AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_profile026_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944251988
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ilvB	300	PAB0888
#1	leuA-1	30	PAB0890
#2	purM	300	PAB1083
#3	PAB1201	300	PAB1201
#4	PAB3433	65	hypothetical protein
#5	PAB1195	22	PAB1195
#6	PAB1194	186	PAB1194

Motif 1
TTTAATTTTATGTAAAAAGTTTAGTTGTTAGTATAATTT	0	19	1
GTTAGTATAATTTACAAATTGTCAAATATTCAACAAATT	0	45	1
TGTCAAATATTCAACAAATTTTCCGAAAAATATTTATAG	0	64	1
TTTCCCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAATTTGTTGAA	0	73	0
TTGAATTTTATTACAACATTTTATCGTTTTGTTTGTCTC	0	231	1
TTTGTTTGTCTCCAAAAATTTTCGGGGGTGTTTTTCCAT	0	258	1
GTATTGAGCATGAAAATATTATTTGAAGAATTAATTACT	2	80	1
AAGTTGTTTTTGGACATATTTTTACTTGAGCGTCTAATA	2	200	0
GTAAAGAGTCTAAACAGATTTTTGCTAGTGAGTTTAACT	3	138	1
CAAAACAAACCTTAAAAATTTTAAATTTTTACATATTTT	3	249	1
ATTTTAAATTTTTACATATTTTTGACAATAAAGGAGGTG	3	266	1
ACTCTCCATTTTTACAAATTTTTGGTAATGGTC      	4	42	1
CCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATTCTTATCT	6	52	1
TGATTCTCGATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCTG	6	102	1
CTTTTTTGAGCATCAACATTTTCAGAGTTGTAAAACTTA	6	124	0
          *  *** *****      *
MAP Score: 19.8242

Motif 2
        CTTGAAAATTTTAATTTTATGTAAA	0	2	1
TAATTTTATGTAAAAAGTTTAGTTGTTAGTATA	0	21	1
TTTGACAATTTGTAAATTATACTAACAACTAAA	0	38	0
TTTCCCAATCTATAAATATTTTTCGGAAAATTT	0	79	0
AAACATCAGTTGTGGGATTTAATATGAATGTGA	0	110	1
AAAATTCAAATGAGAATAATAATTATGATAATG	0	207	0
ATTATTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTT	0	220	1
ATCTCTCACCTAAGAAAATTAAGAGAGAAG   	1	7	0
AAACTAGAGTTGTAAGTTTTTATGATATGTATT	2	52	1
GTATTGAGCATGAAAATATTATTTGAAGAATTA	2	80	1
TAAAACAAGTTTTAAGAATTATTAATTATATTA	2	118	0
TGAACTACTTTAAAAACATTAGTAGCATCAAAT	2	153	1
TGCATAAAATTGTAAGCATTAGAATTTAGTAAA	3	110	1
TGAGTTTAACTCTGAGAATTAATTCGAGAGGAG	3	166	1
AAACAAACCTTAAAAATTTTAAATTTTTACATA	3	251	1
ATGGAGAGTATTTAAGGATTATTTAAACACGAA	4	18	0
TTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATTCTT	6	54	1
AGTATTCTTATCTGAGCATTAAGATGATTCTCG	6	78	1
TGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCTGAAAA	6	112	1
          * **** **** *
MAP Score: 17.3286

Motif 3
ATTTGTTGAATATTTGACAATTTGTAAATTA	0	52	0
TATAAATATTTTTCGGAAAATTTGTTGAATA	0	71	0
GAGAATAATAATTATGATAATGACTAACAGA	0	198	0
GTATTATTCGTTTTTGAGCAGGGCTCTATAT	2	19	1
TATAAAGTTGTTTTTGGACATATTTTTACTT	2	212	0
AGTGAGTTTAACTCTGAGAATTAATTCGAGA	3	164	1
TTTTTACATATTTTTGACAATAAAGGAGGTG	3	274	1
TTTTTACAAATTTTTGGTAATGGTC      	4	50	1
          TCTCTGAACCTTTCTTTTCTT	6	0	1
ACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAGGTA	6	50	0
TTAGTATTCTTATCTGAGCATTAAGATGATT	6	76	1
AAGTTTTACAACTCTGAAAATGTTGATGCTC	6	125	1
TCTAGGAACTTTTTTGAGCATCAACATTTTC	6	140	0
          ******* ***
MAP Score: 6.76768

Motif 4
TTAGTATAATTTACAAATTGTCAAATATTCAACAAATTT	0	46	1
TTATTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTTATCGTTT	0	221	1
ACTAATATAATTAATAATTCTTAAAACTTGTTTTAAATG	2	116	1
TTGTTTTAAATGAACTACTTTAAAAACATTAGTAGCATC	2	143	1
CAAAACAAACCTTAAAAATTTTAAATTTTTACATATTTT	3	249	1
TCCTTAAATACTCTCCATTTTTACAAATTTTTGGTAATG	4	33	1
TTTTTATACCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTAT	6	44	1
ATATTTAAGTTTTACAACTCTGAAAATGTTGATGCTCAA	6	119	1
          **    * * * ****  *
MAP Score: 0.274311