AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i PA/PA_sum_all004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944252268
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	PAB0114	144	hypothetical protein
#1	PAB0116	30	hypothetical protein
#2	PAB0180	87	PAB0180
#3	glpk	26	PAB2406
#4	glpA	143	PAB0183
#5	PAB0211	300	hypothetical protein
#6	soxA	51	PAB0212
#7	PAB1936	49	PAB1936
#8	PAB1931	147	PAB1931
#9	trxB	180	PAB0500
#10	PAB1842	82	PAB1842
#11	PAB1784	103	PAB1784
#12	PAB1737_hydB-2	148	PAB1737: PAB1737, hydB-2: PAB0638
#13	noxA-1	72	PAB0936
#14	PAB1213	148	PAB1213
#15	pyrC	286	PAB1149

Motif 1
TAACTAGTAGAAGAACTTAAAGCTAAAGCATCT	0	81	0
AAGGCTGAGGAAAGATTTAAAACCTGGAAATCC	4	90	1
ATTTACGGTTAAGGATTTAAAAATCATTACCAA	5	68	0
GGCCTACAGCAAAAATTTAATACCTTTTTCTTA	5	256	1
AAAACTTTTGAAAATTTTTAAATAAAAAGG   	6	7	0
AAAAATTTTCAAAAGTTTTACCCTTCTATATCT	6	21	1
CTTCTCAAATAAGGTTTTTATATTTCATCGATG	7	21	0
ATTTTAGCTCAACGTTTTAATACCTTGCCACCT	8	104	1
CCAAAGGTTGAACACTTTTATTTTCAATTCTAA	9	114	0
GTTAGCCAAAAATAGTTTAAAACAAAAGG    	10	6	0
GAGATAAAAAAGCGTTTTTAAACCCGAAAA   	11	7	0
CATTGTGAGGAAAGCTTTAATGCGAAAGACTTC	13	24	0
CTTTCCTCACAATGTTTTTAACCAAAGGTTTAG	13	43	1
GTTTTTAACCAAAGGTTTAGAGCAGA       	13	56	1
GAATATTGCAAATGTTCTTAAACGGAAGGGAGT	14	21	0
TAATTTCGTGAACATTTTTGAACATTACGCTAA	14	121	0
TATTGCTGATAAGGCTTTTAAACTTGGAAAGGG	15	115	0
GTGGCAAGTTAAAAATTTAAATTTCCTGTATTT	15	206	0
          ** * ****** *
MAP Score: 18.3803

Motif 2
TTTAATGCGAAAGACTTCCCAAGTAATTTTAG      	13	4	0
CGTCAGAACAAAGACATCCCAAGATCTTTAGCCCTTTC	15	84	1
CGATGGGTTGATAAAATGAAAAGGGTTTTGTAGTAGAA	12	94	1
AGATAGCGTAGAAATCTTAAAAGAGTTTTTTAAAGCTT	9	78	1
AAGAACATCGATGAAATATAAAAACCTTATTTGAGAAG	7	16	1
GAGTTGAACAGCGAGATAAAAAAGCGTTTTTAAACCCG	11	14	0
ACCAAAGGGTGAAAGGTGGCAAGGTATTAAAACGTTGA	8	112	0
TACCACCTTAAGGATCTAATAAGGACTTAGGTGCATCA	15	14	1
TTTTTATTTAAAAATTTTCAAAAGTTTTACCCTTCTAT	6	12	1
ACAACTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAAATTA	14	116	1
ACTTGCCACAGAAACCTAGAAAAAACTTAAGAACCCCT	15	230	1
ATTTACGGTTAAGGATTTAAAAATCATTACCAAATGAG	5	63	0
TTAATTAAGAAAAAGGTATTAAATTTTTGCTGTAGGCC	5	256	0
TCAACCTAAAAAGGTATAATAAGACATTTTTGAGCATA	4	48	0
GAAAAAAATAAGGAAGTAAAATGCCGTTTCAAACCAAA	9	28	0
CCTATCTTCTGAAAGTTAAATAGGGGTTCTTAAGTTTT	15	251	0
TTTTCAAAACGAGATTTTAACAACTATTAGTTGCCAAC	12	57	1
          * **  *  ****   **
MAP Score: 11.9759

Motif 3
TTCTTCCCTTTTATGCTCAAAAATGTCTTATTATA	4	37	1
GAACTATTTGTTATGCACAAATATGATCGTTAATG	14	53	0
AAATATACGCTAATGCACCTCTCTGGAGGTGTTGA	2	11	0
TAATCATCCGGGATGCTCATCTTTGTTCCCCAGTT	11	54	0
TCCCGGATGATTATGTTCACCGATGGAGGTGGGTT	11	76	1
CAACTTAGCGTAATGTTCAAAAATGTTCACGAAAT	14	117	1
      CAGCTAAAGAACATCGATGAAATATAAAA	7	4	1
AACTCCTTATTTAAGCCCAGATGAGAAAAGTGGTA	8	47	1
TATAAAAATATAATGCTCACAACTTAGCGTAATGT	14	98	1
ATCGTTTTTCTAATGAGCACCATAGTTCTTCCCTT	4	12	1
GTGTATAATTTGATGCACCTAAGTCCTTATTAGAT	15	27	0
AAGAGTTTTTTAAAGCTTAGAATTGAAAATAAAAG	9	98	1
GATCCCCACTATATGCCCACCAATCACCTTAAAAA	2	59	0
TGAAGGAAATTCAAGATTAACTATGTAAACCTCTA	10	54	0
TAGAAAAAACTTAAGAACCCCTATTTAACTTTCAG	15	246	1
          * **** ** *  **
MAP Score: 10.3014

Motif 4
ATAGTTCTTCCCTTTTATGCTCAAAAATGTC	4	33	1
TCTTATTATACCTTTTTAGGTTGAACTAAAG	4	62	1
AATCCTATTTCCTTTTTAGTTTTGAGGTGGA	4	118	1
AAATTTAATACCTTTTTCTTAATTAATATGG	5	268	1
          CCTTTTTATTTAAAAATTTTC	6	0	1
CATTTTACTTCCTTATTTTTTTCTCTCCAAA	9	43	1
AAGGTTGAACACTTTTATTTTCAATTCTAAG	9	113	0
          CCTTTTGTTTTAAACTATTTT	10	0	1
TTTTGGCTAACCTAATATTTTATAAGTAGAG	10	28	1
AATTCTATCCCCTTATACTTTCTATTGTTGG	12	10	1
ACTACAAAACCCTTTTCATTTTATCAACCCA	12	97	0
GCACCTAAGTCCTTATTAGATCCTTAAGGTG	15	17	0
AGTTTAAAAGCCTTATCAGCAATATTTTCAG	15	124	1
          ****** ****
MAP Score: 8.2217

Motif 5
CTTTCAGGCTGGGCAAGGCTCGTCATCCGCCATAGCTCATTTGG	5	28	1
GCCCCTGCGAGGGATTGTACCCTCGCTGTCGGCATTCATATTTA	5	96	0
TCCCTCGCAGGGGCTCGGTCTACCCGCCCCCGCAAGGTGTTCGG	5	126	1
TCGATGAGCGGGGTGTGCTCACGCCGAGCCCACAGGGCCGGTGC	5	172	1
CGAGCCCACAGGGCCGGTGCATCCGCCCGCGGGATCAATGACCG	5	196	1
          ***   *  *   *   * **  *
MAP Score: 2.07797

Motif 6
TAATGCACCTCTCTGGAGGTGTTGAA       	2	3	0
ATTGGTGGGCATATAGTGGGGATCGCG      	2	70	1
CCTTGCCCAGCCTGAAAGGTGATGATGTCGGTA	5	13	0
AGACCGAGCCCCTGCGAGGGATTGTACCCTCGC	5	114	0
TCTACCCGCCCCCGCAAGGTGTTCGGGTTCGAT	5	144	1
GGTCATTGATCCCGCGGGCGGATGCACCGGCCC	5	206	0
ACCTTTCACCCTTTGGTGAGGATC         	8	133	1
CTTTGGTTTACTATTGTGGGGTTTTTGTGATAC	9	141	1
ATGTTCACCGATGGAGGTGGGTTAG        	11	88	1
CTTATACTTTCTATTGTTGGGTTTCACTAATTA	12	21	1
CTATTAGTTGCCAACGATGGGTTGATAAAATGA	12	80	1
          ** * * ******
MAP Score: 1.92643