AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_profile002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251309
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	pyrG	133	PAB0231
#1	fbp	115	PAB0393
#2	psmA	158	PAB0417
#3	PAB0418	27	hypothetical protein
#4	rpoH	241	PAB7151
#5	PAB0458	106	hypothetical protein
#6	PAB1855	121	hypothetical protein
#7	PAB1844	123	hypothetical protein
#8	PAB1751	82	hypothetical protein
#9	PAB1489	228	PAB1489

Motif 1
GGAGAATTGCCCCCCGAAAAGTTTTTTAGGATGAAC	4	215	0
         ATTACCGAAAATTTTATATACTTTCTA	4	1	1
TTTTATATCACTTGCGAAAGCTTTATTAGAATGGAG	4	132	0
GATCATCAAACGGACAAAAGGTTTTAAATTAACTCC	0	93	1
ATGGGTAGTCTCTTCGGAACATTTTTTAAACATTTT	6	83	0
      CTTCTTCTCCATAAATTTTTTAAGTTAAAA	7	4	1
CACTTTTCAGCTAGCGAAATTTTCTTCATCGCCTAC	1	32	1
TTATCAAACACCTTCAATAATTTTTTCAAAGAATTT	5	31	1
AAGGGCAGAGTTTTTTAAATATTTTTAAAAGTATAA	1	68	0
ACATTGGTGTTTAGCAATATTTTTATTTTAGCATTA	7	69	1
TCGCTAGTCTTACTTAAAAGTTTTATGAAAAGGAGA	0	59	1
TAGGCAAACCTAATTTAAAGCTTTATGCGAGCTTTA	6	29	1
ATACCTTCCGCGGGCGAAGTTTTTATTTAAATTCCC	2	95	0
GTATTTGACATTTATCAAAAATTCTTTGAAAAAATT	5	49	0
TATCCTTTATTGGCCTGAAACTTTAAGTTTCTTATC	9	200	0
TACACAAAACTGTTCCAAAATGTTTAAAAAATGTTC	6	67	1
CCACCTTAAGTAAGCCGAGGCTTTTATATACCTTCC	2	122	0
          *   * ***  *****
MAP Score: 12.49

Motif 2
     GAGTATCACCTCTAATTTAATTTTC	0	5	1
AGGTTTTAAATTAACTCCATAAACCCTCAA	0	111	1
ATTTTCTTCATCGCCTACTTATACTTTTAA	1	50	1
    GCTCTATCACCACCATTAAAGTTCAA	2	6	1
TTCCATGCTTTCACCTATACCTTGTGGGAA	2	70	1
      CCTCTCACCTCCACCTTAAGTAAG	2	144	0
AGGATGAACTTCACCAACTCCCGGCTTAAG	4	194	0
      TATTTCACCTCCATGGGTAGTCTC	6	107	0
       TTCTTACCACCTCTGTTTTGTAT	7	110	0
ACGGCCAAGTTCAACTCTTCCC        	9	2	0
CTTATCAGAATTACCTACTCTATAAGTGGC	9	79	1
          **********
MAP Score: 11.6055

Motif 3
GATGATCTCCTTTTCATAAAACTTTTAAGTAAGAC	0	65	0
GTTTATGGAGTTAATTTAAAACCTTTTGTCCGTTT	0	100	0
AAGGGCAGAGTTTTTTAAATATTTTTAAAAGTATA	1	69	0
CTTGTGGGAATTTAAATAAAAACTTCGCCCGCGGA	2	90	1
          ATTACCGAAAATTTTATATACTTTC	4	0	1
AGTAAAGCTTATATATGAAAAGCTTAAGCCGGGAG	4	172	1
CCGAAAAGTTTTTTAGGATGAACTTCACCAACTCC	4	203	0
CTAACATCTAATTATCAAACACCTTCAATAATTTT	5	20	1
CTTCAATAATTTTTTCAAAGAATTTTTGATAAATG	5	42	1
TTTTTTAAACATTTTGGAACAGTTTTGTGTAATTA	6	63	0
ATGGGTAGTCTCTTCGGAACATTTTTTAAACATTT	6	84	0
TTAAACCATGTGTTAAGAACACTTTACATTTTAAC	7	33	0
ACACATTGGTGTTTAGCAATATTTTTATTTTAGCA	7	67	1
          ****   ** * ***
MAP Score: 9.40183

Motif 4
CCTCTAATTTAATTTTCAGTTTTGAATTCC	0	18	1
TTCAGTTTTGAATTCCCGGGAATATTTTCG	0	32	1
GGTACTCATCACTTTTCAGCTAGCGAAATT	1	23	1
AGGTATATAAAAGCCTCGGCTTACTTAAGG	2	125	1
AAGTATATAAAATTTTCGGTAAT       	4	3	0
ACCTCTGAGGAATTCTCGGCTAATGCCCCG	4	36	1
GGTAAGCGGCAGGTCCCGGGTTCAAAGCCC	4	94	1
GAACTTCACCAACTCCCGGCTTAAGCTTTT	4	189	0
ATCCTAAAAAACTTTTCGGGGGGCAATTCT	4	219	1
CCACCCAGCTAATTTTAGGCAAACCTAATT	6	14	1
AAGAAACTTAAAGTTTCAGGCCAATAAAGG	9	203	1
          **********
MAP Score: 7.04476

Motif 5
TTCAGTTTTGAATTCCCGGGAATATTTTCG	0	32	1
AGGTATATAAAAGCCTCGGCTTACTTAAGG	2	125	1
ACCTCTGAGGAATTCTCGGCTAATGCCCCG	4	36	1
TTCTCGGCTAATGCCCCGGTGGCTCAGCCT	4	48	1
GGTAAGCGGCAGGTCCCGGGTTCAAAGCCC	4	94	1
TATTAGAATGGAGCCCCGGCCGGGCTTTGA	4	115	0
GAACTTCACCAACTCCCGGCTTAAGCTTTT	4	189	0
          **********
MAP Score: 6.85714

Motif 6
TTCAGTTTTGAATTCCCGGGAATATTTTCG	0	32	1
AAGGTATATAAAAGCCTCGGCTTACTTAAG	2	124	1
ATTAGCCGAGAATTCCTCAGAGGTAGAAAG	4	30	0
ATTCTCGGCTAATGCCCCGGTGGCTCAGCC	4	47	1
GGTAAGCGGCAGGTCCCGGGTTCAAAGCCC	4	94	1
TCCCGGGTTCAAAGCCCGGCCGGGGCTCCA	4	107	1
GCCAATTATTAAGGCCTCGATTAATGAGAC	9	30	0
GCTGCTTTAATATTCCTGGGATGGAAATAC	9	162	1
          **********
MAP Score: 3.75734