAGCTCCTTGTGCCCTTCTCATCTTCAATC 18 181 1 ATCTTCAATCACCCCTTTTTCTTTTCAAGT 18 201 1 ********** MAP Score: 0.921424