AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_profile026_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252002
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ilvB	300	PAB0888
#1	leuA-1	30	PAB0890
#2	purM	300	PAB1083
#3	PAB1201	300	PAB1201
#4	PAB3433	65	hypothetical protein
#5	PAB1195	22	PAB1195
#6	PAB1194	186	PAB1194
#7	PAB1193	286	hypothetical protein

Motif 1
CATTTAAAACAAGTTTTAAGAATTATTAATTATA	2	121	0
AAAAATTTAAAATTTTTAAGGTTTGTTTTGACAG	3	245	0
AAAAATGGAGAGTATTTAAGGATTATTTAAACAC	4	21	0
TCGATGGAAAAATATTTAAGTTTTACAACTCTGA	6	108	1
CACCAGAATAAATATTTAAGGGTTACGTCAGAAC	7	213	0
TTTATGCATAAAATTGTAAGCATTAGAATTTAGT	3	106	1
ACTAAGTAAAATTTTGAAAGTCTTCAAGGTATAA	6	47	0
TATTGTCAAAAATATGTAAAAATTTAAAATTTTT	3	262	0
TTGAGCATCAACATTTTCAGAGTTGTAAAACTTA	6	124	0
CTTTTTACATAAAATTAAAATTTTCAAG      	0	4	0
TCTGACTCTTAACTTAAAAGACTTGTCATTTATA	2	258	0
GCCCTTTCCAAGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATA	7	158	0
TGCACCAGCAAATATTTATGGTTTATATTTCCTG	7	120	1
ATATGTATTGAGCATGAAAATATTATTTGAAGAA	2	76	1
ATTCTTCCTTAGTTTTTATACCTTGAAGACTTTC	6	32	1
TAAATGAACTACTTTAAAAACATTAGTAGCATCA	2	149	1
TTTTCCGAAAAATATTTATAGATTGGGAAAACAT	0	82	1
AATACTCTCCATTTTTACAAATTTTTGGTAATGG	4	39	1
ATTAAAACTAGAGTTGTAAGTTTTTATGATATGT	2	48	1
TTTTGACAGAAAAATATCAAGTTTAGATTTCATG	3	220	0
          *  *******  **
MAP Score: 21.6226

Motif 2
CAAAACAAACCTTAAAAATTTTAAATTTTTA	3	249	1
          CTTGAAAATTTTAATTTTATG	0	0	1
ATGTATTGAGCATGAAAATATTATTTGAAGA	2	78	1
GTTTATATTTCCTGAAAATATTGCTGATAAG	7	140	1
AGTTGTAAAACTTAAATATTTTTCCATCGAG	6	107	0
AAATATAAACCATAAATATTTGCTGGTGCAT	7	119	0
TGACGTAACCCTTAAATATTTATTCTGGTGT	7	217	1
GTCAAAAATATGTAAAAATTTAAAATTTTTA	3	261	0
CAATACATATCATAAAAACTTACAACTCTAG	2	55	0
AACAAATTTTCCGAAAAATATTTATAGATTG	0	76	1
TTTGTTTTGACAGAAAAATATCAAGTTTAGA	3	227	0
TCTGTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTG	7	64	1
ACATTAGTAGCATCAAATTTTACTTCAGTTA	2	168	1
CCTTGAAGACTTTCAAAATTTTACTTAGTAT	6	52	1
CAATTTTATGCATAAAACTATAAGGTGATAG	3	91	0
AAAAACACCCCCGAAAATTTTTGGAGACAAA	0	262	0
GACTTAGGTGCATCAAATTATACACCAGAAT	7	238	0
AATTCTAATGCTTACAATTTTATGCATAAAA	3	105	0
ACTCTCCATTTTTACAAATTTTTGGTAATGG	4	42	1
TAGACGCTCAAGTAAAAATATGTCCAAAAAC	2	203	1
AATGAACTACTTTAAAAACATTAGTAGCATC	2	151	1
          * *********
MAP Score: 21.5097

Motif 3
          GGAGGTGGAGGGCATGGAAA	0	290	0
TATTAAAACTAGAGTTGTAAGTTTTTATGA	2	47	1
TGACAATAAAGGAGGTGTCAAA        	3	288	1
     AGGCGAGAGGTGGTGAAAGGAC   	5	5	1
CAACATTTTCAGAGTTGTAAAACTTAAATA	6	120	0
ACTATCATTGGGAGGTGTGATAA       	6	173	1
CTTTCAGAAGATAGGTGGAAAT        	7	2	0
          **********
MAP Score: 3.06211

Motif 4
ATATTCAACAAATTTTCCGAAAAATATTTA	0	70	1
CACAACTGATGTTTTCCCAATCTATAAATA	0	94	0
TTCTCATTTGAATTTTATTACAACATTTTA	0	224	1
TTTCGGGGGTGTTTTTCCATGCCCTCCACC	0	277	1
CTTCTCTCTTAATTTTCTTAGGTGAGAGAT	1	10	1
AGTAGCATCAAATTTTACTTCAGTTAATAT	2	173	1
TTTTGGACATATTTTTACTTGAGCGTCTAA	2	202	0
CCCCTAGTTCATTTCTCCTATTAACGAACA	3	59	1
GTCTAAACAGATTTTTGCTAGTGAGTTTAA	3	145	1
AAAATTTTAAATTTTTACATATTTTTGACA	3	263	1
AATACTCTCCATTTTTACAAATTTTTGGTA	4	39	1
TCTTTTCTTAATTCTTCCTTAGTTTTTATA	6	22	1
AGACTTTCAAAATTTTACTTAGTATTCTTA	6	58	1
AAACTTAAATATTTTTCCATCGAGAATCAT	6	101	0
AAAATATTTAAGTTTTACAACTCTGAAAAT	6	116	1
AGGTGCATCAAATTATACACCAGAATAAAT	7	234	0
          **********
MAP Score: 0.145717